SAXSdb — 3wuv

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Centrosomal protein of 55 kDa

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 160–217 链 B； UniProt 160–217	片段：UNP residues 160-217	peptide from Programmed cell death 6-interacting protein × 1 （Q8WUM4）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295 K；0.8M ammonium sulfate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.79 Å R-free 0.227
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 160–217 链 E； UniProt 160–217	片段：UNP residues 160-217	peptide from Programmed cell death 6-interacting protein × 1 （Q8WUM4）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295 K；0.8M ammonium sulfate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.79 Å R-free 0.227
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 160–217 链 H； UniProt 160–217	片段：UNP residues 160-217	peptide from Programmed cell death 6-interacting protein × 1 （Q8WUM4）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295 K；0.8M ammonium sulfate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.79 Å R-free 0.227
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 160–217 链 K； UniProt 160–217	片段：UNP residues 160-217	peptide from Programmed cell death 6-interacting protein × 1 （Q8WUM4）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295 K；0.8M ammonium sulfate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.79 Å R-free 0.227
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 160–217 链 N； UniProt 160–217	片段：UNP residues 160-217	peptide from Programmed cell death 6-interacting protein × 1 （Q8WUM4）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295 K；0.8M ammonium sulfate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.79 Å R-free 0.227
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 160–217 链 Q； UniProt 160–217	片段：UNP residues 160-217	peptide from Programmed cell death 6-interacting protein × 1 （Q8WUM4）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295 K；0.8M ammonium sulfate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.79 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3WUV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3E1R Midbody targeting of the ESCRT machinery by a non-canonical coiled-coil in CEP55 提交 2008-08-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 160–217（58 aa）片段：UNP residues 160-217 链 B 160–217（58 aa）片段：UNP residues 160-217	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；294 K；100 mM MES, 22% PEG 6000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.00 Å R-free 0.248
3WUT Structure basis of inactivating cell abscission 提交 2014-05-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 160–217（58 aa）片段：UNP residues 160-217 链 B 160–217（58 aa）片段：UNP residues 160-217	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；1M ammonium phosphate dibasic, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.30 Å R-free 0.259
3WUT Structure basis of inactivating cell abscission 提交 2014-05-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 160–217（58 aa）片段：UNP residues 160-217 链 E 160–217（58 aa）片段：UNP residues 160-217	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；1M ammonium phosphate dibasic, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.30 Å R-free 0.259
3WUT Structure basis of inactivating cell abscission 提交 2014-05-05	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 160–217（58 aa）片段：UNP residues 160-217 链 H 160–217（58 aa）片段：UNP residues 160-217	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；1M ammonium phosphate dibasic, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.30 Å R-free 0.259
3WUT Structure basis of inactivating cell abscission 提交 2014-05-05	实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 160–217（58 aa）片段：UNP residues 160-217 链 K 160–217（58 aa）片段：UNP residues 160-217	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；1M ammonium phosphate dibasic, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.30 Å R-free 0.259
3WUU Structure basis of inactivating cell abscission with chimera peptide 1 提交 2014-05-05	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 160–217（58 aa）片段：UNP residues 160-217 链 B 160–217（58 aa）片段：UNP residues 160-217	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；20%(w/v) polyacrylic acid 5100, 0.2M magnesium chloride, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.260
3WUU Structure basis of inactivating cell abscission with chimera peptide 1 提交 2014-05-05	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 160–217（58 aa）片段：UNP residues 160-217 链 E 160–217（58 aa）片段：UNP residues 160-217	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；20%(w/v) polyacrylic acid 5100, 0.2M magnesium chloride, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.260
3WUU Structure basis of inactivating cell abscission with chimera peptide 1 提交 2014-05-05	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 160–217（58 aa）片段：UNP residues 160-217 链 H 160–217（58 aa）片段：UNP residues 160-217	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；20%(w/v) polyacrylic acid 5100, 0.2M magnesium chloride, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.260
3WUU Structure basis of inactivating cell abscission with chimera peptide 1 提交 2014-05-05	实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 160–217（58 aa）片段：UNP residues 160-217 链 K 160–217（58 aa）片段：UNP residues 160-217	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；20%(w/v) polyacrylic acid 5100, 0.2M magnesium chloride, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.260

