SAXSdb — 4do2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Regulatory protein rop

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–63 链 B； UniProt 1–63	突变：D30P, A31G	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；291 K；45%(v/v) methanol, 50 mM HEPES pH 6.4 and 100 mM Li2SO4, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.40 Å R-free 0.188

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4DO2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B6Q ALANINE 31 PROLINE MUTANT OF ROP PROTEIN 提交 1999-01-16	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–63（63 aa）	突变：A31P	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.3；pH 4.3	分辨率 1.80 Å R-free 0.240
1F4M P3(2) CRYSTAL STRUCTURE OF ALA2ILE2-6, A VERSION OF ROP WITH A REPACKED HYDROPHOBIC CORE AND A NEW FOLD. 提交 2000-06-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–63（63 aa）链 B 1–63（63 aa）	突变：M1G,A8I,T19A,L22I,L26A,Q34I,C38A,L41I,L48I,C52A 突变：M1G,A8I,T19A,L22I,L26A,Q34I,C38A,L41I,L48I,C52A	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；MPD, calcium chloride, sodium HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.25 Å R-free 0.282
1F4M P3(2) CRYSTAL STRUCTURE OF ALA2ILE2-6, A VERSION OF ROP WITH A REPACKED HYDROPHOBIC CORE AND A NEW FOLD. 提交 2000-06-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–63（63 aa）链 D 1–63（63 aa）	突变：M1G,A8I,T19A,L22I,L26A,Q34I,C38A,L41I,L48I,C52A 突变：M1G,A8I,T19A,L22I,L26A,Q34I,C38A,L41I,L48I,C52A	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；MPD, calcium chloride, sodium HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.25 Å R-free 0.282
1F4M P3(2) CRYSTAL STRUCTURE OF ALA2ILE2-6, A VERSION OF ROP WITH A REPACKED HYDROPHOBIC CORE AND A NEW FOLD. 提交 2000-06-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–63（63 aa）链 F 1–63（63 aa）	突变：M1G,A8I,T19A,L22I,L26A,Q34I,C38A,L41I,L48I,C52A 突变：M1G,A8I,T19A,L22I,L26A,Q34I,C38A,L41I,L48I,C52A	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；MPD, calcium chloride, sodium HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.25 Å R-free 0.282
1F4N C2 CRYSTAL STRUCTURE OF ALA2ILE2-6, A VERSION OF ROP WITH A REPACKED HYDROPHOBIC CORE AND A NEW FOLD. 提交 2000-06-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–63（63 aa）链 B 1–63（63 aa）	突变：M1G,A8I,T19A,L22I,L26A,Q34I,C38A,L41I,L48I,C52A 突变：M1G,A8I,T19A,L22I,L26A,Q34I,C38A,L41I,L48I,C52A	CA CALCIUM ION × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；MPD, calcium chloride, sodium HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.90 Å R-free 0.237
1F4N C2 CRYSTAL STRUCTURE OF ALA2ILE2-6, A VERSION OF ROP WITH A REPACKED HYDROPHOBIC CORE AND A NEW FOLD. 提交 2000-06-08	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–63（63 aa）链 B 1–63（63 aa）	突变：M1G,A8I,T19A,L22I,L26A,Q34I,C38A,L41I,L48I,C52A 突变：M1G,A8I,T19A,L22I,L26A,Q34I,C38A,L41I,L48I,C52A	CA CALCIUM ION × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；MPD, calcium chloride, sodium HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.90 Å R-free 0.237
1GMG ALANINE 31 PROLINE MUTANT OF ROP PROTEIN, MONOCLINIC FORM 提交 2001-09-13	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–63（63 aa）	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.8；37% (V/V) ETHANOL, 450 MM NACL, 50 MM CITRATE BUFFER PH4.8, 1MM EDTA, USING THE DIALYSIS METHOD., pH 4.80	分辨率 1.90 Å R-free 0.232
1GMG ALANINE 31 PROLINE MUTANT OF ROP PROTEIN, MONOCLINIC FORM 提交 2001-09-13	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–63（63 aa）	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.8；37% (V/V) ETHANOL, 450 MM NACL, 50 MM CITRATE BUFFER PH4.8, 1MM EDTA, USING THE DIALYSIS METHOD., pH 4.80	分辨率 1.90 Å R-free 0.232
1GTO HIGH RESOLUTION STRUCTURE OF A HYPERSTABLE HELICAL BUNDLE PROTEIN MUTANT 提交 1996-04-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–62（61 aa）	突变：M1G, D30G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.82 Å R-free 0.280
1GTO HIGH RESOLUTION STRUCTURE OF A HYPERSTABLE HELICAL BUNDLE PROTEIN MUTANT 提交 1996-04-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–62（61 aa）链 C 2–62（61 aa）	突变：M1G, D30G 突变：M1G, D30G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.82 Å R-free 0.280
1NKD ATOMIC RESOLUTION (1.07 ANGSTROMS) STRUCTURE OF THE ROP MUTANT <2AA> 提交 1997-09-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–63（63 aa）	突变：INS(A-D31-A)	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.09 Å R-free 0.134
1QX8 Crystal structure of a five-residue deletion mutant of the Rop protein 提交 2003-09-04	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–63（63 aa）链 B 1–63（63 aa）	突变：Deletion [30D-34Q] 突变：Deletion [30D-34Q]	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；NaCl, methanol, Bis-Tris, DTT, EDTA, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.02 Å R-free 0.212
1ROP STRUCTURE OF THE COL*E1 ROP PROTEIN AT 1.7 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1991-04-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–63（63 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.70 Å
1RPO RESTORED HEPTAD PATTERN CONTINUITY DOES NOT ALTER THE FOLDING OF A 4-ALPHA-HELICAL BUNDLE 提交 1994-08-25	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–63（63 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.40 Å
1RPR THE STRUCTURE OF COLE1 ROP IN SOLUTION 提交 1991-10-09	突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–63（63 aa）链 B 1–63（63 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1YO7 Re-engineering topology of the homodimeric ROP protein into a single-chain 4-helix bundle 提交 2005-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–56（56 aa）链 A 32–56（25 aa）链 A 3–29（27 aa）	突变：R55S 突变：R55S 突变：R55S	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；293 K；10% PEG 2000, 50mM Tris-HCl pH6.6, 40mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.310
1YO7 Re-engineering topology of the homodimeric ROP protein into a single-chain 4-helix bundle 提交 2005-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–56（56 aa）链 B 32–56（25 aa）链 B 3–29（27 aa）	突变：R55S 突变：R55S 突变：R55S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；293 K；10% PEG 2000, 50mM Tris-HCl pH6.6, 40mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.310
2GHY Novel Crystal Form of the ColE1 Rom Protein 提交 2006-03-28	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–63（63 aa）链 B 1–63（63 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；30% PEG MME 2000, 0.1M sodium acetate, pH4.6, and 0.2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.263
2IJH Crystal structure analysis of ColE1 ROM mutant F14W 提交 2006-09-29	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–63（63 aa）链 B 1–63（63 aa）	突变：M1G, F14W 突变：M1G, F14W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；273 K；Well solution: 20% glycerol, 0.1 M sodium acetate pH 5.5, 0.1 M sodium chloride. Protein solution: protein 5 mg/ml, 0.01 M Tris pH 6.8, 0.05 M sodium chloride. Drops: equal volumes of well and protein solutions., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K	分辨率 1.80 Å R-free 0.230
2IJH Crystal structure analysis of ColE1 ROM mutant F14W 提交 2006-09-29	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–63（63 aa）	突变：M1G, F14W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；273 K；Well solution: 20% glycerol, 0.1 M sodium acetate pH 5.5, 0.1 M sodium chloride. Protein solution: protein 5 mg/ml, 0.01 M Tris pH 6.8, 0.05 M sodium chloride. Drops: equal volumes of well and protein solutions., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K	分辨率 1.80 Å R-free 0.230
2IJI Structure of F14H mutant of ColE1 Rom protein 提交 2006-09-29	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–63（63 aa）	突变：M1G, F14H	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；1uL protein solution (0.5-1 mM) was mixed with 1 uL well buffer (0.1M sodium acetate pH 5.5, 0.1M sodium chloride, 37 40% ethanol, and 20% glycerol), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.30 Å R-free 0.292
2IJJ Crystal structure analysis of ColE1 ROM mutant F14Y 提交 2006-09-29	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–63（63 aa）链 B 1–63（63 aa）	突变：M1G, F14Y 突变：M1G, F14Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；273 K；Well solution: 22% MPD, 0.1 M sodium acetate pH 5.5, 0.1 M sodium chloride. Protein solution: protein 2.5 mg/ml, 0.01 M Tris pH 6.5, 0.05 M sodium chloride. Drops: equal volumes of well and protein solutions., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K	分辨率 1.90 Å R-free 0.263
2IJJ Crystal structure analysis of ColE1 ROM mutant F14Y 提交 2006-09-29	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–63（63 aa）	突变：M1G, F14Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；273 K；Well solution: 22% MPD, 0.1 M sodium acetate pH 5.5, 0.1 M sodium chloride. Protein solution: protein 2.5 mg/ml, 0.01 M Tris pH 6.5, 0.05 M sodium chloride. Drops: equal volumes of well and protein solutions., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K	分辨率 1.90 Å R-free 0.263
2IJK Structure of a Rom protein dimer at 1.55 angstrom resolution 提交 2006-09-29	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–63（63 aa）链 B 1–63（63 aa）	突变：M1G 突变：M1G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；Hanging drop contained 1 uL protein/RNA mixture (0.3 0.4 mM complex) and 1 uL well buffer (50 mM sodium cacodylate pH 6.0, 0.1 M potassium chloride, 25 mM magnesium chloride, and 15% isopropanol)., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.55 Å R-free 0.216
3K79 C38A, C52V Cysteine-Free Variant of Rop (Rom) 提交 2009-10-12	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–63（62 aa）	突变：C38A, C52V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；25-30% methanol, 100 mM MES, 300 mM NaCl, 10% glycerol, pH 5.7-5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.96 Å R-free 0.250
7KAE Rop protein variant with a buried tryptophan 提交 2020-09-30	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–57（56 aa）片段：engineered variant 链 B 2–57（56 aa）片段：engineered variant	突变：R16Q, S17N, L20Q, C38A, C52A, F56W 突变：R16Q, S17N, L20Q, C38A, C52A, F56W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；295 K；28% (w/v) PEG 400, 300 mM NaCl, 100 mM NaHEPES	分辨率 1.60 Å R-free 0.224

共 18 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ROP_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–63； UniProt 1–63 作者链 B； PDB构建体 1–63； UniProt 1–63

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4do2
沉积日期 deposition_date	2012-02-09
结构标题 title	Crystal Structure of the Rop protein mutant D30P/A31G at resolution 1.4 resolution.
关键词 keywords	;protein structure, protein folding, Rop protein, bacterial protein, mutation, 4-alpha-helical bundle, loop, RNA binding protein, ColE1 plasmid copy number ;; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.52 Å
零角强度 I(0) i0	3706190.00
分子量 molecular_weight	13020.0 kDa
排除体积 excluded_volume	16028 Å³
包络体积 envelope_volume	18259 Å³
水化壳体积 shell_volume	11156 Å³
包络直径 envelope_diameter	49.9 Å
壳层 Rg shell_rg	19.64 Å
包络 Rg envelope_rg	14.97 Å
形状 Rg shape_rg	14.49 Å
总 Rg total_rg	15.58 Å
总原子数 total_atoms	909
残基数 n_residues	114
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	59.9 Å
Rg (实空间) rg_real	15.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7060e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.5380e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3706000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6824
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	51.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.458
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.170
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2520000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.412; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.631; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d4do2a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.30 — ROP-like
超家族 Superfamily superfamily	a.30.1 — ROP protein
家族 Family family	a.30.1.1 — ROP protein

结构域编号 domain_id	d4do2b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.30 — ROP-like
超家族 Superfamily superfamily	a.30.1 — ROP protein
家族 Family family	a.30.1.1 — ROP protein

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4do2A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 —

结构域编号 domain_id	4do2B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 —

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	26.669 Å
晶胞边长 b length_b	38.823 Å
晶胞边长 c length_c	56.644 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.87 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.401 Å
最低分辨率 resolution_low	55.640 Å
R 因子 r_factor	0.1602
R_work r_work	0.1587
R_free r_free	0.1877

描述 description	Regulatory protein rop
分子量 formula_weight	8163.0 kDa
突变 mutation	D30P, A31G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1102

Crystal Structure of the Rop protein mutant D30P/A31G at resolution 1.4 resolution.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Regulatory protein rop

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	169

fit	/app/data/saxs_computation/do/4do2/4do2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/do/4do2/4do2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/do/4do2/4do2.dat