4l41

Human Lactose synthase: A 2:1 complex between human alpha-lactalbumin and human beta1,4-galactosyltransferase

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 82.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-lactalbumin

Homo sapiens

UniProt P00709

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 19–142 链 B; UniProt 19–142 片段:UNP residues 19-142 Beta-1,4-galactosyltransferase 1 × 1 (P15291) CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;298 K;100 mM mes buffer pH 7.0, 12% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.70 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LALBA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–124; UniProt 19–142 作者链 B; PDB构建体 1–124; UniProt 19–142

Beta-1,4-galactosyltransferase 1

Homo sapiens

UniProt P15291

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 126–398 片段:UNP residues 126-398 突变:R337T, C338T Alpha-lactalbumin × 2 (P00709) CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;298 K;100 mM mes buffer pH 7.0, 12% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.70 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 18 个其他 PDB 条目、57 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B4GT1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 15–287; UniProt 126–398

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4l41

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4l41
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4l41
沉积日期 deposition_date2013-06-07
结构标题 titleHuman Lactose synthase: A 2:1 complex between human alpha-lactalbumin and human beta1,4-galactosyltransferase
关键词 keywordsGT-A fold, lactose synthase, Substrate binding, Golgi, Calcium Binding Protein-Transferase complex; Calcium Binding Protein/Transferase
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.13
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.18
零角强度 I(0) i058337500.00
分子量 molecular_weight59482.0 kDa
排除体积 excluded_volume74408 ų
包络体积 envelope_volume89079 ų
水化壳体积 shell_volume30363 ų
包络直径 envelope_diameter84.3
壳层 Rg shell_rg31.69
包络 Rg envelope_rg24.03
形状 Rg shape_rg24.13
总 Rg total_rg25.17
总原子数 total_atoms4172
残基数 n_residues518
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax82.3
Rg (实空间) rg_real25.00
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.59
I(0) (实空间) i0_real5.8340e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.3140e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.04
I(0) (倒空间) i0_reciprocal58340000.0000
解质量估计 total_estimate0.8936
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary31.3
偏度 Skewness skewness0.133
峰度 Kurtosis kurtosis-0.528
角度范围 angular_range— – 0.3150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9762000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.872; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.998

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd4l41a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4l41b_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4l41c_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.68 — Nucleotide-diphospho-sugar transferases
超家族 Superfamily superfamilyc.68.1 — Nucleotide-diphospho-sugar transferases
家族 Family familyc.68.1.2 — beta 1,4 galactosyltransferase (b4GalT1)

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id4l41A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id4l41B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id4l41C00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology550 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)