4h13

Crystal Structure of the Cytochrome b6f Complex from Mastigocladus laminosus with TDS

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome b6

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 （P83792） Apocytochrome f × 2 （P83793） Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit × 2 （P83794） Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 （P83795） Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 （P83796） Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 （P83797） Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 （P83798） CADMIUM ION × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 8 (7R,17E)-4-HYDROXY-N,N,N,7-TETRAMETHYL-7-[(8E)-OCTADEC-8-ENOYLOXY]-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-17-EN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 4 PENTADECANE × 2 Octadecane × 2 UNDECYL-MALTOSIDE × 4 8-HYDROXY-5,7-DIMETHOXY-3-METHYL-2-TRIDECYL-4H-CHROMEN-4-ONE × 4 CHLOROPHYLL A × 2 (1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 N-OCTANE × 2 BETA-CAROTENE × 2 water × 10	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	CYB6_MASLA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–215； UniProt 1–215

Cytochrome b6-f complex subunit 4

物种未注明

UniProt P83792

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Cytochrome b6 × 2 （P83791） Apocytochrome f × 2 （P83793） Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit × 2 （P83794） Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 （P83795） Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 （P83796） Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 （P83797） Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 （P83798） CADMIUM ION × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 8 (7R,17E)-4-HYDROXY-N,N,N,7-TETRAMETHYL-7-[(8E)-OCTADEC-8-ENOYLOXY]-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-17-EN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 4 PENTADECANE × 2 Octadecane × 2 UNDECYL-MALTOSIDE × 4 8-HYDROXY-5,7-DIMETHOXY-3-METHYL-2-TRIDECYL-4H-CHROMEN-4-ONE × 4 CHLOROPHYLL A × 2 (1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 N-OCTANE × 2 BETA-CAROTENE × 2 water × 10	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PETD_MASLA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160

Apocytochrome f

物种未注明

UniProt P83793

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Cytochrome b6 × 2 （P83791） Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 （P83792） Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit × 2 （P83794） Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 （P83795） Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 （P83796） Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 （P83797） Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 （P83798） CADMIUM ION × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 8 (7R,17E)-4-HYDROXY-N,N,N,7-TETRAMETHYL-7-[(8E)-OCTADEC-8-ENOYLOXY]-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-17-EN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 4 PENTADECANE × 2 Octadecane × 2 UNDECYL-MALTOSIDE × 4 8-HYDROXY-5,7-DIMETHOXY-3-METHYL-2-TRIDECYL-4H-CHROMEN-4-ONE × 4 CHLOROPHYLL A × 2 (1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 N-OCTANE × 2 BETA-CAROTENE × 2 water × 10	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	CYF_MASLA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–289； UniProt 45–333

Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit

物种未注明

UniProt P83794

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Cytochrome b6 × 2 （P83791） Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 （P83792） Apocytochrome f × 2 （P83793） Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 （P83795） Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 （P83796） Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 （P83797） Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 （P83798） CADMIUM ION × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 8 (7R,17E)-4-HYDROXY-N,N,N,7-TETRAMETHYL-7-[(8E)-OCTADEC-8-ENOYLOXY]-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-17-EN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 4 PENTADECANE × 2 Octadecane × 2 UNDECYL-MALTOSIDE × 4 8-HYDROXY-5,7-DIMETHOXY-3-METHYL-2-TRIDECYL-4H-CHROMEN-4-ONE × 4 CHLOROPHYLL A × 2 (1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 N-OCTANE × 2 BETA-CAROTENE × 2 water × 10	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	UCRI_MASLA
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–179； UniProt 1–179

Cytochrome b6-f complex subunit 6

物种未注明

UniProt P83795

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Cytochrome b6 × 2 （P83791） Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 （P83792） Apocytochrome f × 2 （P83793） Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit × 2 （P83794） Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 （P83796） Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 （P83797） Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 （P83798） CADMIUM ION × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 8 (7R,17E)-4-HYDROXY-N,N,N,7-TETRAMETHYL-7-[(8E)-OCTADEC-8-ENOYLOXY]-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-17-EN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 4 PENTADECANE × 2 Octadecane × 2 UNDECYL-MALTOSIDE × 4 8-HYDROXY-5,7-DIMETHOXY-3-METHYL-2-TRIDECYL-4H-CHROMEN-4-ONE × 4 CHLOROPHYLL A × 2 (1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 N-OCTANE × 2 BETA-CAROTENE × 2 water × 10	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PETL_MASLA
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–32； UniProt 1–32

