4ijh

Fragment-based Discovery of Protein-Protein Interaction Inhibitors of Replication Protein A

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 56.2 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–120	片段：N-terminal domain (UNP residues 1-120) 突变：E7R	1EJ 3-chloro-6-[3-(4-fluorophenyl)-5-sulfanyl-4H-1,2,4-triazol-4-yl]-1-benzothiophene-2-carboxylic acid × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；100 mM MES, 200 mM calcium acetate, 15% PEG8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.50 Å R-free 0.189

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4IJH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1EWI HUMAN REPLICATION PROTEIN A: GLOBAL FOLD OF THE N-TERMINAL RPA-70 DOMAIN REVEALS A BASIC CLEFT AND FLEXIBLE C-TERMINAL LINKER 提交 2000-04-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–114（114 aa）片段：N-TERMINAL FRAGMENT (RESIDUES 1-114)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM；压力 ambient NMR样品组成 1mM d169, 100 mM Tris, 100 mM Tris-HCL, 0.25 mM EDTA, 50 mM NaCl, 0.2% NaN3 and 1mM DTT, pH 7.6 \| 90% H20, 10% D20	分辨率未提供
1FGU SSDNA-BINDING DOMAIN OF THE LARGE SUBUNIT OF REPLICATION PROTEIN A 提交 2000-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 182–432（251 aa）片段：CENTRAL DOMAIN 链 B 182–432（251 aa）片段：CENTRAL DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.1 M K,NaH2PO4 0.1 M Tris 3.8 M NaCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.281
1JMC SINGLE STRANDED DNA-BINDING DOMAIN OF HUMAN REPLICATION PROTEIN A BOUND TO SINGLE STRANDED DNA, RPA70 SUBUNIT, RESIDUES 183-420 提交 1996-11-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 181–422（242 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；24-27% PEG2000 MME, 20MM NA_CL, 20MM MGCL2, 5MM DTT, 100MM MES PH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 2.40 Å R-free 0.330
1L1O Structure of the human Replication Protein A (RPA) trimerization core 提交 2002-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 436–616（181 aa）片段：RPA70 C-terminal domain (residues 436-616) 链 F 436–616（181 aa）片段：RPA70 C-terminal domain (residues 436-616)	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；300 K；0.1 M Hepes, 9% glycerol, and 1.6 M ammonium sulfate, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K	分辨率 2.80 Å R-free 0.282
2B29 N-terminal domain of the RPA70 subunit of human replication protein A. 提交 2005-09-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）片段：N-terminal domain (Residues 1-120)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；Ammonium Sulphate, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.261
2B3G p53N (fragment 33-60) bound to RPA70N 提交 2005-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–120（120 aa）片段：N-terminal domain (Residues 1-120)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.9；298 K；Na3 Citrate, Hepes, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 7.90	分辨率 1.60 Å R-free 0.239
4IJL Fragment-based Discovery of Protein-Protein Interaction Inhibitors of Replication Protein A 提交 2012-12-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-120)	突变：E7R	1EK {[5-(3-chloro-1-benzothiophen-2-yl)-4-phenyl-4H-1,2,4-triazol-3-yl]sulfanyl}acetic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；100 mM MES, 200 calcium acetate, 15% PEG8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.70 Å R-free 0.233
4IPC Structure of the N-terminal domain of RPA70, E7R mutant 提交 2013-01-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	突变：E7R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；100 mM MES, 200 mM Calcium Acetate, 20% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.22 Å R-free 0.175
4IPD Structure of the N-terminal domain of RPA70, E100R mutant 提交 2013-01-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	突变：E100R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；100 mM BIS-TRIS, 2M ammonium sulfate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.51 Å R-free 0.166
4IPG Structure of the N-terminal domain of RPA70, E7R, E100R mutant 提交 2013-01-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	突变：E7R, E100R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；294 K；100 mM Citrate, 200 mM NaCl, 30% PEG 8000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.58 Å R-free 0.201
4IPH Structure of N-terminal domain of RPA70 in complex with VU079104 inhibitor 提交 2013-01-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	突变：E7R	1FJ ~{N}-(2,3-dimethylphenyl)-7-oxidanylidene-12-sulfanylidene-5,11-dithia-1,8-diazatricyclo[7.3.0.0^{2,6}]dodeca-2(6),3,9-triene-10-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；100 mM MES, 200 mM Calcium Acetate, 20% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.94 Å R-free 0.274
4LUO Fragment-Based Discovery of a Potent Inhibitor of Replication Protein A Protein-Protein Interactions 提交 2013-07-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）片段：RPA70N (unp residues 1-120)	突变：E7R	1DZ 1-(3-methylphenyl)-5-phenyl-1H-pyrazole-3-carboxylic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；100 MM MES, 200 MM CALCIUM ACETATE, 20% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.54 Å R-free 0.189
