SAXSdb — 4c93

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA POLYMERASE ALPHA-BINDING PROTEIN

SACCHAROMYCES CEREVISIAE

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 471–927 链 B； UniProt 471–927 链 C； UniProt 471–927	片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 471-927	DNA POLYMERASE ALPHA CATALYTIC SUBUNIT A × 2 （P13382）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：0.2 M TRI-SODIUM CITRATE PH 6.2, 7-9% PEG 8000	分辨率 2.69 Å R-free 0.210

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4C93	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4C8H Crystal structure of the C-terminal region of yeast Ctf4, selenomethionine protein. 提交 2013-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 471–927（457 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN 链 B 471–927（457 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN 链 C 471–927（457 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2 M TRI-SODIUM CITRATE PH 6.2, 7-9% PEG 8000	分辨率 2.69 Å R-free 0.225
4C8S Crystal structure of the C-terminal region of yeast Ctf4 提交 2013-10-01	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 471–927（457 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 471-927 链 B 471–927（457 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 471-927 链 C 471–927（457 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 471-927	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2 M TRI-SODIUM CITRATE PH 6.2, 7-9% PEG 8000	分辨率 3.00 Å R-free 0.205
4C95 Crystal structure of the carboxy-terminal domain of yeast Ctf4 bound to Sld5 提交 2013-10-02	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 471–927（457 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 471-927 链 B 471–927（457 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 471-927 链 C 471–927（457 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 471-927	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2 M TRI-SODIUM CITRATE PH 6.2, 7-9% PEG 8000	分辨率 2.69 Å R-free 0.214
5HOG Crystal structure of the carboxy-terminal domain of yeast Ctf4 bound to Dna2. 提交 2016-01-19	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 450–927（478 aa）片段：UNP residues 450-927 链 B 450–927（478 aa）片段：UNP residues 450-927 链 C 450–927（478 aa）片段：UNP residues 450-927	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；0.2 M tri-sodium citrate pH 6.2, 7-9% PEG 8000 and 0.45-0.9 M NaCl.	分辨率 3.09 Å R-free 0.226
5HOI Crystal structure of the carboxy-terminal domain of yeast Ctf4 bound to Tof2. 提交 2016-01-19	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 472–927（456 aa）片段：UNP residues 472-927 链 B 472–927（456 aa）片段：UNP residues 472-927 链 C 472–927（456 aa）片段：UNP residues 472-927	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；0.2 M tri-sodium citrate pH 6.2, 7-9% PEG 8000 and 0.45-0.9 M NaCl	分辨率 3.30 Å R-free 0.224
5NXQ Crystal structure of the carboxy-terminal domain of yeast Ctf4 bound to a stapled Sld5 CIP 提交 2017-05-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 471–927（457 aa）片段：UNP residues 471-927 链 B 471–927（457 aa）片段：UNP residues 471-927 链 C 471–927（457 aa）片段：UNP residues 471-927	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2 M tri-sodium citrate pH 6.2 7.5-9% (w/v) PEG 8000 0.40-0.65 M NaCI	分辨率 2.41 Å R-free 0.211
6PTJ Structure of Ctf4 trimer in complex with one CMG helicase 提交 2019-07-15	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 E 1–927（927 aa）链 F 1–927（927 aa）链 G 1–927（927 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6PTN Structure of Ctf4 trimer in complex with two CMG helicases 提交 2019-07-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：25-meric	链 E 1–927（927 aa）链 F 1–927（927 aa）链 G 1–927（927 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.80 Å
6PTO Structure of Ctf4 trimer in complex with three CMG helicases 提交 2019-07-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 X 1–927（927 aa）链 Y 1–927（927 aa）链 Z 1–927（927 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.00 Å
6SKL Cryo-EM structure of the CMG Fork Protection Complex at a replication fork - Conformation 1 提交 2019-08-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric	链 F 1–927（927 aa）片段：Mcm6 链 G 1–927（927 aa）片段：Mcm6 链 H 1–927（927 aa）片段：Mcm6	未记录	ZN ZINC ION × 5 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Three microlitres of sample was applied on a grid and incubated for 15-30 s at 4 degC before manually blotting with filter paper for 10 s and plunge-freezing in liquid ethane.	分辨率 3.70 Å
7PMN S. cerevisiae replisome-SCF(Dia2) complex bound to double-stranded DNA (conformation II) 提交 2021-09-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 F 1–927（927 aa）片段：Mcm6 链 G 1–927（927 aa）片段：Mcm6 链 H 1–927（927 aa）片段：Mcm6	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manual plunger	分辨率 3.20 Å
8B9A S. cerevisiae replisome + Ctf4, bound by pol alpha primase. Complex engaged with a fork DNA substrate containing a 60 nucleotide lagging strand. 提交 2022-10-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：23-meric	链 H 1–927（927 aa）链 K 1–927（927 aa）链 L 1–927（927 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8B9B S. cerevisiae replisome + Ctf4, bound by pol alpha. Complex engaged with a fork DNA substrate containing a 60 nucleotide lagging strand. 提交 2022-10-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：23-meric	链 H 1–927（927 aa）链 K 1–927（927 aa）链 L 1–927（927 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8KG6 Yeast replisome in state I 提交 2023-08-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric	链 F 1–927（927 aa）链 G 1–927（927 aa）链 H 1–927（927 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 5 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot with filter paper for 3-4 seconds before plunging.	分辨率 3.07 Å
8KG8 Yeast replisome in state II 提交 2023-08-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric	链 F 1–927（927 aa）链 G 1–927（927 aa）链 H 1–927（927 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 5 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot with filter paper for 3-4 seconds before plunging.	分辨率 4.23 Å
8KG9 Yeast replisome in state III 提交 2023-08-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric	链 F 1–927（927 aa）链 G 1–927（927 aa）链 H 1–927（927 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot with filter paper for 3-4 seconds before plunging.	分辨率 4.52 Å
8W7M Yeast replisome in state V 提交 2023-08-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：hexadecameric	链 F 1–927（927 aa）链 G 1–927（927 aa）链 H 1–927（927 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 5 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot with filter paper for 3-4 seconds before plunging.	分辨率 4.12 Å
8W7S Yeast replisome in state IV 提交 2023-08-31	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：hexadecameric	链 F 1–927（927 aa）链 G 1–927（927 aa）链 H 1–927（927 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot with filter paper for 3-4 seconds before plunging.	分辨率 7.39 Å
8XGC Structure of yeast replisome associated with FACT and histone hexamer, Composite map 提交 2023-12-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric	链 F 1–927（927 aa）链 G 1–927（927 aa）链 H 1–927（927 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 19 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CTF4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 22–478； UniProt 471–927 作者链 B； PDB构建体 22–478； UniProt 471–927 作者链 C； PDB构建体 22–478； UniProt 471–927

DNA POLYMERASE ALPHA CATALYTIC SUBUNIT A

物种未注明

UniProt P13382

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 137–149 链 E； UniProt 137–149	片段：CTF4-BINDING MOTIF, RESIDUES 137-149	DNA POLYMERASE ALPHA-BINDING PROTEIN × 3 （Q01454）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：0.2 M TRI-SODIUM CITRATE PH 6.2, 7-9% PEG 8000	分辨率 2.69 Å R-free 0.210

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4C93	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3FLO Crystal structure of the carboxyl-terminal domain of yeast DNA polymerase alpha in complex with its B subunit 提交 2008-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1263–1468（206 aa）片段：Cysteine-rich C-terminal domain, UNP residues 1263-1468	未记录	SO4 SULFATE ION × 19 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.1M MES, 1.26M Ammonium Sulfate, 3mM TCEP, pH6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.218
3FLO Crystal structure of the carboxyl-terminal domain of yeast DNA polymerase alpha in complex with its B subunit 提交 2008-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1263–1468（206 aa）片段：Cysteine-rich C-terminal domain, UNP residues 1263-1468	未记录	SO4 SULFATE ION × 15 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.1M MES, 1.26M Ammonium Sulfate, 3mM TCEP, pH6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.218
3FLO Crystal structure of the carboxyl-terminal domain of yeast DNA polymerase alpha in complex with its B subunit 提交 2008-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 1263–1468（206 aa）片段：Cysteine-rich C-terminal domain, UNP residues 1263-1468	未记录	SO4 SULFATE ION × 16 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.1M MES, 1.26M Ammonium Sulfate, 3mM TCEP, pH6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.218
3FLO Crystal structure of the carboxyl-terminal domain of yeast DNA polymerase alpha in complex with its B subunit 提交 2008-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 1263–1468（206 aa）片段：Cysteine-rich C-terminal domain, UNP residues 1263-1468	未记录	SO4 SULFATE ION × 15 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.1M MES, 1.26M Ammonium Sulfate, 3mM TCEP, pH6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.218
3OIQ Crystal structure of yeast telomere protein Cdc13 OB1 and the catalytic subunit of DNA polymerase alpha Pol1 提交 2010-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 215–250（36 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；23% PEG3350, 0.2M Magnisium formate, 0.1M Tris-HCl, 5mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.273
4B08 Yeast DNA polymerase alpha, Selenomethionine protein 提交 2012-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 349–1258（910 aa）片段：POLYMERASE DOMAIN, RESIDUES 349-1258	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9.4；0.1 M BICINE PH 8.0-9.4, 6-10% PEG 8000	分辨率 2.67 Å R-free 0.234
4FVM Crystal structure of yeast DNA polymerase alpha 提交 2012-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 349–1258（910 aa）片段：Polymerase domain, UNP residues 349-1258	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.4；291 K；0.1M Bicine, 6% PEG8000, pH 9.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.30 Å R-free 0.236
4FXD Crystal structure of yeast DNA polymerase alpha bound to DNA/RNA 提交 2012-07-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 349–1258（910 aa）片段：Polymerase domain, UNP residues 349-1258	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；0.1 M Bicine, 12% PEG3350, 10 mM MgCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
4FXD Crystal structure of yeast DNA polymerase alpha bound to DNA/RNA 提交 2012-07-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 349–1258（910 aa）片段：Polymerase domain, UNP residues 349-1258	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；0.1 M Bicine, 12% PEG3350, 10 mM MgCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
4FYD Crystal structure of yeast DNA polymerase alpha bound to DNA/RNA and dGTP 提交 2012-07-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 349–1258（910 aa）片段：Polymerase domain, UNP residues 349-1258	突变：R508A, N509A, D998N	DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；291 K；0.2M MgAc2, 10% PEG8000, microbatch, temperature 291K	分辨率 3.10 Å R-free 0.247
4FYD Crystal structure of yeast DNA polymerase alpha bound to DNA/RNA and dGTP 提交 2012-07-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 349–1258（910 aa）片段：Polymerase domain, UNP residues 349-1258	突变：R508A, N509A, D998N	DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；291 K；0.2M MgAc2, 10% PEG8000, microbatch, temperature 291K	分辨率 3.10 Å R-free 0.247
8B9A S. cerevisiae replisome + Ctf4, bound by pol alpha primase. Complex engaged with a fork DNA substrate containing a 60 nucleotide lagging strand. 提交 2022-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：23-meric	链 J 1–1468（1468 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8B9B S. cerevisiae replisome + Ctf4, bound by pol alpha. Complex engaged with a fork DNA substrate containing a 60 nucleotide lagging strand. 提交 2022-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：23-meric	链 J 1–1468（1468 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8B9C S. cerevisiae pol alpha - replisome complex 提交 2022-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 J 1–1468（1468 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å

