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4cpv

REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF CALCIUM-LIGANDED CARP PARVALBUMIN 4.25 AT 1.5-ANGSTROMS RESOLUTION

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 43.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CALCIUM-BINDING PARVALBUMIN

Cyprinus carpio

UniProt P02618

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–108 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 1.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4CPV Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1B8C PARVALBUMIN 提交 1999-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–108（108 aa）
链 B 1–108（108 aa）
突变：D51A, E101D, F102W 突变：D51A, E101D, F102W MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 40% PEG 4000, 200 MM MGCL2, 50 M PH 7. THE CRYSTALS WERE GROWN AT 4 DEGREES C., pH 7.0
分辨率 2.00 Å R-free 0.300
1B8L Calcium-bound D51A/E101D/F102W Triple Mutant of Beta Carp Parvalbumin 提交 1999-02-01 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–108（108 aa）
突变：D51A, E101D, F102W CO3 CARBONATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.9；CRYSTALLIZATION CONDITIONS 40% PEG 4000, 50 MM CACL2, 50 M PH 7.0, 4 DEGREES C, pH 6.9
分辨率 1.70 Å R-free 0.227
1B8R PARVALBUMIN 提交 1999-02-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–108（108 aa）
突变：F102W CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；CRYSTALLIZATION CONDITIONS: PH 5.0 - 5.5, 3.1 - 3.2 M AMMONIUM SULFATE 0.05 - 0.10 M CACL2, ROOM TEMPERATURE, pH 7.0
分辨率 1.90 Å R-free 0.270
1B9A PARVALBUMIN (MUTATION;D51A, F102W) 提交 1999-02-10 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–108（108 aa）
突变：D51A, F102W CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0
分辨率 2.00 Å R-free 0.290
1CDP RESTRAINED LEAST SQUARES REFINEMENT OF NATIVE (CALCIUM) AND CADMIUM-SUBSTITUTED CARP PARVALBUMIN USING X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC DATA AT 1.6-ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1990-01-24 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–108（108 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CD CADMIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.60 Å
5CPV RESTRAINED LEAST SQUARES REFINEMENT OF NATIVE (CALCIUM) AND CADMIUM-SUBSTITUTED CARP PARVALBUMIN USING X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC DATA AT 1.6-ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1990-01-24 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–108（108 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.60 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PRVB_CYPCA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–109； UniProt 1–108

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4cpv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4cpv
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4cpv
沉积日期 deposition_date1989-10-18
结构标题 titleREFINED CRYSTAL STRUCTURE OF CALCIUM-LIGANDED CARP PARVALBUMIN 4.25 AT 1.5-ANGSTROMS RESOLUTION
关键词 keywordsCALCIUM BINDING; CALCIUM BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier14.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron12.62 Å
零角强度 I(0) i02727700.00
分子量 molecular_weight11553.0 kDa
排除体积 excluded_volume14513 ų
包络体积 envelope_volume15723 ų
水化壳体积 shell_volume10689 ų
包络直径 envelope_diameter40.9 Å
壳层 Rg shell_rg18.22 Å
包络 Rg envelope_rg12.78 Å
形状 Rg shape_rg12.57 Å
总 Rg total_rg14.05 Å
总原子数 total_atoms812
残基数 n_residues108
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax43.2 Å
Rg (实空间) rg_real14.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.19 Å
I(0) (实空间) i0_real2.7280e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7010e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal14.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2728000.0000
解质量估计 total_estimate0.8939
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary20.2 Å
偏度 Skewness skewness-0.029
峰度 Kurtosis kurtosis-0.388
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha325600.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.882; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.997
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd4cpva_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.4 — Parvalbumin

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id4cpvA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)