4ayb

RNAP at 3.2Ang

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 13	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB55） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB54） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB56） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB57） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB58） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB59） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB60） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB61） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB62） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB63） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB64） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB65） ZINC ION × 10 MAGNESIUM ION × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	B8YB53_SULSH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–880； UniProt 1–880

DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

物种未注明

UniProt B8YB55

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 13	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB53） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB54） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB56） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB57） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB58） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB59） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB60） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB61） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB62） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB63） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB64） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB65） ZINC ION × 10 MAGNESIUM ION × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	B8YB55_SULSH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–1131； UniProt 1–1131

DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

物种未注明

UniProt B8YB54

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 13	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB53） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB55） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB56） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB57） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB58） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB59） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB60） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB61） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB62） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB63） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB64） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB65） ZINC ION × 10 MAGNESIUM ION × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	B8YB54_SULSH
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395

DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

物种未注明

UniProt B8YB56

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 13	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB53） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB55） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB54） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB57） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB58） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB59） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB60） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB61） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB62） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB63） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB64） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB65） ZINC ION × 10 MAGNESIUM ION × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	B8YB56_SULSH
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265

DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

物种未注明

UniProt B8YB57

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 13	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB53） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB55） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB54） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB56） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB58） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB59） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB60） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB61） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB62） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB63） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB64） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB65） ZINC ION × 10 MAGNESIUM ION × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	B8YB57_SULSH
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–180； UniProt 1–180

DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

物种未注明

UniProt B8YB58

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 13	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB53） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB55） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB54） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB56） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB57） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB59） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB60） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB61） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB62） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB63） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB64） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB65） ZINC ION × 10 MAGNESIUM ION × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	B8YB58_SULSH
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113

DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

物种未注明

UniProt B8YB59

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 13	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB53） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB55） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB54） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB56） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB57） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB58） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB60） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB61） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB62） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB63） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB64） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB65） ZINC ION × 10 MAGNESIUM ION × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	B8YB59_SULSH
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–132； UniProt 1–132

DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

物种未注明

UniProt B8YB60

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 13	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB53） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB55） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB54） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB56） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB57） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB58） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB59） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB61） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB62） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB63） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB64） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB65） ZINC ION × 10 MAGNESIUM ION × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	B8YB60_SULSH
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–84； UniProt 1–84

DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

物种未注明

UniProt B8YB61

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 13	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB53） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB55） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB54） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB56） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB57） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB58） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB59） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB60） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB62） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB63） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB64） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB65） ZINC ION × 10 MAGNESIUM ION × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	B8YB61_SULSH
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–95； UniProt 1–95

DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

物种未注明

UniProt B8YB62

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 13	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB53） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB55） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB54） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB56） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB57） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB58） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB59） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB60） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB61） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB63） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB64） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB65） ZINC ION × 10 MAGNESIUM ION × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	B8YB62_SULSH
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–92； UniProt 1–92

DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

物种未注明

UniProt B8YB63

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 13	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB53） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB55） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB54） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB56） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB57） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB58） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB59） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB60） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB61） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB62） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB64） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB65） ZINC ION × 10 MAGNESIUM ION × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	B8YB63_SULSH
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–66； UniProt 1–66

DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

物种未注明

UniProt B8YB64

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 13	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB53） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB55） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB54） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB56） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB57） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB58） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB59） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB60） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB61） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB62） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB63） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB65） ZINC ION × 10 MAGNESIUM ION × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	B8YB64_SULSH
Isoform	—
PDB实体	12
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–48； UniProt 1–48

DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

物种未注明

UniProt B8YB65

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 13	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB53） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB55） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB54） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB56） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB57） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB58） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB59） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB60） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB61） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB62） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB63） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （B8YB64） ZINC ION × 10 MAGNESIUM ION × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	B8YB65_SULSH
Isoform	—
PDB实体	13
链与序列区间	作者链 Q； PDB构建体 1–104； UniProt 1–104

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ayb
沉积日期 deposition_date	2012-06-19
结构标题 title	RNAP at 3.2Ang
关键词 keywords	TRANSFERASE, MULTI-SUBUNIT, TRANSCRIPTION; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4ayb__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4ayb__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4ayb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	49.22 Å
Rg（电子密度）	48.81 Å
总 Rg	49.12 Å
原子数	54890
残基数	3412
排除体积	487250 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4ayb__assembly_1__model_1`	tridecameric （13）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (16)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
分子量 formula_weight	99766.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	54890

