4hab

Crystal structure of Plk1 Polo-box domain in complex with PL-49

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 111.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase PLK1

Homo sapiens

UniProt P53350

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 371–593 未记录 PL-49 × 1 CXS 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 10;293 K;0.1M CAPS pH 8, 0.2M LiSO4, 0.8M K2HPO4 NaH2PO4, vapor diffusion, temperature 293K 分辨率 2.65 Å R-free 0.259
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 371–593 未记录 PL-49 × 1 CXS 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 10;293 K;0.1M CAPS pH 8, 0.2M LiSO4, 0.8M K2HPO4 NaH2PO4, vapor diffusion, temperature 293K 分辨率 2.65 Å R-free 0.259
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 371–593 未记录 PL-49 × 1 CXS 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 10;293 K;0.1M CAPS pH 8, 0.2M LiSO4, 0.8M K2HPO4 NaH2PO4, vapor diffusion, temperature 293K 分辨率 2.65 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 84 个其他 PDB 条目、110 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PLK1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–223; UniProt 371–593 作者链 B; PDB构建体 1–223; UniProt 371–593 作者链 C; PDB构建体 1–223; UniProt 371–593

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4hab

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4hab
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4hab
沉积日期 deposition_date2012-09-26
结构标题 titleCrystal structure of Plk1 Polo-box domain in complex with PL-49
关键词 keywordsPolo-box domain, PHOSPHOPROTEIN-BINDING DOMAIN, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.50
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.26
零角强度 I(0) i091545500.00
分子量 molecular_weight76595.0 kDa
排除体积 excluded_volume96056 ų
包络体积 envelope_volume125310 ų
水化壳体积 shell_volume33041 ų
包络直径 envelope_diameter116.5
壳层 Rg shell_rg38.14
包络 Rg envelope_rg32.98
形状 Rg shape_rg33.26
总 Rg total_rg33.64
总原子数 total_atoms5372
残基数 n_residues640
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax111.3
Rg (实空间) rg_real33.68
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.00
I(0) (实空间) i0_real9.1550e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6740e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.57
I(0) (倒空间) i0_reciprocal91540000.0000
解质量估计 total_estimate0.8548
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary30.8
偏度 Skewness skewness0.442
峰度 Kurtosis kurtosis-0.491
角度范围 angular_range— – 0.2350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha33860000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.848; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.765; Smooth: 0.800

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id4habA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1120 — Arylsulfatase, C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — POLO box domain
结构域编号 domain_id4habA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1120 — Arylsulfatase, C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — POLO box domain
结构域编号 domain_id4habB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1120 — Arylsulfatase, C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — POLO box domain
结构域编号 domain_id4habB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1120 — Arylsulfatase, C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — POLO box domain
结构域编号 domain_id4habC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1120 — Arylsulfatase, C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — POLO box domain
结构域编号 domain_id4habC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1120 — Arylsulfatase, C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — POLO box domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)