4eow

Crystal structure of a disease-associated anti-human GM-CSF autoantibody MB007

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 84.5 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MB007 human IgG1 Fab fragment heavy chain

Homo sapiens

UniProt S6B291

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 137–237 未记录 MB007 IgG1 Fab fragment light chain × 1 (P0DOY2) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 3.4;277 K;19% PEG 4000, 0.1M ammonium sulphate, 0.1M sodium acetate, pH 3.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 1.97 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 27 个其他 PDB 条目、48 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 S6B291_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 128–228; UniProt 137–237

MB007 IgG1 Fab fragment light chain

Homo sapiens

UniProt P0DOY2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 2–106 未记录 MB007 human IgG1 Fab fragment heavy chain × 1 (S6B291) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 3.4;277 K;19% PEG 4000, 0.1M ammonium sulphate, 0.1M sodium acetate, pH 3.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 1.97 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IGLC2_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 112–216; UniProt 2–106

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4eow

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4eow
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4eow
沉积日期 deposition_date2012-04-16
结构标题 titleCrystal structure of a disease-associated anti-human GM-CSF autoantibody MB007
关键词 keywords;Immunsystem, alpha-helical stretch in CDR3-H, protein-docking, Immunoglobulin IgG1 (lambda), autoantibody causing PAP, GM-CSF, IMMUNE SYSTEM ;; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.45
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.47
零角强度 I(0) i037374700.00
分子量 molecular_weight46923.0 kDa
排除体积 excluded_volume58537 ų
包络体积 envelope_volume74810 ų
水化壳体积 shell_volume24855 ų
包络直径 envelope_diameter88.1
壳层 Rg shell_rg32.49
包络 Rg envelope_rg25.03
形状 Rg shape_rg25.46
总 Rg total_rg26.30
总原子数 total_atoms3310
残基数 n_residues439
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax84.5
Rg (实空间) rg_real26.45
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.74
I(0) (实空间) i0_real3.7370e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.5400e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.46
I(0) (倒空间) i0_reciprocal37370000.0000
解质量估计 total_estimate0.7435
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.8
偏度 Skewness skewness0.267
峰度 Kurtosis kurtosis-0.604
角度范围 angular_range— – 0.3000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5342000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.944; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.291; Positv: 1.000; Valcen: 0.966; Smooth: 0.991

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd4eowh_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4eowl1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4eowl2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4eowH01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4eowH02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4eowL01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4eowL02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)