SAXSdb — 8jc9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LH1 alpha polypeptide

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 28	LH1 beta polypeptide × 14 （D2Z0P1） BACTERIOCHLOROPHYLL A × 28 CALCIUM ION × 14 SPIRILLOXANTHIN × 14 DODECANE × 14	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D2Z0P2_THETI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 3； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 5； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 7； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 A； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 D； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 F； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 I； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 K； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 O； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 Q； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 S； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 U； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 Y； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61

LH1 beta polypeptide

物种未注明

UniProt D2Z0P1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 28	LH1 alpha polypeptide × 14 （D2Z0P2） BACTERIOCHLOROPHYLL A × 28 CALCIUM ION × 14 SPIRILLOXANTHIN × 14 DODECANE × 14	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D2Z0P1_THETI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 2； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 4； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 6； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 8； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 B； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 E； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 G； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 J； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 N； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 P； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 R； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 T； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 V； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 Z； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8jc9
沉积日期 deposition_date	2023-05-10
最后修订 last_revision	2024-11-13
结构标题 title	Cryo-EM structure of the LH1 complex from thermochromatium tepidum
关键词 keywords	LH1 COMPLEX, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8jc9__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8jc9__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8jc9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	45.52 Å
Rg（电子密度）	44.25 Å
总 Rg	44.87 Å
原子数	13411
残基数	1307
排除体积	255000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8jc9__assembly_1__model_1`	28-meric （28）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	LH1 alpha polypeptide
分子量 formula_weight	7034.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	14

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,3,5,7,A,D,F,I,K,O,Q,S,U,Y
原子数 atom_count	13411

MFTMNANLYKIWLILDPRRVLVSIVAFQIVLGLLIHMIVLSTDLNWLDDNIPVSYQALGKK

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	LH1 beta polypeptide
分子量 formula_weight	5534.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	14

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2,4,6,8,B,E,G,J,N,P,R,T,V,Z

MAEQKSLTGLTDDEAKEFHAIFMQSMYAWFGLVVIAHLLAWLYRPWL

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	BACTERIOCHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	911.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	28

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SPIRILLOXANTHIN
分子量 formula_weight	596.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	DODECANE
分子量 formula_weight	170.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.32 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	47987

Cryo-EM structure of the LH1 complex from thermochromatium tepidum

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LH1 alpha polypeptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

LH1 beta polypeptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8jc9__assembly_1__model_1

8jc9__assembly_1__model_1 | I(q)

8jc9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of the LH1 complex from thermochromatium tepidum

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LH1 alpha polypeptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

LH1 beta polypeptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8jc9__assembly_1__model_1

8jc9__assembly_1__model_1 | I(q)

8jc9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)