SAXSdb — 4n6j

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Striatin-3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 86–131 链 B； UniProt 86–131	片段：UNP residues 86-131 突变：F99M, Y123M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；0.1M Bis-Tris pH 6.5, 0.2M MgCl2, 23% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K	分辨率 2.00 Å R-free 0.252

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4N6J	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6AKL Crystal structure of Striatin3 in complex with SIKE1 Coiled-coil domain 提交 2018-09-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 165–190（26 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；35% (v/v) MPD; 0.1 M imidazole pH 7.5	分辨率 1.75 Å R-free 0.213
6IUR A phosphatase complex STRN3-PP2Aa 提交 2018-11-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 86–131（46 aa）片段：UNP residues 86-131 链 D 86–131（46 aa）片段：UNP residues 86-131	未记录	TME PROPANE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1M BIS-TRIS propane pH 9.0, 8.5% PEG20000	分辨率 3.33 Å R-free 0.249
6IUR A phosphatase complex STRN3-PP2Aa 提交 2018-11-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 86–131（46 aa）片段：UNP residues 86-131 链 H 86–131（46 aa）片段：UNP residues 86-131	未记录	TME PROPANE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1M BIS-TRIS propane pH 9.0, 8.5% PEG20000	分辨率 3.33 Å R-free 0.249
7K36 Cryo-EM structure of STRIPAK complex 提交 2020-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 1–713（713 aa）链 D 1–713（713 aa）链 E 1–713（713 aa）链 F 1–713（713 aa）链 G 1–713（713 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	STRN3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–50； UniProt 86–131 作者链 B； PDB构建体 5–50； UniProt 86–131

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4n6j
沉积日期 deposition_date	2013-10-13
结构标题 title	Crystal structure of human Striatin-3 coiled coil domain
关键词 keywords	WD40, scaffolding protein, PP2A, CCM3, CaM, CaV, Rassf., SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.71 Å
零角强度 I(0) i0	3181800.00
分子量 molecular_weight	11748.0 kDa
排除体积 excluded_volume	14210 Å³
包络体积 envelope_volume	18699 Å³
水化壳体积 shell_volume	9150 Å³
包络直径 envelope_diameter	78.0 Å
壳层 Rg shell_rg	23.74 Å
包络 Rg envelope_rg	22.08 Å
形状 Rg shape_rg	21.61 Å
总 Rg total_rg	22.32 Å
总原子数 total_atoms	790
残基数 n_residues	88
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.2 Å
Rg (实空间) rg_real	22.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.91 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1820e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.7530e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3182000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7071
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	15.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.659
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.343
角度范围 angular_range	— – 0.3650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	310500.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.386; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.046; Smooth: 0.985

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4n6jA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 —

结构域编号 domain_id	4n6jB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	34.064 Å
晶胞边长 b length_b	34.064 Å
晶胞边长 c length_c	161.388 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.001 Å
最低分辨率 resolution_low	29.500 Å
R 因子 r_factor	0.2085
R_work r_work	0.2035
R_free r_free	0.2521

描述 description	Striatin-3
分子量 formula_weight	6156.6 kDa
突变 mutation	F99M, Y123M
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	904

Crystal structure of human Striatin-3 coiled coil domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Striatin-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	114

fit	/app/data/saxs_computation/n6/4n6j/4n6j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/n6/4n6j/4n6j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/n6/4n6j/4n6j.dat