SAXSdb — 4e18

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vinculin

Gallus gallus

UniProt P12003

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–259	片段：D1 domain (UNP residues 1-259)	Catenin alpha-1 × 1 （P26231）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；22% PEG3350, 100 mM bis-tris-propane, pH 8.0, 100 mM sodium nitrate, 3 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4E18	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1QKR Crystal structure of the vinculin tail and a pathway for activation 提交 1999-08-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 878–1065（188 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；25% (W/V) PEG 2000, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M CH3COO PH 5.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.248
1QKR Crystal structure of the vinculin tail and a pathway for activation 提交 1999-08-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 878–1065（188 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；25% (W/V) PEG 2000, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M CH3COO PH 5.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.248
1ST6 Crystal structure of a cytoskeletal protein 提交 2004-03-25	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1065（1065 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；303 K；ammonium sulphate, cacodylic acid, dtt, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 303K	分辨率 3.10 Å R-free 0.357
1T01 Vinculin complexed with the VBS1 helix from talin 提交 2004-04-07	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–254（254 aa）片段：vinculin head	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；293 K；30%PEG 5000, 0.1M MES, 0.2M Ammonium Sulphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 6.50	分辨率 2.06 Å R-free 0.303
1U6H Vinculin head (0-258) in complex with the talin vinculin binding site 2 (849-879) 提交 2004-07-30	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 0–258（259 aa）片段：Residues 0-258	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 8000, Tris-HCl, magnesium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.38 Å R-free 0.322
1XWJ Vinculin head (1-258) in complex with the talin vinculin binding site 3 (1945-1969) 提交 2004-11-01	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–258（258 aa）片段：residues -21-258	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1M NaH2PO4, 1M K2HPO4, 0.1M CAPS, pH 10.9, 3% Hexanediol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.281
1ZVZ Vinculin Head (0-258) in Complex with the Talin Rod Residue 820-844 提交 2005-06-03	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–258（258 aa）片段：Residues 0-258	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.276
1ZW2 Vinculin Head (0-258) in Complex with the Talin Rod residues 2345-2369 提交 2005-06-03	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–258（258 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；100mM Tris, pH 7.0, 20% PEG 2000 MME, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.295
1ZW3 Vinculin Head (0-258) in Complex with the Talin Rod residues 1630-1652 提交 2005-06-03	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–258（258 aa）片段：Residues 0-258	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；293 K；1.2M NaH2PO4/0.8M K2HPO4, 100mM CAPS, pH 10.5, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.307
2GDC Structure of Vinculin VD1 / IpaA560-633 complex 提交 2006-03-15	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–265（265 aa）片段：VD1 domain (RESIDUES 0-265)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, 10% 2-propanol, 20% PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.74 Å R-free 0.294
3JBI MDFF model of the vinculin tail domain bound to F-actin 提交 2015-09-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 V 879–1130（252 aa）片段：tail domain (UNP residues 879-1130)	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50 mM KCl, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 10 mM imidazole；pH 7；50 mM KCl, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 10 mM imidazole cryo-EM玻璃化条件 3 microliters of 0.3 micromolar actin was applied to the grid and incubated for 60 seconds at 25 degrees C. 3 microliters of 10 micromolar Vt was then applied and incubated for 60 seconds. 3 microliters of solution was removed, then an additional 3 microliters of Vt applied. After 60 seconds, 3 microliters of solution was removed, then the grid was blotted for 2 seconds before plunging.；冷冻剂 ETHANE；3 microliters of 0.3 micromolar actin was applied to the grid and incubated for 60 seconds at 25 degrees C. 3 microliters of 10 micromolar Vt was then applied and incubated for 60 seconds. 3 microliters of solution was removed, then an additional 3 microliters of Vt applied. After 60 seconds, 3 microliters of solution was removed, then the grid was blotted for 2 seconds before plunging into liquid ethane (LEICA EM GP).	分辨率 8.50 Å
3ZDL Vinculin head (1-258) in complex with a RIAM fragment 提交 2012-11-28	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–259（259 aa）片段：VD1 DOMAIN, RESIDUES 1-259	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 1.2M AMMONIUM SULPHATE, 0.05M TRI-SODIUM CITRATE, 3% ISOPROPANOL	分辨率 2.30 Å R-free 0.230
4E17 Alpha-E-catenin is an autoinhibited molecule that co-activates vinculin 提交 2012-03-05	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–259（259 aa）片段：D1 domain (UNP residues 1-259)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；283 K；20% PEG8000, 100 mM MES, pH 6.8, 3 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 2.30 Å R-free 0.240
6FQ4 Structure of Chlamydial virulence factor TarP and vinculin head domain 提交 2018-02-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–259（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate pH 5.6, 20% 2-propanol	分辨率 2.89 Å R-free 0.346
6NR7 Rerefinement of chicken vinculin 提交 2019-01-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1066（1066 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 KYG (1R,2R,3S,4R,5R,6S)-4-{[(S)-[(2S)-2,3-dihydroxypropoxy](hydroxy)phosphoryl]oxy}-3,5,6-trihydroxycyclohexane-1,2-diyl bis[dihydrogen (phosphate)] × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；303 K；ammonium sulphate, cacodylic acid, dtt, pH 6.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.315

共 14 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VINC_CHICK
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–263； UniProt 1–259

Catenin alpha-1

Mus musculus

UniProt P26231

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 302–356	片段：vinculin binding domain (UNP residues 302-356)	Vinculin × 1 （P12003）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；22% PEG3350, 100 mM bis-tris-propane, pH 8.0, 100 mM sodium nitrate, 3 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4E18	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DOV CRYSTAL STRUCTURE OF THE ALPHA-CATENIN DIMERIZATION DOMAIN 提交 1999-12-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 82–262（181 aa）片段：DIMERIZATION DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.9；295 K；PEG 400, Tris, urea, dithiothreitol, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.00 Å R-free 0.263
1DOV CRYSTAL STRUCTURE OF THE ALPHA-CATENIN DIMERIZATION DOMAIN 提交 1999-12-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 82–262（181 aa）片段：DIMERIZATION DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.9；295 K；PEG 400, Tris, urea, dithiothreitol, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.00 Å R-free 0.263
1DOW CRYSTAL STRUCTURE OF A CHIMERA OF BETA-CATENIN AND ALPHA-CATENIN 提交 1999-12-21	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–261（205 aa）片段：DIMERIZATION AND BETA-CATENIN BINDING REGION	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；PEG 2000 monomethylether, HEPES, urea, ethanol, Dithiothreitol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K	分辨率 1.80 Å R-free 0.233
4E17 Alpha-E-catenin is an autoinhibited molecule that co-activates vinculin 提交 2012-03-05	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 321–356（36 aa）片段：vinculin binding domain (UNP residues 321-356)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；283 K；20% PEG8000, 100 mM MES, pH 6.8, 3 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 2.30 Å R-free 0.240
4K1N Crystal structure of full-length mouse alphaE-catenin 提交 2013-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–906（906 aa）链 B 1–906（906 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M Sodium Citrate, 20% (w/v) PEG-3350, vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 6.50 Å R-free 0.247
5Y04 Crystal Structure of the complex between the vinculin D1 domain and alphaE-catenin 提交 2017-07-14	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 276–375（100 aa）片段：UNP RESIDUES 276-375	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；100MM IMIDAZOLE, 0.5-0.7M POTASSIUM TARTRATE, 0.35M SODIUM FORMATE	分辨率 2.85 Å R-free 0.281
6DV1 Crystal structure of the alpha-E-catenin actin-binding domain 提交 2018-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 652–906（255 aa）链 B 652–906（255 aa）	未记录	BR BROMIDE ION × 5 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M potassium bromide, 2.2 M ammonium sulfate, 3% w/v D-galactose	分辨率 2.20 Å R-free 0.252
6O3E mouse aE-catenin 82-883 提交 2019-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 82–883（802 aa）链 B 82–883（802 aa）	突变：C116S 突变：C116S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；50 mM Tris, pH 8.5, 60 mM lithium sulfate, 23.5 % PEG 400	分辨率 4.00 Å R-free 0.243
6WVT Structural basis of alphaE-catenin - F-actin catch bond behavior 提交 2020-05-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 K 671–906（236 aa）链 L 671–906（236 aa）链 N 671–906（236 aa）链 O 671–906（236 aa）链 Q 671–906（236 aa）链 X 671–906（236 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.56 Å
9DVA F-actin binding interface of alpha-E-catenin ABD (cadherin-catenin complex) and afadin 提交 2024-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 F 1–906（906 aa）链 H 1–906（906 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CTNA1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 5–59； UniProt 302–356

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4e18
沉积日期 deposition_date	2012-03-05
结构标题 title	Alpha-E-catenin is an autoinhibited molecule that co-activates vinculin
关键词 keywords	four helix bundle, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.42 Å
零角强度 I(0) i0	18825700.00
分子量 molecular_weight	32834.0 kDa
排除体积 excluded_volume	41168 Å³
包络体积 envelope_volume	52670 Å³
水化壳体积 shell_volume	19051 Å³
包络直径 envelope_diameter	102.6 Å
壳层 Rg shell_rg	29.69 Å
包络 Rg envelope_rg	26.99 Å
形状 Rg shape_rg	26.44 Å
总 Rg total_rg	26.76 Å
总原子数 total_atoms	2295
残基数 n_residues	293
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	97.0 Å
Rg (实空间) rg_real	26.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8830e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0540e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18820000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7482
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.694
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.073
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6059000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.495; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.275; Smooth: 0.963

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Vinculin
分子量 formula_weight	29379.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2376

GGIQMPVFHTRTIESILEPVAQQISHLVIMHEEGEVDGKAIPDLTAPVSAVQAAVSNLVRVGKETVQTTEDQILKRDMPPAFIKVENACTKLVRAAQMLQADPYSVPARDYLIDGSRGILSGTSDLLLTFDEAEVRKIIRVCKGILEYLTVAEVVETMEDLVTYTKNLGPGMTKMAKMIDERQQELTHQEHRVMLVNSMNTVKELLPVLISAMKIFVTTKNTKSQGIEEALKNRNFTVEKMSAEINEIIRVLQLTSWDEDAWA

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Catenin alpha-1
分子量 formula_weight	6431.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GGIQRPSLEERLESIISGAALMADSSCTRDDRRERIVAECNAVRQALQDLLSEYMGNAG

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	74

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d4e18a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.9 — alpha-catenin/vinculin-like
家族 Family family	a.24.9.1 — alpha-catenin/vinculin

结构域编号 domain_id	d4e18a2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.9 — alpha-catenin/vinculin-like
家族 Family family	a.24.9.1 — alpha-catenin/vinculin

结构域编号 domain_id	d4e18a3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	4e18A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 — Alpha-catenin/vinculin-like

结构域编号 domain_id	4e18A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 — Alpha-catenin/vinculin-like

结构域编号 domain_id	4e18B00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2510 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	52.233 Å
晶胞边长 b length_b	68.102 Å
晶胞边长 c length_c	99.575 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.403 Å
最低分辨率 resolution_low	49.787 Å
R 因子 r_factor	0.2217
R_work r_work	0.2177
R_free r_free	0.2732

fit	/app/data/saxs_computation/e1/4e18/4e18.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e1/4e18/4e18.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e1/4e18/4e18.dat

Alpha-E-catenin is an autoinhibited molecule that co-activates vinculin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vinculin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Catenin alpha-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)