共 3 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CEP55_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–63； UniProt 160–217 作者链 B； PDB构建体 6–63； UniProt 160–217 作者链 D； PDB构建体 6–63； UniProt 160–217 作者链 E； PDB构建体 6–63； UniProt 160–217 作者链 G； PDB构建体 6–63； UniProt 160–217 作者链 H； PDB构建体 6–63； UniProt 160–217 作者链 J； PDB构建体 6–63； UniProt 160–217 作者链 K； PDB构建体 6–63； UniProt 160–217 作者链 M； PDB构建体 6–63； UniProt 160–217 作者链 N； PDB构建体 6–63； UniProt 160–217 作者链 P； PDB构建体 6–63； UniProt 160–217 作者链 Q； PDB构建体 6–63； UniProt 160–217

peptide from Programmed cell death 6-interacting protein

物种未注明

UniProt Q8WUM4

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 796–809	突变：P796D/P807I/G808P/Y809P	Centrosomal protein of 55 kDa × 2 （Q53EZ4）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295 K；0.8M ammonium sulfate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.79 Å R-free 0.227
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 796–809	突变：P796D/P807I/G808P/Y809P	Centrosomal protein of 55 kDa × 2 （Q53EZ4）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295 K；0.8M ammonium sulfate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.79 Å R-free 0.227
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 796–809	突变：P796D/P807I/G808P/Y809P	Centrosomal protein of 55 kDa × 2 （Q53EZ4）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295 K；0.8M ammonium sulfate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.79 Å R-free 0.227
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 796–809	突变：P796D/P807I/G808P/Y809P	Centrosomal protein of 55 kDa × 2 （Q53EZ4）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295 K；0.8M ammonium sulfate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.79 Å R-free 0.227
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 O； UniProt 796–809	突变：P796D/P807I/G808P/Y809P	Centrosomal protein of 55 kDa × 2 （Q53EZ4）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295 K；0.8M ammonium sulfate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.79 Å R-free 0.227
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 R； UniProt 796–809	突变：P796D/P807I/G808P/Y809P	Centrosomal protein of 55 kDa × 2 （Q53EZ4）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295 K；0.8M ammonium sulfate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.79 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3WUV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2OEV Crystal structure of ALIX/AIP1 提交 2007-01-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–698（698 aa）片段：Bro1-V Domains, residues 1-698	突变：K268Y, K269Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；286 K；8% PEG 4000, 0.1M ammonium acetate, 0.1M magnesium acetate, 0.05M hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 286K	分辨率 3.30 Å R-free 0.317
2OEW Structure of ALIX/AIP1 Bro1 Domain 提交 2007-01-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–359（359 aa）片段：Bro1 Domain, residues 1-359	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；286 K；10% PEG 20000, 0.1M NaMES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 286K	分辨率 2.55 Å R-free 0.274
2OEX Structure of ALIX/AIP1 V Domain 提交 2007-01-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 360–702（343 aa）片段：V Domain, residues 359-702 链 B 360–702（343 aa）片段：V Domain, residues 359-702	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；14% PEG 3350, 0.16M magnesium formate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.58 Å R-free 0.302
2OJQ Crystal structure of Alix V domain 提交 2007-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 360–702（343 aa）片段：V domain, residues 360-702	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；13-15% PEG 6000, 6-10% ethylene glycol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K	分辨率 2.87 Å R-free 0.318
2R02 Crystal Structure of ALIX/AIP1 in complex with the HIV-1 YPLTSL Late Domain 提交 2007-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–698（697 aa）片段：ALIX Bro1-V domains	突变：K268Y,K269Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 sitting drop vapor diffusion；pH 5.9；286 K；0.20-0.25 M MgCl2, 7-10% PEG 4000, 0.1 M NaMES, pH 5.9, sitting drop vapor diffusion, temperature 286K	分辨率 2.60 Å R-free 0.285
2R03 Crystal Structure of ALIX/AIP1 in complex with the YPDL Late Domain 提交 2007-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–698（697 aa）片段：ALIX Bro1-V domains	突变：K268Y,K269Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；286 K；0.20-0.25 M MgCl2, 7-10% PEG 4000, 0.1 M NaMES, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 286K	分辨率 2.59 Å R-free 0.286
2R05 Crystal Structure of ALIX/AIP1 in complex with the HIV-1 YPLASL Late Domain 提交 2007-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–698（697 aa）片段：ALIX Bro1-V domains	突变：K268Y,K269Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；286 K；0.20-0.25 M MgCl2, 7-10% PEG 4000, 0.1 M NaMES, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 286K	分辨率 2.55 Å R-free 0.280
2XS1 Crystal Structure of ALIX in complex with the SIVmac239 PYKEVTEDL Late Domain 提交 2010-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–698（698 aa）片段：BRO1-V DOMAINS, RESIDUES 1-698	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；6.5% PEG4000, 0.2 MGCL2, 0.1M MES PH 6.2	分辨率 2.30 Å R-free 0.252
2XS8 Crystal Structure of ALIX in complex with the SIVagmTan-1 AYDPARKLL Late Domain 提交 2010-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–698（698 aa）片段：BRO1-V DOMAINS, RESIDUES 1-698	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.1；6.1% PEG4000, 0.2M MGCL2, 0.1M MES PH 6.1	分辨率 2.50 Å R-free 0.261
2ZNE Crystal structure of Zn2+-bound form of des3-23ALG-2 complexed with Alix ABS peptide 提交 2008-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 799–814（16 aa）片段：ALG-2 binding site, residues 799-814	突变：C15S	ZN ZINC ION × 4 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；10% 2-propanol, 0.1M Cacodylate, 0.2M zinc acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.274
2ZNE Crystal structure of Zn2+-bound form of des3-23ALG-2 complexed with Alix ABS peptide 提交 2008-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 799–814（16 aa）片段：ALG-2 binding site, residues 799-814	突变：C15S	ZN ZINC ION × 4 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；10% 2-propanol, 0.1M Cacodylate, 0.2M zinc acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.274
2ZNE Crystal structure of Zn2+-bound form of des3-23ALG-2 complexed with Alix ABS peptide 提交 2008-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 799–814（16 aa）片段：ALG-2 binding site, residues 799-814 链 D 799–814（16 aa）片段：ALG-2 binding site, residues 799-814	突变：C15S 突变：C15S	ZN ZINC ION × 8 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；10% 2-propanol, 0.1M Cacodylate, 0.2M zinc acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.274
3C3O ALIX Bro1-domain:CHMIP4A co-crystal structure 提交 2008-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–359（359 aa）片段：BRO1 domain (UNP residues 1-358)	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；15% PEG 8,000, 100mM Na MES pH 6.5, 200mM Na Acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.15 Å R-free 0.284
3C3Q ALIX Bro1-domain:CHMIP4B co-crystal structure 提交 2008-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–359（359 aa）片段：BRO1 domain (UNP residues 1-359)	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；15% PEG 8,000, 100mM Na MES pH 6.5, 200mM Na Acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.290
3C3R ALIX BRO1 CHMP4C complex 提交 2008-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–359（359 aa）片段：BRO1 domain (UNP residues 1-359)	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；10% PEG 2,000, 100mM Na MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.02 Å R-free 0.288
3E1R Midbody targeting of the ESCRT machinery by a non-canonical coiled-coil in CEP55 提交 2008-08-04	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 797–809（13 aa）片段：UNP residues 797-809	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；294 K；100 mM MES, 22% PEG 6000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.00 Å R-free 0.248
4JJY Alix V domain 提交 2013-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 355–708（354 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5, 6-8% PEG 8000, 5-10% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 6.50 Å R-free 0.283
4JJY Alix V domain 提交 2013-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 355–708（354 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5, 6-8% PEG 8000, 5-10% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 6.50 Å R-free 0.283
5V3R CHMP4C in complex with ALIX BRO1 提交 2017-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–359（359 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；10% PEG20000, 100 mM MES, pH 6.5	分辨率 1.91 Å R-free 0.213
5WA1 CHMP4C A232T in complex with ALIX BRO1 提交 2017-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–358（358 aa）片段：Bro1 domain (UNP residues 1-358)	突变：A232T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；15% PEG8000, 100 mM MES, pH 6.5, 200 mM sodium acetate	分辨率 1.87 Å R-free 0.215
6KP3 STRUCTURE OF SENDAI VIRUS Y3/ALIX-BRO1 DOMAIN COMPLEX 提交 2019-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–359（359 aa）片段：bro1 domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.45；297 K；15% PEG 3350, 0.2M Sodium Malonate-NaOH	分辨率 2.20 Å R-free 0.262

