4h03

Crystal structure of NAD+-Ia-actin complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Iota toxin component Ia

Clostridium perfringens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Actin, alpha skeletal muscle × 1 （P68135） NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 PHOSPHATE ION × 1 1,2-ETHANEDIOL × 48 CALCIUM ION × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 LATRUNCULIN A × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q46220_CLOPF
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–418； UniProt 42–454

Actin, alpha skeletal muscle

Oryctolagus cuniculus

UniProt P68135

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Iota toxin component Ia × 1 （Q46220） NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 PHOSPHATE ION × 1 1,2-ETHANEDIOL × 48 CALCIUM ION × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 LATRUNCULIN A × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ACTS_RABIT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–375； UniProt 3–377

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4h03
沉积日期 deposition_date	2012-09-07
结构标题 title	Crystal structure of NAD+-Ia-actin complex
关键词 keywords	ADP-ribosyltransferase, TOXIN-STRUCTURAL PROTEIN complex; TOXIN/STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4h03__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4h03__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4h03__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.03 Å
Rg（电子密度）	30.61 Å
总 Rg	31.14 Å
原子数	6473
残基数	771
排除体积	115770 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4h03__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Iota toxin component Ia
分子量 formula_weight	48219.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.2.31
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6745

RGSHMAFIERPEDFLKDKENAIQWEKKEAERVEKNLDTLEKEALELYKKDSEQISNYSQTRQYFYDYQIESNPREKEYKNLRNAISKNKIDKPINVYYFESPEKFAFNKEIRTENQNEISLEKFNELKETIQDKLFKQDGFKDVSLYEPGNGDEKPTPLLIHLKLPKNTGMLPYINSNDVKTLIEQDYSIKIDKIVRIVIEGKQYIKAEASIVNSLDFKDDVSKGDLWGKENYSDWSNKLTPNELADVNDYMRGGYTAINNYLISNGPLNNPNPELDSKVNNIENALKLTPIPSNLIVYRRSGPQEFGLTLTSPEYDFNKIENIDAFKEKWEGKVITYPNFISTSIGSVNMSAFAKRKIILRINIPKDSPGAYLSAIPGYAGEYEVLLNHGSKFKINKVDSYKDGTVTKLILDATLIN

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium perfringens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1502
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Actin, alpha skeletal muscle
分子量 formula_weight	41875.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

DEDETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF

来源 Source

来源生物 organism	Oryctolagus cuniculus
通用名 common_name	rabbit
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9986
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	48

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	LATRUNCULIN A
分子量 formula_weight	421.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	272

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d4h03a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.166 — ADP-ribosylation
超家族 Superfamily superfamily	d.166.1 — ADP-ribosylation
家族 Family family	d.166.1.1 — ADP-ribosylating toxins

结构域编号 domain_id	d4h03a2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.166 — ADP-ribosylation
超家族 Superfamily superfamily	d.166.1 — ADP-ribosylation
家族 Family family	d.166.1.1 — ADP-ribosylating toxins

结构域编号 domain_id	d4h03a3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4h03b1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.1 — Actin/HSP70

结构域编号 domain_id	d4h03b2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.1 — Actin/HSP70

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	4h03A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	176 — Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4h03A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	176 — Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4h03B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	4h03B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	4h03B03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4

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晶胞边长 a length_a	53.862 Å
晶胞边长 b length_b	135.037 Å
晶胞边长 c length_c	154.510 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	26.290 Å
R 因子 r_factor	0.2168
R_work r_work	0.2160
R_free r_free	0.2333

Crystal structure of NAD+-Ia-actin complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Iota toxin component Ia

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Actin, alpha skeletal muscle

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4h03__assembly_1__model_1

4h03__assembly_1__model_1 | I(q)

4h03__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of NAD+-Ia-actin complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Iota toxin component Ia

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Actin, alpha skeletal muscle

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4h03__assembly_1__model_1

4h03__assembly_1__model_1 | I(q)

4h03__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)