SAXSdb — 4nkq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytokine receptor common subunit beta

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 25–438	未记录	Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor × 1 （P04141） Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor receptor subunit alpha × 1 （P15509） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；293 K；100mM HEPES buffer (pH 7.0), 6%(v/v) PEG3350, 0.2M proline, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4NKQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1C8P NMR STRUCTURE OF THE LIGAND BINDING DOMAIN OF THE COMMON BETA-CHAIN IN THE GM-CSF, IL-3 AND IL-5 RECEPTORS 提交 1999-10-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 338–438（101 aa）片段：DOMAIN 4	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.1；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0.06M；压力 AMBIENT NMR样品组成 0.4MM D4BC U-15N; 10MM PHOSPHATE BUFFER;90% H2O, 10% D2O NMR样品组成 0.4MM D4BC U-15N; 10MM PHOSPHATE BUFFER;100% D2O	分辨率未提供
1EGJ DOMAIN 4 OF THE BETA COMMON CHAIN IN COMPLEX WITH AN ANTIBODY 提交 2000-02-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 338–438（101 aa）片段：DOMAIN 4	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；295 K；12% peg 4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K	分辨率 2.80 Å R-free 0.288
1GH7 CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLETE EXTRACELLULAR DOMAIN OF THE BETA-COMMON RECEPTOR OF IL-3, IL-5, AND GM-CSF 提交 2000-11-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 25–437（413 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN 链 B 25–437（413 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN	突变：N328Q 突变：N328Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG MME 5000, Phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION/HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.307
2NA8 Transmembrane Structure of the Cytokine Receptor Common Subunit beta 提交 2015-12-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 432–473（42 aa）片段：Helical transmembrane residues 432-473	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；313 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N; 80% 2H] protein, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
2NA9 Transmembrane Structure of the P441A Mutant of the Cytokine Receptor Common Subunit beta 提交 2015-12-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 432–473（42 aa）片段：Helical transmembrane residues 432-473	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；313 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N; 80% 2H] protein, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
5DWU Beta common receptor in complex with a Fab 提交 2015-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 17–240（224 aa）链 B 241–443（203 aa）	突变：N106Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.1 M Tris 8, 25% - 35% PEG200	分辨率 3.97 Å R-free 0.330
6NMY A Cytokine-receptor complex 提交 2019-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–240（216 aa）链 B 241–438（198 aa）	突变：N346Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277.15 K；Crystals were grown in 10 mM Tris pH6.8, 8% PEG 8000, 0.15 M magnesium chloride	分辨率 3.30 Å R-free 0.278
6NMY A Cytokine-receptor complex 提交 2019-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 25–240（216 aa）链 D 241–438（198 aa）	突变：N346Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277.15 K；Crystals were grown in 10 mM Tris pH6.8, 8% PEG 8000, 0.15 M magnesium chloride	分辨率 3.30 Å R-free 0.278
8TLD Structure of the IL-5 Signaling Complex 提交 2023-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 23–442（420 aa）链 E 23–442（420 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

共 8 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IL3RB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–414； UniProt 25–438

Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor

Homo sapiens

UniProt P04141

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 18–144	未记录	Cytokine receptor common subunit beta × 1 （P32927） Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor receptor subunit alpha × 1 （P15509） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；293 K；100mM HEPES buffer (pH 7.0), 6%(v/v) PEG3350, 0.2M proline, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4NKQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CSG Three-dimensional structure of recombinant human granulocyte-macrophage colony-stimulating factor 提交 1992-11-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–144（127 aa）链 B 18–144（127 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å
2GMF HUMAN GRANULOCYTE MACROPHAGE COLONY STIMULATING FACTOR 提交 1996-04-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–144（127 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
2GMF HUMAN GRANULOCYTE MACROPHAGE COLONY STIMULATING FACTOR 提交 1996-04-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 18–144（127 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
4RS1 Crystal structure of receptor-cytokine complex 提交 2014-11-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–142（112 aa）片段：RESIDUES 31-142	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；293 K；22% PEG8000, 1% MPD, 5MM DITHIOTHREITOL, 100MM IMIDAZOLE, PH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.68 Å R-free 0.287
5C7X Crystal structure of MOR04357, a neutralizing anti-human GM-CSF antibody Fab fragment in complex with human GM-CSF 提交 2015-06-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 18–144（127 aa）片段：UNP residues 18-144	未记录	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 PG6 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；100 mM sodium acetate, pH 4.0-4.3, 39-42 % (w/v) PEG 400, 40 mg/mL protein	分辨率 2.95 Å R-free 0.276
5C7X Crystal structure of MOR04357, a neutralizing anti-human GM-CSF antibody Fab fragment in complex with human GM-CSF 提交 2015-06-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 18–144（127 aa）片段：UNP residues 18-144	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；100 mM sodium acetate, pH 4.0-4.3, 39-42 % (w/v) PEG 400, 40 mg/mL protein	分辨率 2.95 Å R-free 0.276
5D70 Crystal structure of MOR03929, a neutralizing anti-human GM-CSF antibody Fab fragment in complex with human GM-CSF 提交 2015-08-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 18–144（127 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.75；293 K；100 mM Tris, pH 8.75, 200 mM LiSO4, 25-28 % (w/v) PEG 3350, 28mg/mL protein	分辨率 2.06 Å R-free 0.222
5D71 Crystal structure of MOR04302, a neutralizing anti-human GM-CSF antibody Fab fragment in complex with human GM-CSF 提交 2015-08-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–127（127 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；100 mM sodium acetate, pH 4.0-4.3, 39-42 % (w/v) PEG 400, 35 mg/mL protein	分辨率 2.25 Å R-free 0.219
5D72 Crystal structure of MOR04252, a neutralizing anti-human GM-CSF antibody Fab fragment in complex with human GM-CSF 提交 2015-08-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–127（127 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；100 mM sodium acetate, pH 4.0-4.3, 39-42 % (w/v) PEG 400, 30 mg/mL protein	分辨率 2.60 Å R-free 0.266
5D72 Crystal structure of MOR04252, a neutralizing anti-human GM-CSF antibody Fab fragment in complex with human GM-CSF 提交 2015-08-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–127（127 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；100 mM sodium acetate, pH 4.0-4.3, 39-42 % (w/v) PEG 400, 30 mg/mL protein	分辨率 2.60 Å R-free 0.266
6BFQ The mechanism of GM-CSF inhibition by human GM-CSF auto-antibodies 提交 2017-10-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 18–144（127 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；283.15 K；0.16 M Calcium acetate, 14.4% PEG8000, 0.08 M Sodium Cacodylate pH 6.5 and 20% glycerol	分辨率 2.60 Å R-free 0.264
6BFQ The mechanism of GM-CSF inhibition by human GM-CSF auto-antibodies 提交 2017-10-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 18–144（127 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；283.15 K；0.16 M Calcium acetate, 14.4% PEG8000, 0.08 M Sodium Cacodylate pH 6.5 and 20% glycerol	分辨率 2.60 Å R-free 0.264
6BFQ The mechanism of GM-CSF inhibition by human GM-CSF auto-antibodies 提交 2017-10-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 18–144（127 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；283.15 K；0.16 M Calcium acetate, 14.4% PEG8000, 0.08 M Sodium Cacodylate pH 6.5 and 20% glycerol	分辨率 2.60 Å R-free 0.264
6BFQ The mechanism of GM-CSF inhibition by human GM-CSF auto-antibodies 提交 2017-10-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 18–144（127 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；283.15 K；0.16 M Calcium acetate, 14.4% PEG8000, 0.08 M Sodium Cacodylate pH 6.5 and 20% glycerol	分辨率 2.60 Å R-free 0.264
6BFS The mechanism of GM-CSF inhibition by human GM-CSF auto-antibodies 提交 2017-10-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 18–144（127 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；283.15 K；0. 2 M Sodium Chloride, 20% PEG 8000, 0.1 M phosphate Citrate 4.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.248
9JKR human GM-CSF with Fabs from autoantibodies, F1 and C. 提交 2024-09-17	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 I 18–144（127 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 10 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CSF2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–127； UniProt 18–144

Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor receptor subunit alpha

Homo sapiens

UniProt P15509

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 113–400	突变：N346Q	Cytokine receptor common subunit beta × 1 （P32927） Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor × 1 （P04141） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；293 K；100mM HEPES buffer (pH 7.0), 6%(v/v) PEG3350, 0.2M proline, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4NKQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4RS1 Crystal structure of receptor-cytokine complex 提交 2014-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 35–315（281 aa）片段：Extracellular domain residues 35-315	突变：N27Q, N35Q, N80Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；293 K；22% PEG8000, 1% MPD, 5MM DITHIOTHREITOL, 100MM IMIDAZOLE, PH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.68 Å R-free 0.287

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CSF2R_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 18–305； UniProt 113–400

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4nkq
沉积日期 deposition_date	2013-11-13
结构标题 title	Structure of a Cytokine Receptor Complex
关键词 keywords	;GM-CSF, receptor complex, dodecamer, Disease mutation, Glycoprotein, Membrane, Phosphoprotein, Transmembrane, Cytokine, Growth factor, Secreted, CYTOKINE-CYTOKINE RECEPTOR complex ;; CYTOKINE/CYTOKINE RECEPTOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	52.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	52.55 Å
零角强度 I(0) i0	104456000.00
分子量 molecular_weight	81107.0 kDa
排除体积 excluded_volume	100280 Å³
包络体积 envelope_volume	183410 Å³
水化壳体积 shell_volume	30931 Å³
包络直径 envelope_diameter	185.1 Å
壳层 Rg shell_rg	50.75 Å
包络 Rg envelope_rg	51.99 Å
形状 Rg shape_rg	52.54 Å
总 Rg total_rg	52.51 Å
总原子数 total_atoms	5706
残基数 n_residues	708
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	178.5 Å
Rg (实空间) rg_real	52.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0450e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3460e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	104300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7236
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	29.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.434
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.696
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3320000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.525; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.453; Smooth: 0.377

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cytokine receptor common subunit beta
分子量 formula_weight	47258.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5706

EETIPLQTLRCYNDYTSHITCRWADTQDAQRLVNVTLIRRVNEDLLEPVSCDLSDDMPWSACPHPRCVPRRCVIPCQSFVVTDVDYFSFQPDRPLGTRLTVTLTQHVQPPEPRDLQISTDQDHFLLTWSVALGSPQSHWLSPGDLEFEVVYKRLQDSWEDAAILLSNTSQATLGPEHLMPSSTYVARVRTRLAPGSRLSGRPSKWSPEVCWDSQPGDEAQPQNLECFFDGAAVLSCSWEVRKEVASSVSFGLFYKPSPDAGEEECSPVLREGLGSLHTRHHCQIPVPDPATHGQYIVSVQPRRAEKHIKSSVNIQMAPPSLQVTKDGDSYSLRWETMKMRYEHIDHTFEIQYRKDTATWKDSKTETLQNAHSMALPALEPSTRYWARVRVRTSRTGYNGIWSEWSEARSWDTES

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor
分子量 formula_weight	14492.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

APARSPSPSTQPWEHVNAIQEARRLLNLSRDTAAEMNETVEVISEMFDLQEPTCLQTRLELYKQGLRGSLTKLKGPLTMMASHYKQHCPPTPETSCATQIITFESFKENLKDFLLVIPFDCWEPVQE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor receptor subunit alpha
分子量 formula_weight	34850.5 kDa
突变 mutation	N346Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

XXXXXXXXXXXXXXXXXNSGREGTAAQNFSCFIYNADLMNCTWARGPTAPRDVQYFLYIRNSKRRREIRCPYYIQDSGTHVGCHLDNLSGLTSRNYFLVNGTSREIGIQFFDSLLDTKKIERFNPPSNVTVRCNTTHCLVRWKQPRTYQKLSYLDFQYQLDVHRKNTQPGTENLLINVSGDLENRYNFPSSEPRAKHSVKIRAADVRILNWSSWSEAIEFGSDDGNLGSVYIYVLLIVGTLVCGIVLGFLFKRFLRIQRLFPPVPQIKDKLNDNHEVEDEIIWEEFTPEEGKGYREEVLTVKEIT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d4nkqb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.29 — Macroglobulin
家族 Family family	b.1.29.9 — Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor receptor alpha-like

结构域编号 domain_id	d4nkqb2
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.12 — Proteins of incorrect, partial and unknown sequence
超家族 Superfamily superfamily	i.12.1 — Proteins of incorrect, partial and unknown sequence
家族 Family family	i.12.1.1 — Proteins of incorrect, partial and unknown sequence

结构域编号 domain_id	d4nkqc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamily	a.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family family	a.26.1.2 — Short-chain cytokines

结构域编号 domain_id	d4nkqc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	4nkqA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4nkqA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4nkqA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4nkqA04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4nkqB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4nkqC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	166.656 Å
晶胞边长 b length_b	166.656 Å
晶胞边长 c length_c	213.132 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 63 2 2
空间群编号 int_tables_number	182
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.301 Å
最低分辨率 resolution_low	36.082 Å
R 因子 r_factor	0.2315
R_work r_work	0.2293
R_free r_free	0.2729

fit	/app/data/saxs_computation/nk/4nkq/4nkq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nk/4nkq/4nkq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nk/4nkq/4nkq.dat

Structure of a Cytokine Receptor Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytokine receptor common subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor receptor subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)