MSEKNIKGIKFGILSPDEIRKMSVTAIITPDVYDEDGTPIEGSVMDPRLGVIEPGQKCPTCGNTLGNCPGHFGHIELVRPVIHVGFVKHVYEFLKATCRRCGRVKISEDEIEKYSRIYNAIKKRWPSAARRLTEYVKKTAMKAQVCPHCGEKQFKIKLEKPYNFYEERKEGVAKLTPSDIRERLEKVPESDVEILGYDPTTSRPEWMILTVLPVPPITIRPSIMIESGIRAEDDLTHKLVDIVRINERLKESIDAGAPQLIIEDLWDLLQYHVATYFDNEIPGLPPSKHRSGRPLRTLAQRLKGKEGRFRGNLSGKRVDFSSRTVISPDPNISIDEVGVPEIIARTLTVPERITPWNIEKLRQFVINGPDKWPGANYVIRPDGRRIDLRYVKDRKELASTLAPGYVVERHLTDGDVVLFNRQPSLHRISMMAHRVRVLKGLTFRLNLLVCPPYNADFDGDEMNLHVPQSEEAIAEAKEIMLVHKNIITPRYGGPIIGAAQDYISGAYLLTVKTTLLTKEEAQQILGVADVKIDLGEPAILAPREYYTGKQVVSAFLPKDFNFHGQANVSSGPRLCKNEDCPHDSYVVIKNGILLEGVFDKKAIGNQQPESILHWLIKEYSDEYGKWLMDNLFRVFIRFVELQGFTMRLEDVSLGDDVKKEIYNEIDRAKVEVDNLIQKYKNGELEPIPGRTLEESLENYILDTLDKLRSTAGDIASKYLDPFNFAYVMARTGARGSVLNITQMAAMLGQQSVRGERIKRGYMTRTLPHFKPYDISPEARGFIYSSFRTGLKPTELFFHAAGGREGLVDTAVRTSQSGYMQRRLINALSDLRAEYDGTVRSLYGEVIQVAYGDDGVFPMYSAHGKTVDVNRIFERVVGWKT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
分子量 formula_weight	127582.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MNELSSNLSIDERWKVIEAYFKSKGLVRQHLDSYNDFVRNKLQEIIDEQGEIPTEIPGLKVRLGKIRIGKPRVRESDRGEREISPMEARLRNLTYAAPLWLTMIPVENNIEAEPEEVYIGDLPIMLKSAIDPISQYTLDKLIEIGEDPKDPGGYFIVNGSERVIVTQEDLAPNRVLVDTGKTGSNITHTAKIISSTAGYRVPVTIERLKDGTFHVSFPAVPGKIPFVILMRALGILTDRDIVYAVSLDPEIQNELFPSLEQASSIANVDDALDFIGSRVAIGQKRENRIEKAQQIIDKYFLPHLGTSADDRRKKAYYLAYAISKVIELYLGRREPDDKDHYANKRLRLAGDLFASLFRVAFKAFVKDLTYQLEKSKVRGRKLALKALVRPDIVTERIRHALATGNWVGGRTGVSQLLDRTNWLSMLSHLRRVISSLARGQPNFEARDLHGTQWGRMCPFETPEGPNSGLVKNLALMAQIAVGINEKIVEKTLYEMGVVPVEEVIRRVTEGGEDQNEYLKWSKVILNGRLVGYYRDGEELAKKIRERRRKGEISDEVNVGHIVTDFINEVHVNCDSGRVRRPLIIVSNGNPLVTREDIEKLDSGSITFDDLVRQGKIEYLDAEEEENAYVALEPSDLTPEHTHLEIWSPAILGITASIIPYPEHNQSPRNTYQSAMAKQALGLYAANYQLRTDTRAHLLHYPQRPLVQTRALDIIGYTNRPAGNNAILAVISFTGYNMEDSIIMNRSSVERGMYRSTFFRLYSTEEVKYPGGQEDKIVMPEPGVRGYKGKEYYRLLEDNGVVSPEVEVKGGDVLIGKVSPPRFLQEFKELSPEQAKRDTSIVTRHGEMGIVDLVLITETAEGNKLVKVRVRDLRIPSIGDKFASRHGQKGVIGMLIPQVDMPYTVKGVVPDVILNPHALPSRMTLGQIMEGIAGKYAALSGNIVDATPFYKTPIEQLQNEILKYGYLPDATEVTYDGRTGQKIKSRIYFGVVYYQKLHHMVADKIHARARGPVQILTRQPTEGRAREGGLRFGEMERDCLIGFGTAMLLKDRLLDNSDRTTIYVCDQCGYIGWYDKNKNKYVCPIHGDKSNLFPVTVSYAFKLLIQELMSMIISPRLILEDRVGLSGGKGNE

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
分子量 formula_weight	43792.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MENVIDEKDKSYLEEKVKQASNILPQKIVEDLKNLISNKEVLVTRDEIDKIFDLAIKEYSEGLIAPGEAIGIVAAQSVGEPGTQMTLRTFHFAGIRELNVTLGLPRLIEIVDAKKVPSTPMMTIYLTDEYKHDKEKALEVARKLEYTKIENVVSSTSIDIASMSIILQLDNEMLKDKGVTVDDVKKAINRLKLGEFVIDESEGNTLNISFANIDSIAALFKLRDKILNTKIKGIKGIKRAIVQKKGDEYIILTDGSNLSGVLSVKGVDIAKVETNNIREIEEVFGIEAAREIIIREISKVLAEQGLDVDMRHILLVADVMTRTGVVRQIGRHGVTGEKNSVLARAAFEVTVKHLLDAAARGDVEEFKGVVENIIIGHPIKLGTGMVELTMRPILR

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
分子量 formula_weight	30179.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MSINLLHKDDKRIDLVFEGYPLEFVNAIRRAAMLYVPVMSIDDVYFIENNSPLYDEILAHRLALIPFTSEEALDTYRWPEECIDCTENCEKCYTKIYIEAEALNEPKMLYSKDIKSEDPSIVPISGDIPIVLLGANQKISLEARLRLGYGKEHAKFIPVSLAIVRYYPKVEILGNCEKGATVCPEGVFELKDGKLSVKNELACTLCEECLRYCNGLIRISSVEDKYILELESVGSLKPERILLEAGKSIIRKIEELEKKLVEVIK

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
分子量 formula_weight	20328.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MYKLIKARSIVRIPPNEFGKPLNEIALNELRQQYQEKILKDLGLVLAILNVKTSEEGMLVFGDGATYHEVEFDMITYVPVVQEVVEGEVLQVDNYGVFVNLGPMDGLVHISQITDDTLKYDNVRGIIFGEKSKKVIQKGDKVRARVISVASTVTGRLPRIALTMRQPYLGKLEWITQAKK

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
分子量 formula_weight	12822.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MSSVYIVEEHYIPYSVAKKLLSDVIKSGSSSNLLQRTYDYLNSVEKCDAESAQKVVEELSSIISREDVRAVLASICPITPDEVRSILIMDSNRTYTSEDIQKIIDIIRKYIKS

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
分子量 formula_weight	15139.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MMESKAQEIILSCEINSIERGSLKNLSIIHMSCNDFNISFDIIDSINIFSQKEKVKAFISKNRLSYTNDDFCGHGYIVTELKDSSSNNGNRYITIISLFGLLVKIISNKESFLKIHQLNVMDHIYFCVKKNT

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
分子量 formula_weight	9688.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MRGSSNRKIDPRIHYLVPKHEVLSIDEAYKILKELGIRPEQLPWIRASDPVARSINAKPGDIIRIIRKSQLYGEVVSYRYVISG

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
分子量 formula_weight	10729.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MGLERDGILSQDLHFNEVFVSLWQNKLTRYEIARVISARALQLAMGAPALIDINNISSTDVISIAEEEFKRGVLPITIRRRLPNGKIILLSLRKS

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
分子量 formula_weight	10211.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MEIKILKSESNYLELEIEGEDHTLGNLIAGTLRKISGVSFASYYQPHPLTDKIIVKILTDGSIAPKDALLKAIETVRVMASHYIDEIKGLTK

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
分子量 formula_weight	7617.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MMIPIRCFTCGSLIADKWQPFITRVNAGENPGKVLDDLGVKRYCCRRMLLSHIDIISEVIHYTRPI

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
分子量 formula_weight	5607.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MAVYRCGKCWKTFTDEQLKVLPGVRCPYCGYKIIFMVRKPTIKIVKAI

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
分子量 formula_weight	12170.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q

MVSGMSTEEEKEGTNDEEVSEEREVEETSEEEFPKLSIQDIELLMKNTEIWDNLLNGKISVDEAKRLFEDNYKDYEKRDSRRKAKKAASKKVKKTKKKEKSVEG

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 15 Entity 15 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 16 Entity 16 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

CATH v4.4 (28 domains)

结构域编号 domain_id	4aybA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	40 — Barwin-like endoglucanases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4aybA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — RNA polymerase ii

结构域编号 domain_id	4aybA04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1950 —

结构域编号 domain_id	4aybA05
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	320 — Dihydrolipoamide Transferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	4aybA06
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2940 —

结构域编号 domain_id	4aybA07
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	132 — Topoisomerase I; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — RNA polymerase Rpb1 funnel domain

结构域编号 domain_id	4aybA08
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2940 —

结构域编号 domain_id	4aybA09
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	50 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 —

结构域编号 domain_id	4aybB04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1110 — Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase Rpb2, domain 2

结构域编号 domain_id	4aybB05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1070 — Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4aybB06
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	270 — Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6

结构域编号 domain_id	4aybB07
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain

结构域编号 domain_id	4aybB08
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1800 — DCoH-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain

结构域编号 domain_id	4aybC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	390 —

结构域编号 domain_id	4aybD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit

结构域编号 domain_id	4aybD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain

结构域编号 domain_id	4aybD03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4aybE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	4aybE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	4aybF01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	930 —

结构域编号 domain_id	4aybF02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — HRDC domain

结构域编号 domain_id	4aybG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	4aybH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	940 — Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — RPB5-like RNA polymerase subunit

结构域编号 domain_id	4aybK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	940 — Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase subunit, RPB6/omega

结构域编号 domain_id	4aybL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit

结构域编号 domain_id	4aybN00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	4aybP00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — RNA polymerase ii, chain L

结构域编号 domain_id	4aybQ00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	450 — DNA Excision Repair, Uvrb; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

▶

晶胞边长 a length_a	195.725 Å
晶胞边长 b length_b	212.415 Å
晶胞边长 c length_c	128.757 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.202 Å
最低分辨率 resolution_low	40.097 Å
R 因子 r_factor	0.2454
R_work r_work	0.2425
R_free r_free	0.3005

RNAP at 3.2Ang

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体