SAXSdb — 4mbs

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chimera protein of C-C chemokine receptor type 5 and Rubredoxin

Clostridium pasteurianum

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1	;4,4-difluoro-N-[(1S)-3-{(3-exo)-3-[3-methyl-5-(propan-2-yl)-4H-1,2,4-triazol-4-yl]-8-azabicyclo[3.2.1]oct-8-yl}-1-phenylpropyl]cyclohexanecarboxamide ; × 1 ZINC ION × 1 (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 6 water × 1	与蛋白数一致
2	信息不足	单体	蛋白 1	;4,4-difluoro-N-[(1S)-3-{(3-exo)-3-[3-methyl-5-(propan-2-yl)-4H-1,2,4-triazol-4-yl]-8-azabicyclo[3.2.1]oct-8-yl}-1-phenylpropyl]cyclohexanecarboxamide ; × 1 ZINC ION × 1 (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RUBR_CLOPA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 226–279； UniProt 1–54 作者链 B； PDB构建体 226–279； UniProt 1–54

Chimera protein of C-C chemokine receptor type 5 and Rubredoxin

Clostridium pasteurianum

UniProt P51681

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1	;4,4-difluoro-N-[(1S)-3-{(3-exo)-3-[3-methyl-5-(propan-2-yl)-4H-1,2,4-triazol-4-yl]-8-azabicyclo[3.2.1]oct-8-yl}-1-phenylpropyl]cyclohexanecarboxamide ; × 1 ZINC ION × 1 (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 6 water × 1	与蛋白数一致
2	信息不足	单体	蛋白 1	;4,4-difluoro-N-[(1S)-3-{(3-exo)-3-[3-methyl-5-(propan-2-yl)-4H-1,2,4-triazol-4-yl]-8-azabicyclo[3.2.1]oct-8-yl}-1-phenylpropyl]cyclohexanecarboxamide ; × 1 ZINC ION × 1 (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCR5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–225； UniProt 2–223 作者链 A； PDB构建体 280–405； UniProt 227–352 作者链 B； PDB构建体 4–225； UniProt 2–223 作者链 B； PDB构建体 280–405； UniProt 227–352

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4mbs
沉积日期 deposition_date	2013-08-19
结构标题 title	Crystal Structure of the CCR5 Chemokine Receptor
关键词 keywords	;Human CCR5 Chemokine Receptor, anti-HIV agent, novel protein engineering, GPCR network, membrane protein, PSI-Biology, Structural Genomics, Seven transmembrane helices, G protein-coupled receptor, membrane, SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4mbs__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4mbs__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4mbs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.54 Å
Rg（电子密度）	25.00 Å
总 Rg	25.84 Å
原子数	2880
残基数	346
排除体积	52856 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4mbs__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4mbs__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Chimera protein of C-C chemokine receptor type 5 and Rubredoxin
分子量 formula_weight	47516.3 kDa
突变 mutation	C58Y, G163N, A233D, K303E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5764

GAPDYQVSSPIYDINYYTSEPCQKINVKQIAARLLPPLYSLVFIFGFVGNMLVILILINYKRLKSMTDIYLLNLAISDLFFLLTVPFWAHYAAAQWDFGNTMCQLLTGLYFIGFFSGIFFIILLTIDRYLAVVHAVFALKARTVTFGVVTSVITWVVAVFASLPNIIFTRSQKEGLHYTCSSHFPYSQYQFWKNFQTLKIVILGLVLPLLVMVICYSGILKTLLRMKKYTCTVCGYIYNPEDGDPDNGVNPGTDFKDIPDDWVCPLCGVGKDQFEEVEEEKKRHRDVRLIFTIMIVYFLFWAPYNIVLLLNTFQEFFGLNNCSSSNRLDQAMQVTETLGMTHCCINPIIYAFVGEEFRNYLLVFFQKHIAKRFCKCCSIFQQEAPERASSVYTRSTGEQEISVGLGRPLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium pasteurianum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1501
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;4,4-difluoro-N-[(1S)-3-{(3-exo)-3-[3-methyl-5-(propan-2-yl)-4H-1,2,4-triazol-4-yl]-8-azabicyclo[3.2.1]oct-8-yl}-1-phenylpropyl]cyclohexanecarboxamide ;
分子量 formula_weight	513.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate
分子量 formula_weight	356.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	48

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4mbsA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins

结构域编号 domain_id	4mbsB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins

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晶胞边长 a length_a	72.920 Å
晶胞边长 b length_b	103.520 Å
晶胞边长 c length_c	137.470 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.710 Å
最低分辨率 resolution_low	36.330 Å
R 因子 r_factor	0.2181
R_work r_work	0.2156
R_free r_free	0.2632

Crystal Structure of the CCR5 Chemokine Receptor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chimera protein of C-C chemokine receptor type 5 and Rubredoxin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Chimera protein of C-C chemokine receptor type 5 and Rubredoxin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4mbs__assembly_1__model_1

4mbs__assembly_1__model_1 | I(q)

4mbs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of the CCR5 Chemokine Receptor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chimera protein of C-C chemokine receptor type 5 and Rubredoxin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Chimera protein of C-C chemokine receptor type 5 and Rubredoxin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4mbs__assembly_1__model_1

4mbs__assembly_1__model_1 | I(q)

4mbs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)