4i0c

The structure of the camelid antibody cAbHuL5 in complex with human lysozyme

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 135.0 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysozyme C

Homo sapiens

UniProt P61626

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 19–148 未记录 cAbHuL5 antibody × 1 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;293 K;4.8 M NaCl, 0.1 M HEPES pH 7, 3% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 1.95 Å R-free 0.219
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 19–148 未记录 cAbHuL5 antibody × 1 CL CHLORIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;293 K;4.8 M NaCl, 0.1 M HEPES pH 7, 3% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 1.95 Å R-free 0.219

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 201 个其他 PDB 条目、218 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LYSC_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–130; UniProt 19–148 作者链 B; PDB构建体 1–130; UniProt 19–148

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4i0c

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4i0c
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4i0c
沉积日期 deposition_date2012-11-16
结构标题 titleThe structure of the camelid antibody cAbHuL5 in complex with human lysozyme
关键词 keywordsbeta-barrel, alpha-beta protein, immune recognition, glycosidase, IMMUNE SYSTEM-HYDROLASE complex; IMMUNE SYSTEM/HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier43.52
回转半径 Rg (电子) rg_electron43.78
零角强度 I(0) i053960900.00
分子量 molecular_weight56536.0 kDa
排除体积 excluded_volume69194 ų
包络体积 envelope_volume100480 ų
水化壳体积 shell_volume19883 ų
包络直径 envelope_diameter141.9
壳层 Rg shell_rg46.41
包络 Rg envelope_rg42.06
形状 Rg shape_rg43.77
总 Rg total_rg43.96
总原子数 total_atoms3971
残基数 n_residues513
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax135.0
Rg (实空间) rg_real44.12
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.37
I(0) (实空间) i0_real5.3960e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.7550e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal43.52
I(0) (倒空间) i0_reciprocal53920000.0000
解质量估计 total_estimate0.5761
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.5
偏度 Skewness skewness0.335
峰度 Kurtosis kurtosis-1.007
角度范围 angular_range— – 0.1800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1262000.0000
实空间数据点数 n_real_points37
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.138; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.069; Smooth: 0.004

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd4i0ca_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.2 — C-type lysozyme
结构域编号 domain_idd4i0cb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.2 — C-type lysozyme
结构域编号 domain_idd4i0cc1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd4i0cc2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4i0cd1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd4i0cd2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4i0cA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id4i0cB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id4i0cC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4i0cD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)