SAXSdb — 4ndy

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Centromere protein S

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA (26-MER) × 1 DNA (26-MER) × 1 Centromere protein X × 2 （A8MT69）	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 4	DNA (26-MER) × 2 DNA (26-MER) × 2 Centromere protein X × 2 （A8MT69）	与全部聚合物一致
3	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA (26-MER) × 1 DNA (26-MER) × 1 Centromere protein X × 2 （A8MT69）	与全部聚合物一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Centromere protein X × 2 （A8MT69）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Centromere protein X × 2 （A8MT69）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CENPS_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–92； UniProt 14–105 作者链 C； PDB构建体 1–92； UniProt 14–105 作者链 G； PDB构建体 1–92； UniProt 14–105 作者链 I； PDB构建体 1–92； UniProt 14–105 作者链 J； PDB构建体 1–92； UniProt 14–105 作者链 K； PDB构建体 1–92； UniProt 14–105 作者链 Q； PDB构建体 1–92； UniProt 14–105 作者链 R； PDB构建体 1–92； UniProt 14–105 作者链 S； PDB构建体 1–92； UniProt 14–105 作者链 T； PDB构建体 1–92； UniProt 14–105

Centromere protein X

Homo sapiens

UniProt A8MT69

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA (26-MER) × 1 DNA (26-MER) × 1 Centromere protein S × 2 （Q8N2Z9）	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 4	DNA (26-MER) × 2 DNA (26-MER) × 2 Centromere protein S × 2 （Q8N2Z9）	与全部聚合物一致
3	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA (26-MER) × 1 DNA (26-MER) × 1 Centromere protein S × 2 （Q8N2Z9）	与全部聚合物一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Centromere protein S × 2 （Q8N2Z9）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Centromere protein S × 2 （Q8N2Z9）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CENPX_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–74； UniProt 8–81 作者链 D； PDB构建体 1–74； UniProt 8–81 作者链 H； PDB构建体 1–74； UniProt 8–81 作者链 L； PDB构建体 1–74； UniProt 8–81 作者链 M； PDB构建体 1–74； UniProt 8–81 作者链 N； PDB构建体 1–74； UniProt 8–81 作者链 U； PDB构建体 1–74； UniProt 8–81 作者链 V； PDB构建体 1–74； UniProt 8–81 作者链 W； PDB构建体 1–74； UniProt 8–81 作者链 X； PDB构建体 1–74； UniProt 8–81

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ndy
沉积日期 deposition_date	2013-10-28
结构标题 title	Human MHF1-MHF2 DNA complex
关键词 keywords	;Histone Fold, DNA repair, genome maintenance, centromere construction, Fanconi Anemia, FancM, nucleus, DNA Binding Protein-DNA complex ;; DNA Binding Protein/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4ndy__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4ndy__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4ndy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.32 Å
Rg（电子密度）	32.81 Å
总 Rg	33.35 Å
原子数	3833
残基数	398
排除体积	65482 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4ndy__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4ndy__assembly_2__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4ndy__assembly_3__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`4ndy__assembly_4__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`4ndy__assembly_5__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA (26-MER)
分子量 formula_weight	8098.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,O
原子数 atom_count	15914

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA (26-MER)
分子量 formula_weight	7864.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F,P

TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Centromere protein S
分子量 formula_weight	12091.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,A,I,J,K,Q,R,S,T

SYQQRLKAAVHYTVGCLCEEVALDKAMQFSKQTIAAISELTFRQCENFAKDLEMFARHAKRTTINTEDVKLLARRSNSLLKYITDKSEEIAQANLERKAQKKKKS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Centromere protein X
分子量 formula_weight	8398.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,B,L,M,N,U,V,W,X

SGFRKELVSRLLHLHFKDDKTKVSGDALQLMVELLKVFVVEAAVRGVRQAQAEDALRVDVDQLEKVLPQLLLDF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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晶胞边长 a length_a	250.098 Å
晶胞边长 b length_b	250.098 Å
晶胞边长 c length_c	65.561 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	30

空间群 space_group	P 3
空间群编号 int_tables_number	143
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	6.999 Å
最低分辨率 resolution_low	108.300 Å
R 因子 r_factor	0.2440
R_work r_work	0.2419
R_free r_free	0.2791

Human MHF1-MHF2 DNA complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Centromere protein S

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Centromere protein X

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4ndy__assembly_1__model_1

4ndy__assembly_1__model_1 | I(q)

4ndy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

Human MHF1-MHF2 DNA complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Centromere protein S

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Centromere protein X

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4ndy__assembly_1__model_1

4ndy__assembly_1__model_1 | I(q)

4ndy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)