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4f7z

Conformational dynamics of exchange protein directly activated by cAMP

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 100.9 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rap guanine nucleotide exchange factor 4

Mus musculus

UniProt Q9EQZ6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–993 片段：SEE REMARK 999 突变：F435G GOL GLYCEROL × 7 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100 mM Bis-Tris propane, pH 7.5, 200 mM sodium chloride, 1.3 M ammonium sulfate, 6% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.60 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4F7Z Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2BYV Structure of the cAMP responsive exchange factor Epac2 in its auto- inhibited state 提交 2005-08-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 1–993（993 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；100 MM BISTRISPROPANE7.5, 200 MM NANO3, 12% PEG 3350, pH 7.50
分辨率 2.70 Å R-free 0.297
4MGI Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 324–1011（688 aa） 片段：UNP residues 324-1011
未记录 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.271
4MGI Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 324–1011（688 aa） 片段：UNP residues 324-1011
未记录 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.271
4MGK Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 324–1011（688 aa） 片段：UNP residues 324-1011
突变：K405Q CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.70 Å R-free 0.264
4MGK Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 324–1011（688 aa） 片段：UNP residues 324-1011
突变：K405Q CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.70 Å R-free 0.264
4MGY Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 324–1011（688 aa） 片段：UNP residues 324-1011
突变：K405Q H07 (2S,4aR,6R,7R,7aR)-6-{6-amino-8-[(4-chlorophenyl)sulfanyl]-9H-purin-9-yl}-7-methoxytetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxaphosphinin-2-ol 2-oxide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.60 Å R-free 0.270
4MGY Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 324–1011（688 aa） 片段：UNP residues 324-1011
突变：K405Q H07 (2S,4aR,6R,7R,7aR)-6-{6-amino-8-[(4-chlorophenyl)sulfanyl]-9H-purin-9-yl}-7-methoxytetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxaphosphinin-2-ol 2-oxide × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.60 Å R-free 0.270
4MGZ Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 324–1011（688 aa） 片段：UNP residues 324-1011
未记录 HR6 (2S,4aR,6R,7R,7aS)-6-[6-amino-8-(benzylsulfanyl)-9H-purin-9-yl]-2-sulfanyltetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxaphosphinin-7-ol 2-oxide × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.264
4MGZ Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 324–1011（688 aa） 片段：UNP residues 324-1011
未记录 HR6 (2S,4aR,6R,7R,7aS)-6-[6-amino-8-(benzylsulfanyl)-9H-purin-9-yl]-2-sulfanyltetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxaphosphinin-7-ol 2-oxide × 4 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.264
4MH0 Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 324–1011（688 aa） 片段：UNP residues 324-1011
未记录 HR4 (2S,4aR,6R,7R,7aS)-6-{6-amino-8-[(4-fluorobenzyl)sulfanyl]-9H-purin-9-yl}-2-sulfanyltetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxaphosphinin-7-ol 2-oxide × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.282
4MH0 Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 324–1011（688 aa） 片段：UNP residues 324-1011
未记录 HR4 (2S,4aR,6R,7R,7aS)-6-{6-amino-8-[(4-fluorobenzyl)sulfanyl]-9H-purin-9-yl}-2-sulfanyltetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxaphosphinin-7-ol 2-oxide × 4 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.282

共 6 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPGF4_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 7–999； UniProt 1–993

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4f7z

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4f7z
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4f7z
沉积日期 deposition_date2012-05-16
结构标题 titleConformational dynamics of exchange protein directly activated by cAMP
关键词 keywordscyclic nucleotide, GEF, exchange factor, regulation, auto-inhibition, CDC25 homology domain, EXOCYTOSIS; EXOCYTOSIS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.33 Å
零角强度 I(0) i0186342000.00
分子量 molecular_weight108900.0 kDa
排除体积 excluded_volume136510 ų
包络体积 envelope_volume182390 ų
水化壳体积 shell_volume46026 ų
包络直径 envelope_diameter108.8 Å
壳层 Rg shell_rg40.06 Å
包络 Rg envelope_rg31.95 Å
形状 Rg shape_rg32.33 Å
总 Rg total_rg32.98 Å
总原子数 total_atoms7649
残基数 n_residues946
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax100.9 Å
Rg (实空间) rg_real33.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.72 Å
I(0) (实空间) i0_real1.8630e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.0280e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal186400000.0000
解质量估计 total_estimate0.9088
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary45.1 Å
偏度 Skewness skewness0.066
峰度 Kurtosis kurtosis-0.582
角度范围 angular_range— – 0.2350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha25210000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.959; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.948
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id4f7zA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Jelly Rolls
结构域编号 domain_id4f7zA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain
结构域编号 domain_id4f7zA03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Jelly Rolls
结构域编号 domain_id4f7zA04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology870 — Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1
结构域编号 domain_id4f7zA05
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id4f7zA06
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology840 — Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)