4bhw

Structural basis for autoinhibition of the acetyltransferase activity of p300

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 108.7 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HISTONE ACETYLTRANSFERASE P300

HOMO SAPIENS

UniProt Q09472

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1043–1519 链 A; UniProt 1581–1666 链 B; UniProt 1043–1519 链 B; UniProt 1581–1666 片段:P300 CORE, RESIDUES 1043-1519,1581-1666 突变:YES ZN ZINC ION × 7 01K [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]methyl (3R,20R)-20-carbamoyl-3-hydroxy-2,2-dimethyl-4,8,14,22-tetraoxo-12-thia-5,9,15,21-tetraazatricos-1-yl dihydrogen diphosphate × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;100 MM HEPES, PH 7.5, 20% PEG3350, 0.2M NACL 分辨率 2.80 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 58 个其他 PDB 条目、92 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EP300_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 11–487; UniProt 1043–1519 作者链 A; PDB构建体 493–578; UniProt 1581–1666 作者链 B; PDB构建体 11–487; UniProt 1043–1519 作者链 B; PDB构建体 493–578; UniProt 1581–1666

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4bhw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4bhw
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4bhw
沉积日期 deposition_date2013-04-08
结构标题 titleStructural basis for autoinhibition of the acetyltransferase activity of p300
关键词 keywordsTRANSFERASE, BROMODOMAIN, PHD DOMAIN, RING DOMAIN, HAT DOMAIN, ENHANCEOSOME; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.79
回转半径 Rg (电子) rg_electron34.08
零角强度 I(0) i0534393000.00
分子量 molecular_weight123770.0 kDa
排除体积 excluded_volume119250 ų
包络体积 envelope_volume227160 ų
水化壳体积 shell_volume54296 ų
包络直径 envelope_diameter116.3
壳层 Rg shell_rg41.99
包络 Rg envelope_rg33.28
形状 Rg shape_rg34.09
总 Rg total_rg34.49
总原子数 total_atoms9312
残基数 n_residues1126
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax108.7
Rg (实空间) rg_real34.60
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.70
I(0) (实空间) i0_real5.3440e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.5490e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.72
I(0) (倒空间) i0_reciprocal534500000.0000
解质量估计 total_estimate0.7030
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary45.9
偏度 Skewness skewness0.139
峰度 Kurtosis kurtosis-0.394
角度范围 angular_range— – 0.2250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha29040000.0000
实空间数据点数 n_real_points46
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.897; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.186; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.908

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id4bhwA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bromodomain-like
结构域编号 domain_id4bhwA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology110 — Cysteine Rich Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — CREB-binding protein/p300 RING domain
结构域编号 domain_id4bhwA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)
结构域编号 domain_id4bhwB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bromodomain-like
结构域编号 domain_id4bhwB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology110 — Cysteine Rich Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — CREB-binding protein/p300 RING domain
结构域编号 domain_id4bhwB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)