共 9 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPOA_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–13； UniProt 137–149 作者链 E； PDB构建体 1–13； UniProt 137–149

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4c93
沉积日期 deposition_date	2013-10-02
结构标题 title	Crystal structure of the carboxy-terminal domain of yeast Ctf4 bound to Pol alpha.
关键词 keywords	DNA REPLICATION, ADAPTOR PROTEIN, BETA PROPELLER DOMAIN; DNA REPLICATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.71 Å
零角强度 I(0) i0	261228000.00
分子量 molecular_weight	133590.0 kDa
排除体积 excluded_volume	168390 Å³
包络体积 envelope_volume	216440 Å³
水化壳体积 shell_volume	51762 Å³
包络直径 envelope_diameter	112.2 Å
壳层 Rg shell_rg	41.81 Å
包络 Rg envelope_rg	33.72 Å
形状 Rg shape_rg	33.71 Å
总 Rg total_rg	34.32 Å
总原子数 total_atoms	9433
残基数 n_residues	1171
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	109.3 Å
Rg (实空间) rg_real	34.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6120e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.1630e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	261200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9021
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	40.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.184
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.562
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	84620000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.938; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.916

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA POLYMERASE ALPHA-BINDING PROTEIN
分子量 formula_weight	54447.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	9617

MGSSHHHHHHSQDPENLYFQGTGKFRYMPFSPAGTPFGFTDRRYLTMNEVGYVSTVKNSEQYSITVSFFDVGRFREYHFEDLFGYDLCFLNEKGTLFGQSKTGQIQYRPHDSIHSNWTKIIPLQAGERITSVAATPVRVIVGTSLGYFRSFNQFGVPFAVEKTSPIVALTAQNYRVFSVHYSQFHGLSYSLSELGTSSKRYYKRECPLPMSLPNINSDMKKDANLDYYNFNPMGIKSLFFSSYGDPCIFGSDNTLLLLSKWRSPEESKWLPILDSNMEIWKMSGGKETTDIHVWPLALAYDTLNCILVKGKHIWPEFPLPLPSEMEIRMPVFVKSKLLEENKAILNKKNEIGADTEAEEGEEDKEIQIPVSMAAEEEYLRSKVLSELLTDTLENDGEMYGNENEVLAALNGAYDKALLRLFASACSDQNVEKALSLAHELKQDRALTAAVKISERAELPSLVKKINNIREARYEQQLK

来源 Source

来源生物 organism	SACCHAROMYCES CEREVISIAE
通用名 common_name	YEAST
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA POLYMERASE ALPHA CATALYTIC SUBUNIT A
分子量 formula_weight	1513.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E

IDNFDDILGEFES

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	160

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	88.977 Å
晶胞边长 b length_b	99.998 Å
晶胞边长 c length_c	219.546 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.694 Å
最低分辨率 resolution_low	49.205 Å
R 因子 r_factor	0.1737
R_work r_work	0.1718
R_free r_free	0.2099

fit	/app/data/saxs_computation/c9/4c93/4c93.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c9/4c93/4c93.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c9/4c93/4c93.dat

Crystal structure of the carboxy-terminal domain of yeast Ctf4 bound to Pol alpha.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA POLYMERASE ALPHA-BINDING PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA POLYMERASE ALPHA CATALYTIC SUBUNIT A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)