SAXSdb — 3wwt

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Signal transducer and activator of transcription 1-alpha/beta

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–126	片段：N-terminal domain, UNP residues 1-126	;C' protein ; × 2 （P04862） CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；30% PEG400, 0.2M CaCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3WWT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BF5 TYROSINE PHOSPHORYLATED STAT-1/DNA COMPLEX 提交 1998-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 136–683（548 aa）片段：RESIDUES 136-710	突变：PHOSPHORYLATED TYR 701 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.00K	分辨率 2.90 Å R-free 0.293
1YVL Structure of Unphosphorylated STAT1 提交 2005-02-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–683（683 aa）片段：residues 1-683	未记录	AU GOLD ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；HEPES, PEG 400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.281
1YVL Structure of Unphosphorylated STAT1 提交 2005-02-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–683（683 aa）片段：residues 1-683	未记录	AU GOLD ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；HEPES, PEG 400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.281
1YVL Structure of Unphosphorylated STAT1 提交 2005-02-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–683（683 aa）片段：residues 1-683 链 B 1–683（683 aa）片段：residues 1-683	未记录	AU GOLD ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；HEPES, PEG 400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.281
1YVL Structure of Unphosphorylated STAT1 提交 2005-02-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–683（683 aa）片段：residues 1-683 链 B 1–683（683 aa）片段：residues 1-683	未记录	AU GOLD ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；HEPES, PEG 400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.281
2KA6 NMR structure of the CBP-TAZ2/STAT1-TAD complex 提交 2008-10-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 710–750（41 aa）片段：UNP residues 710 to 750	未记录	ZN ZINC ION × 3	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；290 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] TAZ2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
7NUF Vaccinia virus protein 018 in complex with STAT1 提交 2021-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 132–684（553 aa）	突变：Delta183-190, H182A, E393A, E394A	SO4 SULFATE ION × 1 ACE ACETYL GROUP × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；300:300 nl drop of protein:condition Protein: 10 mg/ml STAT1:peptide complex in 20 mM Tris pH8.0, 300 mM NaCl, 1 mM EDTA, 5 mM TCEP Condition: 16% PEG 3350 (w/v), 175 mM KCl, 125 mM NH4SO4,	分辨率 2.00 Å R-free 0.256
8D3F Crystal structure of human STAT1 in complex with the repeat region from Toxoplasma protein TgIST 提交 2022-06-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 132–713（582 aa）片段：STAT1-binding region	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.3-6.0, 3 M sodium chloride and 50 mM sodium citrate tribasic	分辨率 2.97 Å R-free 0.288
8YYU A tetrameric STAT1-DNA complex 提交 2024-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–750（750 aa）链 D 1–750（750 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.84 Å
8YYU A tetrameric STAT1-DNA complex 提交 2024-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 1–750（750 aa）链 D 1–750（750 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.84 Å
8YYU A tetrameric STAT1-DNA complex 提交 2024-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 1–750（750 aa）链 D 1–750（750 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.84 Å
8YYV A dimeric STAT1-DNA complex 提交 2024-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 1–750（750 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.07 Å
8YYV A dimeric STAT1-DNA complex 提交 2024-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–750（750 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.07 Å
8YYV A dimeric STAT1-DNA complex 提交 2024-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–750（750 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.07 Å
9IFX Beta-hairpin macrocyclic peptide in complex with STAT1 提交 2025-02-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 132–684（553 aa）	未记录	OXE ORTHO-XYLENE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Crystallisation condition: 4% v/v TacsimateTM pH 5.0 12% w/v Polyethylene glycol 3,350 Protein:peptide complex: 5 mg /ml 20 mM Tris pH 8.0, 300 mM NaCl	分辨率 3.64 Å R-free 0.271
9IGA Beta-hairpin macrocyclic peptide in complex with STAT1 提交 2025-02-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 132–684（553 aa）	突变：132-684,delta183-190,H182A,E393A,E394A	OXE ORTHO-XYLENE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Crystallisation conditions: 0.1 M Bis-Tris 5.5 0.2 M Ammonium acetate 25 % w/v PEG 3350 Protein:peptide complex: 5 mg ml 20 mM Tris pH 8.0, 300 mM NaCl	分辨率 2.80 Å R-free 0.313

共 9 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	STAT1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 14–139； UniProt 1–126

;C' protein ;

Sendai virus (Z)

UniProt P04862

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 109–215	片段：UNP residues 109-215	Signal transducer and activator of transcription 1-alpha/beta × 2 （P42224） CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；30% PEG400, 0.2M CaCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C_SENDZ
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 13–119； UniProt 109–215

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3wwt
沉积日期 deposition_date	2014-06-27
结构标题 title	Crystal Structure of the Y3:STAT1ND complex
关键词 keywords	alpha protein, interferon inhibition, signal transduction, transcriptional activation, TRANSCRIPTION-VIRAL PROTEIN complex; TRANSCRIPTION/VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.38 Å
零角强度 I(0) i0	14004800.00
分子量 molecular_weight	28186.0 kDa
排除体积 excluded_volume	35324 Å³
包络体积 envelope_volume	41304 Å³
水化壳体积 shell_volume	18394 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.6 Å
壳层 Rg shell_rg	25.27 Å
包络 Rg envelope_rg	19.97 Å
形状 Rg shape_rg	19.38 Å
总 Rg total_rg	20.26 Å
总原子数 total_atoms	1983
残基数 n_residues	231
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	70.4 Å
Rg (实空间) rg_real	20.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4000e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7020e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	14000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7733
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	24.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.472
峰度 Kurtosis kurtosis	0.007
角度范围 angular_range	— – 0.3900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3989000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.695; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.972; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Signal transducer and activator of transcription 1-alpha/beta
分子量 formula_weight	17156.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2146

MNHKVHHHHHHHHMSQWYELQQLDSKFLEQVHQLYDDSFPMEIRQYLAQWLEKQDWEHAANDVSFATIRFHDLLSQLDDQYSRFSLENNFLLQHNIRKSKRNLQDNFQEDPIQMSMIIYSCLKEERKILENAQRFNQAQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;C' protein ;
分子量 formula_weight	14556.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MNHKVHHHHHHHHMLETLINKIYTGPLGEELVQTLYLRIWAMEETPESLKILQMREDIRDQVLKMKTERWLRTLIRGEKTKLKDFQKRYEEVHPYLMKEKVEQVIMEEAWSLAAHIVQE

来源 Source

来源生物 organism	Sendai virus (Z)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11198
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	163

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3wwta_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.90 — Transcription factor STAT-4 N-domain
超家族 Superfamily superfamily	a.90.1 — Transcription factor STAT-4 N-domain
家族 Family family	a.90.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3wwtA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	532 — Transcription Factor, Stat-4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — STAT transcription factor, N-terminal domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	72.270 Å
晶胞边长 b length_b	72.270 Å
晶胞边长 c length_c	197.150 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	34.020 Å
R 因子 r_factor	0.2066
R_work r_work	0.2049
R_free r_free	0.2367

fit	/app/data/saxs_computation/ww/3wwt/3wwt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ww/3wwt/3wwt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ww/3wwt/3wwt.dat

Crystal Structure of the Y3:STAT1ND complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Signal transducer and activator of transcription 1-alpha/beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

;C' protein ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)