3wof

Crystal structure of P23-45 gp39 (6-132) bound to Thermus thermophilus RNA polymerase beta-flap domain

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

Thermus thermophilus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Putative uncharacterized protein × 1 （A7XX65）	与蛋白数一致
10	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Putative uncharacterized protein × 1 （A7XX65）	与蛋白数一致
11	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Putative uncharacterized protein × 1 （A7XX65）	与蛋白数一致
12	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Putative uncharacterized protein × 1 （A7XX65）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Putative uncharacterized protein × 1 （A7XX65）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Putative uncharacterized protein × 1 （A7XX65）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Putative uncharacterized protein × 1 （A7XX65）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Putative uncharacterized protein × 1 （A7XX65）	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Putative uncharacterized protein × 1 （A7XX65）	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Putative uncharacterized protein × 1 （A7XX65）	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Putative uncharacterized protein × 1 （A7XX65）	与蛋白数一致
9	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Putative uncharacterized protein × 1 （A7XX65）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOB_THET8
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–130； UniProt 703–830 作者链 C； PDB构建体 3–130； UniProt 703–830 作者链 E； PDB构建体 3–130； UniProt 703–830 作者链 G； PDB构建体 3–130； UniProt 703–830 作者链 I； PDB构建体 3–130； UniProt 703–830 作者链 K； PDB构建体 3–130； UniProt 703–830 作者链 M； PDB构建体 3–130； UniProt 703–830 作者链 O； PDB构建体 3–130； UniProt 703–830 作者链 Q； PDB构建体 3–130； UniProt 703–830 作者链 S； PDB构建体 3–130； UniProt 703–830 作者链 U； PDB构建体 3–130； UniProt 703–830 作者链 W； PDB构建体 3–130； UniProt 703–830

Putative uncharacterized protein

Thermus phage P23-45

UniProt A7XX65

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q8RQE9）	与蛋白数一致
10	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q8RQE9）	与蛋白数一致
11	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q8RQE9）	与蛋白数一致
12	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q8RQE9）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q8RQE9）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q8RQE9）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q8RQE9）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q8RQE9）	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q8RQE9）	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q8RQE9）	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q8RQE9）	与蛋白数一致
9	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q8RQE9）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A7XX65_9CAUD
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–129； UniProt 6–132 作者链 D； PDB构建体 3–129； UniProt 6–132 作者链 F； PDB构建体 3–129； UniProt 6–132 作者链 H； PDB构建体 3–129； UniProt 6–132 作者链 J； PDB构建体 3–129； UniProt 6–132 作者链 L； PDB构建体 3–129； UniProt 6–132 作者链 N； PDB构建体 3–129； UniProt 6–132 作者链 P； PDB构建体 3–129； UniProt 6–132 作者链 R； PDB构建体 3–129； UniProt 6–132 作者链 T； PDB构建体 3–129； UniProt 6–132 作者链 V； PDB构建体 3–129； UniProt 6–132 作者链 X； PDB构建体 3–129； UniProt 6–132

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3wof
沉积日期 deposition_date	2013-12-26
结构标题 title	Crystal structure of P23-45 gp39 (6-132) bound to Thermus thermophilus RNA polymerase beta-flap domain
关键词 keywords	Transcription, RNA polymerase, TRANSFERASE-TRANSCRIPTION complex; TRANSFERASE/TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3wof__assembly_5__model_1

Assembly 5 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3wof__assembly_5__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3wof__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.17 Å
Rg（电子密度）	19.64 Å
总 Rg	20.57 Å
原子数	1844
残基数	231
排除体积	32925 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3wof__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3wof__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3wof__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3wof__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`3wof__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`3wof__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`3wof__assembly_7__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`3wof__assembly_8__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
9	1	`3wof__assembly_9__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
10	1	`3wof__assembly_10__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
11	1	`3wof__assembly_11__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
12	1	`3wof__assembly_12__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit beta
分子量 formula_weight	14481.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K,M,O,Q,S,U,W
原子数 atom_count	22026

GPIHIERYEIEARDTKLGPERITRDIPHLSEAALRDLDEEGVVRIGAEVKPGDILVGRTSFKGESEPTPEERLLRSIFGEKARDVKDTSLRVPPGEGGIVVRTVRLRRGDPGVELKPGVREVVRVYVAQK

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	300852
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Putative uncharacterized protein
分子量 formula_weight	14855.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L,N,P,R,T,V,X

GPVEPYIRLFEAIPDAETELATFYDADLDTLPPRMFLPSGDLYTPPGPVRLEEIKRKRRVRLVKVSIYRFEHVGLGLAARPYAYAYAWQGDNGILHLYHAPVVLEDVPEVLELDEVTYNESYVRLMRAM

来源 Source

来源生物 organism	Thermus phage P23-45
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	466051
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	3wofA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain

结构域编号 domain_id	3wofB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1250 —

结构域编号 domain_id	3wofC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain

结构域编号 domain_id	3wofD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1250 —

结构域编号 domain_id	3wofE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain

结构域编号 domain_id	3wofF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1250 —

结构域编号 domain_id	3wofG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain

结构域编号 domain_id	3wofH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1250 —

结构域编号 domain_id	3wofI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain

结构域编号 domain_id	3wofJ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1250 —

结构域编号 domain_id	3wofK00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain

结构域编号 domain_id	3wofL00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1250 —

结构域编号 domain_id	3wofM00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain

结构域编号 domain_id	3wofN00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1250 —

结构域编号 domain_id	3wofO00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain

结构域编号 domain_id	3wofP00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1250 —

结构域编号 domain_id	3wofQ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain

结构域编号 domain_id	3wofR00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1250 —

结构域编号 domain_id	3wofS00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain

结构域编号 domain_id	3wofT00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1250 —

结构域编号 domain_id	3wofU00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain

结构域编号 domain_id	3wofV00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1250 —

结构域编号 domain_id	3wofW00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain

结构域编号 domain_id	3wofX00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1250 —

▶

晶胞边长 a length_a	213.777 Å
晶胞边长 b length_b	213.777 Å
晶胞边长 c length_c	234.598 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	96

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.298 Å
最低分辨率 resolution_low	34.549 Å
R 因子 r_factor	0.2205
R_work r_work	0.2191
R_free r_free	0.2464

Crystal structure of P23-45 gp39 (6-132) bound to Thermus thermophilus RNA polymerase beta-flap domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Putative uncharacterized protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3wof__assembly_5__model_1

3wof__assembly_5__model_1 | I(q)

3wof__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of P23-45 gp39 (6-132) bound to Thermus thermophilus RNA polymerase beta-flap domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Putative uncharacterized protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3wof__assembly_5__model_1

3wof__assembly_5__model_1 | I(q)

3wof__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)