4hdo

Crystal structure of the binary Complex of KRIT1 bound to the Rap1 GTPase

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 89.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Krev interaction trapped protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 417–736	片段：FERM domain (UNP residues 417-736)	Ras-related protein Rap-1b × 1 （P61224） GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；278 K；15% PEG2000 MME, 100 mM Tris, 100 mM potassium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K	分辨率 1.67 Å R-free 0.231

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4HDO	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3U7D Crystal structure of the KRIT1/CCM1 FERM domain in complex with the heart of glass (HEG1) cytoplasmic tail 提交 2011-10-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 417–736（320 aa）片段：FERM domain, residues 417-736	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；10% PEG 4000 and 100mM Citrate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.49 Å R-free 0.309
3U7D Crystal structure of the KRIT1/CCM1 FERM domain in complex with the heart of glass (HEG1) cytoplasmic tail 提交 2011-10-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 417–736（320 aa）片段：FERM domain, residues 417-736	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；10% PEG 4000 and 100mM Citrate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.49 Å R-free 0.309
4DX8 ICAP1 in complex with KRIT1 N-terminus 提交 2012-02-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 1–198（198 aa）片段：Nudix domain	未记录	BR BROMIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2.06M AmSO4, 0.2M Ammonium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.54 Å R-free 0.252
4DX8 ICAP1 in complex with KRIT1 N-terminus 提交 2012-02-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–198（198 aa）片段：Nudix domain	未记录	BR BROMIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2.06M AmSO4, 0.2M Ammonium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.54 Å R-free 0.252
4DX8 ICAP1 in complex with KRIT1 N-terminus 提交 2012-02-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 1–198（198 aa）片段：Nudix domain	未记录	BR BROMIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2.06M AmSO4, 0.2M Ammonium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.54 Å R-free 0.252
4DX8 ICAP1 in complex with KRIT1 N-terminus 提交 2012-02-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 1–198（198 aa）片段：Nudix domain	未记录	BR BROMIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2.06M AmSO4, 0.2M Ammonium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.54 Å R-free 0.252
4DXA Co-crystal structure of Rap1 in complex with KRIT1 提交 2012-02-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 420–736（317 aa）片段：FERM domain	未记录	GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.2M KNO3, 20% PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.239
4HDQ Crystal Structure of the Ternary Complex of KRIT1 bound to both the Rap1 GTPase and the Heart of Glass (HEG1) cytoplasmic tail 提交 2012-10-02	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 417–736（320 aa）片段：FERM domain (UNP residues 417-736)	未记录	GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；278 K；15% PEG2000 MME, 100 mM Tris, 100 mM potassium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K	分辨率 1.95 Å R-free 0.263
4JIF Co-crystal structure of ICAP1 PTB domain in complex with a KRIT1 peptide 提交 2013-03-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 170–198（29 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；18-20%PEG3350, 0.2M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.226
4JIF Co-crystal structure of ICAP1 PTB domain in complex with a KRIT1 peptide 提交 2013-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 170–198（29 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；18-20%PEG3350, 0.2M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.226
4TKN Structure of the SNX17 FERM domain bound to the second NPxF motif of KRIT1 提交 2014-05-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 225–237（13 aa）片段：UNP residues 225-237	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；1.9 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 5% PEG 400	分辨率 3.00 Å R-free 0.268
4TKN Structure of the SNX17 FERM domain bound to the second NPxF motif of KRIT1 提交 2014-05-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 225–237（13 aa）片段：UNP residues 225-237	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；1.9 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 5% PEG 400	分辨率 3.00 Å R-free 0.268
4TKN Structure of the SNX17 FERM domain bound to the second NPxF motif of KRIT1 提交 2014-05-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 225–237（13 aa）片段：UNP residues 225-237	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；1.9 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 5% PEG 400	分辨率 3.00 Å R-free 0.268
5D68 Crystal structure of KRIT1 ARD-FERM 提交 2015-08-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 52–529（478 aa）片段：ARD-FERM domain (UNP residues 52-529)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；298 K；0.05 M HEPES, pH 7.3, 8% ethylene glycol, 8% PEG8000	分辨率 2.91 Å R-free 0.246
5D68 Crystal structure of KRIT1 ARD-FERM 提交 2015-08-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 52–529（478 aa）片段：ARD-FERM domain (UNP residues 52-529)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；298 K；0.05 M HEPES, pH 7.3, 8% ethylene glycol, 8% PEG8000	分辨率 2.91 Å R-free 0.246
5D68 Crystal structure of KRIT1 ARD-FERM 提交 2015-08-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 52–529（478 aa）片段：ARD-FERM domain (UNP residues 52-529)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；298 K；0.05 M HEPES, pH 7.3, 8% ethylene glycol, 8% PEG8000	分辨率 2.91 Å R-free 0.246
6OQ3 Crystal Structure of the Ternary Complex of KRIT1 bound to both the Rap1 GTPase and HKi2 提交 2019-04-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 417–736（320 aa）片段：FERM domain	未记录	7WO 2-hydroxynaphthalene-1-carbaldehyde × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20-25% PEG 3,350, 100 mM Tris, pH 8.5, 100 mM KCl	分辨率 1.85 Å R-free 0.292
6OQ4 Crystal Structure of the Ternary Complex of KRIT1 bound to both the Rap1 GTPase and HKi1 提交 2019-04-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 417–736（320 aa）片段：FERM domain	未记录	N0G 2-{(Z)-[(2-hydroxynaphthalen-1-yl)methylidene]amino}-N-[(1S)-1-phenylethyl]benzamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；20-25% PEG 3,350, 100 mM Tris, pH 8.5, 100 mM KCl	分辨率 1.75 Å R-free 0.264
6UZK Crystal Structure of the Ternary Complex of KRIT1 bound to both the Rap1 GTPase and HKi6 提交 2019-11-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 417–736（320 aa）	未记录	QMA 2-hydroxy-6-methoxynaphthalene-1-carbaldehyde × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20-25% PEG 3,350, 100 mM Tris, pH 8.5, 100 mM KCl	分辨率 1.92 Å R-free 0.286
8SU8 Co-crystal structure of KRIT1 with a 1-hydroxy 2-naphthaldehyde derivative (6-(furan-2-yl)-2-hydroxy-1-naphthaldehyde). 提交 2023-05-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 419–736（318 aa）片段：FERM domain	未记录	XE2 (6P)-6-(furan-2-yl)-2-hydroxynaphthalene-1-carbaldehyde × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；20% PEG 3350, 100 mM Tris, pH 8.5, 100 mM KCl	分辨率 2.01 Å R-free 0.238
8T09 Co-crystal structure of KRIT1 with a 1-hydroxy 2-naphthaldehyde derivative (6-ethynyl-2-hydroxy-1-naphthaldehyde) 提交 2023-05-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 419–736（318 aa）片段：FERM domain	未记录	XHZ 6-ethynyl-2-hydroxynaphthalene-1-carbaldehyde × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 3350, 100mM Tris, pH 8.5, 100 mM KCl	分辨率 2.15 Å R-free 0.247
8T7V Co-crystal structure of KRIT1 with a 1-hydroxy 2-naphthaldehyde derivative (6-(furan-2-yl)-2-hydroxy-1-naphthaldehyde) 提交 2023-06-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 417–736（320 aa）片段：FERM domain	未记录	ZTA (7M)-7-(furan-2-yl)-2-hydroxynaphthalene-1-carbaldehyde × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；20% PEG 3350, 100mM Tris, pH 8.5, 100mM KCl	分辨率 2.25 Å R-free 0.250
9PVG Co-crystal structure of two CCM2 PTB domains bound to a KRIT1 peptide encompassing NPxF2 and NPxF3 提交 2025-08-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 227–255（29 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M TrisHCl pH 7, 20% PEG3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.297
9PVG Co-crystal structure of two CCM2 PTB domains bound to a KRIT1 peptide encompassing NPxF2 and NPxF3 提交 2025-08-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 227–255（29 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M TrisHCl pH 7, 20% PEG3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.297

