SAXSdb — 4k44

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 664–766	片段：C-terminal SH2 (cSH2) domain	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；100 mM MES, 200 mM ammonium acetate, 25% (w/v) PEG 4.000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.223
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 664–766	片段：C-terminal SH2 (cSH2) domain	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；100 mM MES, 200 mM ammonium acetate, 25% (w/v) PEG 4.000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.223

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4K44	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1Y0M Crystal structure of of the SH3 domain of phospholipase C Gamma-1 提交 2004-11-15	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 791–851（61 aa）片段：SH3 domain: sequence database residues 791-851	突变：C794S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；Tacsimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.20 Å R-free 0.177
1YWO Phospholipase Cgamma1 SH3 in complex with a SLP-76 motif 提交 2005-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 790–851（62 aa）	突变：C5S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；malonate , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.81 Å R-free 0.221
1YWP Phospholipase Cgamma1 SH3 提交 2005-02-18	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 790–851（62 aa）片段：Phospholipase C-gamma1	突变：C5S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；PEG 4000, sodium acetate, Tris-HCl, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.60 Å R-free 0.188
2FJL Solution Structure of the Split PH domain in Phospholipase C-gamma1 提交 2006-01-03	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 489–547（59 aa）片段：the Split PH2 domain, residuse 1-35 and 112-148 链 A 851–933（83 aa）片段：the Split PH2 domain, residuse 1-35 and 112-148	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；308 K；压力 ambient NMR样品组成 1.0mM of the PHN-PHC tandem U-15N; 50mM potassium phosphate; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.0mM of the PHN-PHC tandem U-15N,13C; 50mM potassium phosphate; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.0mM of the PHN-PHC tandem U-15N,13C; 50mM potassium phosphate; 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1.0mM of the PHN-PHC tandem; 50mM potassium phosphate; 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
3GQI Crystal Structure of activated receptor tyrosine kinase in complex with substrates 提交 2009-03-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 545–770（226 aa）片段：tandem SH2 domains	未记录	DVT DECAVANADATE × 1 ACP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；PEg 8000, taurine, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.289
4K45 Auto-inhibition and phosphorylation-induced activation of PLC-gamma isozymes 提交 2013-04-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 664–766（103 aa）片段：C-terminal SH2 (cSH2) domain 链 B 770–787（18 aa）片段：residues 770 to 787 of PLC-gamma1	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；100 mM MES, 200 mM ammonium acetate, 35% (w/v) PEG 4,000, microseeding, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.198
5EG3 Crystal Structure of the Activated FGF Receptor 2 (FGFR2) Kinase Domain in complex with the cSH2 domain of Phospholipase C gamma (PLCgamma) 提交 2015-10-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 661–773（113 aa）片段：UNP residues 661-773	未记录	ACP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；25 mM HEPES (pH 7.5), PEG20000 (12% 18%) and 2% (w/v) Benzamidine hydrochloride	分辨率 2.61 Å R-free 0.237
6PBC Structural basis for the activation of PLC-gamma isozymes by phosphorylation and cancer-associated mutations 提交 2019-06-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 791–1215（425 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；12.5% w/v PEG 3,350, 50 mM di-sodium tartrate, 5% v/v glycerol	分辨率 2.46 Å R-free 0.245
7Z3J Structure of crystallisable rat Phospholipase C gamma 1 in complex with inositol 1,4,5-trisphosphate 提交 2022-03-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 20–790（771 aa）链 A 791–1215（425 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 I3P D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；18.7 % PEG 3350, 0.1 M CBTP	分辨率 2.00 Å R-free 0.256
9QB7 Structure of rat Phospholipase C gamma 1 mutant S345F 提交 2025-02-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–765（765 aa）链 A 791–1290（500 aa）	突变：S345F 突变：S345F	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；18.7 % PEG 3350, 0.1 M CBTP, PH 7.0	分辨率 2.56 Å R-free 0.233

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PLCG1_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–106； UniProt 664–766 作者链 B； PDB构建体 4–106； UniProt 664–766

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4k44
沉积日期 deposition_date	2013-04-11
结构标题 title	Auto-inhibition and phosphorylation-induced activation of PLC-gamma isozymes
关键词 keywords	SH2 domain, hydrolase, PLC-gamma1; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.41 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.57 Å
零角强度 I(0) i0	11166800.00
分子量 molecular_weight	24371.0 kDa
排除体积 excluded_volume	30356 Å³
包络体积 envelope_volume	36596 Å³
水化壳体积 shell_volume	16959 Å³
包络直径 envelope_diameter	64.1 Å
壳层 Rg shell_rg	24.10 Å
包络 Rg envelope_rg	18.79 Å
形状 Rg shape_rg	18.56 Å
总 Rg total_rg	19.45 Å
总原子数 total_atoms	1714
残基数 n_residues	209
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	65.3 Å
Rg (实空间) rg_real	19.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1170e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5570e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11170000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8749
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.362
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.310
角度范围 angular_range	— – 0.4100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3170000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.803; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.992

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d4k44a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.93 — SH2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.93.1 — SH2 domain
家族 Family family	d.93.1.1 — SH2 domain

结构域编号 domain_id	d4k44a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4k44b1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.93 — SH2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.93.1 — SH2 domain
家族 Family family	d.93.1.1 — SH2 domain

结构域编号 domain_id	d4k44b2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4k44A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SH2 domain

结构域编号 domain_id	4k44B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SH2 domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	48.106 Å
晶胞边长 b length_b	53.337 Å
晶胞边长 c length_c	150.281 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	35.700 Å
R 因子 r_factor	0.1843
R_work r_work	0.1821
R_free r_free	0.2225

描述 description	1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1
分子量 formula_weight	12438.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.4.11
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1824

Auto-inhibition and phosphorylation-induced activation of PLC-gamma isozymes

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	103

fit	/app/data/saxs_computation/k4/4k44/4k44.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k4/4k44/4k44.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k4/4k44/4k44.dat