4bnr

Extremely stable complex of crayfish trypsin with bovine trypsin inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 105.6 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HEPATOPANCREAS TRYPSIN

物种未注明

UniProt Q52V24

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–237 未记录 PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR × 1 (P00974) CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5.6;293 K;10.6 MG/ML PROTEIN, 33 (W/V)% PEG 4000, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.6, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 1:1 MIXING, 20 C 分辨率 2.00 Å R-free 0.182
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–237 未记录 PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR × 1 (P00974) CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5.6;293 K;10.6 MG/ML PROTEIN, 33 (W/V)% PEG 4000, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.6, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 1:1 MIXING, 20 C 分辨率 2.00 Å R-free 0.182

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q52V24_PONLE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–237; UniProt 1–237 作者链 B; PDB构建体 1–237; UniProt 1–237

PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR

物种未注明

UniProt P00974

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 1–100 未记录 HEPATOPANCREAS TRYPSIN × 1 (Q52V24) CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5.6;293 K;10.6 MG/ML PROTEIN, 33 (W/V)% PEG 4000, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.6, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 1:1 MIXING, 20 C 分辨率 2.00 Å R-free 0.182
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 1–100 未记录 HEPATOPANCREAS TRYPSIN × 1 (Q52V24) CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5.6;293 K;10.6 MG/ML PROTEIN, 33 (W/V)% PEG 4000, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.6, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 1:1 MIXING, 20 C 分辨率 2.00 Å R-free 0.182

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 123 个其他 PDB 条目、264 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BPT1_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–100; UniProt 1–100 作者链 J; PDB构建体 1–100; UniProt 1–100

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4bnr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4bnr
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4bnr
沉积日期 deposition_date2013-05-17
结构标题 titleExtremely stable complex of crayfish trypsin with bovine trypsin inhibitor
关键词 keywordsHYDOLASE-INHIBITOR COMPLEX, PROTEASE, INHIBITION, ARTHROPODA, HEAT STABILITY, COMPLEX FORMATION; HYDOLASE/INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.58
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.37
零角强度 I(0) i069688500.00
分子量 molecular_weight63430.0 kDa
排除体积 excluded_volume78222 ų
包络体积 envelope_volume95006 ų
水化壳体积 shell_volume28439 ų
包络直径 envelope_diameter101.2
壳层 Rg shell_rg34.98
包络 Rg envelope_rg29.08
形状 Rg shape_rg29.39
总 Rg total_rg29.82
总原子数 total_atoms8606
残基数 n_residues568
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax105.6
Rg (实空间) rg_real29.78
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.95
I(0) (实空间) i0_real6.9690e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2280e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.70
I(0) (倒空间) i0_reciprocal69680000.0000
解质量估计 total_estimate0.7208
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary27.4
偏度 Skewness skewness0.451
峰度 Kurtosis kurtosis-0.603
角度范围 angular_range— – 0.2700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha21400000.0000
实空间数据点数 n_real_points55
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.554; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.704; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd4bnra_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases
结构域编号 domain_idd4bnrb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases
结构域编号 domain_idd4bnri_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.8 — BPTI-like
超家族 Superfamily superfamilyg.8.1 — BPTI-like
家族 Family familyg.8.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4bnrj_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.8 — BPTI-like
超家族 Superfamily superfamilyg.8.1 — BPTI-like
家族 Family familyg.8.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id4bnrA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id4bnrA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id4bnrB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id4bnrB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id4bnrI00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain
结构域编号 domain_id4bnrJ00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)