4naw

Crystal Structure of Human ATG12~ATG5-ATG16N in complex with a fragment of ATG3

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 142.6 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-like protein ATG12

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 52–140	片段：UNP residues 52-140	Autophagy protein 5 × 1 （Q9H1Y0） Autophagy-related protein 16-1 × 1 （Q676U5） Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3 × 1 （Q9NT62） SO4 SULFATE ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN - 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.15 M NaCl, 0.001 M DTT, RESERVOIR - 0.1M MES pH6.0-6.75, 0.2 M ammonium sulfate, 10-16% PEG 5000 MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.19 Å R-free 0.215
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 52–140	片段：UNP residues 52-140	Autophagy protein 5 × 1 （Q9H1Y0） Autophagy-related protein 16-1 × 1 （Q676U5） Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3 × 1 （Q9NT62） SO4 SULFATE ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN - 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.15 M NaCl, 0.001 M DTT, RESERVOIR - 0.1M MES pH6.0-6.75, 0.2 M ammonium sulfate, 10-16% PEG 5000 MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.19 Å R-free 0.215
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 52–140	片段：UNP residues 52-140	Autophagy protein 5 × 1 （Q9H1Y0） Autophagy-related protein 16-1 × 1 （Q676U5） Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3 × 1 （Q9NT62） SO4 SULFATE ION × 4 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN - 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.15 M NaCl, 0.001 M DTT, RESERVOIR - 0.1M MES pH6.0-6.75, 0.2 M ammonium sulfate, 10-16% PEG 5000 MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.19 Å R-free 0.215
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 52–140	片段：UNP residues 52-140	Autophagy protein 5 × 1 （Q9H1Y0） Autophagy-related protein 16-1 × 1 （Q676U5） Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3 × 1 （Q9NT62） SO4 SULFATE ION × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN - 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.15 M NaCl, 0.001 M DTT, RESERVOIR - 0.1M MES pH6.0-6.75, 0.2 M ammonium sulfate, 10-16% PEG 5000 MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.19 Å R-free 0.215

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4NAW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4GDK Crystal Structure of Human Atg12~Atg5 Conjugate in Complex with an N-terminal Fragment of Atg16L1 提交 2012-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 52–140（89 aa）链 D 52–140（89 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN: 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.3 M NaCl, 0.001 M DTT; RESERVOIR: 0.1M Hepes pH7.5, 0.2 M lithium citrate, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.236
4GDL Crystal Structure of Human Atg12~Atg5 Conjugate in Complex with an N-terminal Fragment of Atg16L1 提交 2012-07-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 52–140（89 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PROTEIN: 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.3 M NaCl, 0.001 M DTT; RESERVOIR: 0.1M BICINE pH9.0, 0.2 M sodium phosphate dibasic, 18% PEG 3350, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.88 Å R-free 0.254

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATG12_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–91； UniProt 52–140 作者链 E； PDB构建体 3–91； UniProt 52–140 作者链 I； PDB构建体 3–91； UniProt 52–140 作者链 M； PDB构建体 3–91； UniProt 52–140

Autophagy protein 5

Homo sapiens

UniProt Q9H1Y0

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–275	未记录	Ubiquitin-like protein ATG12 × 1 （O94817） Autophagy-related protein 16-1 × 1 （Q676U5） Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3 × 1 （Q9NT62） SO4 SULFATE ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN - 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.15 M NaCl, 0.001 M DTT, RESERVOIR - 0.1M MES pH6.0-6.75, 0.2 M ammonium sulfate, 10-16% PEG 5000 MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.19 Å R-free 0.215
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–275	未记录	Ubiquitin-like protein ATG12 × 1 （O94817） Autophagy-related protein 16-1 × 1 （Q676U5） Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3 × 1 （Q9NT62） SO4 SULFATE ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN - 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.15 M NaCl, 0.001 M DTT, RESERVOIR - 0.1M MES pH6.0-6.75, 0.2 M ammonium sulfate, 10-16% PEG 5000 MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.19 Å R-free 0.215
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 1–275	未记录	Ubiquitin-like protein ATG12 × 1 （O94817） Autophagy-related protein 16-1 × 1 （Q676U5） Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3 × 1 （Q9NT62） SO4 SULFATE ION × 4 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN - 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.15 M NaCl, 0.001 M DTT, RESERVOIR - 0.1M MES pH6.0-6.75, 0.2 M ammonium sulfate, 10-16% PEG 5000 MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.19 Å R-free 0.215
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 N； UniProt 1–275	未记录	Ubiquitin-like protein ATG12 × 1 （O94817） Autophagy-related protein 16-1 × 1 （Q676U5） Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3 × 1 （Q9NT62） SO4 SULFATE ION × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN - 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.15 M NaCl, 0.001 M DTT, RESERVOIR - 0.1M MES pH6.0-6.75, 0.2 M ammonium sulfate, 10-16% PEG 5000 MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.19 Å R-free 0.215

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 4NAW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4GDK Crystal Structure of Human Atg12~Atg5 Conjugate in Complex with an N-terminal Fragment of Atg16L1 提交 2012-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 1–275（275 aa）链 E 1–275（275 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN: 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.3 M NaCl, 0.001 M DTT; RESERVOIR: 0.1M Hepes pH7.5, 0.2 M lithium citrate, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.236
4GDL Crystal Structure of Human Atg12~Atg5 Conjugate in Complex with an N-terminal Fragment of Atg16L1 提交 2012-07-31	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–275（275 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PROTEIN: 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.3 M NaCl, 0.001 M DTT; RESERVOIR: 0.1M BICINE pH9.0, 0.2 M sodium phosphate dibasic, 18% PEG 3350, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.88 Å R-free 0.254
4TQ0 Crystal structure of human ATG5-ATG16N69 提交 2014-06-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–275（275 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 400, MgCl2, KCl, Tris-HCl	分辨率 2.70 Å R-free 0.274
4TQ0 Crystal structure of human ATG5-ATG16N69 提交 2014-06-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–275（275 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 400, MgCl2, KCl, Tris-HCl	分辨率 2.70 Å R-free 0.274
4TQ0 Crystal structure of human ATG5-ATG16N69 提交 2014-06-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–275（275 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 400, MgCl2, KCl, Tris-HCl	分辨率 2.70 Å R-free 0.274
4TQ1 Crystal structure of human ATG5-TECAIR 提交 2014-06-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–275（275 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；MPD, PEG 1000, PEG 3350, alcohols, MES-imdazole	分辨率 1.80 Å R-free 0.222
5D7G Structure of human ATG5 E122D-ATG16L1 complex at 3.0 Angstroms 提交 2015-08-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–275（275 aa）链 C 1–275（275 aa）	突变：E122D 突变：E122D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；Micro crystal: 37.5 mM MES, pH 5.2 to pH 5.8, 0.2 M sodium tartrate, and 11 to 13% polyethylene glycol 3350; Micor seeding condition:40 mM MES, pH 5.5, 0.2M sodium tartrate, 8.5% PEG3350, 10 mM DTT	分辨率 3.00 Å R-free 0.244
5D7G Structure of human ATG5 E122D-ATG16L1 complex at 3.0 Angstroms 提交 2015-08-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–275（275 aa）链 G 1–275（275 aa）	突变：E122D 突变：E122D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；Micro crystal: 37.5 mM MES, pH 5.2 to pH 5.8, 0.2 M sodium tartrate, and 11 to 13% polyethylene glycol 3350; Micor seeding condition:40 mM MES, pH 5.5, 0.2M sodium tartrate, 8.5% PEG3350, 10 mM DTT	分辨率 3.00 Å R-free 0.244
5NPV Structure of human ATG5-ATG16L1(ATG5BD) complex (I4) 提交 2017-04-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–275（275 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.76；293 K；0.1 M MES pH 5.76, 0.378 M KCl, 21.7 % PEG 3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.278
5NPV Structure of human ATG5-ATG16L1(ATG5BD) complex (I4) 提交 2017-04-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–275（275 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.76；293 K；0.1 M MES pH 5.76, 0.378 M KCl, 21.7 % PEG 3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.278
5NPW Structure of human ATG5-ATG16L1(ATG5BD) complex (C2) 提交 2017-04-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–275（275 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.4 M KCl and 18 % PEG 3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.264
5NPW Structure of human ATG5-ATG16L1(ATG5BD) complex (C2) 提交 2017-04-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–275（275 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.4 M KCl and 18 % PEG 3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.264
5NPW Structure of human ATG5-ATG16L1(ATG5BD) complex (C2) 提交 2017-04-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–275（275 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.4 M KCl and 18 % PEG 3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.264
5NPW Structure of human ATG5-ATG16L1(ATG5BD) complex (C2) 提交 2017-04-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–275（275 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.4 M KCl and 18 % PEG 3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.264
7W36 Crystal structure of human Atg5 complexed with a stapled peptide 提交 2021-11-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–275（275 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 3350, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl pH8.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.287

