4d61

Cryo-EM structures of ribosomal 80S complexes with termination factors and cricket paralysis virus IRES reveal the IRES in the translocated state

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EUKARYOTIC PEPTIDE CHAIN RELEASE FACTOR SUBUNIT 1

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 35 RNA 2	18S RRNA × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN SA × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S3A × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S2 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S3 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S4, Y ISOFORM 1 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S5 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S6 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S7 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S8 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S9 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S10 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S11 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S12 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S13 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S14 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S15 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S16 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S17 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S18 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S19 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S20 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S21 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S15A × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S23 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S24 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S25 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S26 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S27 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S28 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S29 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S30 × 1 UBIQUITIN-40S RIBOSOMAL PROTEIN S27A × 1 GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN SUBUNIT BETA-2-LIKE 1 × 1 EUKARYOTIC PEPTIDE CHAIN RELEASE FACTOR GTP-BINDING SUBUNIT ERF3A × 1 （P15170） CRICKET PARALYSIS VIRUS IRES RNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ERF1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	35
链与序列区间	作者链 h； PDB构建体 1–433； UniProt 5–437

EUKARYOTIC PEPTIDE CHAIN RELEASE FACTOR GTP-BINDING SUBUNIT ERF3A

HOMO SAPIENS

UniProt P15170

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 35 RNA 2	18S RRNA × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN SA × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S3A × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S2 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S3 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S4, Y ISOFORM 1 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S5 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S6 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S7 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S8 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S9 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S10 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S11 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S12 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S13 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S14 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S15 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S16 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S17 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S18 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S19 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S20 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S21 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S15A × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S23 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S24 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S25 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S26 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S27 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S28 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S29 × 1 40S RIBOSOMAL PROTEIN S30 × 1 UBIQUITIN-40S RIBOSOMAL PROTEIN S27A × 1 GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN SUBUNIT BETA-2-LIKE 1 × 1 EUKARYOTIC PEPTIDE CHAIN RELEASE FACTOR SUBUNIT 1 × 1 （P62495） CRICKET PARALYSIS VIRUS IRES RNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ERF3A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	36
链与序列区间	作者链 i； PDB构建体 1–426； UniProt 210–635

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4d61
沉积日期 deposition_date	2014-11-07
结构标题 title	Cryo-EM structures of ribosomal 80S complexes with termination factors and cricket paralysis virus IRES reveal the IRES in the translocated state
关键词 keywords	CRPV IRES, RIBOSOME, TERMINATION, RELEASE FACTORS; RIBOSOME
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4d61__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4d61__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4d61__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	77.45 Å
Rg（电子密度）	77.98 Å
总 Rg	78.01 Å
原子数	86384
残基数	7584
排除体积	1393200 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4d61__assembly_1__model_1`	37-meric （37）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (37)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	18S RRNA
分子量 formula_weight	602776.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	86384

UACCUGGUUGAUCCUGCCAGUAGCAUAUGCUUGUCUCAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUCUAAGUACGCACGGCCGGUACAGUGAAACUGCGAAUGGCUCAUUAAAUCAGUUAUGGUUCCUUUGGUCGCUCGCUCCUCUCCCACUUGGAUAACUGUGGUAAUUCUAGAGCUAAUACAUGCCGACGGGCGCUGACCCCCUUCGCGGGGGGGAUGCGUGCAUUUAUCAGAUCAAAACCAACCCGGUCAGCCCCUCUCCGGCCCCGGCCGGGGGGCGGGCGCCGGCGGCUUUGGUGACUCUAGAUAACCUCGGGCCGAUCGCACGCCCCCCGUGGCGGCGACGACCCAUUCGAACGUCUGCCCUAUCAACUUUCGAUGGUAGUCGCCGUGCCUACCAUGGUGACCACGGGUGACGGGGAAUCAGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCACUCCCGACCCGGGGAGGUAGUGACGAAAAAUAACAAUACAGGACUCUUUCGAGGCCCUGUAAUUGGAAUGAGUCCACUUUAAAUCCUUUAACGAGGAUCCAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAAGUUGCUGCAGUUAAAAAGCUCGUAGUUGGAUCUUGGGAGCGGGCGGGCGGUCCGCCGCGAGGCGAGCCACCGCCCGUCCCCGCCCCUUGCCUCUCGGCGCCCCCUCGAUGCUCUUAGCUGAGUGUCCCGCGGGGCCCGAAGCGUUUACUUUGAAAAAAUUAGAGUGUUCAAAGCAGGCCCGAGCCGCCUGGAUACCGCAGCUAGGAAUAAUGGAAUAGGACCGCGGUUCUAUUUUGUUGGUUUUCGGAACUGAGGCCAUGAUUAAGAGGGACGGCCGGGGGCAUUCGUAUUGCGCCGCUAGAGGUGAAAUUCUUGGACCGGCGCAAGACGGACCAGAGCGAAAGCAUUUGCCAAGAAUGUUUUCAUUAAUCAAGAACGAAAGUCGGAGGUUCGAAGACGAUCAGAUACCGUCGUAGUUCCGACCAUAAACGAUGCCGACCGGCGAUGCGGCGGCGUUAUUCCCAUGACCCGCCGGGCAGCUUCCGGGAAACCAAAGUCUUUGGGUUCCGGGGGGAGUAUGGUUGCAAAGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGAGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGAAACCUCACCCGGCCCGGACACGGACAGGAUUGACAGAUUGAUAGCUCUUUCUCGAUUCCGUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGCGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGAUAACGAACGAGACUCUGGCAUGCUAACUAGUUACGCGACCCCCGAGCGGUCGGCGUCCCCCAACUUCUUAGAGGGACAAGUGGCGUUCAGCCACCCGAGAUUGAGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUCCGGGGCUGCACGCGCGCUACACUGACUGGCUCAGCGUGUGCCUACCCUACGCCGGCAGGCGCGGGUAACCCGUUGAACCCCAUUCGUGAUGGGGAUCGGGGAUUGCAAUUAUUCCCCAUGAACGAGGAAUUCCCAGUAAGUGCGGGUCAUAAGCUUGCGUUGAUUAAGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUACUACCGAUUGGAUGGUUUAGUGAGGCCCUCGGAUCGGCCCCGCCGGGGUCGGCCCACGGCCUCGGCGGAGCGCUGAGAAGACGGUCGAACUUGACUAUCUAGAGGAAGUAAAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUUA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	40S RIBOSOMAL PROTEIN SA
分子量 formula_weight	32883.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MSGALDVLQMKEEDVLKFLAAGTHLGGTNLDFQMEQYIYKRKSDGIYIINLKRTWEKLLLAARAIVAIENPADVSVISSRNTGQRAVLKFAAATGATPIAGRFTPGTFTNQIQAAFREPRLLVVTDPRADHQPLTEASYVNLPTIALCNTDSPLRYVDIAIPCNNKGAHSVGLMWWMLAREVLRMRGTISREHPWEVMPDLYFYRDPEEIEKEEQAAAEKAVTKEEFQGEWTAPAPEFTATQPEVADWSEGVQVPSVPIQQFPTEDWSAQPATEDWSAAPTAQATEWVGATTDWS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	40S RIBOSOMAL PROTEIN S3A
分子量 formula_weight	30002.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MAVGKNKRLTKGGKKGAKKKVVDPFSKKDWYDVKAPAMFNIRNIGKTLVTRTQGTKIASDGLKGRVFEVSLADLQNDEVAFRKFKLITEDVQGKNCLTNFHGMDLTRDKMCSMVKKWQTMIEAHVDVKTTDGYLLRLFCVGFTKKRNNQIRKTSYAQHQQVRQIRKKMMEIMTREVQTNDLKEVVNKLIPDSIGKDIEKACQSIYPLHDVFVRKVKMLKKPKFELGKLMELHGEGSSSGKATGDETGAKVERADGYEPPVQESV

