SAXSdb — 3zcw

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

KINESIN-LIKE PROTEIN KIF11

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 (2E)-2-(3-fluoranyl-4-methoxy-phenyl)imino-1-[[2-(trifluoromethyl)phenyl]methyl]-3H-benzimidazole-5-carboxylic acid × 2 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KIF11_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–348； UniProt 16–363

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3zcw
沉积日期 deposition_date	2012-11-23
结构标题 title	Eg5 - New allosteric binding site
关键词 keywords	CELL CYCLE, INHIBITOR; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3zcw__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3zcw__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3zcw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.08 Å
Rg（电子密度）	19.91 Å
总 Rg	20.80 Å
原子数	2609
残基数	321
排除体积	46331 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3zcw__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	KINESIN-LIKE PROTEIN KIF11
分子量 formula_weight	38807.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3129

GKNIQVVVRCRPFNLAERKASAHSIVECDPVRKEVSVRTGGLADKSSRKTYTFDMVFGASTKQIDVYRSVVCPILDEVIMGYNCTIFAYGQTGTGKTFTMEGERSPNEEYTWEEDPLAGIIPRTLHQIFEKLTDNGTEFSVKVSLLEIYNEELFDLLNPSSDVSERLQMFDDPRNKRGVIIKGLEEITVHNKDEVYQILEKGAAKRTTAATLMNAYSSRSHSVFSVTIHMKETTIDGEELVKIGKLNLVDLAGSENIGRSGAVDKRAREAGNINQSLLTLGRVITALVERTPHVPYRESKLTRILQDSLGGRTRTSIIATISPASLNLEETLSTLEYAHRAKNILNKP

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	(2E)-2-(3-fluoranyl-4-methoxy-phenyl)imino-1-[[2-(trifluoromethyl)phenyl]methyl]-3H-benzimidazole-5-carboxylic acid
分子量 formula_weight	459.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	450

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3zcwa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.9 — Motor proteins

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3zcwA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	850 — Kinesin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Kinesin motor domain

▶

晶胞边长 a length_a	107.940 Å
晶胞边长 b length_b	62.890 Å
晶胞边长 c length_c	75.050 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	117.46 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.691 Å
最低分辨率 resolution_low	28.468 Å
R 因子 r_factor	0.1960
R_work r_work	0.1941
R_free r_free	0.2328

Eg5 - New allosteric binding site

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

KINESIN-LIKE PROTEIN KIF11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3zcw__assembly_1__model_1

3zcw__assembly_1__model_1 | I(q)

3zcw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Eg5 - New allosteric binding site

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

KINESIN-LIKE PROTEIN KIF11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3zcw__assembly_1__model_1

3zcw__assembly_1__model_1 | I(q)

3zcw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)