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4ifq

Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae NUP192, residues 2 to 960 [ScNup192(2-960)]

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 107.3 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoporin NUP192

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P47054

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–960 片段：UNP residues 2-960 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 7 IOD IODIDE ION × 7 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Protein (20 mM Hepes, pH 8.0, 500 mM NaCl, 10% glycerol, 5mM DTT; Reservoir (10% PEG3350, 100mM pottasium iodide); Cryoprotection (30% PEG400 and 25% saturated ammonium sulfate), Vapor Diffusion, Sitting Drop, temperature 298K 分辨率 3.25 Å R-free 0.243
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–960 片段：UNP residues 2-960 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 14 IOD IODIDE ION × 14 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Protein (20 mM Hepes, pH 8.0, 500 mM NaCl, 10% glycerol, 5mM DTT; Reservoir (10% PEG3350, 100mM pottasium iodide); Cryoprotection (30% PEG400 and 25% saturated ammonium sulfate), Vapor Diffusion, Sitting Drop, temperature 298K 分辨率 3.25 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4IFQ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric
链 M 1–1683（1683 aa）
链 O 1–1683（1683 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 M 1–1683（1683 aa）
链 O 1–1683（1683 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 M 1–1683（1683 aa）
链 O 1–1683（1683 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 448 PDB 声明：448-meric
链 M 1–1683（1683 aa）
链 O 1–1683（1683 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric
链 M 1–1683（1683 aa）
链 O 1–1683（1683 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric
链 M 1–1683（1683 aa）
链 O 1–1683（1683 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
7WOO Cryo-EM structure of the inner ring protomer of the Saccharomyces cerevisiae nuclear pore complex 提交 2022-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 F 1–1683（1683 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.71 Å
7WOT Cryo-EM structure of the inner ring monomer of the Saccharomyces cerevisiae nuclear pore complex 提交 2022-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 F 1–1683（1683 aa）
链 R 1–1683（1683 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.73 Å
8TJ5 Inner spoke ring of the yeast NPC 提交 2023-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：46-meric
链 M 1–1683（1683 aa）
链 O 1–1683（1683 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM HEPES,50mM Potassium acetate,20mM NaCl,2mM MgCl2,1mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å

共 5 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NU192_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 4–962； UniProt 2–960

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4ifq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4ifq
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4ifq
沉积日期 deposition_date2012-12-14
结构标题 titleCrystal structure of Saccharomyces cerevisiae NUP192, residues 2 to 960 [ScNup192(2-960)]
关键词 keywords;Structural genomics, NYSGRC, PSI-Biology, New York Structural Genomics Research Consortium, alpha solenoid-like, Nuclear Pore Complex component, NPC, Nup192, Nup188, Nucleoporin, PROTEIN TRANSPORT, Nucleocytoplasmic Transport: a Target for Cellular Control, NPCXstals ;; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.33 Å
零角强度 I(0) i0149179000.00
分子量 molecular_weight99782.0 kDa
排除体积 excluded_volume125110 ų
包络体积 envelope_volume158990 ų
水化壳体积 shell_volume39485 ų
包络直径 envelope_diameter107.8 Å
壳层 Rg shell_rg40.32 Å
包络 Rg envelope_rg32.89 Å
形状 Rg shape_rg33.33 Å
总 Rg total_rg33.85 Å
总原子数 total_atoms6965
残基数 n_residues844
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax107.3 Å
Rg (实空间) rg_real34.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real1.4920e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3620e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal149200000.0000
解质量估计 total_estimate0.9045
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary35.0 Å
偏度 Skewness skewness0.193
峰度 Kurtosis kurtosis-0.691
角度范围 angular_range— – 0.2300 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha35120000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.952; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.904
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)