4k6t

Crystal structure of Ad37 fiber knob in complex with trivalent sialic acid inhibitor ME0385

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 120.9 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fiber protein

Human adenovirus 37

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 177–365 链 B； UniProt 177–365 链 C； UniProt 177–365	片段：fiber knob	SIA N-acetyl-alpha-neuraminic acid × 3 ZN ZINC ION × 7 ACT ACETATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 CL CHLORIDE ION × 1 1P0 2,2',2''-[nitrilotris(methanediyl-1H-1,2,3-triazole-4,1-diyl)]triethanol × 1 MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；24% PEG 8000, 0.1M HEPES, 0.05M zinc acetate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.200
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 177–365 链 F； UniProt 177–365 链 G； UniProt 177–365	片段：fiber knob	SIA N-acetyl-alpha-neuraminic acid × 3 ZN ZINC ION × 7 ACT ACETATE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 MG MAGNESIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 3 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；24% PEG 8000, 0.1M HEPES, 0.05M zinc acetate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.200

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4K6T	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1UXA ADENOVIRUS AD37 FIBRE HEAD in complex with sialyl-lactose 提交 2004-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 172–365（194 aa）片段：HEAD DOMAIN, RESIDUES 172-365 链 B 172–365（194 aa）片段：HEAD DOMAIN, RESIDUES 172-365 链 C 172–365（194 aa）片段：HEAD DOMAIN, RESIDUES 172-365	突变：YES 突变：YES 突变：YES	ZN ZINC ION × 3 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；RESERVOIR: 24 % PEG8000, 50 MM ZINC ACETATE, 100 MM HEPES, PROTEIN: 30 MM TRIS-HCL, PH 7.5, 150 MM NACL	分辨率 1.50 Å R-free 0.205
1UXE ADENOVIRUS AD37 FIBRE HEAD 提交 2004-02-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 172–365（194 aa）片段：HEAD DOMAIN RESIDUES 172-365 链 B 172–365（194 aa）片段：HEAD DOMAIN RESIDUES 172-365 链 C 172–365（194 aa）片段：HEAD DOMAIN RESIDUES 172-365	突变：YES 突变：YES 突变：YES	ZN ZINC ION × 3 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；RESERVOIR: 24 % PEG8000, 50 MM ZINC ACETATE, 100 MM HEPES, PH 7.5 PROTEIN: 30 MM TRIS-HCL, PH 7.5, 150 MM NACL	分辨率 2.00 Å R-free 0.241
2J12 Ad37 fibre head in complex with CAR D1 提交 2006-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 177–365（189 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 177-365	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.50 Å R-free 0.169
2WGT Structure of human adenovirus serotype 37 fibre head in complex with a sialic acid derivative, O-Methyl 5-N-propaonyl-3,5-dideoxy-D- glycero-a-D-galacto-2-nonulopyranosylonic acid 提交 2009-04-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 177–365（189 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 177-365 链 B 177–365（189 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 177-365 链 C 177–365（189 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 177-365	未记录	18D 3,5-dideoxy-5-(propanoylamino)-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosonic acid × 3 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 25-27 % POLYETHYLENE GLYCOL 8000, 50 MM ZINC ACETATE, AND 100 MM HEPES PH 7.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.226
2WGU Structure of human adenovirus serotype 37 fibre head in complex with a sialic acid derivative, O-Methyl 5-N- methoxycarbonyl -3,5-dideoxy- D-glycero-a-D-galacto-2-nonulopyranosylonic acid 提交 2009-04-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 177–365（189 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 177-365 链 B 177–365（189 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 177-365 链 C 177–365（189 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 177-365	未记录	42D 3,5-dideoxy-5-[(methoxycarbonyl)amino]-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosonic acid × 3 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；25-27 % POLYETHYLENE GLYCOL 8000, 50 MM ZINC ACETATE, AND 100 MM HEPES PH7.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.223
3N0I Crystal Structure of Ad37 fiber knob in complex with GD1a oligosaccharide 提交 2010-05-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 177–365（189 aa）片段：UNP residues 177-365 链 B 177–365（189 aa）片段：UNP residues 177-365 链 C 177–365（189 aa）片段：UNP residues 177-365	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；293 K；26% PEG 8000, 0.05M zinc acetate, 0.1M HEPES, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.65 Å R-free 0.187
3QND crystal structure of Ad37 fiber knob in complex with trivalent sialic acid inhibitor 提交 2011-02-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 177–365（189 aa）片段：UNP residues 177-365 链 B 177–365（189 aa）片段：UNP residues 177-365 链 C 177–365（189 aa）片段：UNP residues 177-365	未记录	ZN ZINC ION × 3 SIA N-acetyl-alpha-neuraminic acid × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；26% PEG 8000, 0.05M zinc acetate, 0.1 M HEPES, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.263
3QND crystal structure of Ad37 fiber knob in complex with trivalent sialic acid inhibitor 提交 2011-02-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 177–365（189 aa）片段：UNP residues 177-365 链 F 177–365（189 aa）片段：UNP residues 177-365 链 G 177–365（189 aa）片段：UNP residues 177-365	未记录	ZN ZINC ION × 4 SIA N-acetyl-alpha-neuraminic acid × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；26% PEG 8000, 0.05M zinc acetate, 0.1 M HEPES, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.263
3QND crystal structure of Ad37 fiber knob in complex with trivalent sialic acid inhibitor 提交 2011-02-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 177–365（189 aa）片段：UNP residues 177-365 链 B 177–365（189 aa）片段：UNP residues 177-365 链 C 177–365（189 aa）片段：UNP residues 177-365 链 E 177–365（189 aa）片段：UNP residues 177-365 链 F 177–365（189 aa）片段：UNP residues 177-365 链 G 177–365（189 aa）片段：UNP residues 177-365	未记录	ZN ZINC ION × 7 SIA N-acetyl-alpha-neuraminic acid × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；26% PEG 8000, 0.05M zinc acetate, 0.1 M HEPES, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.263
4K6U Crystal structure of Ad37 fiber knob in complex with trivalent sialic acid inhibitor ME0386 提交 2013-04-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 177–365（189 aa）片段：fiber knob 链 B 177–365（189 aa）片段：fiber knob 链 C 177–365（189 aa）片段：fiber knob	未记录	ZN ZINC ION × 3 SIA N-acetyl-alpha-neuraminic acid × 3 1P4 3,3',3''-[nitrilotris(methanediyl-1H-1,2,3-triazole-4,1-diyl)]tripropan-1-ol × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；293 K；26% PEG 8000, 0.1M HEPES, 0.05M zinc acetate, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.222
