4e45

Crystal structure of the hMHF1/hMHF2 Histone-Fold Tetramer in Complex with Fanconi Anemia Associated Helicase hFANCM

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Centromere protein S

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Centromere protein X × 2 （A8MT69） Fanconi anemia group M protein × 1 （Q8IYD8） GLYCEROL × 1 ZINC ION × 1 water × 5	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Centromere protein X × 2 （A8MT69） Fanconi anemia group M protein × 1 （Q8IYD8） GLYCEROL × 1 ZINC ION × 1 water × 5	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Centromere protein X × 2 （A8MT69） Fanconi anemia group M protein × 1 （Q8IYD8） ZINC ION × 1 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CENPS_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–112； UniProt 1–110 作者链 C； PDB构建体 3–112； UniProt 1–110 作者链 F； PDB构建体 3–112； UniProt 1–110 作者链 H； PDB构建体 3–112； UniProt 1–110 作者链 K； PDB构建体 3–112； UniProt 1–110 作者链 M； PDB构建体 3–112； UniProt 1–110

Centromere protein X

Homo sapiens

UniProt A8MT69

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Centromere protein S × 2 （Q8N2Z9） Fanconi anemia group M protein × 1 （Q8IYD8） GLYCEROL × 1 ZINC ION × 1 water × 5	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Centromere protein S × 2 （Q8N2Z9） Fanconi anemia group M protein × 1 （Q8IYD8） GLYCEROL × 1 ZINC ION × 1 water × 5	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Centromere protein S × 2 （Q8N2Z9） Fanconi anemia group M protein × 1 （Q8IYD8） ZINC ION × 1 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CENPX_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–83； UniProt 1–81 作者链 D； PDB构建体 3–83； UniProt 1–81 作者链 G； PDB构建体 3–83； UniProt 1–81 作者链 I； PDB构建体 3–83； UniProt 1–81 作者链 L； PDB构建体 3–83； UniProt 1–81 作者链 N； PDB构建体 3–83； UniProt 1–81

Fanconi anemia group M protein

Homo sapiens

UniProt Q8IYD8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Centromere protein S × 2 （Q8N2Z9） Centromere protein X × 2 （A8MT69） GLYCEROL × 1 ZINC ION × 1 water × 5	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Centromere protein S × 2 （Q8N2Z9） Centromere protein X × 2 （A8MT69） GLYCEROL × 1 ZINC ION × 1 water × 5	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Centromere protein S × 2 （Q8N2Z9） Centromere protein X × 2 （A8MT69） ZINC ION × 1 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FANCM_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 4–137； UniProt 667–800 作者链 J； PDB构建体 4–137； UniProt 667–800 作者链 O； PDB构建体 4–137； UniProt 667–800

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4e45
沉积日期 deposition_date	2012-03-12
结构标题 title	Crystal structure of the hMHF1/hMHF2 Histone-Fold Tetramer in Complex with Fanconi Anemia Associated Helicase hFANCM
关键词 keywords	Histone-Fold, Pentamer, Fanconi Anemia, Helicase, FANCM, MHF, DNA BINDING PROTEIN-HYDROLASE complex; DNA BINDING PROTEIN/HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4e45__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4e45__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4e45__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.88 Å
Rg（电子密度）	22.66 Å
总 Rg	23.47 Å
原子数	3527
残基数	449
排除体积	62651 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4e45__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4e45__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4e45__assembly_3__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Centromere protein S
分子量 formula_weight	13042.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,F,H,K,M
原子数 atom_count	11040

GSMEEEAETEEQQRFSYQQRLKAAVHYTVGCLCEEVALDKEMQFSKQTIAAISELTFRQCENFAKDLEMFARHAKRTTINTEDVKLLARRSNSLLKYITDKSEEIAQINLER

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Centromere protein X
分子量 formula_weight	9116.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,G,I,L,N

GSMEGAGAGSGFRKELVSRLLHLHFKDDKTKVSGDALQLMVELLKVFVVEAAVRGVRQAQAEDALRVDVDQLEKVLPQLLLDF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Fanconi anemia group M protein
分子量 formula_weight	16333.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,J,O

GAMDPMRQSSLKKDWFLSEEEFKLWNRLYRLRDSDEIKEITLPQVQFSSLQNEENKPAQESTTGIHQLSLSEWRLWQDHPLPTHQVDHSDRCRHFIGLMQMIEGMRHEEGECSYELEVESYLQMEDVTSTFIAPRNE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	546

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id	4e45A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	4e45B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4980 —

结构域编号 domain_id	4e45B02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	130 — GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	4e45C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	4e45D01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4980 —

结构域编号 domain_id	4e45D02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	130 — GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	4e45F00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	4e45G01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4980 —

结构域编号 domain_id	4e45G02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	130 — GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	4e45H00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	4e45I01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4980 —

结构域编号 domain_id	4e45I02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	130 — GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	4e45K00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	4e45L01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4980 —

结构域编号 domain_id	4e45L02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	130 — GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	4e45M00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	4e45N01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4980 —

结构域编号 domain_id	4e45N02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	130 — GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

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晶胞边长 a length_a	110.980 Å
晶胞边长 b length_b	69.970 Å
晶胞边长 c length_c	116.050 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.60 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	49.510 Å
R 因子 r_factor	0.2040
R_work r_work	0.2020
R_free r_free	0.2450

Crystal structure of the hMHF1/hMHF2 Histone-Fold Tetramer in Complex with Fanconi Anemia Associated Helicase hFANCM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Centromere protein S

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Centromere protein X

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Fanconi anemia group M protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4e45__assembly_1__model_1

4e45__assembly_1__model_1 | I(q)

4e45__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the hMHF1/hMHF2 Histone-Fold Tetramer in Complex with Fanconi Anemia Associated Helicase hFANCM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Centromere protein S

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Centromere protein X

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Fanconi anemia group M protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4e45__assembly_1__model_1

4e45__assembly_1__model_1 | I(q)

4e45__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)