4d3c

Crystal structure of the NK1 domain of HGF in complex with anti-HGF monoclonal antibody SFN68.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 113.7 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HEPATOCYTE GROWTH FACTOR

HOMO SAPIENS

UniProt P14210

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 32–210 片段:RESIDUES 23-210 突变:YES SFN68 FAB × 1 SFN68 FAB × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.62 Å R-free 0.298

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 35 个其他 PDB 条目、45 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HGF_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 15–193; UniProt 32–210

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4d3c

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4d3c
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4d3c
沉积日期 deposition_date2014-10-21
结构标题 titleCrystal structure of the NK1 domain of HGF in complex with anti-HGF monoclonal antibody SFN68.
关键词 keywordsPROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.91
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.08
零角强度 I(0) i060481900.00
分子量 molecular_weight60132.0 kDa
排除体积 excluded_volume74680 ų
包络体积 envelope_volume97710 ų
水化壳体积 shell_volume29028 ų
包络直径 envelope_diameter122.1
壳层 Rg shell_rg34.57
包络 Rg envelope_rg31.39
形状 Rg shape_rg31.03
总 Rg total_rg31.52
总原子数 total_atoms4225
残基数 n_residues556
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax113.7
Rg (实空间) rg_real31.35
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.25
I(0) (实空间) i0_real6.0480e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.7860e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.16
I(0) (倒空间) i0_reciprocal60470000.0000
解质量估计 total_estimate0.5873
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary31.2
偏度 Skewness skewness0.707
峰度 Kurtosis kurtosis0.158
角度范围 angular_range— – 0.2550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7012000.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.616; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.115; Positv: 1.000; Valcen: 0.525; Smooth: 0.914

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd4d3ca1
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamilyg.14.1 — Kringle-like
家族 Family familyg.14.1.1 — Kringle modules
结构域编号 domain_idd4d3ch_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd4d3cl1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4d3cl2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id4d3cA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — Plasminogen Kringle 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Plasminogen Kringle 4
结构域编号 domain_id4d3cH01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4d3cH02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4d3cL01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4d3cL02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)