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	40S RIBOSOMAL PROTEIN S2
分子量 formula_weight	31376.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MADDAGAAGGPGGPGGPGMGNRGGFRGGFGSGIRGRGRGRGRGRGRGRGARGGKAEDKEWMPVTKLGRLVKDMKIKSLEEIYLFSLPIKESEIIDFFLGASLKDEVLKIMPVQKQTRAGQRTRFKAFVAIGDYNGHVGLGVKCSKEVATAIRGAIILAKLSIVPVRRGYWGNKIGKPHTVPCKVTGRCGSVLVRLIPAPRGTGIVSAPVPKKLLMMAGIDDCYTSARGCTATLGNFAKATFDAISKTYSYLTPDLWKETVFTKSPYQEFTDHLVKTHTRVSVQRTQAPAVATT

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	40S RIBOSOMAL PROTEIN S3
分子量 formula_weight	26729.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MAVQISKKRKFVADGIFKAELNEFLTRELAEDGYSGVEVRVTPTRTEIIILATRTQNVLGEKGRRIRELTAVVQKRFGFPEGSVELYAEKVATRGLCAIAQAESLRYKLLGGLAVRRACYGVLRFIMESGAKGCEVVVSGKLRGQRAKSMKFVDGLMIHSGDPVNYYVDTAVRHVLLRQGVLGIKVKIMLPWDPTGKIGPKKPLPDHVSIVEPKDEILPTTPISEQKGGKPEPPAMPQPVPTA

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	40S RIBOSOMAL PROTEIN S4, Y ISOFORM 1
分子量 formula_weight	29512.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MARGPKKHLKRVAAPKHWMLDKLTGVFAPRPSTGPHKLRECLPLIVFLRNRLKYALTGDEVKKICMQRFIKIDGKVRVDVTYPAGFMDVISIEKTGEHFRLVYDTKGRFAVHRITVEEAKYKLCKVRKITVGVKGIPHLVTHDARTIRYPDPVIKVNDTVQIDLGTGKIINFIKFDTGNLCMVIGGANLGRVGVITNRERHPGSFDVVHVKDANGNSFATRLSNIFVIGNGNKPWISLPRGKGIRLTVAEERDKRLATKQSSG

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	40S RIBOSOMAL PROTEIN S5
分子量 formula_weight	22913.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MTEWETAAPAVAETPDIKLFGKWSTDDVQINDISLQDYIAVKEKYAKYLPHSAGRYAAKRFRKAQCPIVERLTNSMMMHGRNNGKKLMTVRIVKHAFEIIHLLTGENPLQVLVNAIINSGPREDSTRIGRAGTVRRQAVDVSPLRRVNQAIWLLCTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKGSSNSYAIKKKDELERVAKSNR

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	40S RIBOSOMAL PROTEIN S6
分子量 formula_weight	28751.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MKLNISFPATGCQKLIEVDDERKLRTFYEKRMATEVAADALGEEWKGYVVRISGGNDKQGFPMKQGVLTHGRVRLLLSKGHSCYRPRRTGERKRKSVRGCIVDANLSVLNLVIVKKGEKDIPGLTDTTVPRRLGPKRASRIRKLFNLSKEDDVRQYVVRKPLNKEGKKPRTKAPKIQRLVTPRVLQHKRRRIALKKQRTKKNKEEAAEYAKLLAKRMKEAKEKRQEQIAKRRRLSSLRASTSKSESSQK

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	40S RIBOSOMAL PROTEIN S7
分子量 formula_weight	22168.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MFSSSAKIVKPNGEKPDEFESGISQALLELEMNSDLKAQLRELNITAAKEIEVGGGRKAIIIFVPVPQLKSFQKIQVRLVRELEKKFSGKHVVFIAQRRILPKPTRKSRTKNKQKRPRSRTLTAVHDAILEDLVFPSEIVGKRIRVKLDGSRLIKVHLDKAQQNNVEHKVETFSGVYKKLTGKDVNFEFPEFQL

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	40S RIBOSOMAL PROTEIN S8
分子量 formula_weight	24263.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MGISRDNWHKRRKTGGKRKPYHKKRKYELGRPAANTKIGPRRIHTVRVRGGNKKYRALRLDVGNFSWGSECCTRKTRIIDVVYNASNNELVRTKTLVKNCIVLIDSTPYRQWYESHYALPLGRKKGAKLTPEEEEILNKKRSKKIQKKYDERKKNAKISSLLEEQFQQGKLLACIASRPGQCGRADGYVLEGKELEFYLRKIKARKGK

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	40S RIBOSOMAL PROTEIN S9
分子量 formula_weight	22641.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MPVARSWVCRKTYVTPRRPFEKSRLDQELKLIGEYGLRNKREVWRVKFTLAKIRKAARELLTLDEKDPRRLFEGNALLRRLVRIGVLDEGKMKLDYILGLKIEDFLERRLQTQVFKLGLAKSIHHARVLIRQRHIRVRKQVVNIPSFIVRLDSQKHIDFSLRSPYGGGRPGRVKRKNAKKGQGGAGAGDDEEED

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	40S RIBOSOMAL PROTEIN S10
分子量 formula_weight	18933.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MLMPKKNRIAIYELLFKEGVMVAKKDVHMPKHPELADKNVPNLHVMKAMQSLKSRGYVKEQFAWRHFYWYLTNEGIQYLRDYLHLPPEIVPATLRRSRPETGRPRPKGLEGERPARLTRGEADRDTYRRSAVPPGADKKAEAGAGSATEFQFRGGFGRGRGQPPQ

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	40S RIBOSOMAL PROTEIN S11
分子量 formula_weight	18468.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MADIQTERAYQKQPTIFQNKKRVLLGETGKEKLPRYYKNIGLGFKTPKEAIEGTYIDKKCPFTGNVSIRGRILSGVVTKMKMQRTIVIRRDYLHYIRKYNRFEKRHKNMSVHLSPCFRDVQIGDIVTVGECRPLSKTVRFNVLKVTKAAGTKKQFQKF

实体 14 Entity 14 polymer

描述 description	40S RIBOSOMAL PROTEIN S12
分子量 formula_weight	14539.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MAEEGIAAGGVMDVNTALQEVLKTALIHDGLARGIREAAKALDKRQAHLCVLASNCDEPMYVKLVEALCAEHQINLIKVDDNKKLGEWVGLCKIDREGKPRKVVGCSCVVVKDYGKESQAKDVIEEYFKCKK

实体 15 Entity 15 polymer

描述 description	40S RIBOSOMAL PROTEIN S13
分子量 formula_weight	17259.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MGRMHAPGKGLSQSALPYRRSVPTWLKLTSDDVKEQIYKLAKKGLTPSQIGVILRDSHGVAQVRFVTGNKILRILKSKGLAPDLPEDLYHLIKKAVAVRKHLERNRKDKDAKFRLILIESRIHRLARYYKTKRVLPPNWKYESSTASALVA

实体 16 Entity 16 polymer

描述 description	40S RIBOSOMAL PROTEIN S14
分子量 formula_weight	16302.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

MAPRKGKEKKEEQVISLGPQVAEGENVFGVCHIFASFNDTFVHVTDLSGKETICRVTGGMKVKADRDESSPYAAMLAAQDVAQRCKELGITALHIKLRATGGNRTKTPGPGAQSALRALARSGMKIGRIEDVTPIPSDSTRRKGGRRGRRL

实体 17 Entity 17 polymer

描述 description	40S RIBOSOMAL PROTEIN S15
分子量 formula_weight	17076.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MAEVEQKKKRTFRKFTYRGVDLDQLLDMSYEQLMQLYSARQRRRLNRGLRRKQHSLLKRLRKAKKEAPPMEKPEVVKTHLRDMIILPEMVGSMVGVYNGKTFNQVEIKPEMIGHYLGEFSITYKPVKHGRPGIGATHSSRFIPLK

实体 18 Entity 18 polymer

描述 description	40S RIBOSOMAL PROTEIN S16
分子量 formula_weight	16477.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q

MPSKGPLQSVQVFGRKKTATAVAHCKRGNGLIKVNGRPLEMIEPRTLQYKLLEPVLLLGKERFAGVDIRVRVKGGGHVAQIYAIRQSISKALVAYYQKYVDEASKKEIKDILIQYDRTLLVADPRRCESKKFGGPGARARYQKSYR

实体 19 Entity 19 polymer

描述 description	40S RIBOSOMAL PROTEIN S17
分子量 formula_weight	15578.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MGRVRTKTVKKAARVIIEKYYTRLGNDFHTNKRVCEEIAIIPSKKLRNKIAGYVTHLMKRIQRGPVRGISIKLQEEERERRDNYVPEVSALDQEIIEVDPDTKEMLKLLDFGSLSNLQVTQPTVGMNFKTPRGPV

实体 20 Entity 20 polymer

描述 description	40S RIBOSOMAL PROTEIN S18
分子量 formula_weight	17759.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

MSLVIPEKFQHILRVLNTNIDGRRKIAFAITAIKGVGRRYAHVVLRKADIDLTKRAGELTEDEVERVITIMQNPRQYKIPDWFLNRQKDVKDGKYSQVLANGLDNKLREDLERLKKIRAHRGLRHFWGLRVRGQHTKTTGRRGRTVGVSKKK

实体 21 Entity 21 polymer

描述 description	40S RIBOSOMAL PROTEIN S19
分子量 formula_weight	16091.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

MPGVTVKDVNQQEFVRALAAFLKKSGKLKVPEWVDTVKLAKHKELAPYDENWFYTRAASTARHLYLRGGAGVGSMTKIYGGRQRNGVMPSHFSRGSKSVARRVLQALEGLKMVEKDQDGGRKLTPQGQRDLDRIAGQVAAANKKH

实体 22 Entity 22 polymer

描述 description	40S RIBOSOMAL PROTEIN S20
分子量 formula_weight	13398.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

MAFKDTGKTPVEPEVAIHRIRITLTSRNVKSLEKVCADLIRGAKEKNLKVKGPVRMPTKTLRITTRKTPCGEGSKTWDRFQMRIHKRLIDLHSPSEIVKQITSISIEPGVEVEVTIADA

实体 23 Entity 23 polymer

描述 description	40S RIBOSOMAL PROTEIN S21
分子量 formula_weight	9124.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V

MQNDAGEFVDLYVPRKCSASNRIIGAKDHASIQMNVAEVDKVTGRFNGQFKTYAICGAIRRMGESDDSILRLAKADGIVSKNF

实体 24 Entity 24 polymer

描述 description	40S RIBOSOMAL PROTEIN S15A
分子量 formula_weight	14865.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W

MVRMNVLADALKSINNAEKRGKRQVLIRPCSKVIVRFLTVMMKHGYIGEFEIIDDHRAGKIVVNLTGRLNKCGVISPRFDVQLKDLEKWQNNLLPSRQFGFIVLTTSAGIMDHEEARRKHTGGKILGFFF

实体 25 Entity 25 polymer

描述 description	40S RIBOSOMAL PROTEIN S23
分子量 formula_weight	15844.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

MGKCRGLRTARKLRSHRRDQKWHDKQYKKAHLGTALKANPFGGASHAKGIVLEKVGVEAKQPNSAIRKCVRVQLIKNGKKITAFVPNDGCLNFIEENDEVLVAGFGRKGHAVGDIPGVRFKVVKVANVSLLALYKGKKERPRS

实体 26 Entity 26 polymer

描述 description	40S RIBOSOMAL PROTEIN S24
分子量 formula_weight	15463.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y

MNDTVTIRTRKFMTNRLLQRKQMVIDVLHPGKATVPKTEIREKLAKMYKTTPDVIFVFGFRTHFGGGKTTGFGMIYDSLDYAKKNEPKHRLARHGLYEKKKTSRKQRKERKNRMKKVRGTAKANVGAGKKPKE

实体 27 Entity 27 polymer

描述 description	40S RIBOSOMAL PROTEIN S25
分子量 formula_weight	13776.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z

