SAXSdb — 4km0

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dihydrofolate reductase

Mycobacterium tuberculosis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–159	未记录	CP6 5-(4-CHLORO-PHENYL)-6-ETHYL-PYRIMIDINE-2,4-DIAMINE × 1 ATR 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；8% PEG 4000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.30 Å R-free 0.210
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–159	未记录	CP6 5-(4-CHLORO-PHENYL)-6-ETHYL-PYRIMIDINE-2,4-DIAMINE × 1 ATR 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；8% PEG 4000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.30 Å R-free 0.210

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4KM0	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DF7 DIHYDROFOLATE REDUCTASE OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS COMPLEXED WITH NADPH AND METHOTREXATE 提交 1999-11-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–159（159 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 MTX METHOTREXATE × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；277 K；AMMONIUM SULFATE, SODIUM ACETATE, GLYCEROL, NADPH, METHOTREXATE, POTASSIUM PHOSPHATE, DTT, POTASSIUM CHLORIDE, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.246
1DG5 DIHYDROFOLATE REDUCTASE OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS COMPLEXED WITH NADPH AND TRIMETHOPRIM 提交 1999-11-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–159（159 aa）	未记录	NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 TOP TRIMETHOPRIM × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；277 K；AMMONIUM SULFATE, SODIUM ACETATE, GLYCEROL, NADPH, TRIMETHOPRIM, POTASSIUM PHOSPHATE, DTT, POTASSIUM CHLORIDE, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.243
1DG7 DIHYDROFOLATE REDUCTASE OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS COMPLEXED WITH NADPH AND 4-BROMO WR99210 提交 1999-11-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–159（159 aa）	未记录	WRB 1-[3-(4-BROMO-PHENOXY)-PROPOXY]-6,6-DIMETHYL-1.6-DIHYDRO-[1,3,5]TRIAZINE-2,4-DIAMINE × 1 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；277 K；AMMONIUM SULFATE, SODIUM ACETATE, GLYCEROL, NADPH, BROMO-WR99210, POTASSIUM PHOSPHATE, DTT, POTASSIUM CHLORIDE, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.246
1DG8 DIHYDROFOLATE REDUCTASE OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS COMPLEXED WITH NADPH 提交 1999-11-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–159（159 aa）	未记录	NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；277 K；AMMONIUM SULFATE, SODIUM ACETATE, GLYCEROL, NADPH, POTASSIUM PHOSPHATE, DTT, POTASSIUM CHLORIDE, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.244
2CIG Dihydrofolate reductase from Mycobacterium tuberculosis inhibited by the acyclic 4R isomer of INH-NADP a derivative of the prodrug isoniazid. 提交 2006-03-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–159（159 aa）	未记录	1DG (4R)-ISONICOTINIC-ACETYL-NICOTINAMIDE-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 4 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；1.6 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE, PH 4.6, 10 % GLYCEROL	分辨率 1.90 Å R-free 0.212
4KL9 Crystal structure of dihydrofolate reductase from Mycobacterium tuberculosis in the space group C2 提交 2013-05-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–159（159 aa）	未记录	NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 P33 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；Mes, PEGMME 2000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.39 Å R-free 0.202
4KLX Crystal structure of dihydrofolate reductase from Mycobacterium tuberculosis in an open conformation. 提交 2013-05-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–159（159 aa）	未记录	ATR 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ETE 2-{2-[2-2-(METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；8% PEG 4000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.23 Å R-free 0.244
4KLX Crystal structure of dihydrofolate reductase from Mycobacterium tuberculosis in an open conformation. 提交 2013-05-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–159（159 aa）	未记录	ATR 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；8% PEG 4000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.23 Å R-free 0.244
4KM2 Crystal structure of Dihydrofolate reductase from Mycobacterium tuberculosis in an open conformation in complex with trimethoprim 提交 2013-05-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–159（159 aa）	未记录	ATR 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 TOP TRIMETHOPRIM × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.05M KCl, 0.01M MgCl2, 15% PEG 6000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.40 Å R-free 0.201
4KM2 Crystal structure of Dihydrofolate reductase from Mycobacterium tuberculosis in an open conformation in complex with trimethoprim 提交 2013-05-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–159（159 aa）	未记录	ATR 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 TOP TRIMETHOPRIM × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.05M KCl, 0.01M MgCl2, 15% PEG 6000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.40 Å R-free 0.201
4KNE Crystal structure of dihydrofolate reductase from Mycobacterium tuberculosis in complex with cycloguanil 提交 2013-05-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–159（159 aa）	未记录	1CY 1-(4-chlorophenyl)-6,6-dimethyl-1,6-dihydro-1,3,5-triazine-2,4-diamine × 1 ATR 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；8% PEG 4000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 2.00 Å R-free 0.270
4KNE Crystal structure of dihydrofolate reductase from Mycobacterium tuberculosis in complex with cycloguanil 提交 2013-05-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–159（159 aa）	未记录	1CY 1-(4-chlorophenyl)-6,6-dimethyl-1,6-dihydro-1,3,5-triazine-2,4-diamine × 1 ATR 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；8% PEG 4000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 2.00 Å R-free 0.270
4M2X Mycobacterium tuberculosis dihydrofolate reductase complexed with trimetrexate (TMQ) 提交 2013-08-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–159（159 aa）	未记录	NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 TMQ TRIMETREXATE × 1 ACT ACETATE ION × 6 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；289 K；15% PEG 6000, 100 mM sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.26 Å R-free 0.261
4M2X Mycobacterium tuberculosis dihydrofolate reductase complexed with trimetrexate (TMQ) 提交 2013-08-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–159（159 aa）	未记录	NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 TMQ TRIMETREXATE × 1 ACT ACETATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；289 K；15% PEG 6000, 100 mM sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.26 Å R-free 0.261
4M2X Mycobacterium tuberculosis dihydrofolate reductase complexed with trimetrexate (TMQ) 提交 2013-08-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 1–159（159 aa）	未记录	NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 TMQ TRIMETREXATE × 1 ACT ACETATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；289 K；15% PEG 6000, 100 mM sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.26 Å R-free 0.261
4M2X Mycobacterium tuberculosis dihydrofolate reductase complexed with trimetrexate (TMQ) 提交 2013-08-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 1–159（159 aa）	未记录	NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 TMQ TRIMETREXATE × 1 ACT ACETATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；289 K；15% PEG 6000, 100 mM sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.26 Å R-free 0.261

共 10 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DYR_MYCTU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 21–179； UniProt 1–159 作者链 B； PDB构建体 21–179； UniProt 1–159

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4km0
沉积日期 deposition_date	2013-05-07
结构标题 title	Crystal structure of dihydrofolate reductase from Mycobacterium tuberculosis in complex with pyrimethamine
关键词 keywords	reductase, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.13 Å
零角强度 I(0) i0	25584800.00
分子量 molecular_weight	37067.0 kDa
排除体积 excluded_volume	45569 Å³
包络体积 envelope_volume	58081 Å³
水化壳体积 shell_volume	19459 Å³
包络直径 envelope_diameter	86.9 Å
壳层 Rg shell_rg	31.95 Å
包络 Rg envelope_rg	26.11 Å
形状 Rg shape_rg	26.14 Å
总 Rg total_rg	26.76 Å
总原子数 total_atoms	2604
残基数 n_residues	321
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	84.9 Å
Rg (实空间) rg_real	26.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5580e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4250e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	25580000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8556
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.392
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.636
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3164000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.821; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.788; Smooth: 0.867

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Dihydrofolate reductase
分子量 formula_weight	19832.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.5.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3106

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMVGLIWAQATSGVIGRGGDIPWRLPEDQAHFREITMGHTIVMGRRTWDSLPAKVRPLPGRRNVVLSRQADFMASGAEVVGSLEEALTSPETWVIGGGQVYALALPYATRCEVTEVDIGLPREAGDALAPVLDETWRGETGEWRFSRSGLRYRLYSYHRS

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	5-(4-CHLORO-PHENYL)-6-ETHYL-PYRIMIDINE-2,4-DIAMINE
分子量 formula_weight	248.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2'-MONOPHOSPHOADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	458

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d4km0a1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.71 — Dihydrofolate reductase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.71.1 — Dihydrofolate reductase-like
家族 Family family	c.71.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4km0a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4km0b1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.71 — Dihydrofolate reductase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.71.1 — Dihydrofolate reductase-like
家族 Family family	c.71.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4km0b2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4km0A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	430 — Dihydrofolate Reductase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrofolate Reductase, subunit A

结构域编号 domain_id	4km0B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	430 — Dihydrofolate Reductase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dihydrofolate Reductase, subunit A

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	32.320 Å
晶胞边长 b length_b	63.450 Å
晶胞边长 c length_c	78.120 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.80 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.300 Å
最低分辨率 resolution_low	17.980 Å
R 因子 r_factor	0.1553
R_work r_work	0.1524
R_free r_free	0.2102

fit	/app/data/saxs_computation/km/4km0/4km0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/km/4km0/4km0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/km/4km0/4km0.dat

Crystal structure of dihydrofolate reductase from Mycobacterium tuberculosis in complex with pyrimethamine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dihydrofolate reductase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction