SAXSdb — 4e28

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thymidylate synthase

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	SULFATE ION × 4 ;2-{(2Z,5S)-4-hydroxy-2-[(2E)-(2-hydroxybenzylidene)hydrazinylidene]-2,5-dihydro-1,3-thiazol-5-yl}-N-[3-(trifluoromethyl)phenyl]acetamide ; × 2 2-{(5S)-2-[(2E)-2-(2-hydroxybenzylidene)hydrazinyl]-4-oxo-4,5-dihydro-1,3-thiazol-5-yl}-N-[3-(trifluoromethyl)phenyl]acetamide × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TYSY_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 13–325； UniProt 1–313

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4e28
沉积日期 deposition_date	2012-03-07
结构标题 title	Structure of human thymidylate synthase in inactive conformation with a novel non-peptidic inhibitor
关键词 keywords	Human Thymidylate Synthase (hTS) inactive conformation, hTS-Inhibitor complex, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4e28__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4e28__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4e28__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.71 Å
Rg（电子密度）	22.74 Å
总 Rg	23.64 Å
原子数	4190
残基数	498
排除体积	74429 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4e28__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Thymidylate synthase
分子量 formula_weight	37320.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.45
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2231

MRGSHHHHHHGSMPVAGSELPRRPLPPAAQERDAEPRPPHGELQYLGQIQHILRCGVRKDDRTGTGTLSVFGMQARYSLRDEFPLLTTKRVFWKGVLEELLWFIKGSTNAKELSSKGVKIWDANGSRDFLDSLGFSTREEGDLGPVYGFQWRHFGAEYRDMESDYSGQGVDQLQRVIDTIKTNPDDRRIIMCAWNPRDLPLMALPPCHALCQFYVVNSELSCQLYQRSGDMGLGVPFNIASYALLTYMIAHITGLKPGDFIHTLGDAHIYLNHIEPLKIQLQREPRPFPKLRILRKVEKIDDFKAEDFQIEGYNPHPTIKMEMAV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;2-{(2Z,5S)-4-hydroxy-2-[(2E)-(2-hydroxybenzylidene)hydrazinylidene]-2,5-dihydro-1,3-thiazol-5-yl}-N-[3-(trifluoromethyl)phenyl]acetamide ;
分子量 formula_weight	436.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-{(5S)-2-[(2E)-2-(2-hydroxybenzylidene)hydrazinyl]-4-oxo-4,5-dihydro-1,3-thiazol-5-yl}-N-[3-(trifluoromethyl)phenyl]acetamide
分子量 formula_weight	436.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	92

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d4e28a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.117 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase
超家族 Superfamily superfamily	d.117.1 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase
家族 Family family	d.117.1.1 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4e28A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	572 — Thymidylate Synthase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain

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晶胞边长 a length_a	95.747 Å
晶胞边长 b length_b	95.747 Å
晶胞边长 c length_c	82.407 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.302 Å
最低分辨率 resolution_low	29.225 Å
R 因子 r_factor	0.1903
R_work r_work	0.1882
R_free r_free	0.2289

Structure of human thymidylate synthase in inactive conformation with a novel non-peptidic inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thymidylate synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4e28__assembly_1__model_1

4e28__assembly_1__model_1 | I(q)

4e28__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of human thymidylate synthase in inactive conformation with a novel non-peptidic inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thymidylate synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4e28__assembly_1__model_1

4e28__assembly_1__model_1 | I(q)

4e28__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)