共 8 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATG5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–275； UniProt 1–275 作者链 F； PDB构建体 1–275； UniProt 1–275 作者链 J； PDB构建体 1–275； UniProt 1–275 作者链 N； PDB构建体 1–275； UniProt 1–275

Autophagy-related protein 16-1

Homo sapiens

UniProt Q676U5

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 11–43	片段：UNP residues 11-43	Ubiquitin-like protein ATG12 × 1 （O94817） Autophagy protein 5 × 1 （Q9H1Y0） Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3 × 1 （Q9NT62） SO4 SULFATE ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN - 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.15 M NaCl, 0.001 M DTT, RESERVOIR - 0.1M MES pH6.0-6.75, 0.2 M ammonium sulfate, 10-16% PEG 5000 MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.19 Å R-free 0.215
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 11–43	片段：UNP residues 11-43	Ubiquitin-like protein ATG12 × 1 （O94817） Autophagy protein 5 × 1 （Q9H1Y0） Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3 × 1 （Q9NT62） SO4 SULFATE ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN - 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.15 M NaCl, 0.001 M DTT, RESERVOIR - 0.1M MES pH6.0-6.75, 0.2 M ammonium sulfate, 10-16% PEG 5000 MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.19 Å R-free 0.215
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 K； UniProt 11–43	片段：UNP residues 11-43	Ubiquitin-like protein ATG12 × 1 （O94817） Autophagy protein 5 × 1 （Q9H1Y0） Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3 × 1 （Q9NT62） SO4 SULFATE ION × 4 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN - 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.15 M NaCl, 0.001 M DTT, RESERVOIR - 0.1M MES pH6.0-6.75, 0.2 M ammonium sulfate, 10-16% PEG 5000 MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.19 Å R-free 0.215
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 O； UniProt 11–43	片段：UNP residues 11-43	Ubiquitin-like protein ATG12 × 1 （O94817） Autophagy protein 5 × 1 （Q9H1Y0） Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3 × 1 （Q9NT62） SO4 SULFATE ION × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN - 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.15 M NaCl, 0.001 M DTT, RESERVOIR - 0.1M MES pH6.0-6.75, 0.2 M ammonium sulfate, 10-16% PEG 5000 MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.19 Å R-free 0.215

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 4NAW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4GDK Crystal Structure of Human Atg12~Atg5 Conjugate in Complex with an N-terminal Fragment of Atg16L1 提交 2012-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 11–43（33 aa）链 F 11–43（33 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN: 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.3 M NaCl, 0.001 M DTT; RESERVOIR: 0.1M Hepes pH7.5, 0.2 M lithium citrate, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.236
4GDL Crystal Structure of Human Atg12~Atg5 Conjugate in Complex with an N-terminal Fragment of Atg16L1 提交 2012-07-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 11–43（33 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PROTEIN: 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.3 M NaCl, 0.001 M DTT; RESERVOIR: 0.1M BICINE pH9.0, 0.2 M sodium phosphate dibasic, 18% PEG 3350, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.88 Å R-free 0.254
4TQ0 Crystal structure of human ATG5-ATG16N69 提交 2014-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–69（69 aa）片段：UNP residues 1-69	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 400, MgCl2, KCl, Tris-HCl	分辨率 2.70 Å R-free 0.274
4TQ0 Crystal structure of human ATG5-ATG16N69 提交 2014-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–69（69 aa）片段：UNP residues 1-69	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 400, MgCl2, KCl, Tris-HCl	分辨率 2.70 Å R-free 0.274
4TQ0 Crystal structure of human ATG5-ATG16N69 提交 2014-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–69（69 aa）片段：UNP residues 1-69	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 400, MgCl2, KCl, Tris-HCl	分辨率 2.70 Å R-free 0.274
5D7G Structure of human ATG5 E122D-ATG16L1 complex at 3.0 Angstroms 提交 2015-08-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–69（69 aa）片段：UNP residues 1-69 链 D 1–69（69 aa）片段：UNP residues 1-69	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；Micro crystal: 37.5 mM MES, pH 5.2 to pH 5.8, 0.2 M sodium tartrate, and 11 to 13% polyethylene glycol 3350; Micor seeding condition:40 mM MES, pH 5.5, 0.2M sodium tartrate, 8.5% PEG3350, 10 mM DTT	分辨率 3.00 Å R-free 0.244
5D7G Structure of human ATG5 E122D-ATG16L1 complex at 3.0 Angstroms 提交 2015-08-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 1–69（69 aa）片段：UNP residues 1-69 链 H 1–69（69 aa）片段：UNP residues 1-69	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；Micro crystal: 37.5 mM MES, pH 5.2 to pH 5.8, 0.2 M sodium tartrate, and 11 to 13% polyethylene glycol 3350; Micor seeding condition:40 mM MES, pH 5.5, 0.2M sodium tartrate, 8.5% PEG3350, 10 mM DTT	分辨率 3.00 Å R-free 0.244
5NPV Structure of human ATG5-ATG16L1(ATG5BD) complex (I4) 提交 2017-04-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 11–307（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.76；293 K；0.1 M MES pH 5.76, 0.378 M KCl, 21.7 % PEG 3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.278
5NPV Structure of human ATG5-ATG16L1(ATG5BD) complex (I4) 提交 2017-04-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 11–307（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.76；293 K；0.1 M MES pH 5.76, 0.378 M KCl, 21.7 % PEG 3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.278
5NPW Structure of human ATG5-ATG16L1(ATG5BD) complex (C2) 提交 2017-04-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 11–307（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.4 M KCl and 18 % PEG 3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.264
5NPW Structure of human ATG5-ATG16L1(ATG5BD) complex (C2) 提交 2017-04-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 11–307（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.4 M KCl and 18 % PEG 3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.264
5NPW Structure of human ATG5-ATG16L1(ATG5BD) complex (C2) 提交 2017-04-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 11–307（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.4 M KCl and 18 % PEG 3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.264
5NPW Structure of human ATG5-ATG16L1(ATG5BD) complex (C2) 提交 2017-04-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 11–307（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.4 M KCl and 18 % PEG 3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.264
5NUV Structure of the WD40-domain of human ATG16L1 提交 2017-05-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 303–607（305 aa）	突变：E354A/K355A/Y607P	BU3 (R,R)-2,3-BUTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.3；303 K；1.61 M (NH4)2SO4, 0.09 M NaCl, 0.1 M MES pH 6.3	分辨率 1.55 Å R-free 0.197
7W36 Crystal structure of human Atg5 complexed with a stapled peptide 提交 2021-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 13–33（21 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 3350, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl pH8.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.287
7XFR Crystal structure of WIPI2b in complex with the second site of ATG16L1 提交 2022-04-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 124–188（65 aa）链 D 124–188（65 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；0.1 M MES monohydrate(pH 6.5), 12% w/v Polyethylene glycol 20000	分辨率 1.76 Å R-free 0.193
8ZQG Crystal structure of WIPI3 in complex with ATG16L1 提交 2024-06-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 124–188（65 aa）链 D 124–188（65 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.8；289 K；0.02 M Citric acid, 0.08 M BIS-TRIS propane (pH 8.8); 16% w/v Polyethylene glycol 3350	分辨率 2.77 Å R-free 0.233
9H2Q Stabilized complex of Chlamydia trachomatic efector CT622 in complex with human WD40 domain of ATG16L1 提交 2024-10-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 303–607（305 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.80 Å
9J54 Crystal structure of FIP200 Claw in complex with ATG16L1 提交 2024-08-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 235–247（13 aa）链 D 235–247（13 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；289 K；10% v/v 2-Propanol, 0.1 M BICINE (pH 8.5), 30% w/v Polyethylene glycol 1500	分辨率 1.61 Å R-free 0.216
9JF2 Crystal structure of GABARAPL1 in complex with ATG16L1 提交 2024-09-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 235–247（13 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；0.1 M Sodium cacodylate (pH 6.5), 40% v/v MPD, 5% w/v PEG 8000	分辨率 1.76 Å R-free 0.215
9JF2 Crystal structure of GABARAPL1 in complex with ATG16L1 提交 2024-09-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 235–247（13 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；0.1 M Sodium cacodylate (pH 6.5), 40% v/v MPD, 5% w/v PEG 8000	分辨率 1.76 Å R-free 0.215

共 13 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A16L1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 4–36； UniProt 11–43 作者链 G； PDB构建体 4–36； UniProt 11–43 作者链 K； PDB构建体 4–36； UniProt 11–43 作者链 O； PDB构建体 4–36； UniProt 11–43

Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3

Homo sapiens

UniProt Q9NT62

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 140–170	片段：UNP residues 140-170	Ubiquitin-like protein ATG12 × 1 （O94817） Autophagy protein 5 × 1 （Q9H1Y0） Autophagy-related protein 16-1 × 1 （Q676U5） SO4 SULFATE ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN - 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.15 M NaCl, 0.001 M DTT, RESERVOIR - 0.1M MES pH6.0-6.75, 0.2 M ammonium sulfate, 10-16% PEG 5000 MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.19 Å R-free 0.215
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 140–170	片段：UNP residues 140-170	Ubiquitin-like protein ATG12 × 1 （O94817） Autophagy protein 5 × 1 （Q9H1Y0） Autophagy-related protein 16-1 × 1 （Q676U5） SO4 SULFATE ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN - 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.15 M NaCl, 0.001 M DTT, RESERVOIR - 0.1M MES pH6.0-6.75, 0.2 M ammonium sulfate, 10-16% PEG 5000 MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.19 Å R-free 0.215
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 140–170	片段：UNP residues 140-170	Ubiquitin-like protein ATG12 × 1 （O94817） Autophagy protein 5 × 1 （Q9H1Y0） Autophagy-related protein 16-1 × 1 （Q676U5） SO4 SULFATE ION × 4 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN - 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.15 M NaCl, 0.001 M DTT, RESERVOIR - 0.1M MES pH6.0-6.75, 0.2 M ammonium sulfate, 10-16% PEG 5000 MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.19 Å R-free 0.215
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 140–170	片段：UNP residues 140-170	Ubiquitin-like protein ATG12 × 1 （O94817） Autophagy protein 5 × 1 （Q9H1Y0） Autophagy-related protein 16-1 × 1 （Q676U5） SO4 SULFATE ION × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN - 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.15 M NaCl, 0.001 M DTT, RESERVOIR - 0.1M MES pH6.0-6.75, 0.2 M ammonium sulfate, 10-16% PEG 5000 MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.19 Å R-free 0.215

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 4NAW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8FKM Human Atg3 with deletions of residues 1 to 25 and 90 to 190 提交 2022-12-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–314（314 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）NaCl 150；压力 1 NMR样品组成 150 mM NaCl, 50 mM HEPES, 2 mM TCEP, 0.5 mM [U-13C; U-15N] human Atg3, 96% H2O/4% D2O \| 96% H2O/4% D2O NMR样品组成 150 mM NaCl, 50 mM HEPES, 2 mM TCEP, 0.5 mM [U-13C; U-15N] human Atg3, 6.5 mg/mL Pf1 phage, 96% H2O/4% D2O \| 96% H2O/4% D2O NMR样品组成 150 mM NaCl, 50 mM HEPES, 2 mM TCEP, 0.5 mM [U-13C; U-15N] human Atg3, 7 % positive gel, 96% H2O/4% D2O \| 96% H2O/4% D2O NMR样品组成 150 mM NaCl, 50 mM HEPES, 2 mM TCEP, 0.5 mM [U-13C; U-15N] human Atg3, 5 % negative gel, 96% H2O/4% D2O \| 96% H2O/4% D2O NMR样品组成 150 mM NaCl, 50 mM HEPES, 2 mM TCEP, 0.5 mM [U-13C; U-15N] human Atg3, 5 % neutral gel, 96% H2O/4% D2O \| 96% H2O/4% D2O NMR样品组成 150 mM NaCl, 50 mM HEPES, 2 mM TCEP, 0.5 mM [U-13C; U-15N] human Atg3, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 150 mM NaCl, 50 mM HEPES, 2 mM TCEP, 0.5 mM [U-13C; U-15N] human Atg3, 92% H2O/8% D2O \| 92% H2O/8% D2O	分辨率未提供
9E8P Crystal Structure of GABARAP-ATG3 conjugate 提交 2024-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–91（66 aa）链 A 148–181（34 aa）链 A 193–314（122 aa）	突变：C264K 突变：C264K 突变：C264K	SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277.15 K；0.1 mM Tris pH8.5, 25%(w/v) PEG3550	分辨率 2.70 Å R-free 0.249
9E8P Crystal Structure of GABARAP-ATG3 conjugate 提交 2024-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 26–91（66 aa）链 B 148–181（34 aa）链 B 193–314（122 aa）	突变：C264K 突变：C264K 突变：C264K	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277.15 K；0.1 mM Tris pH8.5, 25%(w/v) PEG3550	分辨率 2.70 Å R-free 0.249

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATG3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 4–34； UniProt 140–170 作者链 H； PDB构建体 4–34； UniProt 140–170 作者链 L； PDB构建体 4–34； UniProt 140–170 作者链 P； PDB构建体 4–34； UniProt 140–170

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4naw
沉积日期 deposition_date	2013-10-22
结构标题 title	Crystal Structure of Human ATG12~ATG5-ATG16N in complex with a fragment of ATG3
关键词 keywords	protein-protein conjugate, ubiquitin-like protein, autophagy, E3 ligase, PROTEIN TRANSPORT-LIGASE complex; PROTEIN TRANSPORT/LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.10 Å
零角强度 I(0) i0	504053000.00
分子量 molecular_weight	189290.0 kDa
排除体积 excluded_volume	239110 Å³
包络体积 envelope_volume	324500 Å³
水化壳体积 shell_volume	66119 Å³
包络直径 envelope_diameter	152.4 Å
壳层 Rg shell_rg	45.91 Å
包络 Rg envelope_rg	41.03 Å
形状 Rg shape_rg	41.06 Å
总 Rg total_rg	41.50 Å
总原子数 total_atoms	26591
残基数 n_residues	1596
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	142.6 Å
Rg (实空间) rg_real	41.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0410e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.9550e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	504000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8551
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	48.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.450
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.079
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	100700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.783; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.763

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin-like protein ATG12
分子量 formula_weight	10282.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I,M
原子数 atom_count	27188

GSKKKIDILLKAVGDTPIMKTKKWAVERTRTIQGLIDFIKKFLKLVASEQLFIYVNQSFAPSPDQEVGTLYECFGSDGKLVLHYCKSQAWG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Autophagy protein 5
分子量 formula_weight	32489.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,J,N

MTDDKDVLRDVWFGRIPTCFTLYQDEITEREAEPYYLLLPRVSYLTLVTDKVKKHFQKVMRQEDISEIWFEYEGTPLKWHYPIGLLFDLLASSSALPWNITVHFKSFPEKDLLHCPSKDAIEAHFMSCMKEADALKHKSQVINEMQKKDHKQLWMGLQNDRFDQFWAINRKLMEYPAEENGFRYIPFRIYQTTTERPFIQKLFRPVAADGQLHTLGDLLKEVCPSAIDPEDGEKKNQVMIHGIEPMLETPLQWLSEHLSYPDNFLHISIIPQPTD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Autophagy-related protein 16-1
分子量 formula_weight	4657.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,K,O

SHMPRWKRHISEQLRRRDRLQRQAFEEIILQYNKLL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3
分子量 formula_weight	3822.8 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,L,P

GHMSALCEEEEDEDEGEAADMEEYEESGLLETDE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	597

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d4nawa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4nawe_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4nawi_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4nawm_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	4nawA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4nawB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4nawB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 —

结构域编号 domain_id	4nawB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 — Autophagy protein Apg5, helix rich domain

结构域编号 domain_id	4nawE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4nawF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4nawF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 —

结构域编号 domain_id	4nawF03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 — Autophagy protein Apg5, helix rich domain

结构域编号 domain_id	4nawI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4nawJ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4nawJ02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 —

结构域编号 domain_id	4nawJ03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 — Autophagy protein Apg5, helix rich domain

结构域编号 domain_id	4nawM00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4nawN01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4nawN02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 —

结构域编号 domain_id	4nawN03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 — Autophagy protein Apg5, helix rich domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	93.584 Å
晶胞边长 b length_b	120.097 Å
晶胞边长 c length_c	189.466 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.195 Å
最低分辨率 resolution_low	48.832 Å
R 因子 r_factor	0.1723
R_work r_work	0.1715
R_free r_free	0.2153

fit	/app/data/saxs_computation/na/4naw/4naw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/na/4naw/4naw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/na/4naw/4naw.dat

Crystal Structure of Human ATG12~ATG5-ATG16N in complex with a fragment of ATG3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-like protein ATG12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Autophagy protein 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Autophagy-related protein 16-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)