Cytochrome b6-f complex subunit 7

物种未注明

UniProt P83796

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Cytochrome b6 × 2 （P83791） Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 （P83792） Apocytochrome f × 2 （P83793） Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit × 2 （P83794） Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 （P83795） Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 （P83797） Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 （P83798） CADMIUM ION × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 8 (7R,17E)-4-HYDROXY-N,N,N,7-TETRAMETHYL-7-[(8E)-OCTADEC-8-ENOYLOXY]-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-17-EN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 4 PENTADECANE × 2 Octadecane × 2 UNDECYL-MALTOSIDE × 4 8-HYDROXY-5,7-DIMETHOXY-3-METHYL-2-TRIDECYL-4H-CHROMEN-4-ONE × 4 CHLOROPHYLL A × 2 (1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 N-OCTANE × 2 BETA-CAROTENE × 2 water × 10	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PETM_MASLA
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–35； UniProt 1–35

Cytochrome b6-f complex subunit 5

物种未注明

UniProt P83797

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Cytochrome b6 × 2 （P83791） Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 （P83792） Apocytochrome f × 2 （P83793） Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit × 2 （P83794） Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 （P83795） Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 （P83796） Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 （P83798） CADMIUM ION × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 8 (7R,17E)-4-HYDROXY-N,N,N,7-TETRAMETHYL-7-[(8E)-OCTADEC-8-ENOYLOXY]-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-17-EN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 4 PENTADECANE × 2 Octadecane × 2 UNDECYL-MALTOSIDE × 4 8-HYDROXY-5,7-DIMETHOXY-3-METHYL-2-TRIDECYL-4H-CHROMEN-4-ONE × 4 CHLOROPHYLL A × 2 (1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 N-OCTANE × 2 BETA-CAROTENE × 2 water × 10	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PETG_MASLA
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–37； UniProt 1–37

Cytochrome b6-f complex subunit 8

物种未注明

UniProt P83798

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Cytochrome b6 × 2 （P83791） Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 （P83792） Apocytochrome f × 2 （P83793） Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit × 2 （P83794） Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 （P83795） Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 （P83796） Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 （P83797） CADMIUM ION × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 8 (7R,17E)-4-HYDROXY-N,N,N,7-TETRAMETHYL-7-[(8E)-OCTADEC-8-ENOYLOXY]-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-17-EN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 4 PENTADECANE × 2 Octadecane × 2 UNDECYL-MALTOSIDE × 4 8-HYDROXY-5,7-DIMETHOXY-3-METHYL-2-TRIDECYL-4H-CHROMEN-4-ONE × 4 CHLOROPHYLL A × 2 (1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 N-OCTANE × 2 BETA-CAROTENE × 2 water × 10	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PETN_MASLA
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–29； UniProt 1–29

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4h13
沉积日期 deposition_date	2012-09-10
结构标题 title	Crystal Structure of the Cytochrome b6f Complex from Mastigocladus laminosus with TDS
关键词 keywords	Alpha helix, beta sheet, Plastoquinol-plastocyanin oxidoreductase, Plastocyanin, Thylakoid membrane, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4h13__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4h13__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4h13__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	42.93 Å
Rg（电子密度）	41.62 Å
总 Rg	41.95 Å
原子数	33004
残基数	1920
排除体积	299190 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4h13__assembly_1__model_1`	hexadecameric （16）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (22)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome b6
分子量 formula_weight	24245.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	16526

MANVYDWFQERLEIQALADDVTSKYVPPHVNIFYCLGGITLTCFLIQFATGFAMTFYYKPTVTEAYASVQYIMNEVSFGWLIRSIHRWSASMMVLMMILHVFRVYLTGGFKKPRELTWISGVILAVITVSFGVTGYSLPWDQVGYWAVKIVSGVPEAIPVVGVLISDLLRGGSSVGQATLTRYYSAHTFVLPWLIAVFMLLHFLMIRKQGISGPL

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome b6-f complex subunit 4
分子量 formula_weight	17687.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MATLKKPDLSDPKLRAKLAKGMGHNYYGEPAWPNDLLYVFPVVIMGTFACIVALSVLDPAMVGEPADPFATPLEILPEWYLYPVFQILRSVPNKLLGVLLMASVPLGLILVPFIENVNKFQNPFRRPVATTIFLFGTLVTIWLGIGATFPLDKTLTLGLF

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Apocytochrome f
分子量 formula_weight	31655.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

YPFWAQQTYPPTPREPTGRIVCANCHLAAKPAEVEVPQSVLPDTVFKAVVKIPYDTKLQQVAADGSKVGLNVGAVLMLPEGFKIAPEERIPEELKKEVGDVYFQPYKEGQDNVLLVGPLPGEQYQEIVFPVLSPNPTTDKNIHFGKYAIHLGANRGRGQIYPTGEKSNNNVFTASATGTITKIAKEEDEYGNVKYQVSIQTDSGKTVVDTIPAGPELIVSEGQAVKAGEALTNNPNVGGFGQDDTEIVLQDPNRVKWMIAFICLVMLAQLMLILKKKQVEKVQAAEMNF

