3wmm

Crystal structure of the LH1-RC complex from Thermochromatium tepidum in C2 form

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Photosynthetic reaction center C subunit

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Photosynthetic reaction center L subunit × 1 （D2Z0P3） Photosynthetic reaction center M subunit × 1 （A8ASG6） Photosynthetic reaction center H subunit × 1 （D2Z0P9） LH1 alpha polypeptide × 16 （D2Z0P2） LH1 beta polypeptide × 16 （D2Z0P1） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 CALCIUM ION × 17 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 36 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 Ubiquinone-8 × 1 PHOSPHATE ION × 4 FE (III) ION × 1 MENAQUINONE 8 × 1 SPIRILLOXANTHIN × 17 (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D2Z0P5_THETI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–404； UniProt 1–404

Photosynthetic reaction center L subunit

物种未注明

UniProt D2Z0P3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Photosynthetic reaction center C subunit × 1 （D2Z0P5） Photosynthetic reaction center M subunit × 1 （A8ASG6） Photosynthetic reaction center H subunit × 1 （D2Z0P9） LH1 alpha polypeptide × 16 （D2Z0P2） LH1 beta polypeptide × 16 （D2Z0P1） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 CALCIUM ION × 17 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 36 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 Ubiquinone-8 × 1 PHOSPHATE ION × 4 FE (III) ION × 1 MENAQUINONE 8 × 1 SPIRILLOXANTHIN × 17 (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D2Z0P3_THETI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–281； UniProt 1–281

Photosynthetic reaction center M subunit

物种未注明

UniProt A8ASG6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Photosynthetic reaction center C subunit × 1 （D2Z0P5） Photosynthetic reaction center L subunit × 1 （D2Z0P3） Photosynthetic reaction center H subunit × 1 （D2Z0P9） LH1 alpha polypeptide × 16 （D2Z0P2） LH1 beta polypeptide × 16 （D2Z0P1） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 CALCIUM ION × 17 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 36 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 Ubiquinone-8 × 1 PHOSPHATE ION × 4 FE (III) ION × 1 MENAQUINONE 8 × 1 SPIRILLOXANTHIN × 17 (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A8ASG6_THETI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–325； UniProt 1–325

Photosynthetic reaction center H subunit

物种未注明

UniProt D2Z0P9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Photosynthetic reaction center C subunit × 1 （D2Z0P5） Photosynthetic reaction center L subunit × 1 （D2Z0P3） Photosynthetic reaction center M subunit × 1 （A8ASG6） LH1 alpha polypeptide × 16 （D2Z0P2） LH1 beta polypeptide × 16 （D2Z0P1） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 CALCIUM ION × 17 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 36 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 Ubiquinone-8 × 1 PHOSPHATE ION × 4 FE (III) ION × 1 MENAQUINONE 8 × 1 SPIRILLOXANTHIN × 17 (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D2Z0P9_THETI
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–259； UniProt 1–259

LH1 alpha polypeptide

物种未注明

UniProt D2Z0P2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Photosynthetic reaction center C subunit × 1 （D2Z0P5） Photosynthetic reaction center L subunit × 1 （D2Z0P3） Photosynthetic reaction center M subunit × 1 （A8ASG6） Photosynthetic reaction center H subunit × 1 （D2Z0P9） LH1 beta polypeptide × 16 （D2Z0P1） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 CALCIUM ION × 17 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 36 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 Ubiquinone-8 × 1 PHOSPHATE ION × 4 FE (III) ION × 1 MENAQUINONE 8 × 1 SPIRILLOXANTHIN × 17 (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D2Z0P2_THETI
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 3； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 5； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 7； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 9； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 A； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 D； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 F； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 I； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 K； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 O； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 Q； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 S； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 U； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 W； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 Y； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61

LH1 beta polypeptide

物种未注明

UniProt D2Z0P1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Photosynthetic reaction center C subunit × 1 （D2Z0P5） Photosynthetic reaction center L subunit × 1 （D2Z0P3） Photosynthetic reaction center M subunit × 1 （A8ASG6） Photosynthetic reaction center H subunit × 1 （D2Z0P9） LH1 alpha polypeptide × 16 （D2Z0P2） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 CALCIUM ION × 17 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 36 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 Ubiquinone-8 × 1 PHOSPHATE ION × 4 FE (III) ION × 1 MENAQUINONE 8 × 1 SPIRILLOXANTHIN × 17 (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D2Z0P1_THETI
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 0； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 2； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 4； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 6； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 8； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 B； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 E； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 G； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 J； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 N； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 P； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 R； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 T； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 V； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 X； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 Z； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3wmm
沉积日期 deposition_date	2013-11-22
结构标题 title	Crystal structure of the LH1-RC complex from Thermochromatium tepidum in C2 form
关键词 keywords	photosynthesis; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3wmm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3wmm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3wmm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	44.94 Å
Rg（电子密度）	44.08 Å
总 Rg	44.59 Å
原子数	25814
残基数	2774
排除体积	478890 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3wmm__assembly_1__model_1`	36-meric （36）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (18)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Photosynthetic reaction center C subunit
分子量 formula_weight	43177.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	25819

MSPAQQLTLPAVIVVASVMLLGCEGPPPGTEQIGYRGVGMENYYNKRQRALSIQANQPVESLPAADSTGPKASEVYQNVQVLKDLSVGEFTRTMVAVTTWVSPKEGCNYCHVPGNWASDDIYTKVVSRRMFELVRAANSDWKAHVAETGVTCYTCHRGNPVPKYAWVTDPGPKYPSGLKPTGQNYGSKTVAYASLPFDPLTPFLDQANEIRITGNAALAGSNPASLKQAEWTFGLMMNISDSLGVGCTFCHNTRAFNDWTQSTPKRTTAWYAIRHVRDINQNYIWPLNDVLPASRKGPYGDPLRVSCMTCHQAVNKPLYGAQMAKDYPGLYKTAVTQEALAGSAPASEAAPAAATEAAPEAPAQEVPAAEAVPAAAEPGAAEAAGSVEPAPVEEVAPAPAAQRL

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Photosynthetic reaction center L subunit
分子量 formula_weight	31520.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MAMLSFEKKYRVRGGTLIGGDLFDFWVGPFYVGFFGVVGFCFTLLGVLLIVWGATIGPTGPTSDLQTYNLWRISIAPPDLSYGLRMAPLTEGGLWQIITICAAGAFISWALREVEICRKLGIGFHVPFAFSFAIGAYLVLVFVRPLLMGAWGHGFPYGILSHLDWVSNVGYQFLHFHYNPAHMLAISFFFTNCLALSMHGSLILSVTNPQKGEPVKTSEHENTFFRDIVGYSIGALAIHRLGLFLALSAAFWSAVCILISGPFWTRGWPEWWNWWLELPLW

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Photosynthetic reaction center M subunit
分子量 formula_weight	36605.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MPEYQNIFTAVQVRAPAYPGVPLPKGNLPRIGRPIFSYWLGKIGDAQIGPIYLGLTGTLSIFFGLVAISIIGFNMLASVHWDVFQFLKHFFWLGLEPPPPQYGLRIPPLSEGGWWLMAGLFLTLSILLWWVRTYKRAEALGMSQHLSWAFAAAIFFYLVLGFIRPVMMGSWAKAVPFGIFPHLDWTAAFSIRYGNLYYNPFHMLSIAFLYGSALLFAMHGATILSVSRFGGDREIDQITHRGTAAERAALFWRWTMGFNVTMESIHRWAWWCAVLTVITAGIGILLSGTVVDNWYLWAVKHGMAPAYPEVVTAVNPYETAAEVMQ

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Photosynthetic reaction center H subunit
分子量 formula_weight	28213.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MSAGITHYIDAAQITIWAFWLFFFGLIIYLRREDKREGYPLDSDRTERSGGRVKVVGFPDLPDPKTFVLPHNGGTVVAPRVEAPVAVNATPFSPAPGSPLVPNGDPMLSGFGPAASPDRPKHCDLTFEGLPKIVPMRVAKEFSIAEGDPDPRGMTVVGLDGEVAGTVSDVWVDRSEPQIRYLEVEVAANKKKVLLPIGFSRFDKKARKVKVDAIKAAHFANVPTLSNPDQVTLYEEDKVCAYYAGGKLYATAERAGPLL

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	LH1 alpha polypeptide
分子量 formula_weight	7034.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,F,I,K,O,Q,S,U,W,Y,1,3,5,7,9

MFTMNANLYKIWLILDPRRVLVSIVAFQIVLGLLIHMIVLSTDLNWLDDNIPVSYQALGKK

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	LH1 beta polypeptide
分子量 formula_weight	5534.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,G,J,N,P,R,T,V,X,Z,2,4,6,8,0

MAEQKSLTGLTDDEAKEFHAIFMQSMYAWFGLVVIAHLLAWLYRPWL

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	BACTERIOCHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	911.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	36

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	BACTERIOPHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	889.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	Ubiquinone-8
分子量 formula_weight	727.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	MENAQUINONE 8
分子量 formula_weight	717.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 15 Entity 15 non-polymer

描述 description	SPIRILLOXANTHIN
分子量 formula_weight	596.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

实体 16 Entity 16 non-polymer

描述 description	(1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate
分子量 formula_weight	749.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 17 Entity 17 non-polymer

描述 description	DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子量 formula_weight	692.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 18 Entity 18 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 76 domains

SCOP 2.08 (36 domains)

结构域编号 domain_id	d3wmm0_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wmm1_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wmm2_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wmm3_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wmm4_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wmm5_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wmm6_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wmm7_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wmm8_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wmm9_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wmma_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wmmb_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wmmc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.138 — Multiheme cytochromes
超家族 Superfamily superfamily	a.138.1 — Multiheme cytochromes
家族 Family family	a.138.1.2 — Photosynthetic reaction centre (cytochrome subunit)

结构域编号 domain_id	d3wmmd_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wmme_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wmmf_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wmmg_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wmmh1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.10 — Photosystem II reaction centre subunit H, transmembrane region
家族 Family family	f.23.10.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wmmh2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.41 — PRC-barrel domain
超家族 Superfamily superfamily	b.41.1 — PRC-barrel domain
家族 Family family	b.41.1.1 — Photosynthetic reaction centre, H-chain, cytoplasmic domain

结构域编号 domain_id	d3wmmi_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wmmj_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wmmk_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wmmm_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.26 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.26.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
家族 Family family	f.26.1.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits

结构域编号 domain_id	d3wmmn_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wmmo_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wmmp_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wmmq_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wmmr_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wmms_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wmmt_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wmmu_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wmmv_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wmmw_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wmmx_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wmmy_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3wmmz_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (40 domains)

结构域编号 domain_id	3wmm000
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 —

结构域编号 domain_id	3wmm100
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	3wmm200
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 —

结构域编号 domain_id	3wmm300
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	3wmm400
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 —

结构域编号 domain_id	3wmm500
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	3wmm600
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 —

结构域编号 domain_id	3wmm700
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	3wmm800
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 —

结构域编号 domain_id	3wmm900
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	3wmmA00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	3wmmB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 —

结构域编号 domain_id	3wmmC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	468 — Photosynthetic Reaction Center, subunit C; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosynthetic Reaction Center, subunit C, domain 2

结构域编号 domain_id	3wmmC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	468 — Photosynthetic Reaction Center, subunit C; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosynthetic Reaction Center, subunit C, domain 2

结构域编号 domain_id	3wmmD00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	3wmmE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 —

结构域编号 domain_id	3wmmF00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	3wmmG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 —

结构域编号 domain_id	3wmmH01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	540 — Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3wmmH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	50 — Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2

结构域编号 domain_id	3wmmI00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	3wmmJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 —

结构域编号 domain_id	3wmmK00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	3wmmL01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	85 — Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem II protein D1-like

结构域编号 domain_id	3wmmL02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	85 — Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem II protein D1-like

结构域编号 domain_id	3wmmM01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	85 — Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem II protein D1-like

结构域编号 domain_id	3wmmM02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	85 — Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem II protein D1-like

结构域编号 domain_id	3wmmN00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 —

结构域编号 domain_id	3wmmO00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	3wmmP00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 —

结构域编号 domain_id	3wmmQ00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	3wmmR00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 —

结构域编号 domain_id	3wmmS00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	3wmmT00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 —

结构域编号 domain_id	3wmmU00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	3wmmV00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 —

结构域编号 domain_id	3wmmW00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	3wmmX00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 —

结构域编号 domain_id	3wmmY00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	3wmmZ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 —

▶

晶胞边长 a length_a	227.341 Å
晶胞边长 b length_b	148.238 Å
晶胞边长 c length_c	161.792 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	117.59 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	64

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.008 Å
最低分辨率 resolution_low	47.991 Å
R 因子 r_factor	0.3151
R_work r_work	0.3139
R_free r_free	0.3374

Crystal structure of the LH1-RC complex from Thermochromatium tepidum in C2 form

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Photosynthetic reaction center C subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosynthetic reaction center L subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosynthetic reaction center M subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosynthetic reaction center H subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

LH1 alpha polypeptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

LH1 beta polypeptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3wmm__assembly_1__model_1

3wmm__assembly_1__model_1 | I(q)

3wmm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (18)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer