SAXSdb — 4f2l

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1 ;

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 295–347	片段：regulatory domain, UNP RESIDUES 295-347 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M HEPES, 0.3M Magnesium sulfate, 36% isopropanol (v/v), pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 1.50 Å R-free 0.212
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 295–347	片段：regulatory domain, UNP RESIDUES 295-347 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M HEPES, 0.3M Magnesium sulfate, 36% isopropanol (v/v), pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 1.50 Å R-free 0.212

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4F2L	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2V8Q Crystal structure of the regulatory fragment of mammalian AMPK in complexes with AMP 提交 2007-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 396–548（153 aa）片段：RESIDUES 396-548	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å R-free 0.237
2V92 Crystal structure of the regulatory fragment of mammalian AMPK in complexes with ATP-AMP 提交 2007-08-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 396–548（153 aa）片段：RESIDUES 396-548	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å R-free 0.259
2V9J Crystal structure of the regulatory fragment of mammalian AMPK in complexes with Mg.ATP-AMP 提交 2007-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 396–548（153 aa）片段：RESIDUES 396-548	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.53 Å R-free 0.266
2Y8L Structure of the regulatory fragment of mammalian aMPK in complex with two ADP 提交 2011-02-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 407–555（149 aa）片段：RESIDUES 407-555	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.253
2Y8Q Structure of the regulatory fragment of mammalian AMPK in complex with one ADP 提交 2011-02-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 407–555（149 aa）片段：RESIDUES 406-555	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å R-free 0.275
2YA3 STRUCTURE OF THE REGULATORY FRAGMENT OF MAMMALIAN AMPK IN COMPLEX WITH COUMARIN ADP 提交 2011-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 407–555（149 aa）片段：RESIDUES 407-555	未记录	J7V 3'-(7-diethylaminocoumarin-3-carbonylamino)-3'-deoxy-ADP × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.51 Å R-free 0.263
4CFH Structure of an active form of mammalian AMPK 提交 2013-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 13–481（469 aa）片段：RESIDUES 13-481 链 C 535–559（25 aa）片段：RESIDUES 535-559	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	STU STAUROSPORINE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；CRYSTALS WERE GROWN BY THE HANGING DROP METHOD WITH RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 8% ISOPROPANOL AND 5% MPD AS PRECIPITANT IN 0.1M TRIS AT PH 7.5 AT 18 DEGREES.	分辨率 3.24 Å R-free 0.268
4EAI Co-crystal structure of an AMPK core with AMP 提交 2012-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 405–479（75 aa）链 A 540–559（20 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.26；298 K；MES, 16% IPP, 1% 1,4-butanediol, pH 6.26, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298 K	分辨率 2.29 Å R-free 0.252
4EAJ Co-crystal of AMPK core with AMP soaked with ATP 提交 2012-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 405–479（75 aa）链 A 540–559（20 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.26；298 K；MES pH 6.26, 16% IPP, 1% 1,4-butanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298 K	分辨率 2.61 Å R-free 0.258
4EAK Co-crystal structure of an AMPK core with ATP 提交 2012-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 405–479（75 aa）链 A 540–559（20 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；298 K；0.1M MES pH 5.9, 18% IPP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298 K	分辨率 2.50 Å R-free 0.254
4EAL Co-crystal of AMPK core with ATP soaked with AMP 提交 2012-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 405–479（75 aa）链 A 540–559（20 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；298 K；0.1M MES pH5.9, 18% IPP, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.51 Å R-free 0.277
4QFG Structure of AMPK in complex with STAUROSPORINE inhibitor and in the absence of a synthetic activator 提交 2014-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 11–480（470 aa）片段：AMPK alpha1 链 A 536–559（24 aa）片段：AMPK alpha1	突变：Deletion 470-524; replaced by ASGGPGGS 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：Deletion 470-524; replaced by ASGGPGGS 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	STU STAUROSPORINE × 1 CL CHLORIDE ION × 3 SO4 SULFATE ION × 3 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；750 mM Ammonium Sulfate, 500 mM Lithium Sulfate, 100 mM tri-Sodium Citrate, 1% Ethylene Glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 3.46 Å R-free 0.267