4LUV Fragment-Based Discovery of a Potent Inhibitor of Replication Protein A Protein-Protein Interactions 提交 2013-07-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）片段：RPA70N (unp residues 1-120)	突变：E7R	1XS 5-(3-chloro-4-fluorophenyl)furan-2-carboxylic acid × 1 1DZ 1-(3-methylphenyl)-5-phenyl-1H-pyrazole-3-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；100 MM MES, 200 MM CALCIUM ACETATE, 20% PEG 8000, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.40 Å R-free 0.170
4LUZ Fragment-Based Discovery of a Potent Inhibitor of Replication Protein A Protein-Protein Interactions 提交 2013-07-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）片段：RPA70N (unp residues 1-120)	突变：E7R	1XT 5-(4-{[4-(5-carboxyfuran-2-yl)benzyl]oxy}phenyl)-1-(3-methylphenyl)-1H-pyrazole-3-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；100 MM MES, 200 MM CALCIUM ACETATE, 20% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.90 Å R-free 0.237
4LW1 Fragment-Based Discovery of a Potent Inhibitor of Replication Protein A Protein-Protein Interactions 提交 2013-07-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）片段：RPA70N (unp residues 1-120)	突变：E7R	1XS 5-(3-chloro-4-fluorophenyl)furan-2-carboxylic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；100 MM MES, 200 MM CALCIUM ACETATE, 20% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.63 Å R-free 0.210
4LWC Fragment-Based Discovery of a Potent Inhibitor of Replication Protein A Protein-Protein Interactions 提交 2013-07-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）片段：RPA70N (unp residues 1-120)	突变：E7R	1XU 5-[3-chloro-4-({4-[1-(3,4-dichlorophenyl)-1H-pyrazol-5-yl]benzyl}carbamothioyl)phenyl]furan-2-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；100 MM MES, 200 MM CALCIUM ACETATE, 20% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.61 Å R-free 0.215
4NB3 Crystal structure of RPA70N in complex with a 3,4 dichlorophenylalanine ATRIP derived peptide 提交 2013-10-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–120（120 aa）	突变：E7R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；100 mM Bis-Tris, 200 mM ammonium acetate, 25% PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.35 Å R-free 0.175
4NB3 Crystal structure of RPA70N in complex with a 3,4 dichlorophenylalanine ATRIP derived peptide 提交 2013-10-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–120（120 aa）	突变：E7R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；100 mM Bis-Tris, 200 mM ammonium acetate, 25% PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.35 Å R-free 0.175
4O0A Fragment-Based Discovery of a Potent Inhibitor of Replication Protein A Protein-Protein Interactions 提交 2013-12-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）片段：N-terminal domain of Replication Protein A	突变：E7R	2P9 5-{4-[({[4-(5-carboxyfuran-2-yl)-2-chlorophenyl]carbonothioyl}amino)methyl]phenyl}-1-(3,4-dichlorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；100 MM MES, 200 MM CALCIUM ACETATE, 20% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.20 Å R-free 0.176
4R4C Structure of RPA70N in complex with 5-(4-((4-(5-carboxyfuran-2-yl)-2-chlorobenzamido)methyl)phenyl)-1-(3,4-dichlorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxylic acid 提交 2014-08-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-120)	突变：E7R	3HS 5-[4-({[4-(5-carboxyfuran-2-yl)-2-chlorobenzoyl]amino}methyl)phenyl]-1-(3,4-dichlorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；100 MM MES, 200 MM CALCIUM ACETATE, 20% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 1.40 Å R-free 0.189
4R4I Structure of RPA70N in complex with 5-(4-((6-(5-carboxyfuran-2-yl)-1-thioxo-3,4-dihydroisoquinolin-2(1H)-yl)methyl)phenyl)-1-(3,4-dichlorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxylic acid 提交 2014-08-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-120)	突变：E7R	3HV 5-(4-{[6-(5-carboxyfuran-2-yl)-1-thioxo-3,4-dihydroisoquinolin-2(1H)-yl]methyl}phenyl)-1-(3,4-dichlorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；100 MM MES, 200 MM CALCIUM ACETATE, 20% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 1.40 Å R-free 0.191
4R4O Crystal structure of RPA70N in complex with 5-(4-((4-(5-carboxyfuran-2-yl)benzyl)carbamothioyl)phenyl)-1-(3,4-dichlorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxylic acid 提交 2014-08-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-120)	突变：E7R	3HW 5-(4-{[4-(5-carboxyfuran-2-yl)benzyl]carbamothioyl}phenyl)-1-(3,4-dichlorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；100 mM MES, 200 mM Calcium Acetate, 20% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 1.33 Å R-free 0.195
4R4Q Crystal structure of RPA70N in complex with 5-(3-((N-(4-(5-carboxyfuran-2-yl)benzyl)acetamido)methyl)phenyl)-1-(3,4-dichlorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxylic acid 提交 2014-08-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-120)	突变：E7R	3HZ 5-[4-({acetyl[4-(5-carboxyfuran-2-yl)benzyl]amino}methyl)phenyl]-1-(3,4-dichlorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；100 mM MES, 200 mM Calcium Acetate, 20% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 1.35 Å R-free 0.188
