4e4m

JAK2 kinase (JH1 domain) in complex with compound 30

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 118.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein kinase JAK2

Homo sapiens

UniProt O60674

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 833–1132 片段:protein kinase domain JH1, UNP residues 833-1132 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 0NH 1-[4-methyl-1-(methylsulfonyl)piperidin-4-yl]-1,6-dihydroimidazo[4,5-d]pyrrolo[2,3-b]pyridine × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6;300 K;ammonium acetate, sodium citrate, PEG 8000, pH 6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K 分辨率 2.25 Å R-free 0.250
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 833–1132 片段:protein kinase domain JH1, UNP residues 833-1132 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 0NH 1-[4-methyl-1-(methylsulfonyl)piperidin-4-yl]-1,6-dihydroimidazo[4,5-d]pyrrolo[2,3-b]pyridine × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6;300 K;ammonium acetate, sodium citrate, PEG 8000, pH 6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K 分辨率 2.25 Å R-free 0.250
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 833–1132 片段:protein kinase domain JH1, UNP residues 833-1132 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 0NH 1-[4-methyl-1-(methylsulfonyl)piperidin-4-yl]-1,6-dihydroimidazo[4,5-d]pyrrolo[2,3-b]pyridine × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6;300 K;ammonium acetate, sodium citrate, PEG 8000, pH 6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K 分辨率 2.25 Å R-free 0.250
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 833–1132 片段:protein kinase domain JH1, UNP residues 833-1132 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 0NH 1-[4-methyl-1-(methylsulfonyl)piperidin-4-yl]-1,6-dihydroimidazo[4,5-d]pyrrolo[2,3-b]pyridine × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6;300 K;ammonium acetate, sodium citrate, PEG 8000, pH 6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K 分辨率 2.25 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 161 个其他 PDB 条目、248 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 JAK2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–302; UniProt 833–1132 作者链 B; PDB构建体 3–302; UniProt 833–1132 作者链 D; PDB构建体 3–302; UniProt 833–1132 作者链 E; PDB构建体 3–302; UniProt 833–1132

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4e4m

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4e4m
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4e4m
沉积日期 deposition_date2012-03-13
结构标题 titleJAK2 kinase (JH1 domain) in complex with compound 30
关键词 keywordso-phosphotyrosine, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.48
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.84
零角强度 I(0) i0603035000.00
分子量 molecular_weight131930.0 kDa
排除体积 excluded_volume126880 ų
包络体积 envelope_volume236800 ų
水化壳体积 shell_volume52820 ų
包络直径 envelope_diameter125.8
壳层 Rg shell_rg43.54
包络 Rg envelope_rg36.61
形状 Rg shape_rg36.81
总 Rg total_rg37.19
总原子数 total_atoms9968
残基数 n_residues1184
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax118.0
Rg (实空间) rg_real37.31
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.79
I(0) (实空间) i0_real6.0300e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.2300e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.42
I(0) (倒空间) i0_reciprocal603100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8999
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary50.6
偏度 Skewness skewness0.135
峰度 Kurtosis kurtosis-0.515
角度范围 angular_range— – 0.2100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha58310000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.933; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.901

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd4e4ma_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4e4mb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4e4md_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4e4me_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id4e4mA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id4e4mA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id4e4mB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id4e4mB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id4e4mD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id4e4mD02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id4e4mE01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id4e4mE02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)