8jc9

Cryo-EM structure of the LH1 complex from thermochromatium tepidum

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 111.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8jc9
沉积日期 deposition_date	2023-05-10
最后修订 last_revision	2024-11-13
结构标题 title	Cryo-EM structure of the LH1 complex from thermochromatium tepidum
关键词 keywords	LH1 COMPLEX, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.25 Å
零角强度 I(0) i0	291427000.00
分子量 molecular_weight	188590.0 kDa
排除体积 excluded_volume	255000 Å³
包络体积 envelope_volume	381330 Å³
水化壳体积 shell_volume	69719 Å³
包络直径 envelope_diameter	114.6 Å
壳层 Rg shell_rg	54.22 Å
包络 Rg envelope_rg	40.65 Å
形状 Rg shape_rg	44.25 Å
总 Rg total_rg	44.87 Å
总原子数 total_atoms	13411
残基数 n_residues	1307
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	111.4 Å
Rg (实空间) rg_real	45.06 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9140e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.5100e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	291600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8271
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	73.2 Å
偏度 Skewness skewness	-0.305
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.816
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	29820000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.936; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.941; Smooth: 0.000

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	LH1 alpha polypeptide
分子量 formula_weight	7034.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	14

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,3,5,7,A,D,F,I,K,O,Q,S,U,Y
原子数 atom_count	13411

MFTMNANLYKIWLILDPRRVLVSIVAFQIVLGLLIHMIVLSTDLNWLDDNIPVSYQALGKK

Entity 2 polymer

描述 description	LH1 beta polypeptide
分子量 formula_weight	5534.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	14

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2,4,6,8,B,E,G,J,N,P,R,T,V,Z

MAEQKSLTGLTDDEAKEFHAIFMQSMYAWFGLVVIAHLLAWLYRPWL

Entity 3 non-polymer

描述 description	BACTERIOCHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	911.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	28

Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 5 non-polymer

描述 description	SPIRILLOXANTHIN
分子量 formula_weight	596.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 6 non-polymer

描述 description	DODECANE
分子量 formula_weight	170.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.32 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	47987

fit	/app/data/saxs_computation/jc/8jc9/8jc9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jc/8jc9/8jc9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jc/8jc9/8jc9.dat

Cryo-EM structure of the LH1 complex from thermochromatium tepidum

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)