MPPKDDKKKKDAGKSAKKDKDPVNKSGGKAKKKKWSKGKVRDKLNNLVLFDKATYDKLCKEVPNYKLITPAVVSERLKIRGSLARAALQELLSKGLIKLVSKHRAQVIYTRNTKGGDAPAAGEDA

实体 28 Entity 28 polymer

描述 description	40S RIBOSOMAL PROTEIN S26
分子量 formula_weight	13047.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a

MTKKRRNNGRAKKGRGHVQPIRCTNCARCVPKDKAIKKFVIRNIVEAAAVRDISEASVFDAYVLPKLYVKLHYCVSCAIHSKVVRNRSREARKDRTPPPRFRPAGAAPRPPPKPM

实体 29 Entity 29 polymer

描述 description	40S RIBOSOMAL PROTEIN S27
分子量 formula_weight	9480.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b

MPLAKDLLHPSPEEEKRKHKKKRLVQSPNSYFMDVKCPGCYKITTVFSHAQTVVLCVGCSTVLCQPTGGKARLTEGCSFRRKQH

实体 30 Entity 30 polymer

描述 description	40S RIBOSOMAL PROTEIN S28
分子量 formula_weight	7855.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	c

MDTSRVQPIKLARVTKVLGRTGSQGQCTQVRVEFMDDTSRSIIRNVKGPVREGDVLTLLESEREARRLR

实体 31 Entity 31 polymer

描述 description	40S RIBOSOMAL PROTEIN S29
分子量 formula_weight	6690.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	d

MGHQQLYWSHPRKFGQGSRSCRVCSNRHGLIRKYGLNMCRQCFRQYAKDIGFIKLD

实体 32 Entity 32 polymer

描述 description	40S RIBOSOMAL PROTEIN S30
分子量 formula_weight	6668.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	e

KVHGSLARAGKVRGQTPKVAKQEKKKKKTGRAKRRMQYNRRFVNVVPTFGKKKGPNANS

实体 33 Entity 33 polymer

描述 description	UBIQUITIN-40S RIBOSOMAL PROTEIN S27A
分子量 formula_weight	18004.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	f

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGGAKKRKKKSYTTPKKNKHKRKKVKLAVLKYYKVDENGKISRLRRECPSDECGAGVFMASHFDRHYCGKCCLTYCFNKPEDK

实体 34 Entity 34 polymer

描述 description	GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN SUBUNIT BETA-2-LIKE 1
分子量 formula_weight	35115.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	g

MTEQMTLRGTLKGHNGWVTQIATTPQFPDMILSASRDKTIIMWKLTRDETNYGIPQRALRGHSHFVSDVVISSDGQFALSGSWDGTLRLWDLTTGTTTRRFVGHTKDVLSVAFSSDNRQIVSGSRDKTIKLWNTLGVCKYTVQDESHSEWVSCVRFSPNSSNPIIVSCGWDKLVKVWNLANCKLKTNHIGHTGYLNTVTVSPDGSLCASGGKDGQAMLWDLNEGKHLYTLDGGDIINALCFSPNRYWLCAATGPSIKIWDLEGKIIVDELKQEVISTSSKAEPPQCTSLAWSADGQTLFAGYTDNLVRVWQVTIGTR

实体 35 Entity 35 polymer

描述 description	EUKARYOTIC PEPTIDE CHAIN RELEASE FACTOR SUBUNIT 1
分子量 formula_weight	49040.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	h

PSAADRNVEIWKIKKLIKSLEAARGNGTSMISLIIPPKDQISRVAKMLADEFGTASNIKSRVNRLSVLGAITSVQQRLKLYNKVPPNGLVVYCGTIVTEEGKEKKVNIDFEPFKPINTSLYLCDNKFHTEALTALLSDDSKFGFIVIDGSGALFGTLQGNTREVLHKFTVDLPKKHGRGGQSALRFARLRMEKRHNYVRKVAETAVQLFISGDKVNVAGLVLAGSADFKTELSQSDMFDQRLQSKVLKLVDISYGGENGFNQAIELSTEVLSNVKFIQEKKLIGRYFDEISQDTGKYCFGVEDTLKALEMGAVEILIVYENLDIMRYVLHCQGTEEEKILYLTPEQEKDKSHFTDKETGQEHELIESMPLLEWFANNYKKFGATLEIVTDKSQEGSQFVKGFGGIGGILRYRVDFQGMEYQGGDDEFFDLDDYLEH

