4bpu

Crystal structure of human primase in heterodimeric form, comprising PriS and truncated PriL lacking the C-terminal Fe-S domain.

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 137.9 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA PRIMASE SMALL SUBUNIT

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–420	突变：YES	ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：100MM TRIS-HCL/BICINE PH 8.5, 20% GLYCEROL, 10% PEG4000 AND 20MM EACH OF AN ALCOHOL MIX COMPRISING 1,6-HEXANEDIOL, 1-BUTANOL, 1,2-PROPANEDIOL, 2-PROPANOL, 1,4- BUTANEDIOL AND 1,3-PROPANEDIOL	分辨率 2.70 Å R-free 0.245
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–420	突变：YES	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：100MM TRIS-HCL/BICINE PH 8.5, 20% GLYCEROL, 10% PEG4000 AND 20MM EACH OF AN ALCOHOL MIX COMPRISING 1,6-HEXANEDIOL, 1-BUTANOL, 1,2-PROPANEDIOL, 2-PROPANOL, 1,4- BUTANEDIOL AND 1,3-PROPANEDIOL	分辨率 2.70 Å R-free 0.245

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4BPU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4BPW Crystal structure of human primase bound to UTP 提交 2013-05-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–420（420 aa）片段：PRIS	突变：YES	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 UTP URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100MM TRIS-HCL/BICINE PH 8.5, 20% GLYCEROL, 10% PEG4000 AND 20MM EACH OF AN ALCOHOL MIX COMPRISING 1,6-HEXANEDIOL, 1-BUTANOL, 1,2-PROPANEDIOL, 2-PROPANOL, 1,4-BUTANEDIOL AND 1,3-PROPANEDIOL.	分辨率 3.00 Å R-free 0.253
4BPW Crystal structure of human primase bound to UTP 提交 2013-05-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–420（420 aa）片段：PRIS	突变：YES	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 UTP URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100MM TRIS-HCL/BICINE PH 8.5, 20% GLYCEROL, 10% PEG4000 AND 20MM EACH OF AN ALCOHOL MIX COMPRISING 1,6-HEXANEDIOL, 1-BUTANOL, 1,2-PROPANEDIOL, 2-PROPANOL, 1,4-BUTANEDIOL AND 1,3-PROPANEDIOL.	分辨率 3.00 Å R-free 0.253
4BPX Crystal structure of human primase in complex with the primase- binding motif of DNA polymerase alpha 提交 2013-05-28	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–420（420 aa）	突变：YES	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100MM TRIS-HCL/BICINE PH 8.5, 20% GLYCEROL, 10% PEG4000 AND 20MM EACH OF AN ALCOHOL MIX COMPRISING 1,6-HEXANEDIOL, 1-BUTANOL, 1,2-PROPANEDIOL, 2-PROPANOL, 1,4- BUTANEDIOL AND 1,3-PROPANEDIOL.	分辨率 3.40 Å R-free 0.267
4BPX Crystal structure of human primase in complex with the primase- binding motif of DNA polymerase alpha 提交 2013-05-28	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–420（420 aa）	突变：YES	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100MM TRIS-HCL/BICINE PH 8.5, 20% GLYCEROL, 10% PEG4000 AND 20MM EACH OF AN ALCOHOL MIX COMPRISING 1,6-HEXANEDIOL, 1-BUTANOL, 1,2-PROPANEDIOL, 2-PROPANOL, 1,4- BUTANEDIOL AND 1,3-PROPANEDIOL.	分辨率 3.40 Å R-free 0.267
4LIK Crystal structure of the catalytic subunit of human primase 提交 2013-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–408（408 aa）片段：Catalytic subunit p48, UNP residues 1-390 (delta 360-379)	未记录	ZN ZINC ION × 1 CIT CITRIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；294 K；200 mM Sodium Citrate and 20% PEG3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 1.70 Å R-free 0.198
4LIL Crystal structure of the catalytic subunit of human primase bound to UTP and Mn 提交 2013-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–408（408 aa）片段：Catalytic subunit p48, UNP residues 1-390 (delta 360-379)	未记录	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 UTP URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；294 K；0.2M K/Na Tartrate and 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 2.60 Å R-free 0.248
4MHQ Crystal structure of human primase catalytic subunit 提交 2013-08-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–420（420 aa）片段：Full length	未记录	ZN ZINC ION × 1 CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；294 K；0.1M Na-acetate, 0.2M Tri-Na-citrate, 20% PEG3350, 0.1M Na-acetate , pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.20 Å R-free 0.233
4RR2 Crystal structure of human primase 提交 2014-11-05	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–420（420 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；50 mM Tris-HCl pH 8.5, 7.5% v/v ethanol and 2 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.65 Å R-free 0.271
4RR2 Crystal structure of human primase 提交 2014-11-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–420（420 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；50 mM Tris-HCl pH 8.5, 7.5% v/v ethanol and 2 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.65 Å R-free 0.271
5EXR Crystal structure of human primosome 提交 2015-11-24	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–420（420 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；0.2 M lithium sulphate, 50 mM TRIS HCl pH 8.5, 2 mM TCEP pH 7.5, 11.2% w/v PEG 4,000, 3% v/v ethanol, 0.5% v/v polypropylene glycol P400 and 0.2 mM EDTA	分辨率 3.60 Å R-free 0.326
5EXR Crystal structure of human primosome 提交 2015-11-24	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–420（420 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；0.2 M lithium sulphate, 50 mM TRIS HCl pH 8.5, 2 mM TCEP pH 7.5, 11.2% w/v PEG 4,000, 3% v/v ethanol, 0.5% v/v polypropylene glycol P400 and 0.2 mM EDTA	分辨率 3.60 Å R-free 0.326
6R4S Crystal structure of the Pri1 subunit of human primase bound to ATP 提交 2019-03-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–407（407 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% PEG3350, 10% ethylene glycol, 200 mM Na/K tartrate	分辨率 2.75 Å R-free 0.269
6R4S Crystal structure of the Pri1 subunit of human primase bound to ATP 提交 2019-03-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 1–407（407 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% PEG3350, 10% ethylene glycol, 200 mM Na/K tartrate	分辨率 2.75 Å R-free 0.269
6R4T Crystal structure of the Pri1 subunit of human primase bound to vidarabine triphosphate 提交 2019-03-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–407（407 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 HEJ 9-{5-O-[(S)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-arabinofuranosyl}-9H-purin-6-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% PEG3350, 10% ethylene glycol, 200 mM Na/K tartrate	分辨率 2.35 Å R-free 0.239
6R4T Crystal structure of the Pri1 subunit of human primase bound to vidarabine triphosphate 提交 2019-03-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–407（407 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 HEJ 9-{5-O-[(S)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-arabinofuranosyl}-9H-purin-6-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% PEG3350, 10% ethylene glycol, 200 mM Na/K tartrate	分辨率 2.35 Å R-free 0.239
6R4U Crystal structure of the Pri1 subunit of human primase bound to fludarabine triphosphate 提交 2019-03-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–407（407 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 HFD 2-fluoro-9-{5-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-arabinofuranosyl}-9H-purin-6-a mine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% PEG3350, 10% ethylene glycol, 200 mM Na/K tartrate	分辨率 2.20 Å R-free 0.223
6R4U Crystal structure of the Pri1 subunit of human primase bound to fludarabine triphosphate 提交 2019-03-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 1–407（407 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 HFD 2-fluoro-9-{5-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-arabinofuranosyl}-9H-purin-6-a mine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% PEG3350, 10% ethylene glycol, 200 mM Na/K tartrate	分辨率 2.20 Å R-free 0.223