共 14 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KRIT1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–322； UniProt 417–736

Ras-related protein Rap-1b

Homo sapiens

UniProt P61224

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–167	片段：UNP residues 1-167	Krev interaction trapped protein 1 × 1 （O00522） GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；278 K；15% PEG2000 MME, 100 mM Tris, 100 mM potassium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K	分辨率 1.67 Å R-free 0.231

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 4HDO	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3BRW Structure of the Rap-RapGAP complex 提交 2007-12-21	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-167	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；8-11% PEG 2000 MME, 100mM MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 3.40 Å R-free 0.280
3CF6 Structure of Epac2 in complex with cyclic-AMP and Rap 提交 2008-03-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-167	未记录	SP1 6-(6-AMINO-PURIN-9-YL)-2-THIOXO-TETRAHYDRO-2-FURO[3,2-D][1,3,2]DIOXAPHOSPHININE-2,7-DIOL × 4 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M Li2SO4, 0.1M citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.265
3CF6 Structure of Epac2 in complex with cyclic-AMP and Rap 提交 2008-03-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-167	未记录	SP1 6-(6-AMINO-PURIN-9-YL)-2-THIOXO-TETRAHYDRO-2-FURO[3,2-D][1,3,2]DIOXAPHOSPHININE-2,7-DIOL × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M Li2SO4, 0.1M citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.265
4DXA Co-crystal structure of Rap1 in complex with KRIT1 提交 2012-02-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–167（167 aa）	突变：G12V	GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.2M KNO3, 20% PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.239
4HDQ Crystal Structure of the Ternary Complex of KRIT1 bound to both the Rap1 GTPase and the Heart of Glass (HEG1) cytoplasmic tail 提交 2012-10-02	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-167	未记录	GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；278 K；15% PEG2000 MME, 100 mM Tris, 100 mM potassium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K	分辨率 1.95 Å R-free 0.263
4M8N Crystal Structure of PlexinC1/Rap1B Complex 提交 2013-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–166（166 aa）链 H 1–166（166 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；294.15 K；0.1 M HEPES, 5% 2-propanol, 25% PEG 3350, 3.6% polypropylene glycol P400, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.15K	分辨率 3.29 Å R-free 0.299
4M8N Crystal Structure of PlexinC1/Rap1B Complex 提交 2013-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 1–166（166 aa）链 G 1–166（166 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；294.15 K；0.1 M HEPES, 5% 2-propanol, 25% PEG 3350, 3.6% polypropylene glycol P400, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.15K	分辨率 3.29 Å R-free 0.299
4MGI Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-169	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.271
4MGI Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-169	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.271
4MGK Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-169	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.264
4MGK Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-169	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.264
4MGY Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-169	未记录	H07 (2S,4aR,6R,7R,7aR)-6-{6-amino-8-[(4-chlorophenyl)sulfanyl]-9H-purin-9-yl}-7-methoxytetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxaphosphinin-2-ol 2-oxide × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.270
4MGY Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-169	未记录	H07 (2S,4aR,6R,7R,7aR)-6-{6-amino-8-[(4-chlorophenyl)sulfanyl]-9H-purin-9-yl}-7-methoxytetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxaphosphinin-2-ol 2-oxide × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.270
4MGZ Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-169	未记录	HR6 (2S,4aR,6R,7R,7aS)-6-[6-amino-8-(benzylsulfanyl)-9H-purin-9-yl]-2-sulfanyltetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxaphosphinin-7-ol 2-oxide × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.264
4MGZ Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-169	未记录	HR6 (2S,4aR,6R,7R,7aS)-6-[6-amino-8-(benzylsulfanyl)-9H-purin-9-yl]-2-sulfanyltetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxaphosphinin-7-ol 2-oxide × 4 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.264
4MH0 Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-169	未记录	HR4 (2S,4aR,6R,7R,7aS)-6-{6-amino-8-[(4-fluorobenzyl)sulfanyl]-9H-purin-9-yl}-2-sulfanyltetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxaphosphinin-7-ol 2-oxide × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.282
4MH0 Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-169	未记录	HR4 (2S,4aR,6R,7R,7aS)-6-{6-amino-8-[(4-fluorobenzyl)sulfanyl]-9H-purin-9-yl}-2-sulfanyltetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxaphosphinin-7-ol 2-oxide × 4 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.282
5KHO Rasip1 RA domain in complex with Rap1B 提交 2016-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–167（167 aa）链 D 1–167（167 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；16% PEG 8K, 200mM Calcium Acetate, and 100mM MES pH 6.5	分辨率 2.78 Å R-free 0.286
6AXF Structure of RasGRP2 in complex with Rap1B 提交 2017-09-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–167（167 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；17% PEG3350 and 10 mM sodium citrate (pH 5.6)	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
6AXF Structure of RasGRP2 in complex with Rap1B 提交 2017-09-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–167（167 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；17% PEG3350 and 10 mM sodium citrate (pH 5.6)	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
6AXF Structure of RasGRP2 in complex with Rap1B 提交 2017-09-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–167（167 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；17% PEG3350 and 10 mM sodium citrate (pH 5.6)	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
