SAXSdb — 4myu

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Elongation factor G

Thermus thermophilus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–691	突变：H573K	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；5mM Tris-HCl (pH 7.6), 10mM MgCl2, 5mM GDP, 20-23% PEG 8000, 0.1M Tris-Cl (PH 7.5-7.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 3.00 Å R-free 0.271

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4MYU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1EFG THE CRYSTAL STRUCTURE OF ELONGATION FACTOR G COMPLEXED WITH GDP, AT 2.7 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1994-10-17	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–691（691 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.8；277 K；pH 7.8, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.396
1FNM STRUCTURE OF THERMUS THERMOPHILUS EF-G H573A 提交 2000-08-22	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–691（691 aa）	突变：H573A	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；PEG 8000 (Fluka), guanosine 5'-diphophate, magnesium chloride , pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.80 Å R-free 0.295
1JQM Fitting of L11 protein and elongation factor G (EF-G) in the cryo-em map of e. coli 70S ribosome bound with EF-G, GDP and fusidic acid 提交 2001-08-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–691（691 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6	分辨率 18.00 Å
1JQS Fitting of L11 protein and elongation factor G (domain G' and V) in the cryo-em map of E. coli 70S ribosome bound with EF-G and GMPPCP, a nonhydrolysable GTP analog 提交 2001-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 220–251（32 aa）片段：;part of domain G' ; 链 C 606–673（68 aa）片段：domain V	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 18.00 Å
1KTV Crystal Structure of Elongation Factor G Dimer Without Nucleotide 提交 2002-01-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–691（691 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；PEG 8000, HEPES, Tris, Dithiothreitol, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.80 Å R-free 0.374
1KTV Crystal Structure of Elongation Factor G Dimer Without Nucleotide 提交 2002-01-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–691（691 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；PEG 8000, HEPES, Tris, Dithiothreitol, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.80 Å R-free 0.374
1PN6 Domain-wise fitting of the crystal structure of T.thermophilus EF-G into the low resolution map of the release complex.Puromycin.EFG.GDPNP of E.coli 70S ribosome. 提交 2003-06-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–691（691 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Rapid-freezing in liquid ethane	分辨率 10.80 Å
2BCW Coordinates of the N-terminal domain of ribosomal protein L11,C-terminal domain of ribosomal protein L7/L12 and a portion of the G' domain of elongation factor G, as fitted into cryo-em map of an Escherichia coli 70SEF-GGDP*fusidic acid complex 提交 2005-10-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 200–257（58 aa）片段：;A portion of G' domain' ;	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20mM HEPES-KOH (pH 7.5), 6mM MgCl2, and 150 mM NH4Cl, 2mM spermidine, 0.4 mM spermine；pH 7.5；20mM HEPES-KOH (pH 7.5), 6mM MgCl2, and 150 mM NH4Cl, 2mM spermidine, 0.4 mM spermine cryo-EM玻璃化条件 RAPID-FREEZING IN LIQUID ETHANE	分辨率 11.20 Å
2BM0 Ribosomal elongation factor G (EF-G) Fusidic acid resistant mutant T84A 提交 2005-03-09	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–691（691 aa）	突变：YES	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.3；17% PEG 8000 100 MM HEPES 46 MM TRIS-HCL PH 7.3	分辨率 2.40 Å R-free 0.274
2BM1 Ribosomal elongation factor G (EF-G) Fusidic acid resistant mutant G16V 提交 2005-03-09	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–691（691 aa）	突变：YES	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.3；17 % PEG8000 100 MM HEPES 46 MM TRIS-HCL PH 7.3 10 MM MAGNESIUM CHLORIDE	分辨率 2.60 Å R-free 0.297
2BV3 Crystal structure of a mutant elongation factor G trapped with a GTP analogue 提交 2005-06-22	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–691（691 aa）	突变：YES	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.3；17 % PEG8000, 10 MM MGCL2, 100 MM GDPNP, 46 MM TRIS, 100 MM HEPES, pH 7.30	分辨率 2.50 Å R-free 0.270
2EFG TRANSLATIONAL ELONGATION FACTOR G COMPLEXED WITH GDP 提交 1998-09-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–691（691 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；18% W/V PEG8000, 20MM TRIS-HCL, 20MM AMMONIUM ACETATE, 2MM DTT, 1MM SODIUM AZIDE, 1MM GDP, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.60 Å R-free 0.279
2J7K Crystal structure of the T84A mutant EF-G:GDPCP complex 提交 2006-10-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–691（691 aa）	突变：YES	GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.3；17 % PEG8000 100 MM HEPES 46 MM TRIS 10 MM MGCL2 10 MM GDPCP, pH 7.3	分辨率 2.90 Å R-free 0.288
2OM7 Structural Basis for Interaction of the Ribosome with the Switch Regions of GTP-bound Elongation Factors 提交 2007-01-21	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetradecameric	链 L 1–691（691 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 0.3 mM GMPPNP, 10 mM Hepes-KOH (pH 7.8), 10 mM Mg acetate, 60 mM NH4Cl, and 6 mM B-mercaptoethanol；pH 7.8；0.3 mM GMPPNP, 10 mM Hepes-KOH (pH 7.8), 10 mM Mg acetate, 60 mM NH4Cl, and 6 mM B-mercaptoethanol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.30 Å
3IZP Conformation of EF-G during translocation 提交 2010-11-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 1–688（688 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；5 mM potassium phosphate, 5 mM magnesium acetate, 5 mM ammonium chloride, 95 mM potassium chloride, 0.5 mM calcium chloride, 8 mM putrescine, 1 mM spermidine, and 1 mM dithioerythritol cryo-EM玻璃化条件 two-face blotting for 1 second；90 K；冷冻剂 ETHANE	分辨率未提供
4M1K Crystal structure of elongation factor G (EFG) 提交 2013-08-02	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–691（691 aa）	突变：Q500L	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；5mM Tris-HCl (pH 7.6), 10mM MgCl2, 5mM GDP, 20-23% PEG8000, 0.1M Tris-Cl PH7.5-7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.95 Å R-free 0.292
4MYT Crystal structure of elongation factor G (EFG) 提交 2013-09-28	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–691（691 aa）	突变：E579A	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；5 mM Tris-HCl (pH 7.6), 10mM MgCl2, 5mM GDP, 20-23% PEG 8000, 0.1M Tris-Cl (PH 7.5-7.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 3.50 Å R-free 0.308

共 16 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EFG_THETH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–691； UniProt 1–691

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4myu
沉积日期 deposition_date	2013-09-28
结构标题 title	Crystal structure of elongation factor G mutant(EFG)
关键词 keywords	elongation factor G, EFG, TRANSLATION; TRANSLATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.75 Å
零角强度 I(0) i0	83434300.00
分子量 molecular_weight	73086.0 kDa
排除体积 excluded_volume	92005 Å³
包络体积 envelope_volume	117450 Å³
水化壳体积 shell_volume	33765 Å³
包络直径 envelope_diameter	117.8 Å
壳层 Rg shell_rg	35.42 Å
包络 Rg envelope_rg	30.84 Å
形状 Rg shape_rg	30.76 Å
总 Rg total_rg	31.13 Å
总原子数 total_atoms	5143
残基数 n_residues	655
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	112.5 Å
Rg (实空间) rg_real	31.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.19 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.3430e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6090e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.05 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	83430000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8201
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.614
峰度 Kurtosis kurtosis	0.174
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14690000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.653; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.790; Smooth: 0.909

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Elongation factor G
分子量 formula_weight	76968.1 kDa
突变 mutation	H573K
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5143

MAVKVEYDLKRLRNIGIAAHIDAGKTTTTERILYYTGRIHKIGEVHEGAATMDFMEQERERGITITAAVTTCFWKDHRINIIDTPGHVDFTIEVERSMRVLDGAIVVFDSSQGVEPQSETVWRQAEKYKVPRIAFANKMDKTGADLWLVIRTMQERLGARPVVMQLPIGREDTFSGIIDVLRMKAYTYGNDLGTDIREIPIPEEYLDQAREYHEKLVEVAADFDENIMLKYLEGEEPTEEELVAAIRKGTIDLKITPVFLGSALKNKGVQLLLDAVVDYLPSPLDIPPIKGTTPEGEVVEIHPDPNGPLAALAFKIMADPYVGRLTFIRVYSGTLTSGSYVYNTTKGRKERVARLLRMHANHREEVEELKAGDLGAVVGLKETITGDTLVGEDAPRVILESIEVPEPVIDVAIEPKTKADQEKLSQALARLAEEDPTFRVSTHPETGQTIISGMGELHLEIIVDRLKREFKVDANVGKPQVAYRETITKPVDVEGKFIRQTGGRGQYGHVKIKVEPLPRGSGFEFVNAIVGGVIPKEYIPAVQKGIEEAMQSGPLIGFPVVDIKVTLYDGSYKEVDSSEMAFKIAGSMAIKEAVQKGDPVILEPIMRVEVTTPEEYMGDVIGDLNARRGQILGMEPRGNAQVIRAFVPLAEMFGYATDLRSKTQGRGSFVMFFDHYQEVPKQVQEKLIKGQ

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	4myuA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4myuA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	4myuA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	870 — Elongation Factor G (Translational Gtpase), domain 3

结构域编号 domain_id	4myuA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	4myuA05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	240 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	78.282 Å
晶胞边长 b length_b	88.235 Å
晶胞边长 c length_c	115.190 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.004 Å
最低分辨率 resolution_low	37.060 Å
R 因子 r_factor	0.1958
R_work r_work	0.1874
R_free r_free	0.2706

fit	/app/data/saxs_computation/my/4myu/4myu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/my/4myu/4myu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/my/4myu/4myu.dat

Crystal structure of elongation factor G mutant(EFG)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Elongation factor G

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction