3woe

Crystal structure of P23-45 gp39 (6-109) bound to Thermus thermophilus RNA polymerase beta-flap domain

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

Thermus thermophilus

UniProt Q8RQE9

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Putative uncharacterized protein × 1 (A7XX65) water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Putative uncharacterized protein × 1 (A7XX65) water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPOB_THET8
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–130; UniProt 703–830 作者链 C; PDB构建体 3–130; UniProt 703–830

Putative uncharacterized protein

Thermus phage P23-45

UniProt A7XX65

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (Q8RQE9) water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (Q8RQE9) water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A7XX65_9CAUD
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 3–106; UniProt 6–109 作者链 D; PDB构建体 3–106; UniProt 6–109

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3woe
沉积日期 deposition_date2013-12-26
结构标题 titleCrystal structure of P23-45 gp39 (6-109) bound to Thermus thermophilus RNA polymerase beta-flap domain
关键词 keywordsTranscription, RNA polymerase, TRANSFERASE-TRANSCRIPTION complex; TRANSFERASE/TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3woe__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3woe__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

3woe__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)20.13 Å
Rg(电子密度)19.50 Å
总 Rg20.40 Å
原子数1865
残基数233
排除体积33259 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3woe__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 3woe__assembly_2__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3woeA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain
结构域编号 domain_id3woeB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1250
结构域编号 domain_id3woeC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain
结构域编号 domain_id3woeD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1250

7. 引用文献 (1)