4K6V Crystal structure of Ad37 fiber knob in complex with trivalent sialic acid inhibitor ME0407 提交 2013-04-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 177–365（189 aa）片段：fiber knob 链 B 177–365（189 aa）片段：fiber knob 链 C 177–365（189 aa）片段：fiber knob	未记录	ZN ZINC ION × 3 18D 3,5-dideoxy-5-(propanoylamino)-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosonic acid × 3 1P4 3,3',3''-[nitrilotris(methanediyl-1H-1,2,3-triazole-4,1-diyl)]tripropan-1-ol × 1 ACT ACETATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；25% PEG 8000, 0.1M HEPES, 0.05M zinc acetate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.185
4K6W Crystal structure of Ad37 fiber knob in complex with trivalent sialic acid inhibitor ME0408 提交 2013-04-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 177–365（189 aa）片段：fiber knob 链 B 177–365（189 aa）片段：fiber knob 链 C 177–365（189 aa）片段：fiber knob	未记录	18D 3,5-dideoxy-5-(propanoylamino)-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosonic acid × 3 1P0 2,2',2''-[nitrilotris(methanediyl-1H-1,2,3-triazole-4,1-diyl)]triethanol × 1 ACT ACETATE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；293 K；28% PEG 8000, 0.1M HEPES, 0.05M zinc acetate, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.167
4XQA CRYSTAL STRUCTURE OF AD37 FIBER KNOB IN COMPLEX WITH TRIVALENT SIALIC ACID INHIBITOR ME0462 提交 2015-01-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 177–365（189 aa）片段：UNP residues 177-365 链 B 177–365（189 aa）片段：UNP residues 177-365 链 C 177–365（189 aa）片段：UNP residues 177-365	未记录	ACT ACETATE ION × 4 ZN ZINC ION × 3 423 (1-{2-[bis(2-{4-[({(6R)-5-(acetylamino)-3,5-dideoxy-6-[(1R,2R)-1,2,3-trihydroxypropyl]-beta-L-threo-hex-2-ulopyranonosyl}oxy)methyl]-1H-1,2,3-triazol-1-yl}ethyl)amino]ethyl}-1H-1,2,3-triazol-4-yl)methyl (6R)-5-(acetylamino)-3,5-dideoxy-6-[(1R,2R)-1,2,3-trihydroxypropyl]-beta-L-threo-hex-2-ulopyranosidonic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；26% PEG 8000, 0.1M HEPES, 0.05M zinc acetate	分辨率 1.41 Å R-free 0.172
4XQB CRYSTAL STRUCTURE OF AD37 FIBER KNOB IN COMPLEX WITH TRIVALENT SIALIC ACID INHIBITOR ME0461 提交 2015-01-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 177–365（189 aa）片段：UNP residues 177-365 链 B 177–365（189 aa）片段：UNP residues 177-365 链 C 177–365（189 aa）片段：UNP residues 177-365	未记录	425 2-(1-{2-[bis(2-{4-[2-({(6R)-5-(acetylamino)-3,5-dideoxy-6-[(1R,2R)-1,2,3-trihydroxypropyl]-beta-L-threo-hex-2-ulopyranonosyl}oxy)ethyl]-1H-1,2,3-triazol-1-yl}ethyl)amino]ethyl}-1H-1,2,3-triazol-4-yl)ethyl (6R)-5-(acetylamino)-3,5-dideoxy-6-[(1R,2R)-1,2,3-trihydroxypropyl]-beta-L-threo-hex-2-ulopyranosidonic acid × 1 ZN ZINC ION × 4 ACT ACETATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；28% PEG 8000, 0.1M HEPES, 0.05M zinc acetate	分辨率 1.60 Å R-free 0.178
9FAH Human adenovirus type 37 fiber knob in complex with 4-O,5-N-diacetylneuraminic acid 提交 2024-05-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–365（365 aa）链 B 1–365（365 aa）链 C 1–365（365 aa）	未记录	ANA methyl 4-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosidonic acid × 3 ZN ZINC ION × 5 ACT ACETATE ION × 8 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；26% PEG 8000, 0.1 M HEPES pH 6.9, 0.05 M zinc acetate	分辨率 1.65 Å R-free 0.190

共 13 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q64823_9ADEN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–194； UniProt 177–365 作者链 B； PDB构建体 6–194； UniProt 177–365 作者链 C； PDB构建体 6–194； UniProt 177–365 作者链 E； PDB构建体 6–194； UniProt 177–365 作者链 F； PDB构建体 6–194； UniProt 177–365 作者链 G； PDB构建体 6–194； UniProt 177–365

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4k6t
沉积日期 deposition_date	2013-04-16
结构标题 title	Crystal structure of Ad37 fiber knob in complex with trivalent sialic acid inhibitor ME0385
关键词 keywords	adenovirus, fiber knob, protein carbohydrate interaction, sialic acid, carbohydrate mimic, multivalent ligand, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.68 Å
零角强度 I(0) i0	238661000.00
分子量 molecular_weight	127210.0 kDa
排除体积 excluded_volume	159590 Å³
包络体积 envelope_volume	196560 Å³
水化壳体积 shell_volume	45168 Å³
包络直径 envelope_diameter	125.1 Å
壳层 Rg shell_rg	42.23 Å
包络 Rg envelope_rg	36.41 Å
形状 Rg shape_rg	36.62 Å
总 Rg total_rg	37.22 Å
总原子数 total_atoms	8918
残基数 n_residues	1110
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	120.9 Å
Rg (实空间) rg_real	37.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.05 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3870e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2930e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	238600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8584
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	36.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.385
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.629
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	59280000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.798; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.915; Smooth: 0.847

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Fiber protein
分子量 formula_weight	21716.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,E,F,G
原子数 atom_count	9858

GAMGSWNPKYDTRTLWTTPDTSPNCTIAQDKDSKLTLVLTKCGSQILANVSLIVVAGKYHIINNKTNPKIKSFTIKLLFNKNGVLLDNSNLGKAYWNFRSGNSNVSTAYEKAIGFMPNLVAYPKPSNSKKYARDIVYGTIYLGGKPDQPAVIKTTFNQETGCEYSITFNFSWSKTYENVEFETTSFTFSYIAQE

来源 Source

来源生物 organism	Human adenovirus 37
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	52275
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	N-acetyl-alpha-neuraminic acid
分子量 formula_weight	309.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	2,2',2''-[nitrilotris(methanediyl-1H-1,2,3-triazole-4,1-diyl)]triethanol
分子量 formula_weight	392.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	822

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d4k6ta_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.21 — Virus attachment protein globular domain
超家族 Superfamily superfamily	b.21.1 — Virus attachment protein globular domain
家族 Family family	b.21.1.1 — Adenovirus fiber protein 'knob' domain

结构域编号 domain_id	d4k6tb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.21 — Virus attachment protein globular domain
超家族 Superfamily superfamily	b.21.1 — Virus attachment protein globular domain
家族 Family family	b.21.1.1 — Adenovirus fiber protein 'knob' domain

结构域编号 domain_id	d4k6tc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.21 — Virus attachment protein globular domain
超家族 Superfamily superfamily	b.21.1 — Virus attachment protein globular domain
家族 Family family	b.21.1.1 — Adenovirus fiber protein 'knob' domain

结构域编号 domain_id	d4k6te_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.21 — Virus attachment protein globular domain
超家族 Superfamily superfamily	b.21.1 — Virus attachment protein globular domain
家族 Family family	b.21.1.1 — Adenovirus fiber protein 'knob' domain

结构域编号 domain_id	d4k6tf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.21 — Virus attachment protein globular domain
超家族 Superfamily superfamily	b.21.1 — Virus attachment protein globular domain
家族 Family family	b.21.1.1 — Adenovirus fiber protein 'knob' domain

结构域编号 domain_id	d4k6tg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.21 — Virus attachment protein globular domain
超家族 Superfamily superfamily	b.21.1 — Virus attachment protein globular domain
家族 Family family	b.21.1.1 — Adenovirus fiber protein 'knob' domain

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	4k6tA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	90 — Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenovirus pIV-related, attachment domain

结构域编号 domain_id	4k6tB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	90 — Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenovirus pIV-related, attachment domain

结构域编号 domain_id	4k6tC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	90 — Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenovirus pIV-related, attachment domain

结构域编号 domain_id	4k6tE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	90 — Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenovirus pIV-related, attachment domain

结构域编号 domain_id	4k6tF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	90 — Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenovirus pIV-related, attachment domain

结构域编号 domain_id	4k6tG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	90 — Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenovirus pIV-related, attachment domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	74.940 Å
晶胞边长 b length_b	67.180 Å
晶胞边长 c length_c	121.430 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.81 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	37.260 Å
R 因子 r_factor	0.1607
R_work r_work	0.1599
R_free r_free	0.1996

fit	/app/data/saxs_computation/k6/4k6t/4k6t.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k6/4k6t/4k6t.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k6/4k6t/4k6t.dat