4drb

The crystal structure of FANCM bound MHF complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Centromere protein S

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Fanconi anemia group M protein × 1 （Q8IYD8） Centromere protein X × 2 （A8MT69） water × 5	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Fanconi anemia group M protein × 1 （Q8IYD8） Centromere protein X × 2 （A8MT69） water × 5	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Fanconi anemia group M protein × 1 （Q8IYD8） Centromere protein X × 2 （A8MT69） water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CENPS_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–120； UniProt 1–114 作者链 B； PDB构建体 7–120； UniProt 1–114 作者链 D； PDB构建体 7–120； UniProt 1–114 作者链 E； PDB构建体 7–120； UniProt 1–114 作者链 G； PDB构建体 7–120； UniProt 1–114 作者链 H； PDB构建体 7–120； UniProt 1–114

Fanconi anemia group M protein

Homo sapiens

UniProt Q8IYD8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Centromere protein S × 2 （Q8N2Z9） Centromere protein X × 2 （A8MT69） water × 5	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Centromere protein S × 2 （Q8N2Z9） Centromere protein X × 2 （A8MT69） water × 5	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Centromere protein S × 2 （Q8N2Z9） Centromere protein X × 2 （A8MT69） water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FANCM_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–141； UniProt 661–800 作者链 F； PDB构建体 2–141； UniProt 661–800 作者链 I； PDB构建体 2–141； UniProt 661–800

Centromere protein X

Homo sapiens

UniProt A8MT69

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Centromere protein S × 2 （Q8N2Z9） Fanconi anemia group M protein × 1 （Q8IYD8） water × 5	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Centromere protein S × 2 （Q8N2Z9） Fanconi anemia group M protein × 1 （Q8IYD8） water × 5	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Centromere protein S × 2 （Q8N2Z9） Fanconi anemia group M protein × 1 （Q8IYD8） water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CENPX_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 4–84； UniProt 1–81 作者链 K； PDB构建体 4–84； UniProt 1–81 作者链 L； PDB构建体 4–84； UniProt 1–81 作者链 M； PDB构建体 4–84； UniProt 1–81 作者链 N； PDB构建体 4–84； UniProt 1–81 作者链 O； PDB构建体 4–84； UniProt 1–81

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4drb
沉积日期 deposition_date	2012-02-17
结构标题 title	The crystal structure of FANCM bound MHF complex
关键词 keywords	;DNA repair, DNA binding complex, Histone fold, DNA damage repair, DNA binding, DNA BINDING-PROTEIN BINDING complex, DNA BINDING PROTEIN-PROTEIN BINDING complex ;; DNA BINDING PROTEIN/PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4drb__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4drb__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4drb__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.40 Å
Rg（电子密度）	22.24 Å
总 Rg	23.01 Å
原子数	3300
残基数	436
排除体积	58343 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4drb__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4drb__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4drb__assembly_3__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Centromere protein S
分子量 formula_weight	14325.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,D,E,G,H
原子数 atom_count	10508

HHHHHHMEEEAETEEQQRFSYQQRLKAAVHYTVGCLCEEVALDKEMQFSKQTIAAISELTFRQCENFAKDLEMFARHAKRTTINTEDVKLLARRSNSLLKYITDKSEEIAQINLERKAQK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Fanconi anemia group M protein
分子量 formula_weight	16845.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I

GSIFSYRDGMRQSSLKKDWFLSEEEFKLWNRLYRLRDSDEIKEITLPQVQFSSLQNEENKPAQESTTGIHQLSLSEWRLWQDHPLPTHQVDHSDRCRHFIGLMQMIEGMRHEEGECSYELEVESYLQMEDVTSTFIAPRNE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Centromere protein X
分子量 formula_weight	9348.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,K,L,M,N,O

GSHMEGAGAGSGFRKELVSRLLHLHFKDDKTKVSGDALQLMVELLKVFVVEAAVRGVRQAQAEDALRVDVDQLEKVLPQLLLDF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	120

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id	4drbA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	4drbB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	4drbD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	4drbE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	4drbG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	4drbH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	4drbJ01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4980 —

结构域编号 domain_id	4drbJ02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	130 — GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	4drbK01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4980 —

结构域编号 domain_id	4drbK02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	130 — GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	4drbL01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4980 —

结构域编号 domain_id	4drbL02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	130 — GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	4drbM01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4980 —

结构域编号 domain_id	4drbM02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	130 — GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	4drbN01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4980 —

结构域编号 domain_id	4drbN02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	130 — GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	4drbO01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4980 —

结构域编号 domain_id	4drbO02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	130 — GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

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晶胞边长 a length_a	111.317 Å
晶胞边长 b length_b	70.025 Å
晶胞边长 c length_c	115.751 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.41 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.634 Å
最低分辨率 resolution_low	49.670 Å
R 因子 r_factor	0.2223
R_work r_work	0.2205
R_free r_free	0.2556

The crystal structure of FANCM bound MHF complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Centromere protein S

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Fanconi anemia group M protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Centromere protein X

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4drb__assembly_2__model_1

4drb__assembly_2__model_1 | I(q)

4drb__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)

The crystal structure of FANCM bound MHF complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Centromere protein S

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Fanconi anemia group M protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Centromere protein X

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4drb__assembly_2__model_1

4drb__assembly_2__model_1 | I(q)

4drb__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)