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 36 Entity 36 polymer

描述 description	EUKARYOTIC PEPTIDE CHAIN RELEASE FACTOR GTP-BINDING SUBUNIT ERF3A
分子量 formula_weight	47888.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	i

KEHVNVVFIGHVDAGKSTIGGQIMYLTGMVDKRTLEKYEREAKEKNRETWYLSWALDTNQEERDKGKTVEVGRAYFETEKKHFTILDAPGHKSFVPNMIGGASQADLAVLVISARKGEFETGFEKGGQTREHAMLAKTAGVKHLIVLINKMDDPTVNWSNERYEECKEKLVPFLKKVGFNPKKDIHFMPCSGLTGANLKEQSDFCPWYIGLPFIPYLDNLPNFNRSVDGPIRLPIVDKYKDMGTVVLGKLESGSICKGQQLVMMPNKHNVEVLGILSDDVETDTVAPGENLKIRLKGIEEEEILPGFILCDPNNLCHSGRTFDAQIVIIEHKSIICPGYNAVLHIHTCIEEVEITALICLVDKKSGEKSKTRPRFVKQDQVCIARLRTAGTICLETFKDFPQMGRFTLRDEGKTIAIGKVLKLVPE

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 37 Entity 37 polymer

描述 description	CRICKET PARALYSIS VIRUS IRES RNA
分子量 formula_weight	64363.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	j

AAAAAUGUGAUCUUGCUUGUAAAUACAAUUUUGAGAGGUUAAUAAAUUACAAGUAGUGCUAUUUUUGUAUUUAGGUUAGCUAUUUAGCUUUACGUUCCAGGAUGCCUAGUGGCAGCCCCACAAUAUCCAGGAAGCCCUCUCUGCGGUUAUUCAGAUUAGGUAGUCGAAAAACCUAAGAAAUUUACCUUAAGGCUUCCUCGA

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	9.000 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	9.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	MULTI-REFERENCE TEMPLATE MATCHING
颗粒数 num_particles	64902

Cryo-EM structures of ribosomal 80S complexes with termination factors and cricket paralysis virus IRES reveal the IRES in the translocated state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EUKARYOTIC PEPTIDE CHAIN RELEASE FACTOR SUBUNIT 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

EUKARYOTIC PEPTIDE CHAIN RELEASE FACTOR GTP-BINDING SUBUNIT ERF3A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4d61__assembly_1__model_1

4d61__assembly_1__model_1 | I(q)

4d61__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (37)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

实体 9 Entity 9 polymer

聚合物 Polymer

实体 10 Entity 10 polymer

聚合物 Polymer

实体 11 Entity 11 polymer

聚合物 Polymer

实体 12 Entity 12 polymer

聚合物 Polymer

实体 13 Entity 13 polymer

聚合物 Polymer

实体 14 Entity 14 polymer

聚合物 Polymer

实体 15 Entity 15 polymer

聚合物 Polymer

实体 16 Entity 16 polymer

聚合物 Polymer

实体 17 Entity 17 polymer

聚合物 Polymer

实体 18 Entity 18 polymer

聚合物 Polymer

实体 19 Entity 19 polymer

聚合物 Polymer

实体 20 Entity 20 polymer

聚合物 Polymer

实体 21 Entity 21 polymer

聚合物 Polymer

实体 22 Entity 22 polymer

聚合物 Polymer

实体 23 Entity 23 polymer

聚合物 Polymer

实体 24 Entity 24 polymer

聚合物 Polymer

实体 25 Entity 25 polymer

聚合物 Polymer

实体 26 Entity 26 polymer