4R4T Crystal Structure of RPA70N in complex with 5-(4-((4-(5-carboxyfuran-2-yl)phenylthioamido)methyl)phenyl)-1-(3,4-dichlorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxylic acid 提交 2014-08-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-120)	突变：E7R	3J0 5-{4-[({[4-(5-carboxyfuran-2-yl)phenyl]carbonothioyl}amino)methyl]phenyl}-1-(3,4-dichlorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；100 mM MES, 200 mM Calcium Acetate, 20% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 1.28 Å R-free 0.175
5E7N Crystal Structure of RPA70N in complex with VU0085636 提交 2015-10-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）片段：residues 1-120	突变：E7R	5KR 2-({3-[(4-bromophenyl)sulfamoyl]-4-methylbenzoyl}amino)benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；100 mM MES, 200 mM Calcium Acetate, 20% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.21 Å R-free 0.215
5EAY Crystal structure of a Dna2 peptide in complex with Rpa 70N 提交 2015-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 3–120（118 aa）片段：UNP residues 3-120 链 B 3–120（118 aa）片段：UNP residues 3-120 链 C 3–120（118 aa）片段：UNP residues 3-120 链 D 3–120（118 aa）片段：UNP residues 3-120	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；50 mM Tris-HCl, 35 % PEG 1500, 2 mM TCEP, pH 8.0	分辨率 1.55 Å R-free 0.267
5N85 Structure of RPA70N in complex with PrimPol (fragment 514-525) 提交 2017-02-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–120（120 aa）	突变：E7R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293.15 K；0.2 M Ammonium acetate 0.1 M Sodium acetate 4.5 20 % w/v PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.228
5N8A Structure of RPA70N in complex with PrimPol (fragment 480-560) 提交 2017-02-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–120（120 aa）	突变：E7R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293.15 K；0.2M imidazole malate, 30% w/v PEG 4000	分辨率 1.28 Å R-free 0.178
7XUT Crystal structure of RPA70N-WRN fusion 提交 2022-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–121（121 aa）链 B 1–121（121 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；20% PEG3350, 200 mM ammonium sulfate	分辨率 1.60 Å R-free 0.214
7XUV Crystal structure of RPA70N-RMI1 fusion 提交 2022-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–120（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；278 K；30% PEG 2000 MME	分辨率 1.60 Å R-free 0.220
7XUW Crystal structure of RPA70N-BLMp2 fusion 提交 2022-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–121（121 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；278 K；8% PEG 4000	分辨率 1.80 Å R-free 0.217
7XV0 Crystal structure of RPA70N-BLMp1 fusion 提交 2022-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–121（121 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；278 K；2000 mM Ammonium sulfate	分辨率 1.50 Å R-free 0.200
7XV1 Crystal structure of RPA70N-HelB fusion 提交 2022-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–120（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；20% PEG3350 200 mM Ammonium Acetate	分辨率 1.80 Å R-free 0.216
7XV4 Crystal structure of RPA70N-ATRIP fusion 提交 2022-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–120（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；278 K；2400 mM ammonium sulfate	分辨率 1.60 Å R-free 0.224
8JZV RPA70N-ETAA1 fusion 提交 2023-07-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–120（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG 3350, Ammonium chloride	分辨率 1.50 Å R-free 0.200
8JZY RPA70N-RAD9 fusion 提交 2023-07-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–120（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG 3350, sodium phosphate	分辨率 1.50 Å R-free 0.200
8K00 RPA70N-MRE11 fusion 提交 2023-07-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–120（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；Ammonium sulate	分辨率 1.40 Å R-free 0.199
8RK2 Human Replication protein A (RPA; trimeric core) - ssDNA complex 提交 2023-12-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–616（616 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9J1S Human replication protein A: RPA70 subunit N-terminal domain 提交 2024-08-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）片段：N-terminal domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 7.0, 25% PEG 3350	分辨率 1.55 Å R-free 0.230
9MJ5 Catalytic domain of human DNA polymerase alpha in complex with DNA and RPA 提交 2024-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 C 438–616（179 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9PD3 NER dual incision complex - DuIS 提交 2025-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：17-meric	链 N 1–616（616 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9PD4 NER dual incision complex - DuIM 提交 2025-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 N 1–616（616 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

共 41 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RFA1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–123； UniProt 1–120

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ijh
沉积日期 deposition_date	2012-12-21
结构标题 title	Fragment-based Discovery of Protein-Protein Interaction Inhibitors of Replication Protein A
关键词 keywords	OB-Fold, Protein-Protein Interaction, DNA BINDING PROTEIN-INHIBITOR complex; DNA BINDING PROTEIN/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.70 Å
零角强度 I(0) i0	5035470.00
分子量 molecular_weight	15498.0 kDa
排除体积 excluded_volume	19096 Å³
包络体积 envelope_volume	21626 Å³
水化壳体积 shell_volume	12682 Å³
包络直径 envelope_diameter	55.0 Å
壳层 Rg shell_rg	20.38 Å
包络 Rg envelope_rg	15.00 Å
形状 Rg shape_rg	14.67 Å
总 Rg total_rg	15.85 Å
总原子数 total_atoms	2099
残基数 n_residues	123
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	56.2 Å
Rg (实空间) rg_real	16.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0350e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9910e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5035000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8672
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	54.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.204
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.320
角度范围 angular_range	— – 0.4900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	864400.0000
实空间数据点数 n_real_points	79
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.758; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.998

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit
分子量 formula_weight	13497.7 kDa
突变 mutation	E7R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2386

GSHMVGQLSRGAIAAIMQKGDTNIKPILQVINIRPITTGNSPPRYRLLMSDGLNTLSSFMLATQLNPLVEEEQLSSNCVCQIHRFIVNTLKDGRRVVILMELEVLKSAEAVGVKIGNPVPYNE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	3-chloro-6-[3-(4-fluorophenyl)-5-sulfanyl-4H-1,2,4-triazol-4-yl]-1-benzothiophene-2-carboxylic acid
分子量 formula_weight	405.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	133

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d4ijha1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.3 — Single strand DNA-binding domain, SSB

结构域编号 domain_id	d4ijha2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4ijhA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	37.871 Å
晶胞边长 b length_b	52.629 Å
晶胞边长 c length_c	54.518 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.498 Å
最低分辨率 resolution_low	37.865 Å
R 因子 r_factor	0.1508
R_work r_work	0.1488
R_free r_free	0.1886

fit	/app/data/saxs_computation/ij/4ijh/4ijh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ij/4ijh/4ijh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ij/4ijh/4ijh.dat