6AXF Structure of RasGRP2 in complex with Rap1B 提交 2017-09-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–167（167 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；17% PEG3350 and 10 mM sodium citrate (pH 5.6)	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
6AXF Structure of RasGRP2 in complex with Rap1B 提交 2017-09-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 1–167（167 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；17% PEG3350 and 10 mM sodium citrate (pH 5.6)	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
6AXF Structure of RasGRP2 in complex with Rap1B 提交 2017-09-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 1–167（167 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；17% PEG3350 and 10 mM sodium citrate (pH 5.6)	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
6AXF Structure of RasGRP2 in complex with Rap1B 提交 2017-09-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 N 1–167（167 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；17% PEG3350 and 10 mM sodium citrate (pH 5.6)	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
6AXF Structure of RasGRP2 in complex with Rap1B 提交 2017-09-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 1–167（167 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；17% PEG3350 and 10 mM sodium citrate (pH 5.6)	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
6BA6 Solution structure of Rap1b/talin complex 提交 2017-10-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–167（167 aa）	突变：G12V	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.6；301 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM NaCl, 5mM MgCl2；压力 101325 NMR测量条件 pH 6.6；301 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM NaCl, 5mM MgCl2；压力 101325 NMR样品组成 0.6 mM [U-13C; U-15N] Rap1b, 0.9 mM talin-F0, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] talin-F0, 0.7 mM Rap1b, 95% H20, 5% D2O \| 95% H20, 5% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-15N; U-2H] talin-F0, 0.7 mM Rap1b, 95% H20, 5% D2O \| 95% H20, 5% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] talin-F0, 0.7 mM Rap1b, 0.2% H20, 99.8% D20 \| 0.2% H20, 99.8% D20 NMR样品组成 0.6 mM [U-13C; U-15N] Rap1b, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
6KYK Crystal structure of Shank3 NTD-ANK mutant in complex with Rap1 提交 2019-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–167（167 aa）链 D 1–167（167 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；289 K；0.1M bicine (pH8.5), 1% Dextran sulfate sodium salt, 5% PEG 20000, 10% PEG 1500	分辨率 2.82 Å R-free 0.300
6KYK Crystal structure of Shank3 NTD-ANK mutant in complex with Rap1 提交 2019-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1–167（167 aa）链 F 1–167（167 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；289 K；0.1M bicine (pH8.5), 1% Dextran sulfate sodium salt, 5% PEG 20000, 10% PEG 1500	分辨率 2.82 Å R-free 0.300
6OQ3 Crystal Structure of the Ternary Complex of KRIT1 bound to both the Rap1 GTPase and HKi2 提交 2019-04-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–167（167 aa）	未记录	7WO 2-hydroxynaphthalene-1-carbaldehyde × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20-25% PEG 3,350, 100 mM Tris, pH 8.5, 100 mM KCl	分辨率 1.85 Å R-free 0.292
6OQ4 Crystal Structure of the Ternary Complex of KRIT1 bound to both the Rap1 GTPase and HKi1 提交 2019-04-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–167（167 aa）	未记录	N0G 2-{(Z)-[(2-hydroxynaphthalen-1-yl)methylidene]amino}-N-[(1S)-1-phenylethyl]benzamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；20-25% PEG 3,350, 100 mM Tris, pH 8.5, 100 mM KCl	分辨率 1.75 Å R-free 0.264
6UZK Crystal Structure of the Ternary Complex of KRIT1 bound to both the Rap1 GTPase and HKi6 提交 2019-11-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–167（167 aa）	未记录	QMA 2-hydroxy-6-methoxynaphthalene-1-carbaldehyde × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20-25% PEG 3,350, 100 mM Tris, pH 8.5, 100 mM KCl	分辨率 1.92 Å R-free 0.286
7C7I Crystal structure of SHANK3 SPN domain in complex with GTP-bound Rap1b(E30D,K31E) 提交 2020-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–167（167 aa）链 B 1–167（167 aa）	突变：E30D,K31E 突变：E30D,K31E	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；14.4% (w/v) PEG 8000, Sodium cacodylate/Hydrochloric acid (pH 6.5), 160 mM Calcium acetate, 20% (v/v) Glycerol	分辨率 2.28 Å R-free 0.246
7C7J Crystal structure of SHANK3 SPN domain in complex with GTP-bound Rap1b(G12V,Q63E) 提交 2020-05-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–167（167 aa）	突变：G12V,Q63E	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；10% (w/v) PEG 8000, 100 mM Imidazole/Hydrochloric acid (pH 8.0), 200 mM Calcium acetate	分辨率 2.39 Å R-free 0.255
7C7J Crystal structure of SHANK3 SPN domain in complex with GTP-bound Rap1b(G12V,Q63E) 提交 2020-05-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–167（167 aa）	突变：G12V,Q63E	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；10% (w/v) PEG 8000, 100 mM Imidazole/Hydrochloric acid (pH 8.0), 200 mM Calcium acetate	分辨率 2.39 Å R-free 0.255
8SU8 Co-crystal structure of KRIT1 with a 1-hydroxy 2-naphthaldehyde derivative (6-(furan-2-yl)-2-hydroxy-1-naphthaldehyde). 提交 2023-05-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–167（167 aa）	未记录	XE2 (6P)-6-(furan-2-yl)-2-hydroxynaphthalene-1-carbaldehyde × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；20% PEG 3350, 100 mM Tris, pH 8.5, 100 mM KCl	分辨率 2.01 Å R-free 0.238
8T09 Co-crystal structure of KRIT1 with a 1-hydroxy 2-naphthaldehyde derivative (6-ethynyl-2-hydroxy-1-naphthaldehyde) 提交 2023-05-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–167（167 aa）	未记录	XHZ 6-ethynyl-2-hydroxynaphthalene-1-carbaldehyde × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 3350, 100mM Tris, pH 8.5, 100 mM KCl	分辨率 2.15 Å R-free 0.247
8T7V Co-crystal structure of KRIT1 with a 1-hydroxy 2-naphthaldehyde derivative (6-(furan-2-yl)-2-hydroxy-1-naphthaldehyde) 提交 2023-06-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–167（167 aa）	未记录	ZTA (7M)-7-(furan-2-yl)-2-hydroxynaphthalene-1-carbaldehyde × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；20% PEG 3350, 100mM Tris, pH 8.5, 100mM KCl	分辨率 2.25 Å R-free 0.250

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UniProt名称	RAP1B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–167； UniProt 1–167

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4hdo
沉积日期 deposition_date	2012-10-02
结构标题 title	Crystal structure of the binary Complex of KRIT1 bound to the Rap1 GTPase
关键词 keywords	RA binding motif, PTB fold, GTPase, GTP, Rap effector, Rap1, HEG1, Cell-cell junctions, nucleus, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.86 Å
零角强度 I(0) i0	49455900.00
分子量 molecular_weight	55105.0 kDa
排除体积 excluded_volume	69263 Å³
包络体积 envelope_volume	84848 Å³
水化壳体积 shell_volume	28615 Å³
包络直径 envelope_diameter	91.9 Å
壳层 Rg shell_rg	32.05 Å
包络 Rg envelope_rg	25.06 Å
形状 Rg shape_rg	24.84 Å
总 Rg total_rg	25.71 Å
总原子数 total_atoms	3869
残基数 n_residues	473
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.0 Å
Rg (实空间) rg_real	25.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.9460e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.8940e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	49460000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8755
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.372
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.187
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11770000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.804; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.986

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Krev interaction trapped protein 1
分子量 formula_weight	37372.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4167

GAKPYEKVRIYRMDGSYRSVELKHGNNTTVQQIMEGMRLSQETQQYFTIWICSENLSLQLKPYHKPLQHVRDWPEILAELTNLDPQRETPQLFLRRDVRLPLEVEKQIEDPLAILILFDEARYNLLKGFYTAPDAKLITLASLLLQIVYGNYESKKHKQGFLNEENLKSIVPVTKLKSKAPHWTNRILHEYKNLSTSEGVSKEMHHLQRMFLQNCWEIPTYGAAFFTGQIFTKASPSNHKVIPVYVGVNIKGLHLLNMETKALLISLKYGCFMWQLGDTDTCFQIHSMENKMSFIVHTKQAGLVVKLLMKLNGQLMPTERNS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ras-related protein Rap-1b
分子量 formula_weight	19020.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MREYKLVVLGSGGVGKSALTVQFVQGIFVEKYDPTIEDSYRKQVEVDAQQCMLEILDTAGTEQFTAMRDLYMKNGQGFALVYSITAQSTFNDLQDLREQILRVKDTDDVPMILVGNKCDLEDERVVGKEQGQNLARQWNNCAFLESSAKSKINVNEIFYDLVRQINR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
分子量 formula_weight	522.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	268

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d4hdob_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4hdoA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4hdoA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	80 — Acyl-CoA Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	4hdoA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	4hdoB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	57.850 Å
晶胞边长 b length_b	77.750 Å
晶胞边长 c length_c	58.850 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.20 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.670 Å
最低分辨率 resolution_low	32.430 Å
R 因子 r_factor	0.2125
R_work r_work	0.2115
R_free r_free	0.2314

fit	/app/data/saxs_computation/hd/4hdo/4hdo.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hd/4hdo/4hdo.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hd/4hdo/4hdo.dat

Crystal structure of the binary Complex of KRIT1 bound to the Rap1 GTPase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Krev interaction trapped protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ras-related protein Rap-1b

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)