SAXSdb — 4mbe

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cell division control protein 31

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Nuclear mRNA export protein SAC3 × 1 （P46674） Protein SUS1 × 1 （Q6WNK7） Nucleoporin NUP1 × 2 （P20676） CALCIUM ION × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Nuclear mRNA export protein SAC3 × 1 （P46674） Protein SUS1 × 1 （Q6WNK7） Nucleoporin NUP1 × 2 （P20676） CALCIUM ION × 2 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CDC31_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 D； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161

Nuclear mRNA export protein SAC3

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P46674

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Cell division control protein 31 × 1 （P06704） Protein SUS1 × 1 （Q6WNK7） Nucleoporin NUP1 × 2 （P20676） CALCIUM ION × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Cell division control protein 31 × 1 （P06704） Protein SUS1 × 1 （Q6WNK7） Nucleoporin NUP1 × 2 （P20676） CALCIUM ION × 2 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SAC3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–53； UniProt 753–805 作者链 E； PDB构建体 1–53； UniProt 753–805

Protein SUS1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q6WNK7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Cell division control protein 31 × 1 （P06704） Nuclear mRNA export protein SAC3 × 1 （P46674） Nucleoporin NUP1 × 2 （P20676） CALCIUM ION × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Cell division control protein 31 × 1 （P06704） Nuclear mRNA export protein SAC3 × 1 （P46674） Nucleoporin NUP1 × 2 （P20676） CALCIUM ION × 2 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SUS1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–96； UniProt 1–96 作者链 F； PDB构建体 1–96； UniProt 1–96

Nucleoporin NUP1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P20676

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Cell division control protein 31 × 1 （P06704） Nuclear mRNA export protein SAC3 × 1 （P46674） Protein SUS1 × 1 （Q6WNK7） CALCIUM ION × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Cell division control protein 31 × 1 （P06704） Nuclear mRNA export protein SAC3 × 1 （P46674） Protein SUS1 × 1 （Q6WNK7） CALCIUM ION × 2 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NUP1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–25； UniProt 316–340 作者链 H； PDB构建体 1–25； UniProt 316–340 作者链 X； PDB构建体 1–25； UniProt 316–340 作者链 Y； PDB构建体 1–25； UniProt 316–340

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4mbe
沉积日期 deposition_date	2013-08-19
结构标题 title	Sac3:Sus1:Cdc31:Nup1 complex
关键词 keywords	mRNA nuclear export, mRNA, PROTEIN TRANSPORT, TRANSCRIPTION; PROTEIN TRANSPORT, TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4mbe__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4mbe__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4mbe__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.74 Å
Rg（电子密度）	24.02 Å
总 Rg	24.70 Å
原子数	2549
残基数	308
排除体积	45512 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4mbe__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4mbe__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cell division control protein 31
分子量 formula_weight	18774.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	5085

MSKNRSSLQSGPLNSELLEEQKQEIYEAFSLFDMNNDGFLDYHELKVAMKALGFELPKREILDLIDEYDSEGRHLMKYDDFYIVMGEKILKRDPLDEIKRAFQLFDDDHTGKISIKNLRRVAKELGETLTDEELRAMIEEFDLDGDGEINENEFIAICTDS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nuclear mRNA export protein SAC3
分子量 formula_weight	6623.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

EANYRKDFIDTMTRELYDAFLHERLYLIYMDSRAELKRNSTLKKKFFEKWQAS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Protein SUS1
分子量 formula_weight	11094.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

MTMDTAQLKSQIQQYLVESGNYELISNELKARLLQEGWVDKVKDLTKSEMNINESTNFTQILSTVEPKALEMVSDSTRETVLKQIREFLEEIVDTQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Nucleoporin NUP1
分子量 formula_weight	2893.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,G,X,Y

LKKNIEPKKDKESIVLPTVGFDFIK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	33

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d4mbea_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.5 — Calmodulin-like

结构域编号 domain_id	d4mbec_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.301 — Sus1-like
超家族 Superfamily superfamily	a.301.1 — Sus1-like
家族 Family family	a.301.1.1 — Sus1-like

结构域编号 domain_id	d4mbed_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.5 — Calmodulin-like

结构域编号 domain_id	d4mbef_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.301 — Sus1-like
超家族 Superfamily superfamily	a.301.1 — Sus1-like
家族 Family family	a.301.1.1 — Sus1-like

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	4mbeA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	4mbeB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1760 —

结构域编号 domain_id	4mbeC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — ENY2/SUS1

结构域编号 domain_id	4mbeD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	4mbeE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1760 —

结构域编号 domain_id	4mbeF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — ENY2/SUS1

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晶胞边长 a length_a	51.270 Å
晶胞边长 b length_b	62.399 Å
晶胞边长 c length_c	124.601 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.61 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.612 Å
最低分辨率 resolution_low	43.800 Å
R 因子 r_factor	0.2017
R_work r_work	0.1998
R_free r_free	0.2357

Sac3:Sus1:Cdc31:Nup1 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cell division control protein 31

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Nuclear mRNA export protein SAC3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein SUS1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Nucleoporin NUP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4mbe__assembly_1__model_1

4mbe__assembly_1__model_1 | I(q)

4mbe__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)