SAXSdb — 4ki2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA polymerase sigma factor

Thermus aquaticus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 92–332	片段：domains 2-3, (UNP residues 92-332)	;DNA (5'-D(TPGPTPAPCPAPAPTPGPGP*G)-3') ; × 2 K POTASSIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295.15 K；100 mM Tris, pH 8.5, 5% w/v PEG8000, 20% w/v PEG300, 10% v/v glycerol, 0.15% w/v mellitic acid, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.15K	分辨率 3.30 Å R-free 0.262
2	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 92–332	片段：domains 2-3, (UNP residues 92-332)	;DNA (5'-D(TPGPTPAPCPAPAPTPGPGP*G)-3') ; × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295.15 K；100 mM Tris, pH 8.5, 5% w/v PEG8000, 20% w/v PEG300, 10% v/v glycerol, 0.15% w/v mellitic acid, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.15K	分辨率 3.30 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4KI2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1KU2 Crystal Structure of Thermus aquaticus RNA Polymerase Sigma Subunit Fragment Containing Regions 1.2 to 3.1 提交 2002-01-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 92–332（241 aa）片段：residues 92-332 链 B 92–332（241 aa）片段：residues 92-332	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；MOPS, ammonium sulfate, magnesium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.271
1KU3 Crystal Structure of Thermus aquaticus RNA Polymerase Sigma Subunit Fragment, Region 4 提交 2002-01-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 366–438（73 aa）片段：region 4 (residues 366-438)	突变：L386M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；MES, ammonium sulfate, magnesium chloride, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.252
1KU7 Crystal Structure of Thermus aquatics RNA Polymerase SigmaA Subunit Region 4 Bound to-35 Element DNA 提交 2002-01-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 366–438（73 aa）片段：region 4 (residues 366-438) 链 D 366–438（73 aa）片段：region 4 (residues 366-438)	突变：L386M 突变：L386M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；MES, PEG 4000, magnesium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.293
1L9U THERMUS AQUATICUS RNA POLYMERASE HOLOENZYME AT 4 A RESOLUTION 提交 2002-03-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 H 92–438（347 aa）片段：RESIDUES 92-438	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；HEPES, sodium formate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 4.00 Å
1L9U THERMUS AQUATICUS RNA POLYMERASE HOLOENZYME AT 4 A RESOLUTION 提交 2002-03-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 Q 92–438（347 aa）片段：RESIDUES 92-438	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；HEPES, sodium formate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 4.00 Å
1L9Z Thermus aquaticus RNA Polymerase Holoenzyme/Fork-Junction Promoter DNA Complex at 6.5 A Resolution 提交 2002-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 H 1–438（438 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；ammonium sulfate, Tris, Magnesium chloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 6.50 Å
1RIO Structure of bacteriophage lambda cI-NTD in complex with sigma-region4 of Thermus aquaticus bound to DNA 提交 2003-11-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 H 366–438（73 aa）片段：Sigma region 4	未记录	CA CALCIUM ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；295 K；MPD, Sodium Acetate, calcium chloride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K, pH 4.60	分辨率 2.30 Å R-free 0.254
3LES 2F5 Epitope scaffold ES2 提交 2010-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 93–271（179 aa）片段：UNP RESIDUES 93-271	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 23% PEG 4000, 0.12 M (NH4)2SO4, 0.02 M ATP, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 293K	分辨率 2.77 Å R-free 0.260
3LES 2F5 Epitope scaffold ES2 提交 2010-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 93–271（179 aa）片段：UNP RESIDUES 93-271	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 23% PEG 4000, 0.12 M (NH4)2SO4, 0.02 M ATP, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 293K	分辨率 2.77 Å R-free 0.260
3LEV HIV-1 antibody 2F5 in complex with epitope scaffold ES2 提交 2010-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 93–271（179 aa）片段：UNP RESIDUES 93-271	未记录	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；16% PEG 400, 2.8% PEG 3350, 0.1 M CH3COONA PH 5.5, 0.02 M ATP, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.253
3LEV HIV-1 antibody 2F5 in complex with epitope scaffold ES2 提交 2010-01-15	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 93–271（179 aa）片段：UNP RESIDUES 93-271	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；16% PEG 400, 2.8% PEG 3350, 0.1 M CH3COONA PH 5.5, 0.02 M ATP, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.253
3N97 RNA polymerase alpha C-terminal domain (E. coli) and sigma region 4 (T. aq. mutant) bound to (UP,-35 element) DNA 提交 2010-05-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 366–438（73 aa）片段：sigma subunit region 4, residues 366-438 链 D 366–438（73 aa）片段：sigma subunit region 4, residues 366-438	突变：L386M and 424-429 KYHESR replaced with RHPSR 突变：L386M and 424-429 KYHESR replaced with RHPSR	ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；289.15 K；28% (w/v) PEG4000, 0.2 M ammonium acetate, 0.01 M sarcosine, 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289.15K	分辨率 3.25 Å R-free 0.295
3UGO Crystal structure of RNA-polymerase sigma subunit domain 2 complexed with -10 promoter element ssDNA oligo (TACAAT) 提交 2011-11-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 92–332（241 aa）片段：domain 2 (UNP residues 92-332)	未记录	K POTASSIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；5% PEG8000, 20% PEG300, 10% glycerol, 0.15% mellitic acid, 100 mM Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.10 Å R-free 0.237
3UGP Crystal structure of RNA-polymerase sigma subunit domain 2 complexed with -10 promoter element ssDNA oligo (TATAAT) 提交 2011-11-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 92–332（241 aa）片段：domain 2 (UNP residues 92-332)	未记录	K POTASSIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；5% PEG8000, 20% PEG300, 10% glycerol, 0.15% mellitic acid, 100 mM Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.70 Å R-free 0.238
4XLN Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 F 92–438（347 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.315
4XLN Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 L 92–438（347 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.315
4XLP Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork promoter 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 F 92–438（347 aa）片段：unp residues 92-438	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.297
4XLP Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork promoter 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 L 92–438（347 aa）片段：unp residues 92-438	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.297
4XLQ Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork (-11 base-paired) promoter 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 F 92–438（347 aa）片段：unp residues 92-438	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.60 Å R-free 0.281
4XLQ Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork (-11 base-paired) promoter 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 L 92–438（347 aa）片段：unp residues 92-438	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.60 Å R-free 0.281
4XLR Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex with CarD containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric	链 F 92–438（347 aa）片段：unp residues 92-438	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.30 Å R-free 0.310
4XLR Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex with CarD containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric	链 L 92–438（347 aa）片段：unp residues 92-438	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.30 Å R-free 0.310
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 F 92–438（347 aa）片段：92-438	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 L 92–438（347 aa）片段：92-438	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 F 92–438（347 aa）片段：92-438	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 L 92–438（347 aa）片段：92-438	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
5TJG Thermus aquaticus delta1.1-sigmaA holoenzyme/downstream-fork promoter complex with an open clamp 提交 2016-10-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 F 92–438（347 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.1 M MES, pH 6.5, 50 mM MgCl2, 5-8% (w/v) polyethylene glycol, 10% (v/v) isopropanol	分辨率 2.60 Å R-free 0.262

共 17 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9EZJ8_THEAQ
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–245； UniProt 92–332 作者链 B； PDB构建体 5–245； UniProt 92–332

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ki2
沉积日期 deposition_date	2013-05-01
结构标题 title	Crystallographic analysis of an RNA-polymerase sigma-subunit fragment complexed with -10 promoter element ssDNA
关键词 keywords	;ssDNA, G-quartet, G-quadruplex, promoter recognition, promoter opening, transcription initiation, protein-DNA binding, ssDNA-binding, Transcription-DNA complex ;; Transcription/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.56 Å
零角强度 I(0) i0	56729100.00
分子量 molecular_weight	53375.0 kDa
排除体积 excluded_volume	64575 Å³
包络体积 envelope_volume	89113 Å³
水化壳体积 shell_volume	27706 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.7 Å
壳层 Rg shell_rg	33.90 Å
包络 Rg envelope_rg	28.22 Å
形状 Rg shape_rg	28.48 Å
总 Rg total_rg	29.32 Å
总原子数 total_atoms	3726
残基数 n_residues	439
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.1 Å
Rg (实空间) rg_real	29.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.6730e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.8550e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	56730000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8862
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.332
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.669
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8514000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.927; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.944; Smooth: 0.791

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPGPTPAPCPAPAPTPGPGP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	3413.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,E,F,G
原子数 atom_count	3798

TGTACAATGGG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RNA polymerase sigma factor
分子量 formula_weight	28038.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

GPHMTSDPVRQYLHEIGQVPLLTLEEEIDLARKVEEGMEAIKKLSEATGLDQELIREVVRAKILGTARIQKIPGLKEKPDPKTVEEVDGKLKSLPKELKRYLHIAREGEAARQHLIEANLRLVVSIAKKYTGRGLSFLDLIQEGNQGLIRAVEKFEYKRRFKFSTYATWWIRQAINRAIADQARTIRIPVHMVETINKLSRTARQLQQELGREPSYEEIAEAMGPGWDAKRVEETLKIAQEPVSL

来源 Source

来源生物 organism	Thermus aquaticus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	271
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	4ki2A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1810 —

结构域编号 domain_id	4ki2B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1810 —

结构域编号 domain_id	4ki2B02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	118.110 Å
晶胞边长 b length_b	118.110 Å
晶胞边长 c length_c	200.845 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 62 2 2
空间群编号 int_tables_number	180
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	29.530 Å
R 因子 r_factor	0.2163
R_work r_work	0.2116
R_free r_free	0.2622

fit	/app/data/saxs_computation/ki/4ki2/4ki2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ki/4ki2/4ki2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ki/4ki2/4ki2.dat

Crystallographic analysis of an RNA-polymerase sigma-subunit fragment complexed with -10 promoter element ssDNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA polymerase sigma factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)