SAXSdb — 4aad

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA ENDONUCLEASE I-CREI

CHLAMYDOMONAS REINHARDTII

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 2–153 链 B； UniProt 2–153	突变：YES	24MER DNA × 2 GOL GLYCEROL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；20% PEG300, 0.1M TRIS PH 8.5, 5% PEG8000, 10% GLYCEROL	分辨率 3.10 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4AAD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AF5 GROUP I MOBILE INTRON ENDONUCLEASE 提交 1997-03-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 4–138（135 aa）	突变：D56G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 23% PEG 6000, 0.1M CITRATE,PH 5.0	分辨率 3.00 Å R-free 0.373
1BP7 GROUP I MOBILE INTRON ENDONUCLEASE I-CREI COMPLEXED WITH HOMING SITE DNA 提交 1998-08-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–153（152 aa）链 B 2–153（152 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.281
1BP7 GROUP I MOBILE INTRON ENDONUCLEASE I-CREI COMPLEXED WITH HOMING SITE DNA 提交 1998-08-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 2–153（152 aa）链 D 2–153（152 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.281
1G9Y HOMING ENDONUCLEASE I-CREI / DNA SUBSTRATE COMPLEX WITH CALCIUM 提交 2000-11-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–153（152 aa）链 B 2–153（152 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；25% PEG 400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.05 Å R-free 0.260
1G9Z LAGLIDADG HOMING ENDONUCLEASE I-CREI / DNA PRODUCT COMPLEX WITH MAGNESIUM 提交 2000-11-28	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 2–153（152 aa）链 B 2–153（152 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；30% PEG400, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.80 Å R-free 0.249
1N3E Crystal structure of I-CreI bound to a palindromic DNA sequence I (palindrome of left side of wildtype DNA target sequence) 提交 2002-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 1–163（163 aa）链 B 1–163（163 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；25% PEG 400, 20 mM NaCl, 10 mM CaCl2, 100 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.245
1N3E Crystal structure of I-CreI bound to a palindromic DNA sequence I (palindrome of left side of wildtype DNA target sequence) 提交 2002-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 G 1–163（163 aa）链 H 1–163（163 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；25% PEG 400, 20 mM NaCl, 10 mM CaCl2, 100 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.245
1N3F Crystal structure of I-CreI bound to a palindromic DNA sequence II (palindrome of right side of wildtype DNA target sequence) 提交 2002-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 1–163（163 aa）链 B 1–163（163 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；25% PEG 400, 20 mM NaCl, 10 mM CaCl2, 100 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.00 Å R-free 0.228
1N3F Crystal structure of I-CreI bound to a palindromic DNA sequence II (palindrome of right side of wildtype DNA target sequence) 提交 2002-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 G 1–163（163 aa）链 H 1–163（163 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；25% PEG 400, 20 mM NaCl, 10 mM CaCl2, 100 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.00 Å R-free 0.228
1T9I I-CreI(D20N)/DNA complex 提交 2004-05-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–163（163 aa）链 B 1–163（163 aa）	突变：D20N 突变：D20N	CA CALCIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；PEG400, sodium chloride, calcium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.60 Å R-free 0.211
1T9J I-CreI(Q47E)/DNA complex 提交 2004-05-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–163（163 aa）链 B 1–163（163 aa）	突变：Q47E 突变：Q47E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；PEG 400, sodium chloride, calcium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.00 Å R-free 0.268
1U0C Y33C Mutant of Homing endonuclease I-CreI 提交 2004-07-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–163（163 aa）链 B 1–163（163 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.277
1U0D Y33H Mutant of Homing endonuclease I-CreI 提交 2004-07-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–163（163 aa）链 B 1–163（163 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.90 Å R-free 0.257
2I3P K28R mutant of Homing Endonuclease I-CreI 提交 2006-08-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–153（153 aa）链 B 1–153（153 aa）	突变：K28R 突变：K28R	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；PEG 400 28%, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.292
2I3Q Q44V mutant of Homing Endonuclease I-CreI 提交 2006-08-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–153（153 aa）链 B 1–153（153 aa）	突变：Q44V 突变：Q44V	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；PEG 400 28%, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.264
2O7M The C-terminal loop of the homing endonuclease I-CreI is essential for DNA binding and cleavage. Identification of a novel site for specificity engineering in the I-CreI scaffold 提交 2006-12-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–156（156 aa）片段：residues 1-156 链 B 1–156（156 aa）片段：residues 1-156	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.235
2VBJ Molecular basis of human XPC gene recognition and cleavage by engineered homing endonuclease heterodimers 提交 2007-09-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–153（152 aa）片段：RESIDUES 2-153 链 B 2–153（152 aa）片段：RESIDUES 2-153	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；HANGING-DROP DNA-PROTEIN COMPLEX SOLUTION WAS 4 MG/ML. 35% 2-ETHOXYETHANOL IN 0.1M NA-CACODYLATE PH6.5	分辨率 1.95 Å R-free 0.216
2VBL Molecular basis of human XPC gene recognition and cleavage by engineered homing endonuclease heterodimers 提交 2007-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 1–153（153 aa）片段：RESIDUES 1-153 链 B 1–153（153 aa）片段：RESIDUES 1-153	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；4 MG/ML PROTEIN, 35% METHANOL, 0.1M NACACODYLATE PH 6.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.197
2VBN Molecular basis of human XPC gene recognition and cleavage by engineered homing endonuclease heterodimers 提交 2007-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 1–153（153 aa）片段：RESIDUES 1-153 链 B 1–153（153 aa）片段：RESIDUES 1-153	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；4 MG/ML PROTEIN, 20% PEG1000, 0.1M IMIDAZOLE PH 8.0, 0.2 M CAAC2	分辨率 1.90 Å R-free 0.223
2VBO Molecular basis of human XPC gene recognition and cleavage by engineered homing endonuclease heterodimers 提交 2007-09-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–153（153 aa）片段：RESIDUES 1-153 链 B 1–153（153 aa）片段：RESIDUES 1-153	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.225
4AAB Crystal structure of the mutant D75N I-CreI in complex with its wild- type target (The four central bases, 2NN region, are composed by GTAC from 5' to 3') 提交 2011-12-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 2–153（152 aa）链 B 2–153（152 aa）	突变：YES 突变：YES	PGO S-1,2-PROPANEDIOL × 5 MG MAGNESIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；30% PROPANEDIOL, 0.1M HEPES PH 7.5, 20% PEG400	分辨率 2.50 Å R-free 0.225
4AAE Crystal structure of the mutant D75N I-CreI in complex with an altered target (The four central bases, 2NN region, are composed by AGCG from 5' to 3') 提交 2011-12-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–154（153 aa）链 B 2–154（153 aa）	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9.5；50% PEG400, 0.1M CHES PH 9.5, 0.2M NACL	分辨率 2.60 Å R-free 0.242
4AAF Crystal structure of the mutant D75N I-CreI in complex with an altered target (The four central bases, 2NN region, are composed by TGCA from 5' to 3') 提交 2011-12-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–153（152 aa）链 B 2–153（152 aa）	突变：YES 突变：YES	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；35% METOH, 0.1M SODIUM CACODYLATE PH 6.5,	分辨率 2.50 Å R-free 0.247
4AAG Crystal structure of the mutant D75N I-CreI in complex with its wild- type target in presence of Ca at the active site (The four central bases, 2NN region, are composed by GTAC from 5' to 3') 提交 2011-12-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–153（152 aa）链 B 2–153（152 aa）	突变：YES 突变：YES	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；30% PEG400, 0.1M HEPES PH 7.5, 0.1M NACL	分辨率 2.80 Å R-free 0.250
4AQU Crystal structure of I-CreI complexed with its target methylated at position plus 2 (in the b strand) in the presence of calcium 提交 2012-04-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–153（152 aa）片段：RESIDUES 2-153 链 B 2–153（152 aa）片段：RESIDUES 2-153	未记录	CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.249
4AQX Crystal structure of I-CreI complexed with its target methylated at position plus 2 (in the b strand) in the presence of magnesium 提交 2012-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 2–153（152 aa）片段：RESIDUES 2-153 链 B 2–153（152 aa）片段：RESIDUES 2-153	未记录	GOL GLYCEROL × 5 MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.242
6FB2 Crystal Structure of a Tailored I-CreI Homing Endonuclease Protein (3115 variant) in complex with its target DNA (Haemoglobin beta subunit gene) in the presence of Manganese 提交 2017-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 2–154（153 aa）链 B 2–155（154 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M calcium acetate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6-5.4, 33-40% (v/v) 1,2-propanediol	分辨率 2.95 Å R-free 0.235
6FB7 Crystal Structure of the I-CreI Homing Endonuclease D75N variant in complex with its target DNA in the presence of Manganese 提交 2017-12-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 2–153（152 aa）链 B 2–153（152 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M calcium acetate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6-5.4, 33-40% (v/v) 1,2-propanediol	分辨率 2.69 Å R-free 0.211
6FB8 Crystal Structure of the I-CreI Homing Endonuclease D75N variant in complex with an altered version of its target DNA at 5NNN region in the presence of Magnesium 提交 2017-12-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–153（152 aa）链 B 2–153（152 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 PGO S-1,2-PROPANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M calcium acetate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6-5.4, 33-40% (v/v) 1,2-propanediol	分辨率 2.45 Å R-free 0.224
6FB9 Crystal Structure of the I-CreI Homing Endonuclease D75N variant in complex with an altered version of its target DNA at 5NNN region in the presence of Manganese 提交 2017-12-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 2–153（152 aa）链 B 2–153（152 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 5 PGO S-1,2-PROPANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M calcium acetate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6-5.4, 33-40% (v/v) 1,2-propanediol	分辨率 2.95 Å R-free 0.203