共 18 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PDC6I_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–14； UniProt 796–809 作者链 F； PDB构建体 1–14； UniProt 796–809 作者链 I； PDB构建体 1–14； UniProt 796–809 作者链 L； PDB构建体 1–14； UniProt 796–809 作者链 O； PDB构建体 1–14； UniProt 796–809 作者链 R； PDB构建体 1–14； UniProt 796–809

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3wuv
沉积日期 deposition_date	2014-05-05
结构标题 title	Structure basis of inactivating cell abscission with chimera peptide 2
关键词 keywords	Coiled-coil, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.56 Å
零角强度 I(0) i0	113914000.00
分子量 molecular_weight	86899.0 kDa
排除体积 excluded_volume	109610 Å³
包络体积 envelope_volume	166480 Å³
水化壳体积 shell_volume	39816 Å³
包络直径 envelope_diameter	136.1 Å
壳层 Rg shell_rg	40.10 Å
包络 Rg envelope_rg	37.06 Å
形状 Rg shape_rg	36.47 Å
总 Rg total_rg	37.14 Å
总原子数 total_atoms	6129
残基数 n_residues	749
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	126.4 Å
Rg (实空间) rg_real	37.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.21 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1390e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8850e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	113900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8902
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	45.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.317
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.305
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7561000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.886; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.913

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Centrosomal protein of 55 kDa
分子量 formula_weight	7243.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,D,E,G,H,J,K,M,N,P,Q
原子数 atom_count	6299

GAMGSFNSSINNIHEMEIQLKDALEKNQQWLVYDQQREVYVKGLLAKIFELEKKTETAAHSLP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	peptide from Programmed cell death 6-interacting protein
分子量 formula_weight	1543.7 kDa
突变 mutation	P796D/P807I/G808P/Y809P
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I,L,O,R

DQAQGPPYPTYIPP

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	170

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3wuvA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Geminin coiled-coil domain

结构域编号 domain_id	3wuvB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Geminin coiled-coil domain

结构域编号 domain_id	3wuvD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Geminin coiled-coil domain

结构域编号 domain_id	3wuvE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Geminin coiled-coil domain

结构域编号 domain_id	3wuvG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Geminin coiled-coil domain

结构域编号 domain_id	3wuvH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Geminin coiled-coil domain

结构域编号 domain_id	3wuvJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Geminin coiled-coil domain

结构域编号 domain_id	3wuvK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Geminin coiled-coil domain

结构域编号 domain_id	3wuvM00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Geminin coiled-coil domain

结构域编号 domain_id	3wuvN00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Geminin coiled-coil domain

结构域编号 domain_id	3wuvP00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Geminin coiled-coil domain

结构域编号 domain_id	3wuvQ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Geminin coiled-coil domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	233.066 Å
晶胞边长 b length_b	134.671 Å
晶胞边长 c length_c	88.325 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.02 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.790 Å
最低分辨率 resolution_low	48.644 Å
R 因子 r_factor	0.2017
R_work r_work	0.2009
R_free r_free	0.2265

fit	/app/data/saxs_computation/wu/3wuv/3wuv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wu/3wuv/3wuv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wu/3wuv/3wuv.dat

Structure basis of inactivating cell abscission with chimera peptide 2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Centrosomal protein of 55 kDa

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

peptide from Programmed cell death 6-interacting protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)