SAXSdb — 4ar2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

L2 PROTEIN III (PENTON BASE)

HUMAN ADENOVIRUS 3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 120	FIBER PROTEIN × 60 （P03275） CALCIUM ION × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	FIBER PROTEIN × 1 （P03275） CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	FIBER PROTEIN × 5 （P03275） CALCIUM ION × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	FIBER PROTEIN × 6 （P03275） CALCIUM ION × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	FIBER PROTEIN × 1 （P03275） CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q2Y0H9_ADE03
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–509； UniProt 1–542

FIBER PROTEIN

HUMAN ADENOVIRUS 3

UniProt P03275

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 120	L2 PROTEIN III (PENTON BASE) × 60 （Q2Y0H9） CALCIUM ION × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	L2 PROTEIN III (PENTON BASE) × 1 （Q2Y0H9） CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	L2 PROTEIN III (PENTON BASE) × 5 （Q2Y0H9） CALCIUM ION × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	L2 PROTEIN III (PENTON BASE) × 6 （Q2Y0H9） CALCIUM ION × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	L2 PROTEIN III (PENTON BASE) × 1 （Q2Y0H9） CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FIBP_ADE02
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–20； UniProt 1–20

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ar2
沉积日期 deposition_date	2012-04-20
结构标题 title	Dodecahedron formed of penton base protein from adenovirus Ad3
关键词 keywords	VIRAL PROTEIN, CAPSID PROTEIN, DSDNA VIRUS, DODECAHEDRON, VIRUS-LIKE PARTICLE, STRAND SWAPPING; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4ar2__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4ar2__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4ar2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	99.09 Å
Rg（电子密度）	98.34 Å
总 Rg	98.36 Å
原子数	225384
残基数	27900
排除体积	3993800 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4ar2__assembly_1__model_1`	120-MERIC （120）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4ar2__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`4ar2__assembly_3__model_1`	decameric （10）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`4ar2__assembly_4__model_1`	dodecameric （12）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`4ar2__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	L2 PROTEIN III (PENTON BASE)
分子量 formula_weight	58050.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3757

MRRRAVLGGAVVYPEGPPPSYESVMQQQAAMIQPPLEAPFVPPRYLAPTEGRNSIRYSELSPLYDTTKLYLVDNKSADIASLNYQNDHSNFLTTVVQNNDFTPTEASTQTINFDERSRWGGQLKTIMHTNMPNVNEYMFSNKFKARVMVSRKAPEGVTVNDTYDHKEDILKYEWFEFILPEGNFSATMTIDLMNNAIIDNYLEIGRQNGVLESDIGVKFDTRNFRLGWDPETKLIMPGVYTYEAFHPDIVLLPGCGVDFTESRLSNLLGIRKRHPFQEGFKIMYEDLEGGNIPALLDVTAYEESKKDTTTETTTKKELKIQPLEKDSKSRSYNVLEDKINTAYRSWYLSYNYGNPEKGIRSWTLLTTSDVTCGAEQVYWSLPDMMQDPVTFRSTRQVNNYPVVGAELMPVFSKSFYNEQAVYSQQLRQATSLTHVFNRFPENQILIRPPAPTITTVSENVPALTDHGTLPLRSSIRGVQRVTVTDARRRTCPYVYKALGIVAPRVLSSR

来源 Source

来源生物 organism	HUMAN ADENOVIRUS 3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	45659
宿主生物 host_organism	TRICHOPLUSIA NI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	FIBER PROTEIN
分子量 formula_weight	2522.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MKRARPSEDTFNPVYPYDTEC

来源 Source

来源生物 organism	HUMAN ADENOVIRUS 3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	45659
宿主生物 host_organism	TRICHOPLUSIA NI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4ar2A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	550 — Penton protein; domain 1

结构域编号 domain_id	4ar2A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1620 — adenovirus 2 penton base, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — adenovirus 2 penton base, domain 2

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晶胞边长 a length_a	346.040 Å
晶胞边长 b length_b	348.550 Å
晶胞边长 c length_c	372.870 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	240

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.800 Å
最低分辨率 resolution_low	258.200 Å
R 因子 r_factor	0.2804
R_work r_work	0.2805
R_free r_free	0.2781

Dodecahedron formed of penton base protein from adenovirus Ad3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

L2 PROTEIN III (PENTON BASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

FIBER PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4ar2__assembly_1__model_1

4ar2__assembly_1__model_1 | I(q)

4ar2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Dodecahedron formed of penton base protein from adenovirus Ad3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

L2 PROTEIN III (PENTON BASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

FIBER PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4ar2__assembly_1__model_1

4ar2__assembly_1__model_1 | I(q)

4ar2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)