共 27 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DNE1_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–152； UniProt 2–153 作者链 B； PDB构建体 1–152； UniProt 2–153

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4aad
沉积日期 deposition_date	2011-12-01
结构标题 title	Crystal structure of the mutant D75N I-CreI in complex with its wild- type target in absence of metal ions at the active site (The four central bases, 2NN region, are composed by GTAC from 5' to 3')
关键词 keywords	HYDROLASE-DNA COMPLEX, GENE TARGETING, PROTEIN-DNA INTERACTION, HOMING ENDONUCLEASES; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.06 Å
零角强度 I(0) i0	55261300.00
分子量 molecular_weight	50331.0 kDa
排除体积 excluded_volume	59710 Å³
包络体积 envelope_volume	71916 Å³
水化壳体积 shell_volume	25816 Å³
包络直径 envelope_diameter	84.6 Å
壳层 Rg shell_rg	30.80 Å
包络 Rg envelope_rg	24.32 Å
形状 Rg shape_rg	24.02 Å
总 Rg total_rg	24.81 Å
总原子数 total_atoms	3490
残基数 n_residues	351
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	83.3 Å
Rg (实空间) rg_real	24.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.5260e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.7020e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	55260000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7880
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.516
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.193
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7322000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.784; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.893; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA ENDONUCLEASE I-CREI
分子量 formula_weight	17515.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3516

NTKYNKEFLLYLAGFVDGDGSIIAQIKPNQSYKFKHQLSLTFQVTQKTQRRWFLDKLVDEIGVGYVRDRGSVSNYILSEIKPLHNFLTQLQPFLKLKQKQANLVLKIIEQLPSAKESPDKFLEVCTWVDQIAALNDSKTRKTTSETVRAVLD

来源 Source

来源生物 organism	CHLAMYDOMONAS REINHARDTII
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3055
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	24MER DNA
分子量 formula_weight	7368.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,F

TCAAAACGTCGTACGACGTTTTGA

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	26

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4aadA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	28 — Endonuclease I-creI
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Homing endonucleases

结构域编号 domain_id	4aadB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	28 — Endonuclease I-creI
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Homing endonucleases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	49.406 Å
晶胞边长 b length_b	84.668 Å
晶胞边长 c length_c	159.959 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	47.206 Å
R 因子 r_factor	0.2126
R_work r_work	0.2097
R_free r_free	0.2378

fit	/app/data/saxs_computation/aa/4aad/4aad.fit
pddf	/app/data/pr_computation/aa/4aad/4aad.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/aa/4aad/4aad.dat

Crystal structure of the mutant D75N I-CreI in complex with its wild- type target in absence of metal ions at the active site (The four central bases, 2NN region, are composed by GTAC from 5' to 3')

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA ENDONUCLEASE I-CREI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)