4QFG Structure of AMPK in complex with STAUROSPORINE inhibitor and in the absence of a synthetic activator 提交 2014-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 11–480（470 aa）片段：AMPK alpha1 链 A 536–559（24 aa）片段：AMPK alpha1	突变：Deletion 470-524; replaced by ASGGPGGS 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：Deletion 470-524; replaced by ASGGPGGS 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	STU STAUROSPORINE × 2 CL CHLORIDE ION × 6 SO4 SULFATE ION × 6 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；750 mM Ammonium Sulfate, 500 mM Lithium Sulfate, 100 mM tri-Sodium Citrate, 1% Ethylene Glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 3.46 Å R-free 0.267
4QFR Structure of AMPK in complex with Cl-A769662 activator and STAUROSPORINE inhibitor 提交 2014-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 11–480（470 aa）片段：AMPK alpha 1 链 A 536–559（24 aa）片段：AMPK alpha 1	突变：Deletion 470-524; replaced by ASGGPGGS 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：Deletion 470-524; replaced by ASGGPGGS 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	STU STAUROSPORINE × 1 CL CHLORIDE ION × 5 32J 2-chloro-4-hydroxy-3-(2'-hydroxybiphenyl-4-yl)-6-oxo-6,7-dihydrothieno[2,3-b]pyridine-5-carbonitrile × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；750 mM Ammonium Sulfate, 500 mM Lithium Sulfate, 100 mM tri-Sodium Citrate, 1% Ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 3.34 Å R-free 0.249
4QFR Structure of AMPK in complex with Cl-A769662 activator and STAUROSPORINE inhibitor 提交 2014-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 11–480（470 aa）片段：AMPK alpha 1 链 A 536–559（24 aa）片段：AMPK alpha 1	突变：Deletion 470-524; replaced by ASGGPGGS 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：Deletion 470-524; replaced by ASGGPGGS 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	STU STAUROSPORINE × 2 CL CHLORIDE ION × 10 32J 2-chloro-4-hydroxy-3-(2'-hydroxybiphenyl-4-yl)-6-oxo-6,7-dihydrothieno[2,3-b]pyridine-5-carbonitrile × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；750 mM Ammonium Sulfate, 500 mM Lithium Sulfate, 100 mM tri-Sodium Citrate, 1% Ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 3.34 Å R-free 0.249
4QFR Structure of AMPK in complex with Cl-A769662 activator and STAUROSPORINE inhibitor 提交 2014-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 11–480（470 aa）片段：AMPK alpha 1 链 A 536–559（24 aa）片段：AMPK alpha 1	突变：Deletion 470-524; replaced by ASGGPGGS 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：Deletion 470-524; replaced by ASGGPGGS 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	STU STAUROSPORINE × 2 CL CHLORIDE ION × 10 32J 2-chloro-4-hydroxy-3-(2'-hydroxybiphenyl-4-yl)-6-oxo-6,7-dihydrothieno[2,3-b]pyridine-5-carbonitrile × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；750 mM Ammonium Sulfate, 500 mM Lithium Sulfate, 100 mM tri-Sodium Citrate, 1% Ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 3.34 Å R-free 0.249
4QFS Structure of AMPK in complex with Br2-A769662core activator and STAUROSPORINE inhibitor 提交 2014-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 11–479（469 aa）片段：AMPK alpha 1 链 A 536–559（24 aa）片段：AMPK alpha 1	突变：Deletion 470-524; replaced by ASGGPGGS 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：Deletion 470-524; replaced by ASGGPGGS 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	STU STAUROSPORINE × 1 32H 2-bromo-3-(4-bromophenyl)-4-hydroxy-6-oxo-6,7-dihydrothieno[2,3-b]pyridine-5-carbonitrile × 1 CL CHLORIDE ION × 5 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；750 mM Ammonium Sulfate, 500 mM Lithium Sulfate, 100 mM tri-Sodium Citrate, 1% Ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.55 Å R-free 0.269
4QFS Structure of AMPK in complex with Br2-A769662core activator and STAUROSPORINE inhibitor 提交 2014-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 11–479（469 aa）片段：AMPK alpha 1 链 A 536–559（24 aa）片段：AMPK alpha 1	突变：Deletion 470-524; replaced by ASGGPGGS 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：Deletion 470-524; replaced by ASGGPGGS 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	STU STAUROSPORINE × 2 32H 2-bromo-3-(4-bromophenyl)-4-hydroxy-6-oxo-6,7-dihydrothieno[2,3-b]pyridine-5-carbonitrile × 2 CL CHLORIDE ION × 10 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；750 mM Ammonium Sulfate, 500 mM Lithium Sulfate, 100 mM tri-Sodium Citrate, 1% Ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.55 Å R-free 0.269
5KQ5 AMPK bound to allosteric activator 提交 2016-07-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 11–559（549 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	STU STAUROSPORINE × 1 6VT 6-chloranyl-5-[4-(1-oxidanylcyclobutyl)phenyl]-1~{H}-indole-3-carboxylic acid × 1 CL CHLORIDE ION × 4 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；~750 mM Ammonium Acetate, 500 mM Lithium Sulfate, 100 mM trisodium citrate, 1% ethylene glycol	分辨率 3.41 Å R-free 0.259
5T5T AMPK bound to allosteric activator 提交 2016-08-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 11–559（549 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	STU STAUROSPORINE × 1 CL CHLORIDE ION × 3 SO4 SULFATE ION × 2 75O 6-chloro-5-[6-(dimethylamino)-2-methoxypyridin-3-yl]-1H-indole-3-carboxylic acid × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；100 mM trisodium citrate, 500 mM ammonium sulfate, 900 mM lithium sulfate, and 4% glycerol	分辨率 3.46 Å R-free 0.231
5T5T AMPK bound to allosteric activator 提交 2016-08-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 11–559（549 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	STU STAUROSPORINE × 2 CL CHLORIDE ION × 6 SO4 SULFATE ION × 4 75O 6-chloro-5-[6-(dimethylamino)-2-methoxypyridin-3-yl]-1H-indole-3-carboxylic acid × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；100 mM trisodium citrate, 500 mM ammonium sulfate, 900 mM lithium sulfate, and 4% glycerol	分辨率 3.46 Å R-free 0.231
5UFU Structure of AMPK bound to activator 提交 2017-01-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 11–480（470 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	STU STAUROSPORINE × 1 85V 1,4:3,6-dianhydro-2-O-(6-chloro-5-{4-[1-(hydroxymethyl)cyclopropyl]phenyl}-1H-benzimidazol-2-yl)-D-mannitol × 1 CL CHLORIDE ION × 3 SO4 SULFATE ION × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；750 mM ammonium sulfate 500 mM lithium sulfate 100 mM trisodium citrate 1% ethylene glycol	分辨率 3.45 Å R-free 0.238
5UFU Structure of AMPK bound to activator 提交 2017-01-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 11–480（470 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	STU STAUROSPORINE × 2 85V 1,4:3,6-dianhydro-2-O-(6-chloro-5-{4-[1-(hydroxymethyl)cyclopropyl]phenyl}-1H-benzimidazol-2-yl)-D-mannitol × 2 CL CHLORIDE ION × 6 SO4 SULFATE ION × 4 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；750 mM ammonium sulfate 500 mM lithium sulfate 100 mM trisodium citrate 1% ethylene glycol	分辨率 3.45 Å R-free 0.238
6E4T Structure of AMPK bound to activator 提交 2018-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 11–480（470 aa）链 A 536–559（24 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HTV 1-O-{6-chloro-5-[4-(1-hydroxycyclobutyl)phenyl]-1H-indole-3-carbonyl}-beta-D-glucopyranuronic acid × 1 STU STAUROSPORINE × 1 CL CHLORIDE ION × 5 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；750 MM AMMONIUM SULFATE, 500 MM LITHIUM SULFATE, 100 MM TRISODIUM CITRATE, 1% ETHYLENE GLYCOL	分辨率 3.40 Å R-free 0.245
6E4T Structure of AMPK bound to activator 提交 2018-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 11–480（470 aa）链 A 536–559（24 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HTV 1-O-{6-chloro-5-[4-(1-hydroxycyclobutyl)phenyl]-1H-indole-3-carbonyl}-beta-D-glucopyranuronic acid × 2 STU STAUROSPORINE × 2 CL CHLORIDE ION × 10 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；750 MM AMMONIUM SULFATE, 500 MM LITHIUM SULFATE, 100 MM TRISODIUM CITRATE, 1% ETHYLENE GLYCOL	分辨率 3.40 Å R-free 0.245
6E4U Structure of AMPK bound to activator 提交 2018-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 11–480（470 aa）链 A 536–559（24 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	STU STAUROSPORINE × 1 HU7 1-O-{6-chloro-5-[6-(dimethylamino)-2-methoxypyridin-3-yl]-1H-indole-3-carbonyl}-beta-D-glucopyranuronic acid × 1 CL CHLORIDE ION × 4 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；750 MM AMMONIUM SULFATE, 500 MM LITHIUM SULFATE, 100 MM TRISODIUM CITRATE, 1% ETHYLENE GLYCOL	分辨率 3.27 Å R-free 0.231
6E4U Structure of AMPK bound to activator 提交 2018-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 11–480（470 aa）链 A 536–559（24 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	STU STAUROSPORINE × 2 HU7 1-O-{6-chloro-5-[6-(dimethylamino)-2-methoxypyridin-3-yl]-1H-indole-3-carbonyl}-beta-D-glucopyranuronic acid × 2 CL CHLORIDE ION × 8 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；750 MM AMMONIUM SULFATE, 500 MM LITHIUM SULFATE, 100 MM TRISODIUM CITRATE, 1% ETHYLENE GLYCOL	分辨率 3.27 Å R-free 0.231
6E4W Structure of AMPK bound to activator 提交 2018-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 11–480（470 aa）链 A 536–559（24 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	STU STAUROSPORINE × 1 HUG 1-O-(4,6-difluoro-5-{4-[(2S)-oxan-2-yl]phenyl}-1H-indole-3-carbonyl)-beta-D-glucopyranuronic acid × 1 CL CHLORIDE ION × 3 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；750 MM AMMONIUM SULFATE, 500 MM LITHIUM SULFATE, 100 MM TRISODIUM CITRATE, 1% ETHYLENE GLYCOL	分辨率 3.35 Å R-free 0.244
6E4W Structure of AMPK bound to activator 提交 2018-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 11–480（470 aa）链 A 536–559（24 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	STU STAUROSPORINE × 2 HUG 1-O-(4,6-difluoro-5-{4-[(2S)-oxan-2-yl]phenyl}-1H-indole-3-carbonyl)-beta-D-glucopyranuronic acid × 2 CL CHLORIDE ION × 6 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；750 MM AMMONIUM SULFATE, 500 MM LITHIUM SULFATE, 100 MM TRISODIUM CITRATE, 1% ETHYLENE GLYCOL	分辨率 3.35 Å R-free 0.244

