SAXSdb — 4mhc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoporin NUP157

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 70–893	片段：N-terminal domain (UNP residues 70-893)	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；5% PEG 4,000, 0.1 M MES, pH 6.0, 0.05 M Magnesium chloride, 3% (v/v) 1,4-dioxane, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.231

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4MHC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric	链 1 1–1391（1391 aa）链 Z 1–1391（1391 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.60 Å
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 1 1–1391（1391 aa）链 Z 1–1391（1391 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.60 Å
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 1 1–1391（1391 aa）链 Z 1–1391（1391 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.60 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 448 PDB 声明：448-meric	链 1 1–1391（1391 aa）链 Z 1–1391（1391 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric	链 1 1–1391（1391 aa）链 Z 1–1391（1391 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric	链 1 1–1391（1391 aa）链 Z 1–1391（1391 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å
7WOO Cryo-EM structure of the inner ring protomer of the Saccharomyces cerevisiae nuclear pore complex 提交 2022-01-22	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 C 1–1391（1391 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.71 Å
7WOT Cryo-EM structure of the inner ring monomer of the Saccharomyces cerevisiae nuclear pore complex 提交 2022-01-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 C 1–1391（1391 aa）链 O 1–1391（1391 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.73 Å
8TJ5 Inner spoke ring of the yeast NPC 提交 2023-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：46-meric	链 1 1–1391（1391 aa）链 Z 1–1391（1391 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM HEPES,50mM Potassium acetate,20mM NaCl,2mM MgCl2,1mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.60 Å

共 5 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NU157_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–826； UniProt 70–893

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4mhc
沉积日期 deposition_date	2013-08-29
结构标题 title	Crystal Structure of a Nucleoporin
关键词 keywords	;Nuclear pore complex, ADAPTOR NUCLEOPORIN, DNA BINDING PROTEIN, RNA BINDING PROTEIN, NUCLEOCYTOPLASMIC TRANSPORT, BETA-PROPELLER, ALPHA-HELICAL SOLENOID DOMAIN, MRNA TRANSPORT, NUCLEUS, STRUCTURAL PROTEIN, GENE GATING, CHROMATIN ORGANIZATION ;; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.25 Å
零角强度 I(0) i0	84246900.00
分子量 molecular_weight	75060.0 kDa
排除体积 excluded_volume	95193 Å³
包络体积 envelope_volume	119560 Å³
水化壳体积 shell_volume	34958 Å³
包络直径 envelope_diameter	90.8 Å
壳层 Rg shell_rg	35.99 Å
包络 Rg envelope_rg	28.06 Å
形状 Rg shape_rg	28.22 Å
总 Rg total_rg	29.12 Å
总原子数 total_atoms	5299
残基数 n_residues	671
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.8 Å
Rg (实空间) rg_real	29.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.4250e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3180e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	84250000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9107
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	34.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.193
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.575
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21450000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.966; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.937

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Nucleoporin NUP157
分子量 formula_weight	91567.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5447

SMESELRDVTTHVKISGLTSSEPLQLASEFVQDLSFRDRNTPILDNPDYYSKGLDYNFSDEVGGLGAFTPFQRQQVTNIPDEVLSQVSNTEIKSDMGIFLELNYCWITSDNKLILWNINNSSEYHCIDEIEHTILKVKLVKPSPNTFVSSVENLLIVATLFDIYILTISFNDRTHELNIFNTGLKVNVTGFNVSNIISYERTGQIFFTGATDGVNVWELQYNCSENLFNSKSNKICLTKSNLANLLPTKLIPSIPGGKLIQKVLEGDAGTEEETISQLEVDQSRGVLHTLSTKSIVRSYLITSNGLVGPVLIDAAHIRRGMNALGVKNSPLLSNRAFKIAKIVSISMCENNDLFLAVITTTGVRLYFKGSISRRSIGSLKLDSVKFPPTSISSSLEQNKSFIIGHHPLNTHDTGPLSTQKASSTYINTTCASTIISPGIYFTCVRKRANSGELSKGITNKALLENKEEHKLYVSAPDYGILKNYGKYVENTALLDTTDEIKEIVPLTRSFNYTSTPQGYANVFASQYSAEPLKVAVLTSNALEIYCYRTPDEVFESLIENPLPFIHSYGLSEACSTALYLACKFNKSEHIKSSALAFFSAGIPGVVEIKPKSSRESGSVPPISQNLFDKSGECDGIVLSPRFYGSALLITRLFSQIWEERVFVFKRASKTEKMDAFGISITRPQVEYYLSSISVLADFFNIHRPSFVSFVPPKGSNAITASDAESIAMNALILLINSIKDALSLINVFYEDIDAFKSLLNTLMGAGGVYDSKTREYFFDLKFHDLFTPNAKTKQLIKEILIEVVNANIASGTSADYIVNVLKERFG

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	148

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4mhcA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1780 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	62.110 Å
晶胞边长 b length_b	76.940 Å
晶胞边长 c length_c	82.630 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.05 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	45.100 Å
R 因子 r_factor	0.1908
R_work r_work	0.1887
R_free r_free	0.2308

fit	/app/data/saxs_computation/mh/4mhc/4mhc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mh/4mhc/4mhc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mh/4mhc/4mhc.dat

Crystal Structure of a Nucleoporin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoporin NUP157

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction