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4kak

Crystal structure of human dihydrofolate reductase complexed with NADPH and 6-ethyl-5-[(3S)-3-[3-methoxy-5-(pyridine-4-yl)phenyl]but-1-yn-1-yl]pyrimidine-2,4-diamine (UCP1006)

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dihydrofolate reductase

Homo sapiens

UniProt P00374

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 6-ethyl-5-{(3R)-3-[3-methoxy-5-(pyridin-4-yl)phenyl]but-1-yn-1-yl}pyrimidine-2,4-diamine × 1 ETHANOL × 3 CALCIUM ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 6-ethyl-5-{(3R)-3-[3-methoxy-5-(pyridin-4-yl)phenyl]but-1-yn-1-yl}pyrimidine-2,4-diamine × 1 ETHANOL × 2 CALCIUM ION × 3 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
1boz 1dlr 1dls 1drf 1hfp 1hfq 1hfr 1kms 1kmv 1mvs 1mvt 1ohj

共 103 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源二聚体
1dhf 2dhf

共 2 个 assembly

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体
3s3v

共 1 个 assembly

异源或核酸复合物

暂无

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DYR_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–186； UniProt 2–187 作者链 B； PDB构建体 1–186； UniProt 2–187

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4kak
沉积日期 deposition_date2013-04-22
结构标题 titleCrystal structure of human dihydrofolate reductase complexed with NADPH and 6-ethyl-5-[(3S)-3-[3-methoxy-5-(pyridine-4-yl)phenyl]but-1-yn-1-yl]pyrimidine-2,4-diamine (UCP1006)
关键词 keywords;Oxidoreductase, 5, 6, 7, 8-tetrahydrofolate; NADP+; 7, 8-dihydrofolate, Hydride shift, Oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex ;; Oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4kak__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4kak__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4kak__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）17.24 Å
Rg（电子密度）16.02 Å
总 Rg17.16 Å
原子数1588
残基数186
排除体积28285 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 4kak__assembly_1__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 4kak__assembly_2__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd4kaka_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.71 — Dihydrofolate reductase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.71.1 — Dihydrofolate reductase-like
家族 Family familyc.71.1.1 — Dihydrofolate reductases
结构域编号 domain_idd4kakb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.71 — Dihydrofolate reductase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.71.1 — Dihydrofolate reductase-like
家族 Family familyc.71.1.1 — Dihydrofolate reductases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id4kakA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology430 — Dihydrofolate Reductase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Dihydrofolate Reductase, subunit A
结构域编号 domain_id4kakB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology430 — Dihydrofolate Reductase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Dihydrofolate Reductase, subunit A
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7. 引用文献 (1)