4nee

crystal structure of AP-2 alpha/simga2 complex bound to HIV-1 Nef

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AP-2 complex subunit sigma

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	AP-2 complex subunit alpha-2 × 1 （Q66HM2） Protein Nef × 1 （Q90VU7）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	AP-2 complex subunit alpha-2 × 1 （Q66HM2） Protein Nef × 1 （Q90VU7）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	AP-2 complex subunit alpha-2 × 1 （Q66HM2） Protein Nef × 1 （Q90VU7）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	AP-2 complex subunit alpha-2 × 1 （Q66HM2） Protein Nef × 1 （Q90VU7）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AP2S1_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142 作者链 F； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142 作者链 I； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142 作者链 L； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142

AP-2 complex subunit alpha-2

Rattus norvegicus

UniProt Q66HM2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	AP-2 complex subunit sigma × 1 （P62744） Protein Nef × 1 （Q90VU7）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	AP-2 complex subunit sigma × 1 （P62744） Protein Nef × 1 （Q90VU7）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	AP-2 complex subunit sigma × 1 （P62744） Protein Nef × 1 （Q90VU7）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	AP-2 complex subunit sigma × 1 （P62744） Protein Nef × 1 （Q90VU7）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q66HM2_RAT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–398； UniProt 1–396 作者链 B； PDB构建体 3–398； UniProt 1–396 作者链 G； PDB构建体 3–398； UniProt 1–396 作者链 J； PDB构建体 3–398； UniProt 1–396

Protein Nef

Human immunodeficiency virus 1

UniProt Q90VU7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	AP-2 complex subunit sigma × 1 （P62744） AP-2 complex subunit alpha-2 × 1 （Q66HM2）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	AP-2 complex subunit sigma × 1 （P62744） AP-2 complex subunit alpha-2 × 1 （Q66HM2）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	AP-2 complex subunit sigma × 1 （P62744） AP-2 complex subunit alpha-2 × 1 （Q66HM2）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	AP-2 complex subunit sigma × 1 （P62744） AP-2 complex subunit alpha-2 × 1 （Q66HM2）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q90VU7_9HIV1
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 15–155； UniProt 63–203 作者链 E； PDB构建体 15–155； UniProt 63–203 作者链 H； PDB构建体 15–155； UniProt 63–203 作者链 K； PDB构建体 15–155； UniProt 63–203

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4nee
沉积日期 deposition_date	2013-10-29
结构标题 title	crystal structure of AP-2 alpha/simga2 complex bound to HIV-1 Nef
关键词 keywords	clathrin Adaptor AP-2, HIV-1 Nef, CD4 downregulation, VIRAL PROTEIN-PROTEIN TRANSPORT complex; VIRAL PROTEIN/PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4nee__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4nee__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4nee__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.16 Å
Rg（电子密度）	27.16 Å
总 Rg	27.96 Å
原子数	5380
残基数	669
排除体积	96256 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4nee__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4nee__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4nee__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`4nee__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	AP-2 complex subunit sigma
分子量 formula_weight	17038.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,L,F,I
原子数 atom_count	21530

MIRFILIQNRAGKTRLAKWYMQFDDDEKQKLIEEVHAVVTVRDAKHTNFVEFRNFKIIYRRYAGLYFCICVDVNDNNLAYLEAIHNFVEVLNEYFHNVCELDLVFNFYKVYTVVDEMFLAGEIRETSQTKVLKQLLMLQSLE

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	brown rat,rat,rats
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	AP-2 complex subunit alpha-2
分子量 formula_weight	44389.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,B,J,A

GAMPAVSKGEGMRGLAVFISDIRNCKSKEAEIKRINKELANIRSKFKGDKALDGYSKKKYVCKLLFIFLLGHDIDFGHMEAVNLLSSNRYTEKQIGYLFISVLVNSNSELIRLINNAIKNDLASRNPTFMGLALHCIANVGSREMAEAFAGEIPKILVAGDTMDSVKQSAALCLLRLYRTSPDLVPMGDWTSRVVHLLNDQHLGVVTAATSLITTLAQKNPEEFKTSVSLAVSRLSRIVTSASTDLQDYTYYFVPAPWLSVKLLRLLQCYPPPEDPAVRGRLTECLETILNKAQEPPKSKKVQHSNAKNAVLFEAISLIIHHDSEPNLLVRACNQLGQFLQHRETNLRYLALESMCTLASSEFSHEAVKTHIETVINALKTERDVSVRQRAVDLLYAM

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	brown rat,rat,rats
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Protein Nef
分子量 formula_weight	17671.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,H,K,C

GXXXXXXXXXXXXXEEEVGFPVTPQVPLRPMTYKAAVDLSHFLKEKGGLEGLIHSQRRQDILDLWIYHTQGYFPDWQNYTPGPGVRYPLTFGWCYKLVPVEPDKVEEANKGENTSLLHPVSLHGMDDPEREVLEWRFDSRLAFHHVARELHPEYF

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d4neec1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.102 — Regulatory factor Nef
超家族 Superfamily superfamily	d.102.1 — Regulatory factor Nef
家族 Family family	d.102.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4neec2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4need_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.110 — Profilin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.110.4 — SNARE-like
家族 Family family	d.110.4.2 — Clathrin coat assembly domain

结构域编号 domain_id	d4neee1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.102 — Regulatory factor Nef
超家族 Superfamily superfamily	d.102.1 — Regulatory factor Nef
家族 Family family	d.102.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4neee2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4neef_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.110 — Profilin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.110.4 — SNARE-like
家族 Family family	d.110.4.2 — Clathrin coat assembly domain

结构域编号 domain_id	d4neeh1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.102 — Regulatory factor Nef
超家族 Superfamily superfamily	d.102.1 — Regulatory factor Nef
家族 Family family	d.102.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4neeh2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4neei_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.110 — Profilin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.110.4 — SNARE-like
家族 Family family	d.110.4.2 — Clathrin coat assembly domain

结构域编号 domain_id	d4neek1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.102 — Regulatory factor Nef
超家族 Superfamily superfamily	d.102.1 — Regulatory factor Nef
家族 Family family	d.102.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4neek2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4neel_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.110 — Profilin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.110.4 — SNARE-like
家族 Family family	d.110.4.2 — Clathrin coat assembly domain

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	4neeA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	4neeB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	4neeC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	62 — Nef Regulatory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nef Regulatory Factor

结构域编号 domain_id	4neeD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	4neeE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	62 — Nef Regulatory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nef Regulatory Factor

结构域编号 domain_id	4neeF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	4neeG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	4neeH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	62 — Nef Regulatory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nef Regulatory Factor

结构域编号 domain_id	4neeI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	4neeJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	4neeK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	62 — Nef Regulatory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nef Regulatory Factor

结构域编号 domain_id	4neeL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

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晶胞边长 a length_a	109.558 Å
晶胞边长 b length_b	168.034 Å
晶胞边长 c length_c	200.204 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.884 Å
最低分辨率 resolution_low	48.880 Å
R 因子 r_factor	0.2218
R_work r_work	0.2194
R_free r_free	0.2668

crystal structure of AP-2 alpha/simga2 complex bound to HIV-1 Nef

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AP-2 complex subunit sigma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

AP-2 complex subunit alpha-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein Nef

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4nee__assembly_1__model_1

4nee__assembly_1__model_1 | I(q)

4nee__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

crystal structure of AP-2 alpha/simga2 complex bound to HIV-1 Nef

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AP-2 complex subunit sigma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

AP-2 complex subunit alpha-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein Nef

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4nee__assembly_1__model_1

4nee__assembly_1__model_1 | I(q)

4nee__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)