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit
分子量 formula_weight	19422.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.9.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MAQFTESMDVPDMGRRQFMNLLAFGTVTGVALGALYPLVKYFIPPSGGAVGGGTTAKDKLGNNVKVSKFLESHNAGDRVLVQGLKGDPTYIVVESKEAIRDYGINAVCTHLGCVVPWNAAENKFKCPCHGSQYDETGKVIRGPAPLSLALCHATVQDDNIVLTPWTETDFRTGEKPWWV

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Cytochrome b6-f complex subunit 6
分子量 formula_weight	3504.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MILGAVFYIVFIALFFGIAVGIIFAIKSIKLI

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Cytochrome b6-f complex subunit 7
分子量 formula_weight	3843.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MTEEMLYAALLSFGLIFVGWGLGVLLLKIQGAEKE

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Cytochrome b6-f complex subunit 5
分子量 formula_weight	4016.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MVEPLLDGLVLGLVFATLGGLFYAAYQQYKRPNELGG

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Cytochrome b6-f complex subunit 8
分子量 formula_weight	3276.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MEIDVLGWVALLVVFTWSIAMVVWGRNGL

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	CADMIUM ION
分子量 formula_weight	112.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	(7R,17E)-4-HYDROXY-N,N,N,7-TETRAMETHYL-7-[(8E)-OCTADEC-8-ENOYLOXY]-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-17-EN-1-AMINIUM 4-OXIDE
分子量 formula_weight	801.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	PENTADECANE
分子量 formula_weight	212.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	Octadecane
分子量 formula_weight	254.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	UNDECYL-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	496.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 15 Entity 15 non-polymer

描述 description	8-HYDROXY-5,7-DIMETHOXY-3-METHYL-2-TRIDECYL-4H-CHROMEN-4-ONE
分子量 formula_weight	418.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 16 Entity 16 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 17 Entity 17 non-polymer

描述 description	(1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate
分子量 formula_weight	564.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 18 Entity 18 non-polymer

描述 description	1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
分子量 formula_weight	795.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 19 Entity 19 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 20 Entity 20 non-polymer

描述 description	N-OCTANE
分子量 formula_weight	114.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 21 Entity 21 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 22 Entity 22 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	24

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d4h13a_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.21 — Heme-binding four-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	f.21.1 — Transmembrane di-heme cytochromes
家族 Family family	f.21.1.2 — Cytochrome b of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)

结构域编号 domain_id	d4h13b_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.32 — a domain/subunit of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)
超家族 Superfamily superfamily	f.32.1 — a domain/subunit of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)
家族 Family family	f.32.1.1 — a domain/subunit of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)

结构域编号 domain_id	d4h13d1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.12 — ISP transmembrane anchor
家族 Family family	f.23.12.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4h13d2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.33 — ISP domain
超家族 Superfamily superfamily	b.33.1 — ISP domain
家族 Family family	b.33.1.1 — Rieske iron-sulfur protein (ISP)

结构域编号 domain_id	d4h13f_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.25 — PetM subunit of the cytochrome b6f complex
家族 Family family	f.23.25.1 — PetM subunit of the cytochrome b6f complex

结构域编号 domain_id	d4h13g_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.26 — PetG subunit of the cytochrome b6f complex
家族 Family family	f.23.26.1 — PetG subunit of the cytochrome b6f complex

结构域编号 domain_id	d4h13h_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.27 — PetN subunit of the cytochrome b6f complex
家族 Family family	f.23.27.1 — PetN subunit of the cytochrome b6f complex

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4h13A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	810 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain C
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain C

结构域编号 domain_id	4h13B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Single helix bin

结构域编号 domain_id	4h13B02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	980 — plastocyanin oxidoreductase

结构域编号 domain_id	4h13C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	830 — Cytochrome f large domain

结构域编号 domain_id	4h13C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

结构域编号 domain_id	4h13C03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	700 — Single helix bin

结构域编号 domain_id	4h13D01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	700 — Single helix bin

结构域编号 domain_id	4h13D02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	102 — 3-layer Sandwich
拓扑 Topology topology	10 — Rieske Iron-sulfur Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain

▶

晶胞边长 a length_a	157.197 Å
晶胞边长 b length_b	157.197 Å
晶胞边长 c length_c	363.276 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.070 Å
最低分辨率 resolution_low	34.567 Å
R 因子 r_factor	0.2148
R_work r_work	0.2136
R_free r_free	0.2380

Crystal Structure of the Cytochrome b6f Complex from Mastigocladus laminosus with TDS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome b6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b6-f complex subunit 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Apocytochrome f

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b6-f complex subunit 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b6-f complex subunit 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b6-f complex subunit 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b6-f complex subunit 8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4h13__assembly_1__model_1

4h13__assembly_1__model_1 | I(q)

4h13__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (22)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer