Homo sapiens
| Assembly | 物理组成 | 蛋白状态 | 分子拷贝数 | 共同组分 | 数据核对 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白异源复合物 | 异源复合物 | 蛋白 6 | Autophagy protein 5 × 2 （Q9H1Y0） Autophagy-related protein 16-1 × 2 （Q676U5） SODIUM ION × 2 water × 6 | 与蛋白数一致 |
| UniProt名称 | ATG12_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 3–91； UniProt 52–140 作者链 D； PDB构建体 3–91； UniProt 52–140 |
Homo sapiens
| Assembly | 物理组成 | 蛋白状态 | 分子拷贝数 | 共同组分 | 数据核对 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白异源复合物 | 异源复合物 | 蛋白 6 | Ubiquitin-like protein ATG12 × 2 （O94817） Autophagy-related protein 16-1 × 2 （Q676U5） SODIUM ION × 2 water × 6 | 与蛋白数一致 |
| UniProt名称 | ATG5_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 2 |
| 链与序列区间 | 作者链 B； PDB构建体 1–275； UniProt 1–275 作者链 E； PDB构建体 1–275； UniProt 1–275 |
Homo sapiens
| Assembly | 物理组成 | 蛋白状态 | 分子拷贝数 | 共同组分 | 数据核对 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白异源复合物 | 异源复合物 | 蛋白 6 | Ubiquitin-like protein ATG12 × 2 （O94817） Autophagy protein 5 × 2 （Q9H1Y0） SODIUM ION × 2 water × 6 | 与蛋白数一致 |
| UniProt名称 | A16L1_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 3 |
| 链与序列区间 | 作者链 C； PDB构建体 4–36； UniProt 11–43 作者链 F； PDB构建体 4–36； UniProt 11–43 |
页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。
| 条目编号 entry_id | 4gdk |
| 沉积日期 deposition_date | 2012-07-31 |
| 结构标题 title | Crystal Structure of Human Atg12~Atg5 Conjugate in Complex with an N-terminal Fragment of Atg16L1 |
| 关键词 keywords | ;protein-protein conjugate, protein-protein complex, ubiquitin-like protein, autophagy, E3 ligase, ubiquitin-like fold, structural protein, isopeptide bond, Cytoplasm and autophagosomal membranes, PROTEIN BINDING ;; PROTEIN BINDING |
| 实验方法 method | X-RAY DIFFRACTION |
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Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)
| Rg（Guinier） | 33.80 Å |
| Rg（电子密度） | 33.73 Å |
| 总 Rg | 34.30 Å |
| 原子数 | 6471 |
| 残基数 | 776 |
| 排除体积 | 116310 ų |
| 最大 q | 0.500 Å⁻¹ |
| 结构域编号 domain_id | d4gdka_ |
| 类 Class class | d — Alpha and beta proteins (a+b) |
| 折叠类型 Fold fold | d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like) |
| 超家族 Superfamily superfamily | d.15.1 — Ubiquitin-like |
| 家族 Family family | d.15.1.0 — automated matches |
| 结构域编号 domain_id | d4gdkd_ |
| 类 Class class | d — Alpha and beta proteins (a+b) |
| 折叠类型 Fold fold | d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like) |
| 超家族 Superfamily superfamily | d.15.1 — Ubiquitin-like |
| 家族 Family family | d.15.1.0 — automated matches |
| 结构域编号 domain_id | 4gdkA00 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 10 — Roll |
| 拓扑 Topology topology | 20 — Ubiquitin-like (UB roll) |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 |
| 结构域编号 domain_id | 4gdkB01 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 10 — Roll |
| 拓扑 Topology topology | 20 — Ubiquitin-like (UB roll) |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 |
| 结构域编号 domain_id | 4gdkB02 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 10 — Roll |
| 拓扑 Topology topology | 20 — Ubiquitin-like (UB roll) |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 620 — |
| 结构域编号 domain_id | 4gdkB03 |
| 类 Class class | 1 — Mainly Alpha |
| 架构 Architecture architecture | 10 — Orthogonal Bundle |
| 拓扑 Topology topology | 246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1 |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 190 — Autophagy protein Apg5, helix rich domain |
| 结构域编号 domain_id | 4gdkD00 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 10 — Roll |
| 拓扑 Topology topology | 20 — Ubiquitin-like (UB roll) |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 |
| 结构域编号 domain_id | 4gdkE01 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 10 — Roll |
| 拓扑 Topology topology | 20 — Ubiquitin-like (UB roll) |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 |
| 结构域编号 domain_id | 4gdkE02 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 10 — Roll |
| 拓扑 Topology topology | 20 — Ubiquitin-like (UB roll) |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 620 — |
| 结构域编号 domain_id | 4gdkE03 |
| 类 Class class | 1 — Mainly Alpha |
| 架构 Architecture architecture | 10 — Orthogonal Bundle |
| 拓扑 Topology topology | 246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1 |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 190 — Autophagy protein Apg5, helix rich domain |