6R5D Crystal structure of the Pri1 subunit of human primase bound to dATP 提交 2019-03-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–407（407 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% PEG3350, 10% ethylene glycol, 200 mM Na/K tartrate	分辨率 1.95 Å R-free 0.214
6R5D Crystal structure of the Pri1 subunit of human primase bound to dATP 提交 2019-03-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 1–407（407 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% PEG3350, 10% ethylene glycol, 200 mM Na/K tartrate	分辨率 1.95 Å R-free 0.214
6R5E Crystal structure of the Pri1 subunit of human primase bound to 2F-ATP 提交 2019-03-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–407（407 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 JSQ 2-fluoro-ATP × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% PEG3350, 10% ethylene glycol, 200 mM Na/K tartrate	分辨率 1.85 Å R-free 0.206
6R5E Crystal structure of the Pri1 subunit of human primase bound to 2F-ATP 提交 2019-03-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 1–407（407 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 JSQ 2-fluoro-ATP × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% PEG3350, 10% ethylene glycol, 200 mM Na/K tartrate	分辨率 1.85 Å R-free 0.206
6RB4 Crystal structure of the Pri1 subunit of human primase 提交 2019-04-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–407（407 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100mM Bis Tris propane pH 6.5, 24 % PEG 3350, 150 mM NaF	分辨率 1.50 Å R-free 0.215
7OPL CryoEM structure of DNA Polymerase alpha - primase bound to SARS CoV nsp1 提交 2021-06-01	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–420（420 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.12 Å
7U5C Cryo-EM structure of human CST bound to DNA polymerase alpha-primase in a recruitment state 提交 2022-03-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric	链 A 1–420（420 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
8B9D Human replisome bound by Pol Alpha 提交 2022-10-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：23-meric	链 O 1–420（420 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8D0B Human CST-DNA polymerase alpha/primase preinitiation complex bound to 4xTEL-foldback template 提交 2022-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric	链 D 2–420（419 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；CHAPSO is only added just before sample vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.43 Å
8D0K Human CST-DNA polymerase alpha/primase preinitiation complex bound to 4xTEL-foldback template - PRIM2C advanced PIC 提交 2022-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric	链 D 2–420（419 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；CHAPSO is only added just before sample vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.27 Å
8D9D Human DNA polymerase-alpha/primase elongation complex II bound to primer/template 提交 2022-06-09	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–420（420 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；CHAPSO is made fresh at 80 mM before added to the sample at a final concentration of 4-8 mM immediately before vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.59 Å
8QJ7 Cryo-EM structure of human DNA polymerase alpha-primase in pre-initiation stage 1 提交 2023-09-12	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–420（420 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 MN MANGANESE (II) ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.07 Å
8VY3 Human DNA polymerase alpha/primase - AavLEA1 (1:40 molar ratio) 提交 2024-02-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–412（412 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.98 Å
9C8V Human DNA polymerase alpha/primase - CHAPSO (4 mM) 提交 2024-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–412（412 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.39 Å

共 22 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRI1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–423； UniProt 1–420 作者链 C； PDB构建体 4–423； UniProt 1–420

DNA PRIMASE LARGE SUBUNIT

HOMO SAPIENS

UniProt P49643

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–253	片段：RESIDUES 1-253	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：100MM TRIS-HCL/BICINE PH 8.5, 20% GLYCEROL, 10% PEG4000 AND 20MM EACH OF AN ALCOHOL MIX COMPRISING 1,6-HEXANEDIOL, 1-BUTANOL, 1,2-PROPANEDIOL, 2-PROPANOL, 1,4- BUTANEDIOL AND 1,3-PROPANEDIOL	分辨率 2.70 Å R-free 0.245
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–253	片段：RESIDUES 1-253	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：100MM TRIS-HCL/BICINE PH 8.5, 20% GLYCEROL, 10% PEG4000 AND 20MM EACH OF AN ALCOHOL MIX COMPRISING 1,6-HEXANEDIOL, 1-BUTANOL, 1,2-PROPANEDIOL, 2-PROPANOL, 1,4- BUTANEDIOL AND 1,3-PROPANEDIOL	分辨率 2.70 Å R-free 0.245

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 4BPU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3L9Q Crystal structure of human polymerase alpha-primase p58 iron-sulfur cluster domain 提交 2010-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 272–464（193 aa）片段：iron-sulfur cluster domain (UNP residues 272-464) 链 B 272–464（193 aa）片段：iron-sulfur cluster domain (UNP residues 272-464)	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 SO4 SULFATE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；0.1 M Tris pH 8.5, 15% PEG 3250, 0.2 M LiSO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 1.70 Å R-free 0.169
3L9Q Crystal structure of human polymerase alpha-primase p58 iron-sulfur cluster domain 提交 2010-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 272–464（193 aa）片段：iron-sulfur cluster domain (UNP residues 272-464) 链 B 272–464（193 aa）片段：iron-sulfur cluster domain (UNP residues 272-464)	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；0.1 M Tris pH 8.5, 15% PEG 3250, 0.2 M LiSO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 1.70 Å R-free 0.169
3Q36 Crystal structure of the 4Fe-4S cluster domain of human DNA primase large subunit 提交 2010-12-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 266–457（192 aa）片段：4Fe-4S cluster domain (UNP residues 266-457)	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；0.2 M magnesium acetate tetrahydrate, 0.05 M sodium cacodylate, 15% w/v PEG8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.250
3Q36 Crystal structure of the 4Fe-4S cluster domain of human DNA primase large subunit 提交 2010-12-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 266–457（192 aa）片段：4Fe-4S cluster domain (UNP residues 266-457)	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 FE FE (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；0.2 M magnesium acetate tetrahydrate, 0.05 M sodium cacodylate, 15% w/v PEG8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.250
4BPW Crystal structure of human primase bound to UTP 提交 2013-05-28	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–253（253 aa）片段：PRIL, RESIDUES 1-253	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100MM TRIS-HCL/BICINE PH 8.5, 20% GLYCEROL, 10% PEG4000 AND 20MM EACH OF AN ALCOHOL MIX COMPRISING 1,6-HEXANEDIOL, 1-BUTANOL, 1,2-PROPANEDIOL, 2-PROPANOL, 1,4-BUTANEDIOL AND 1,3-PROPANEDIOL.	分辨率 3.00 Å R-free 0.253
4BPW Crystal structure of human primase bound to UTP 提交 2013-05-28	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–253（253 aa）片段：PRIL, RESIDUES 1-253	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100MM TRIS-HCL/BICINE PH 8.5, 20% GLYCEROL, 10% PEG4000 AND 20MM EACH OF AN ALCOHOL MIX COMPRISING 1,6-HEXANEDIOL, 1-BUTANOL, 1,2-PROPANEDIOL, 2-PROPANOL, 1,4-BUTANEDIOL AND 1,3-PROPANEDIOL.	分辨率 3.00 Å R-free 0.253
4BPX Crystal structure of human primase in complex with the primase- binding motif of DNA polymerase alpha 提交 2013-05-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 19–253（235 aa）片段：PRIMASE-BINDING MOTIF RESIDUES 1445-1462, PRIL RESIDUES 19-253	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100MM TRIS-HCL/BICINE PH 8.5, 20% GLYCEROL, 10% PEG4000 AND 20MM EACH OF AN ALCOHOL MIX COMPRISING 1,6-HEXANEDIOL, 1-BUTANOL, 1,2-PROPANEDIOL, 2-PROPANOL, 1,4- BUTANEDIOL AND 1,3-PROPANEDIOL.	分辨率 3.40 Å R-free 0.267
4BPX Crystal structure of human primase in complex with the primase- binding motif of DNA polymerase alpha 提交 2013-05-28	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 19–253（235 aa）片段：PRIMASE-BINDING MOTIF RESIDUES 1445-1462, PRIL RESIDUES 19-253	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100MM TRIS-HCL/BICINE PH 8.5, 20% GLYCEROL, 10% PEG4000 AND 20MM EACH OF AN ALCOHOL MIX COMPRISING 1,6-HEXANEDIOL, 1-BUTANOL, 1,2-PROPANEDIOL, 2-PROPANOL, 1,4- BUTANEDIOL AND 1,3-PROPANEDIOL.	分辨率 3.40 Å R-free 0.267
4RR2 Crystal structure of human primase 提交 2014-11-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–509（509 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；50 mM Tris-HCl pH 8.5, 7.5% v/v ethanol and 2 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.65 Å R-free 0.271
4RR2 Crystal structure of human primase 提交 2014-11-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–509（509 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；50 mM Tris-HCl pH 8.5, 7.5% v/v ethanol and 2 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.65 Å R-free 0.271
5DQO Crystal structure of Y347F mutant of human primase p58 iron-sulfur cluster domain 提交 2015-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 272–464（193 aa）片段：p58C domain (UNP residues 272-464) 链 B 272–464（193 aa）片段：p58C domain (UNP residues 272-464)	突变：Y347F 突变：Y347F	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；300 mM lithium sulfate, 100 mM Tris, pH 8.5, 20% PEG3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.275
5DQO Crystal structure of Y347F mutant of human primase p58 iron-sulfur cluster domain 提交 2015-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 272–464（193 aa）片段：p58C domain (UNP residues 272-464) 链 D 272–464（193 aa）片段：p58C domain (UNP residues 272-464)	突变：Y347F 突变：Y347F	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；300 mM lithium sulfate, 100 mM Tris, pH 8.5, 20% PEG3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.275
5EXR Crystal structure of human primosome 提交 2015-11-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–509（509 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；0.2 M lithium sulphate, 50 mM TRIS HCl pH 8.5, 2 mM TCEP pH 7.5, 11.2% w/v PEG 4,000, 3% v/v ethanol, 0.5% v/v polypropylene glycol P400 and 0.2 mM EDTA	分辨率 3.60 Å R-free 0.326
5EXR Crystal structure of human primosome 提交 2015-11-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 1–509（509 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；0.2 M lithium sulphate, 50 mM TRIS HCl pH 8.5, 2 mM TCEP pH 7.5, 11.2% w/v PEG 4,000, 3% v/v ethanol, 0.5% v/v polypropylene glycol P400 and 0.2 mM EDTA	分辨率 3.60 Å R-free 0.326
5F0Q Crystal structure of C-terminal domain of the human DNA primase large subunit with bound DNA template/RNA primer 提交 2015-11-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 266–456（191 aa）片段：UNP residues 266-456	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；0.18 M lithium sulfate, 50 mM sodium citrate, 2 mM TCEP, 0.1 M sodium malonate, 0.1 M Hepes-NaOH (pH 7.0), 19.7% PEG 8,000 and 0.02 M magnesium chloride	分辨率 2.21 Å R-free 0.258
5F0Q Crystal structure of C-terminal domain of the human DNA primase large subunit with bound DNA template/RNA primer 提交 2015-11-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 266–456（191 aa）片段：UNP residues 266-456	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；0.18 M lithium sulfate, 50 mM sodium citrate, 2 mM TCEP, 0.1 M sodium malonate, 0.1 M Hepes-NaOH (pH 7.0), 19.7% PEG 8,000 and 0.02 M magnesium chloride	分辨率 2.21 Å R-free 0.258
5F0S Crystal structure of C-terminal domain of the human DNA primase large subunit with bound DNA template/RNA primer and manganese ion 提交 2015-11-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 266–456（191 aa）片段：UNP residues 266-456	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；Reservoir solution containe 0.18 M lithium sulfate, 50 mM sodium citrate, 2 mM TCEP, 0.1 M sodium malonate, 0.1 M Hepes-NaOH (pH 7.0), 19.7% PEG 8,000 and 0.02 M magnesium chloride. To exchange Mg to Mn crystals were soaked for 5 min in a reservoir solution containing 2 mM manganese chloride instead of magnesium chloride.	分辨率 3.00 Å R-free 0.269
5F0S Crystal structure of C-terminal domain of the human DNA primase large subunit with bound DNA template/RNA primer and manganese ion 提交 2015-11-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 266–456（191 aa）片段：UNP residues 266-456	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；Reservoir solution containe 0.18 M lithium sulfate, 50 mM sodium citrate, 2 mM TCEP, 0.1 M sodium malonate, 0.1 M Hepes-NaOH (pH 7.0), 19.7% PEG 8,000 and 0.02 M magnesium chloride. To exchange Mg to Mn crystals were soaked for 5 min in a reservoir solution containing 2 mM manganese chloride instead of magnesium chloride.	分辨率 3.00 Å R-free 0.269
5I7M Crystal structure of Y345F mutant of human primase p58 iron-sulfur cluster domain 提交 2016-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 272–457（186 aa）片段：iron-sulfur cluster domain (UNP residues 272-457) 链 B 272–457（186 aa）片段：iron-sulfur cluster domain (UNP residues 272-457)	突变：Y345F 突变：Y345F	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；75 mg/mL p58C Y345F in 20 mM MES, pH 6.5, 50 mM sodium chloride, reservoir solution: 100 mM Tris, pH 8.5, 150 mM lithium sulfate, 18% PEG3350	分辨率 1.93 Å R-free 0.250
6DHW Crystal structure of primase iron-sulfur domain (266-457) 提交 2018-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 266–457（192 aa）链 B 266–457（192 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；100 mM TRIS-HCl pH 8.5, 400 mM LiSO4, 18% PEG3350	分辨率 2.01 Å R-free 0.211
6DHW Crystal structure of primase iron-sulfur domain (266-457) 提交 2018-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 266–457（192 aa）链 B 266–457（192 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；100 mM TRIS-HCl pH 8.5, 400 mM LiSO4, 18% PEG3350	分辨率 2.01 Å R-free 0.211
7OPL CryoEM structure of DNA Polymerase alpha - primase bound to SARS CoV nsp1 提交 2021-06-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–509（509 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.12 Å
7U5C Cryo-EM structure of human CST bound to DNA polymerase alpha-primase in a recruitment state 提交 2022-03-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric	链 B 1–509（509 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
8B9D Human replisome bound by Pol Alpha 提交 2022-10-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：23-meric	链 P 1–509（509 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8D0B Human CST-DNA polymerase alpha/primase preinitiation complex bound to 4xTEL-foldback template 提交 2022-05-26	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric	链 E 16–256（241 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；CHAPSO is only added just before sample vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.43 Å
8D0K Human CST-DNA polymerase alpha/primase preinitiation complex bound to 4xTEL-foldback template - PRIM2C advanced PIC 提交 2022-05-26	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric	链 E 2–509（508 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；CHAPSO is only added just before sample vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.27 Å
8D96 Human DNA polymerase alpha/primase elongation complex I bound to primer/template 提交 2022-06-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–509（509 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；CHAPSO is made fresh at 80 mM before added to the sample at a final concentration of 4-8 mM immediately before vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.35 Å
8D9D Human DNA polymerase-alpha/primase elongation complex II bound to primer/template 提交 2022-06-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 B 1–509（509 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；CHAPSO is made fresh at 80 mM before added to the sample at a final concentration of 4-8 mM immediately before vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.59 Å
8QJ7 Cryo-EM structure of human DNA polymerase alpha-primase in pre-initiation stage 1 提交 2023-09-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–509（509 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 MN MANGANESE (II) ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.07 Å
8VY3 Human DNA polymerase alpha/primase - AavLEA1 (1:40 molar ratio) 提交 2024-02-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 22–455（434 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.98 Å
9C8V Human DNA polymerase alpha/primase - CHAPSO (4 mM) 提交 2024-06-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 22–455（434 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.39 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRI2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–253； UniProt 1–253 作者链 D； PDB构建体 1–253； UniProt 1–253

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4bpu
沉积日期 deposition_date	2013-05-28
结构标题 title	Crystal structure of human primase in heterodimeric form, comprising PriS and truncated PriL lacking the C-terminal Fe-S domain.
关键词 keywords	TRANSFERASE, DNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.37 Å
零角强度 I(0) i0	271272000.00
分子量 molecular_weight	138700.0 kDa
排除体积 excluded_volume	175560 Å³
包络体积 envelope_volume	249830 Å³
水化壳体积 shell_volume	51699 Å³
包络直径 envelope_diameter	140.5 Å
壳层 Rg shell_rg	45.50 Å
包络 Rg envelope_rg	39.83 Å
形状 Rg shape_rg	41.35 Å
总 Rg total_rg	41.68 Å
总原子数 total_atoms	19660
残基数 n_residues	1172
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	137.9 Å
Rg (实空间) rg_real	41.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7130e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.0550e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	271300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8896
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	47.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.292
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.622
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19190000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.889; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.910

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA PRIMASE SMALL SUBUNIT
分子量 formula_weight	50108.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.-
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	20014

GTSMETFDPTELPELLKLYYRRLFPYSQYYRWLNYGGVIKNYFQHREFSFTLKDDIYIRYQSFNNQSDLEKEMQAANPYKIDIGAVYSHRPNQHNTVKLGAFQAQEKELVFDIDMTDYDDVRRCCSSADICPKCWTLMTMAIRIIDRALKEDFGFKHRLWVYSGRRGVHCWVCDESVRKLSSAVRSGIVEYLSLVKGGQDVKKKVHLSEKIHPFIRKSINIIKKYFEEYALVNQDILENKESWDKILALVPETIHDELQQSFQKSHNSLQRWEHLKKVASRYQNNIKNDKYGPWLEWEIMLQYCFPRLDINVSKGINHLLKSPFSVHPKTGRISVPIDLQKVDQFDPFTVPTISFICRELDAISTNEEEKEENEAESDVKHRTRDYKKTSLAPYVKVFEHFLENLDKSRKGELLKKSDLQKDF

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA PRIMASE LARGE SUBUNIT
分子量 formula_weight	29782.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MEFSGRKWRKLRLAGDQRNASYPHCLQFYLQPPSENISLIEFENLAIDRVKLLKSVENLGVSYVKGTEQYQSKLESELRKLKFSYRENLEDEYEPRRRDHISHFILRLAYCQSEELRRWFIQQEMDLLRFRFSILPKDKIQDFLKDSQLQFEAISDEEKTLREQEIVASSPSLSGLKLGFESIYKIPFADALDLFRGRKVYLEDGFAYVPLKDIVAIILNEFRAKLSKALALTARSLPAVQSDERLQPLLNHL

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	214

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4bpuA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	920 — DNA primase, PRIM domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA primase, PRIM domain

结构域编号 domain_id	4bpuB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	930 — Transcription Elongation Factor S-II; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 —

结构域编号 domain_id	4bpuC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	920 — DNA primase, PRIM domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA primase, PRIM domain

结构域编号 domain_id	4bpuD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	930 — Transcription Elongation Factor S-II; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	114.550 Å
晶胞边长 b length_b	68.640 Å
晶胞边长 c length_c	126.760 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.36 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	29.617 Å
R 因子 r_factor	0.2051
R_work r_work	0.2028
R_free r_free	0.2454

fit	/app/data/saxs_computation/bp/4bpu/4bpu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bp/4bpu/4bpu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bp/4bpu/4bpu.dat

Crystal structure of human primase in heterodimeric form, comprising PriS and truncated PriL lacking the C-terminal Fe-S domain.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA PRIMASE SMALL SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA PRIMASE LARGE SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)