共 20 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AAPK1_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–53； UniProt 295–347

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4f2l
沉积日期 deposition_date	2012-05-08
结构标题 title	Structure of a regulatory domain of AMPK
关键词 keywords	regulatory domain, helix, AMPK intramolecular interaction, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.24 Å
零角强度 I(0) i0	1473590.00
分子量 molecular_weight	7376.0 kDa
排除体积 excluded_volume	8825 Å³
包络体积 envelope_volume	11042 Å³
水化壳体积 shell_volume	7621 Å³
包络直径 envelope_diameter	49.3 Å
壳层 Rg shell_rg	17.96 Å
包络 Rg envelope_rg	14.73 Å
形状 Rg shape_rg	14.30 Å
总 Rg total_rg	14.95 Å
总原子数 total_atoms	509
残基数 n_residues	59
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	52.8 Å
Rg (实空间) rg_real	15.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4740e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8420e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1474000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8563
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	16.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.464
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.359
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	125100.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.809; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.734; Smooth: 0.969

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1 ;
分子量 formula_weight	7387.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1, 2.7.11.26
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	604

SSTMIDDEALKEVCEKFECSEEEVLSCLYNRNHQDPLAVAYHLIIDNRRIMNELEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	brown rat,rat,rats
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	79

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4f2lA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin-associated (UBA) domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	22.117 Å
晶胞边长 b length_b	36.258 Å
晶胞边长 c length_c	98.755 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	17
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	24.372 Å
R 因子 r_factor	0.1833
R_work r_work	0.1819
R_free r_free	0.2116

fit	/app/data/saxs_computation/f2/4f2l/4f2l.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f2/4f2l/4f2l.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f2/4f2l/4f2l.dat

Structure of a regulatory domain of AMPK

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction